陳獨秀回國不久，37 歲的陳慶元因肺病在東北逝世。噩耗傳來，陳獨秀悲痛欲絕。自1901 年分別，8年來，陳獨秀四處奔波，忙於宣傳革命，竟沒有機會與哥哥相聚一次，不料此時兄弟二人已是天人永隔，待陳獨秀啟程趕到東北，已是寒冬季節，途中一片蕭條景象，給陳獨秀的悲涼心境更添一層陰影。
抵達奉天後，陳獨秀馬不停蹄趕往陳慶元寓所，一進屋，赫然一口棺材映入眼簾，壓得陳獨秀喘不過氣來。關外天氣格外寒冷，陳獨秀雙唇凍得發紫，眼睛酸脹，卻是欲哭無淚。倒是陳慶元的傭人見到陳獨秀，“哇”的一聲大哭起來。
深夜悲痛難寐，陳獨秀寫下《述哀》一詩悼念亡兄：“死喪人之戚，況為骨肉親。所喪在遠道，孤苦益酸辛。秋風衰勁草，天地何不仁。駕言陟陰嶺，川原低暮曛。臨空奮遠響，寒飆逐雁群。一月照兩地，兩地不相聞。秉燭入房中，孔懷托幽夢。相見不暫留，若慮晨雞弄。
牽裙頻致辭，毋使薄寒中。言笑若平生，奚以懷憂慟。起坐弄朱弦，弦亂難為理。涼風扣庭扉，開扉疾審視。月落霜天冥，路遠空延企。掩戶就衾枕，猶憶夢見之。輾轉不能寐，淚落如垂絲……”
陳獨秀扶柩南歸，取道上海，再由水路將靈柩運回安慶，在同族兄弟的幫助下，將陳慶元安葬在懷寧（今安慶市）淥水鄉陳家墓地。
此前，陳獨秀的嗣父陳衍庶已告老辭官，從東北任上返回家鄉。他一生做官靠俸祿養家，卻在1904 年日俄戰爭中發了一筆大財。由於戰場上需要大量馬匹，商人們紛紛從蒙古販馬到東北戰場，途徑陳衍庶的轄區，陳衍庶與其他地方官趁機收繳牲口稅，落入自己腰包。
日俄戰爭結束後，陳衍庶在遼寧彰武、安慶貴池縣分別購地200 畝與800 畝，斥資萬兩白銀在北京開設一間“崇古齋”古玩鋪，並在奉天設立分店。同時擴建了在安慶南水關的住宅，住宅西頭原先已建造兩棟毗連的房子，共有19 間；後又在東邊建造一棟8間新房，並在宅院中建造兩個小花園，俄式風格的宅院大門和外圍柵欄盡顯豪華，被當地百姓稱為“陳家大洋房”。
陳衍庶告老還鄉後，原本生活富足，無憂無慮，過著吟詩作畫的悠閑生活，但在家住久了，就想外出訪友散心，到杭州看望老朋友時任浙江巡撫的曾子固，不想竟惹來一場麻煩。當時杭州一名姚姓通事（翻譯） 得知陳衍庶富有且曾在東北任職，便慫恿他與曾子固合做一筆大豆生意，最後以浙江省華商大益公司名義，與英商達成合作，為英商在東北收購3 萬噸大豆。
英商預先支付一筆收購款項，陳、曾兩人則將各自家產當做這筆款項的信押。合同上注明英商不得私自到東北收購大豆。然而，英商卻明目張膽違反這一條款，大肆在東北收購大豆，致使大豆價格飛漲。如此一來，若按合同上的價格履行，陳衍庶與曾子固將大虧其本。好在陳衍庶在東北朋友多，經打聽得知是英商搞的鬼，終於拿到證據將英商告上法庭，最後合同得以取消，陳衍庶、曾子固將英商預付定金退回。
經此一番折騰，陳衍庶連氣帶累，回家後便病倒了。加上陳慶元去世，其妻張氏整天哭哭啼啼，陳家大院已籠罩在一片愁雲慘霧之中。而陳獨秀奔波多年仍是前途渺茫，不知革命路在何方，心情更加沉重、鬱悶。
就在陳獨秀整天無所事事，茫然不知所措的時候，家裏來了一位“不速之客”，在陳獨秀死海般的心境中投下一片漣漪，使他彷徨沉悶的生活變得豁然開朗。這位不速之客就是其妻高曉嵐同父異母的妹妹高君曼。
高曉嵐是安慶統領高登科之女，其父與陳獨秀的嗣父陳衍庶一武一文，可謂門當戶對。高曉嵐自幼喪母，原在老家安徽霍邱跟隨繼母生活，被當作使喚丫頭，受盡虐待。後來父親高登科將她接到安慶任上撫養，這才擺脫了繼母的虐待。高曉嵐比陳獨秀年長3 歲，不僅相貌端莊，而且全無大戶人家小姐的嬌貴，將一個偌大的家照料得井井有條，深得嗣父嗣母的喜愛。
