法國將它在中國和越南的艦隊合成遠東艦隊，任命孤拔為統帥，趁機分別開進福州和基隆，一方麵脅迫中國接受法國的條件，一方麵準備隨時發動攻擊，占領這些口岸。
在法軍攻擊台灣之前，孫開華率領的擢勝三營，已經開到台灣，辦理防務。隨後，提督章高元所領的淮軍和提督楊金龍所領的湘軍，也先後開到。
8月5日，法艦轟擊基隆，強行登陸。督辦台灣事務大臣劉銘傳統率清軍頑強抵抗，使法軍不得不退回海上待機再舉。
隨後，法國議會授權政府“使用各種必要方法”使中國屈服。法國政府擬定新條件向中國勒索，要求賠款八千萬法郎，十年付清。清政府沒有接受。中法外交關係正式破裂。
8月23日，中法馬江海戰爆發。當天上午8點，法軍向閩浙總督發出通牒，但清廷官員竟然對福建水師官兵封鎖消息，不準請戰官兵“輕舉妄動”，而寄望於乞求法軍延期進攻。
下午1點45分，停泊在馬江水麵的法軍八艘軍艦和兩艘魚雷艇向中國南洋水師發起攻擊。
南洋水師對法國軍艦展開英勇還擊，但是由於未作任何軍事準備，加上裝備落後、火力處於劣勢，多數軍艦未及起錨就被法國軍艦擊沉。
海戰不到三十分鍾，南洋水師的十一艘軍艦中，有九艘被法軍擊毀，它們是“揚武”號、“濟安”號、“飛雲”號、“福星”號、“福勝”號、“建勝”號、“振威”號、“永保”號與“琛航”號。另外兩艘是“伏波”號與“藝新”號，在港內自沉。還有多艘運輸船沉沒，七百六十名水師官兵殉國。
左宗棠主持、胡雪岩襄助籌建的南洋水師幾乎全軍覆沒。南洋水師的軍艦多數為江南製造局及福州船政局所製造，隻有少量購自英國和德國。由於清廷先集中力量發展北洋水師，南洋水師的噸位、裝備、人員及實力，都比北洋艦隊相差甚遠。南洋水師負責防守的海域為江浙一帶，停泊地則主要為上海和南京。現在毀於一旦。
這一仗，中國水師隻擊斃了五名法軍，擊傷十五人。
馬江海戰中，法軍還摧毀了馬尾造船廠和兩岸炮台。
8月26日，清廷被迫向法國宣戰。
清廷頒發上諭，譴責法國蠻橫索取無名兵費，恣意要求，先啟
兵端，令陸路雲南清軍和廣西清軍迅速進兵，沿海各地嚴防法軍侵入。又命令新任兩廣總督張之洞激勵各軍奮勇抗敵，並將繼續堅持和議的張蔭桓等六名總理衙門大臣革職。
左宗棠在病中上書醇親王，要求統兵出征。這時他已是七十二歲高齡。
清廷下旨，說福建軍情緊急，任命左宗棠為欽差大臣，主持軍務，令楊昌濬與穆圖善輔佐，令張佩綸會辦。
左宗棠甄選能將，整治軍隊，添船購炮，重修或加強江防各處炮台，親自檢閱駐江蘇的湘淮水陸各軍，召集防江防海各路部隊的將領研討守衛領土的方案。他在檢閱水陸各軍時疾呼：“不怕捐軀以殉。”
左宗棠應閩浙總督何璟的請求，從兩江防區抽調湘淮軍各兩營，
派往台灣加強防禦，又讓漕運總督楊昌濬和王朗青回廣東挑募幾個營的軍士，同時命令王朗青到中法邊界察看劉永福黑旗軍的軍情。
與此同時，一大批湘軍將領奉令率部參加中法戰爭。
長江水師提督李成謀命令水師部隊加強吳淞口的防務。
龍陽人易佩紳正在四川布政使任上，奉令率部增援台灣，抗擊法
軍。
五十四歲的湘鄉人劉連捷率部駐防江陰。
五十九歲的清泉人孫昌凱正在浙江海門鎮總兵任上，奉命兼辦台灣海防營務。
祁陽人歐陽利見是湘軍水師宿將，此時任浙江提督。他率領部隊
