李鴻章剛到上海時，就想請賦閑在家的郭嵩燾來做助手，但被曾國藩阻止。曾國藩說，郭嵩燾雖有文才，但文才不等於行政才幹。你與郭嵩燾分別十六年了，現在聽了別人的推薦，冒昧上奏，將來辦事不順利，既耽誤了郭嵩燾，又誤了你的公事，何必如此呢？
李鴻章仍未打消這個念頭，現在又打算把郭嵩燾請到上海，請清廷任命郭嵩燾為江蘇布政使。曾國藩在10月2日給李鴻章的信中，又說郭嵩燾性情篤摯，不怕他不負責任，而是擔心他過於負責，急於求成。最好讓他專任蘇鬆糧儲道，不任其他官職。
按照曾國藩的意見，郭嵩燾於10月9日接任蘇鬆糧儲道。
李鴻章起用郭嵩燾和丁日昌等務實的洋務派官員，是不想使用吳煦與楊坊這樣對外國人言聽計從的買辦官吏。他在著手建立不同於湘軍幕府的淮軍幕府，兩者的區別在於他的幕客是一批幹練而通曉洋務的讀書人。
在瘟疫肆虐江南期間，上海的湘淮軍也有很多軍士病倒。李鴻章增募五千名淮勇，曾國藩令李朝斌組建太湖水師。這時李朝斌已經升為總兵，曾國藩派他回湖南造船募勇，前往鬆滬作戰。
英國將軍何伯不甘心上次在嘉定的失敗，於10月中旬參見李鴻章，約湘淮軍攻打嘉定。李鴻章派李恒嵩和白齊文率領洋槍隊一千五百人和炮勇一千人，與何伯的部隊聯合作戰。何伯自己率領兩千五百名英法官兵進攻。
10月24日，英法聯軍修築炮台，燃炮轟炸，在接近中午時將嘉定南城轟塌，太平軍打開西門奪路而走，中外聯軍進占嘉定。接著，又擊退從太倉增援的太平軍，留下況文榜的部隊駐守。
譚紹洸等人又從蘇州和嘉興集結兵力，以十多萬大軍，從昆山和太倉向鬆滬挺進，於10月29日攻打四江口，包圍劉士奇和鄭國魁的軍營，然後攻擊黃渡，在所有橋梁修築關卡，以阻截湘淮軍。
程學啟當時駐軍黃渡，命令周盛波和郭鬆林等部分左右迎擊，將太平軍截為兩段，追趕到安亭。李鴻章見四江口久被包圍，親自領兵到黃渡督戰。
譚紹洸駐軍吳淞江北岸，陳炳文和鄧光明所部占據南岸。
11月13日，李鴻章命令劉銘傳部從中路出擊，程學啟部從右路出擊，郭鬆林部從左路出擊，從上午7點戰到下午1點，未能突破太平軍的防線。郭鬆林和劉銘傳兩部都已逼近太平軍的壁壘，拔掉竹簽，跨越濠溝，匍伏前進，斬殺幾名黃衣將領。太平軍的陣營稍有鬆動，於是湘淮軍冒著煙火衝入，搗毀兩座壁壘。
右路的太平軍趕來營救，程學啟已被炮彈擊傷，見太平軍的旗幟後退，便裹好傷口，率部急進，與陳飛熊等部一起，用兩千人發射洋槍。太平軍從南岸撤到北岸，湘淮軍三路掩殺，迫使太平軍撤掉了對四江口的包圍，退向昆山。
與此同時，洋槍隊在白鶴江打敗太平軍。黃翼升的水師出兵攔截，再次將太平軍擊潰，並追趕到三江口，沿途搗毀所有浮橋上的石卡。上海的防禦第三次穩固下來，從此太平軍不再向鬆滬用兵。
12月3日，清廷正式任命李鴻章為江蘇巡撫。