高君曼比高曉嵐小10 歲，比陳獨秀小7 歲。高曉嵐結婚時，高君曼從霍邱趕來參加姐姐的婚禮，這個11 歲的小女孩活潑好動，談吐大方，與樸實寡言的高曉嵐形成鮮明對照，給陳獨秀留下了深刻印象。
高君曼從小受到與高曉嵐截然不同的待遇，不僅沒有纏足，而且得以到北京女子師範就讀，是一位追求時髦的新女性。高君曼曾在《國民日日報》、《安徽俗話報》等報刊閱讀到陳獨秀的詩文，被他的進步思想與犀利的文筆所吸引，加上對她的革命活動非常熟悉，常在同學中誇口並引以為榮。於是，在聽說陳獨秀返回家鄉後，便以看望姐姐為名，專程到安慶拜訪陳獨秀。
23 歲的高君曼以一個現代女性的風貌，神采飛揚地走進了這個散發著傳統氣息的家。高君曼很少與姐姐聊天，眼睛總是跟著陳獨秀轉，有事沒事便鑽進陳獨秀的書房，不是向陳獨秀請教寫作問題，便是請教有關革命的問題。尤其高君曼幾乎拜讀了陳獨秀發表在《國民日日報》、《安徽俗話報》上的所有文章，令陳獨秀大受感動。而高君曼穿著入時，容貌姣好，談吐大方，熱情奔放；與高曉嵐整日粗布衣衫，隻知柴米油鹽、服侍老小，一天到晚疲憊不堪的樣子形成鮮明對照，讓陳獨秀感到耳目一新。
加上高曉嵐此時33 歲，由於不擅保養，膚色開始變黃，臉上也出現皺紋，根本無法與正值青春的高君曼相比。特別在交談中，陳獨秀發現高君曼極其聰明，一點就透，不僅能對自己的話題發表看法，並且很多觀點與自己趨於一致，因此更是興奮不已。
於是，兩人整日在房間中交談，高曉嵐時常端茶進屋，兩人沉浸在對彼此的好感中，常常渾然不覺。
高曉嵐目睹陳獨秀眉飛色舞與高君曼麵頰緋紅，立刻預感到將要發生什麽事，她私下對高君曼說：“你也到了出嫁年齡，趁著未出嫁，多回家陪陪父母才是。”言外之意，是讓高君曼回家。但高君曼從小將姐姐當使喚丫頭，哪裏會聽她的話。於是，陳獨秀與高君曼整日相處，由一般交往發展至互訴情腸，最終秘密約會並有了肌膚之親。
姐夫和小姨子發生曖昧關係，這在當時是傷風敗俗、大逆不道之舉，臥病在床的陳衍庶得知此事後，在病**大罵陳獨秀“翻生貨”，將陳獨秀叫到床前，先是好言相勸，謝氏也在一旁勸說，可陳獨秀不為所動。陳衍庶氣急了，強撐病體，對陳獨秀說：
“以往，我當著清朝的官，你反清，我寧願早點辭官還鄉，也不與你計較。但這件事，你若不和她斷絕往來，就和我斷絕關係！”
陳獨秀並不怕斷絕關係，也正因為陳衍庶做著清廷的官，陳獨秀對外總是稱自幼喪父，從不提過繼有嗣父之事。但當著嗣父的麵，陳獨秀不敢放肆，隻是執拗地轉身離去。
陳衍庶一生先後娶了三個女人，卻沒有為他生下一兒半女，因此對陳獨秀這個嗣子百般寵愛，如今見陳獨秀如此忤逆自己，憤怒傷心在所難免。
高君曼的父親高登科知道此事後，立刻著手為高君曼尋找夫家，打算盡快將她嫁出去。豈料，高君曼對父親的安排毫不理會，堅決主張戀愛自由，婚姻自主，不受家人擺布。高登科又找到陳獨秀，苦口婆心地勸道：“當年我將大眾（高曉嵐小名） 許配給你，是看你一副正人君子模樣。
如今你竟打起她妹妹的主意，你對得起我和大眾嗎？對得起你爹嗎？”見陳獨秀無言以對，高登科又說：“如今這個事已鬧得滿城風雨，再繼續下去我們兩家人的麵子就被丟盡了。為了我兩個女兒，也為了你爹的身體，你還是一個人離開吧。”
陳獨秀對嶽父的勸告不置可否，但他認為與高曉嵐是包辦婚姻，毫無感情，並不作數。高君曼由於受不了眾人的指責，與陳獨秀商量盡快離開安慶。1909 年底，陳獨秀偕高君曼前往杭州，過起同居生活，次年春正式結婚。
而此時，高曉嵐已懷有身孕，於次年8 月生下她與陳獨秀的第五個孩子，即第三子陳鬆年。