駐紮在浙江鎮海金雞山，設防備戰。他巡視沿海大小島嶼、碼頭和工事，發現甬江入海口的北岸，招寶山頂上的威遠城修得太高，炮台過於暴露，一旦被圍，孤立無援，難於旋轉。
歐陽利見立刻將部屬召來，命令他們在招寶山後山與前山連接處增設月城炮台，充當威遠城的前衝，另外增修隱蔽的小道，直通內地，以便被圍時可以從小道得到增援。
六十八歲的彭玉麟出任兵部尚書，奉旨趕赴廣東，會同當地官
員籌劃防務。彭玉麟調集四千名湘軍，包括王永章的四個振字營，從海路開向廣東，自己率領隨從走陸路抵達廣州。六十三歲的平江人李元度應彭玉麟之邀，與他同行。
湘軍在廣東集結後，王永章的振字營駐守大縶。這裏是虎門右邊的屏障，王永章率領勇丁開山劈石，營建炮台。
彭玉麟察看地形，巡視炮台和營壘，整理虎門要塞。李元度率部堵塞虎門海口。
彭玉麟下令在沙角設防，開鑿山石，修建炮洞，以便掩護士卒。他還下令編組沙戶漁船，分守橫門、磨刀門和崖門等入海口。他約見兩廣總督張樹聲和廣東巡撫裕寬等人，協商就地舉辦團練，按照陸軍規製，慎重挑選營官，勤加操練，在短期內訓練出一支守土禦侮的兵力。
閩浙總督何璟認為自己不懂軍事，請求解職，清廷便任命楊昌濬為閩浙總督。
楊昌濬還沒到達軍營，李鴻章的女婿張佩綸便已逃遁。清廷將此事下發左宗棠和楊昌濬議處。楊昌濬依舊息事寧人，清廷責怪他袒護張佩綸，將他調任陝甘總督，加太子太保。
楊昌濬在閩浙總督任上，幫辦福建軍務，為台灣軍民抗法籌款籌兵，不辭辛勞。
清廷還任命在湖南養病的楊嶽斌到福建幫助左宗棠辦理軍務。
9月20日，湖南提督鮑超受命奔赴雲南會辦軍務。
左宗棠與曾國荃商量軍事和糧餉，將駐防兩江的原左宗棠舊部
恪靖營，加上另撥的兩營，由左宗棠帶往福建。 五十五歲的道州人何紹采統領恪靖親軍營、浙江楚軍寅字營，
還兼統楚軍後營，辦理福建海防事務。
法國海軍封鎖台灣各海口以後，內地與台灣文電不通，援台的
交通也中斷了。左宗棠密電劉銘傳在台灣招募兵勇一萬人，以資防
備，但劉銘傳卻消極辦理。 左宗棠在金陵調集舊部商籌餉項，然後起程，取道江西湖口前往福建。他又在江西抽調三營軍隊進入福建，並派員在九江、湖口和崇安等處設立轉運站，負責糧餉軍械的轉運。
他從南平乘船抵達福州，在距福州十多裏的水口登岸，福州官方為他舉行了隆重的入城儀式。他所經過的街坊和店鋪，都排設香案迎接，全城的士民扶老攜幼出迎“左相侯”，並在他的行館大廳上張貼了一副楹聯：
數千裏**節複臨，水複山重，半壁東南資保障； 億萬姓軺車爭擁，風清霜肅，十閩上下仰聲威。
老百姓之所以如此隆重地歡迎左宗棠，是因為他曾任閩浙總督三年多，在福建進行了一係列革新，施行了許多善政，老百姓對他有感情。他們對軟弱昏庸的官吏極其反感。法國軍艦進泊閩江突襲中國艦船時，總督何璟每天躲在總督府內拜佛念經；欽差大臣張佩綸英豪自負，非三品以上的官吏都不放在眼裏，但一聽到炮響就會暈倒在地；船政大臣何如璋每天設宴喝酒，嚴令“戰期未至，各艦不準配發子彈，不準無令自行起錨啟動”。因此，法國的軍艦可以逞威，炮擊毫無準備的清軍艦艇和福州市區，致使中方損失慘重。
左宗棠抵達福建以後，扭轉了危險的情勢。他這次到達福州之後，便再也沒有離開了。