及明亡而清興，經術遂昌明一時，尤重程、朱之學。是以國初則有奉程、朱之學的顧炎武，祖述陸、王之黃宗羲，折衷朱、王之孫奇峰等，其後占顯要於朝廷之學者如湯文正斌、魏果敏象樞、李文貞光地、熊文端賜履、張清格伯行、朱文端軾、楊文定名時、蔡文勤世遠、雷副憲鉉、陳文恭宏謀等，大抵皆遵奉程、朱之學者，康熙五十二年（公元1713年），敕李光地編纂《周易折衷》，自是以後，雍正中敕纂《詩》《書》《春秋》之《傳說匯纂》，降而至乾隆十三年（公元1748年）作《三禮義疏》，經書注釋，就逐漸完成。大概這些書都本自朱子傳注而又折衷諸家者，是以程、朱之學，當為清朝公許之學。
有明一代王學流行勢壓朱學，然既入清代，風氣一變，而朱子之學乃為當時的指導精神。
然而清朝學術之特色乃不在程、朱學派之活動而在始自明遺臣黃宗羲、顧炎武等的考證學之興隆。
黃宗羲（公元1609—1695年），字太衝，號梨洲，又號南雷，其學乃繼自明末劉宗周（公元1578—1645年，字起東，號念台，又號蕺山），初學程、朱之學，後信王陽明，然惡龍溪末學空論本體而流於禪，是以力言慎獨之功夫，思由是以振興王學。黃宗羲夙受其訓乃以慎獨為旨，重致用抱經世大策，誌圖恢複明朝，然其誌不成，僅在學問上留下不朽的功績。他討厭明人那種嚐語錄之糟粕而為遊說的方法，於是先窮《六經》，次讀曆史，欲得實際上可以活用的學問。本此懷抱他就整理明代學者的著述，撰《明儒學案》六十二卷，指摘龍溪後學之流弊，闡明陽明之精髓，懷著同樣的希望，他又作《宋元學案》，然書未完成，人已死去，其子黃石家乃續成之，更經全謝山之整理，乃成今日所存之《宋元學案》一百卷。《明儒學案》與《宋元學案》，可謂中國之學術史或思想史之第一部著作，其裨益後學，良非淺鮮。萬斯同就是出自他的門下，長於曆史學，獨著《明史稿》五百卷。斯同鄉人全祖望謝山亦私淑黃宗羲，完成《宋元學案》，又著《經史問答》。總之，黃宗羲也是陽明學者，本陽明六經皆史的見地，而一切皆以曆史眼光觀察，由是他可以說是促進清代史學發展的第一人。他又有《易學象數論》之著而批判易圖，其弟之子黃宗炎亦著《圖書辯惑》，此二書可謂為後來胡渭的《易圖明辨》之濫觴。
顧炎武（公元1613—1682年），字寧人，號亭林，昆山人，明代學風馳於空疏，無視六經，多談空義，亭林疾之，乃精讀古典，跋涉天下，實地征之，考古按今，以求永世斷案，遺作有《日知錄》三十卷及其他各書，他本是尊重程、朱之學的，是以排斥王陽明，又輕視宋、明語錄，而重六經，以為經學即理學，經學之外別立理學乃是錯見雲。（《亭林文集》下《學指南序》及全謝山《亭林先生神道表》引顧氏之言）以為要研究經學一定要博集證據，始能得精當之判斷，是以慕其學風者皆以考證攻究經書，其後學考證家踵出，為清學別開生麵。
顧炎武後輩就是閻若璩，閻（公元1636—1704年），字百詩，太原人，據傳顧炎武遊太原時曾會見過他，又在炎武所作的《廣韻》初版的校刊者人名中有“受業閻若璩”（《漢學師承記》卷一）之名，則他恐怕是曾經就學於顧氏之門吧。他是個非常勤學的人，畢生盡心研究《尚書》，二十四歲時讀《尚書》，疑心其中的二十五篇乃後人偽作，於是為了證明這點懷疑，乃羅列百二十八條理由，而著《古文尚書疏證》八卷。而與他同時的程定祚著《晚書訂偽》，少後則惠棟（公元1697—1785年）著《古文尚書考》，讚同閻氏之意，自是以來，所謂《書經》之一半乃東晉人所偽作的見解，已成學界定評。雖黃宗羲門下毛奇齡曾作《尚書冤詞》反對閻氏意見，然亦不能動搖已成定評之輿論。更後則惠棟門下，出江聲與王鳴盛二人，前者著《尚書音疏》，後者作《尚書後案》，引用了很多後漢學者馬融與鄭玄的注釋，由是以闡明千餘年來，付之等閑的漢代之經說。所以後人稱他們所研究的經學為漢學原來是針對宋之經學而言的。在被斷定為東晉人偽作的二十五篇中，如宋、明儒者借之為論心性的典據的《大禹謨》篇也在其中。抹殺了它，就可以差不多動搖了程、朱學說的基礎，同時由江、王諸家所搜集的漢人之經注與程、朱之解釋亦有很大的出入，這也是足以減輕人們對程、朱的信仰的。
