首先，閻錫山先後擬定了《保衛台灣海南島收複大陸計劃方案》，提出“實行民眾路線，建立海陸兩個方麵的戰法，以對付‘共匪’的船海戰術來攻”，並且又選訓了所謂“革命種能幹部”，準備作為“收複大陸”，重建政權的骨幹。同時，閻錫山從國民黨在大陸失敗的教訓中也認識到了人民的力量，在此危難時局之下，隻有依靠人民的力量，才能化險為夷，渡過難關，因此，他在其發表的1950年元旦獻詞中，就提出，要取得新的勝利，就“要認識組織力量無窮大，民眾力量無窮大，二者合一，才能發揮無窮大的政治力量”（《閻錫山年譜》（六），第2392頁）。在告全國民眾（包括大陸民眾）書中，一方麵承認“，大陸幾盡陷入匪手”，另一方麵，號召“願我同胞忍痛一時，以不合作的精神的心理，地下的行動，組織起來，以待之反攻”。在告陸海空軍將士書中，不但指出“國家不幸，國土大部淪喪，實為我軍人之最大恥辱！今後恢複國土，解救人民，亦為我軍之唯一責任”，而且認為“軍隊如車，人民如路，車固然要好，但亦必須有便利車行之路，才能載重致遠。我們的軍隊固須求自身的鍵強，更必須爭取人民的同情，得到人民之協助，才能完成麵的戰略”（《閻錫山年譜》（六），第2394——2395頁）。

其次，就是加強對台灣地方政府的控製，並調整幹部，整頓吏治。12月12日，閻錫山參加了台灣省行政會議，並發表簡短講話。12月15日，他又主持行政院會議，決議：一、準陳誠辭去台灣省政府主席，任命吳國禎為台灣省政府主席兼保安司令；二、任命蔣渭川為委員兼建設廳長、任顯群為委員兼財政廳長、彭德為委員兼建設廳長、陳雪屏為委員兼教育廳長、徐慶鍾為委員兼農林廳長，另外還任命了彭孟緝等17人為省府委員，浦薛風為省府秘書長。並且，由於國民黨在大陸殘留軍隊的瓦解，國民黨所委任的各省地方官員也作鳥獸散，有的向投誠，有的飛往國外，因而遷台後的國府不得不對幹部進行補充和調整。12月20日，閻錫山召開行政院會議，決定任命李彌接盧漢為雲南省政府主席，餘程萬為雲南綏靖主任。24日，行政院會議又通過改組西康省政府，任命袁品文等為委員。對於國民黨積習已深的貪汙現象，閻錫山也覺得有必要懲治一下，他向國民黨非常委員會提出經濟部長劉航琛犯有叛國貪汙罪，應予以撤職查辦。外交部長葉公超向閻提議，前台灣省政府財政廳長嚴家淦為財政幹才，可出任經濟部長。閻即召見嚴家淦，通過交談，他發現此人確實有膽有識，即經行政院會議決定，任嚴家淦為經濟部長。嚴家淦在台灣國民黨中央任職由此開始（其後，嚴次第擔任財政部長、台灣省主席，行政院長、副總統。蔣介石去世後，又繼任總統）。

與此同時，閻錫山還注意了輿論宣傳工作，以及爭取美國的對台援助事宜，但其輿論宣傳，還是老調重彈，即對的汙蔑攻擊，不過，其中倒有一些說出了國民黨的失敗和克敵製勝的原因。如他在講到國民黨的失敗時，說：“今天我們損失了百分之九十，留下百分之十，匪由一變成了九十。比如我們原來是一百個指頭，損失了九十個。如果說匪的指頭是木的，我們的指頭是紙的，匪的木指頭一個成了九十個，我們的紙指頭一百個成了十個，如果我們仍以十個紙指頭，對他的九十個木指頭，是絕對不能勝利的”。由一變成九十，是因為乘著社會上“資本剝削勞動者的空隙”，“他就拿上解決土地問題，煽動佃雇農求解放的心理，拿上社會革命的口號，煽動思想界的‘左’傾，他又拿上他的組織，組織民眾，表現了組織的力量無窮大，民眾力量無窮大的合體，形成了普遍性的民眾武裝攻略，以水覆舟的戰略，以明擊暗，以大吃小的戰術，使我們以純軍事的戰略、戰術，對共匪作戰，就成了汽車渡海，入海百輛沉百輛，入海千輛沉千輛”（《閻錫山年譜》（六），第2365——2366頁）。因而，他主張用“總體戰”，“麵的戰略”來確保台灣，並恢複大陸。