胡渭（公元1633—1714年），是與閻若璩同時的學者字朏明，德清人，長地理學，曾參編纂《大清一經誌》，著《易圖明辨》十卷，辨明河圖、洛書與《易》並無關係，這種意見黃宗羲的《易學象數論》及黃宗炎之《圖書辨惑》都已說過，故不能稱為他的創見，不過也可以說到了他才把這問題更詳細地研究了吧。這樣地從《易》裏麵排除了河圖、洛書，就等於從根本上打碎了朱子《周易本義》及《易學啟蒙》的見解，同時也就是搖動了朱學的基礎了。
下而至康熙、乾隆之間，安徽婺源，有江永（公元1681—1762年）出。婺源乃朱子故鄉，江氏尊崇其鄉先賢之學而修朱子學，修正朱子《儀禮經傳通解》作《禮書綱目》八十八卷，又為《近思錄》作集注，而於數學、音韻學造詣尤深。戴震就是他的學生。段玉裁、王念孫皆出自震之門下，自是以《說文》《爾雅》為基礎的訓詁音韻之學也就大興，這些學問的發達，常常證明宋、明學者之經義並不成立，而亦動搖程、朱學說之基礎。其中戴震更從孟子搜集所謂道、理、性、情、才、心之用例，歸納地加以考證，比對孟子與宋、明經學之說明，乃知宋、明學者之集注與原義乃大有出入，這個所給予程、朱學說的打擊，更為重大。
這樣的各方麵的研究，都使宋學陷於不利，其結果使程、朱學者與清代學者間，生感情的懸隔，於是考證學者就高揭漢學之旗，而對峙於宋學，受學於惠棟的江潘所著之《漢學師承記》裏麵就常常有這種意思。
這樣一來，漢學與宋學的衝突遂到了最激烈的程度，宋學派中亦有強者出而奮然報以一失。桐城派方東樹所著之《漢學商兌》，正可謂為應戰之始，所謂桐城派者，就是指本以安徽桐城為根據地之宋學派，其源出自方苞（號望溪）（公元1668—1749年），方望溪長經學、文學，且為被命為編纂《三禮義疏》之學者，其弟子有劉大※者善古文，大※門人為姚鼐，繼先人之遺緒，大興所謂桐城派之古文學派。姚鼐（公元1731—1815年），字姬傳，號惜抱軒，文學家而兼通經學，也是兼義理、考據、詩詞於一身的人，常謂，不兼是三者則不得為當世之儒者雲。姚氏對當時漢學，頗致不滿，雲：“今之士大夫之所謂漢學者，隻是考證一事，考證固不可廢，然亦安得與宋大儒之所得者並論哉，世之君子以該博取名者，遂不經閩、洛，是當今之大患，是亦衣冠中之邪教。”其門人方東樹比他更進一步，簡直對漢學取著攻勢，他摘錄漢學非難宋學者之言，一一加以駁論，且罵曰：“曆觀近世漢學者之言，其宗旨不出訓詁小學名物製度，而聖人之躬行求仁、修齊治平之教，皆被抹殺，名曰治經實為亂經，名曰衛道實為叛道。”這可以說是宋學對漢學的正麵衝突了，然平心而論，則方東樹之罵言，亦未免失之過激，所以其後桐城派驍將曾國藩（公元1811—1872年）於《聖哲畫像記》主張調停之說：“自朱子表彰周子、二程子、張子，以為上承孔、孟之傳，後世君相師儒篤守其說，莫之或易。乾隆中，閎儒輩起，訓話博辨，度越昔賢，別立微誌，號曰漢學，擯有宋五子之術，以謂不得獨尊。而篤信五子者，亦摒棄漢學，以為破碎害道，齗齗焉而未有已，吾觀五子立言，其大者多合於洙泗，何可議也？其訓釋諸經小有不當，固當取近世經說以輔翼之，又何可摒棄群言以自縊乎？”然曾氏如是理想，亦未成就。直至清末陳澧（公元1810—1882年）始稍能實行其理想。他作《漢儒通義》及《東塾讀書記》，取漢學長處亦取朱學之優點。他以為漢儒也有理，與宋學初無二致，而漢學之考證實亦發源於朱子雲。與他同時的還有九江朱次琦（公元1808—1882年）仿江藩之《漢學師承記》作《國朝儒宗》，視漢、宋學為一體而作學案，是亦可謂曾氏理想具體化之一端。其門人簡朝亮之《論語集注述疏》，則一方本於朱注更以近世研究而訂正其說，一方還加以注疏。這也可說是部分地實現了曾氏的理想了吧。由是可見，嘉慶、道光以後，以漢學訂正朱學的傾向已多少發生了。