對於美國對台灣的態度，閻錫山十分敏感。1950年1月5日，美國總統杜魯門發表關於台灣問題的聲明，稱：“過去四年來美國及其他盟國亦承認中國對該島行使主權”，“現在美國無意在台灣獲取特別權利或建立軍事基地。美國亦不擬使用武裝部隊幹預其現在的局麵”，但對台灣“繼續經濟援助”。對此，閻錫山十分沮喪，因為當時正加緊部署解放海南島的軍事行動，如果海南島被解放，那麽下一個目標肯定是台灣。而如果美國不對它進行軍事援助，最好是使用武裝部隊幹涉現在的局麵，憑台灣現有的軍事力量和軍事狀態，又怎能抵抗得了的進攻！但閻錫山並未放棄爭取美援的努力，在此之前他便向美方媒介多次呼籲，說是台灣“隻夠六個月的開支”，並告訴美國記者“殖民地國家，最易滲入，殖民地及被經濟侵略的人民痛苦，易投入。今天侵略的第三國際是整個的，反侵略的國家是個別的，這等於指頭對拳頭，是反侵略最危險的情勢”（《閻錫山年譜》（六），第2397頁），企圖以此喚起美國援台。1月18日，閻錫山主持行政院會議，終於通過了《保衛台灣海南島收複大陸計劃案》，恰在這天，美國國務卿艾奇遜聲明不考慮承認政權，閻錫山聽後，十分欣慰。而2月9日，美國宣布繼續援助台灣國民黨當局，閻錫山聽到這一消息後，更是欣喜異常。他似乎從中看到了台灣的光明和國民黨的未來。

閻錫山盡管一如既往地為台灣的複興而嘔心瀝血，慘淡經營，對此，一名外國記者在後來的報道中，曾把他喻為“激流裏的勇夫”，說是“他不避一切的艱難與困難，一定要把中華民國政府從風雨飄搖中遷移到安全地帶，由廣州到重慶，由重慶到成都，複由成都到台灣。這一時期的軍事、政治、經濟與社會人心，其混亂的程度，自不待說，而中央政府每到一地，立足未穩，又行遷移的情形，正如同一個王室的王子一樣。然而，閻錫山將軍，是有著堅強不屈的意誌，他一如保衛太原一樣，他秉承著天賦與他的革命精神，把中華民國的中央政府，從各地遷移到台灣，建立起鞏固的根據地，繼續從事複國的革命大業”（1953年2月1日紐約《生活雜誌》）。

然而，在艱險與困境中如此拚搏的閻錫山，卻未能得到蔣介石的信任。閻錫山雖然沒有從正麵看到蔣介石對他有什麽牽製，但他卻隱約地感到了蔣對他行為的一些羈絆。如在人事安排上的問題上，閻錫山大多請示蔣介石，可仍出現了一些麻煩。行政院決議任命蔣渭川、彭德分任台灣省民政廳長和建設廳長後，就有人說蔣渭川是“2·28”事件的鼓動者，彭德也有問題。於是，閻錫山特別召見了台灣省主席吳國禎，因為吳對台灣人事熟悉，所以閻迫不得已請吳調整省政府人事。但很快就有台籍代表、立法委員及省參議會秘書長鄭品聰等6人找上門來，向閻錫山陳述對台灣省政府人事的意見，這些人態度很不冷靜，雖然在閻錫山的耐心解釋下，未釀成大的風波，但閻卻看出這顯然是有蔣係人物在後麵操縱。

對於閻錫山來說，盡管他想取得蔣介石的信任，但他並不指望蔣介石會對他信任，因為他清楚自己過去與蔣介石的恩恩怨怨。廣州組閣時，蔣介石讓他出任行政院長兼國防部長，是由於蔣想利用他對付李宗仁，而他自己又無兵無權，對蔣構不成威脅。如今國府遷台，蔣介石雖然還是“在野”，但複出隻是遲早的事情，那時他自然是要用自己的人而排斥非蔣係的人了。如果說這是以後的事情的話，那麽，眼下在如何保衛台灣並恢複大陸的問題上，閻錫山與蔣介石就存著很大分歧。對於“複國”閻蔣完全一致，但蔣介石強調的是擴充軍備，武力解決。而閻錫山則主張要用“總體戰”，“麵的戰略”。他認為“今後的做法，保衛台灣應有個計劃，收複大陸應有個政策，政治如何，經濟如何，民眾如何”（《閻錫山年譜》（六），第2399頁）。在閻錫山看來，隻有把政治、經濟、民眾這些方麵的工作很好地結合起來，才能保證軍事鬥爭的勝利。他對民眾問題重要性的認識，在元旦獻詞告同胞書和告陸海空軍將士書中，已講得相當明白。而閻錫山在統治山西的幾十年中，都是對這三個“如何”十分重視的。他既長行政院，就要依自己的主張行事，這顯然有悖於蔣介石的主張，如此，蔣介石就更不能相容於閻了。