哲學史料既經審定，還須整理。無論古今哲學史料，都有須整理之處。但古代哲學書籍，更不能不加整理的工夫。今說整理史料的方法，約有三端：
(一)校勘 古書經了多少次傳寫，遭了多少兵火蟲魚之劫，往往有脫誤、損壞種種缺點。校勘之學，便是補救這些缺點的方法。這種學問，從古以來，多有人研究，但總不如清朝王念孫、王引之、盧文弨、孫星衍、顧廣圻、俞樾、孫詒讓諸人的完密謹嚴，合科學的方法。孫詒讓論諸家校書的方法道：
(二)訓詁 古書年代久遠，書中的字義，古今不同。宋儒解書，往往妄用己意，故常失古義。清代的訓詁學，所以超過前代，正因為戴震以下的漢學家，注釋古書，都有法度，都用客觀的佐證，不用主觀的猜測。三百年來，周秦兩漢的古書所以可讀，不單靠校勘的精細，還靠訓詁的謹嚴。今述訓詁學的大要，約有三端：(一)根據古義或用古代的字典(如《爾雅》、《說文》、《廣雅》之類)，或用古代箋注(如《詩》的毛、鄭，如《淮南子》的許、高)作根據，或用古書中相同的字句作印證。今引王念孫《讀書雜記餘編》上一條為例：
這一則中引古字典一條，古書類似之例五條，古注四條。這都是根據古義的注書法。(二)根據文字假借、聲類通轉的道理。古字通用，全由聲音。但古今聲韻有異，若不懂音韻變遷的道理，便不能領會古字的意義。自顧炎武、江永、錢大昕、孔廣森諸人以來，音韻學大興。應用於訓詁學，收效更大。今舉二例。《易·係辭傳》“旁行而不流。”又《乾·文言》“旁通情也。”舊注多解旁為邊旁。王引之說：“旁之言溥也，遍也。《說文》‘旁，溥也’。旁、溥、遍一聲之轉。《周官》男巫曰：‘旁招以茅’，謂遍招於四方也。《月令》曰：‘命有司大難、旁磔’，亦謂遍磔於四方也。……《楚語》曰：武丁使以夢象‘旁求四方之賢’，謂遍求四方之賢也。”又《書·堯典》“湯湯洪水方割”；《微子》“小民方興，相為敵仇”；《立政》“方行天下，至於海表”；《呂刑》“方告無辜於上”。舊說方字都作四方解。王念孫說：“方皆讀為旁。旁之言溥也，遍也。 《說文》曰：‘旁，溥也。’旁與方古字通（《堯典》“共工方鳩僝功”，《史記》引作旁。《皋陶謨》，“方施象刑惟明”，新序引作旁)。《商頌》‘方命厥後’，鄭箋曰：‘謂遍告諸侯。’是方為遍也。……‘方告無辜於上’，《論衡·變動篇》引此，方作旁，旁亦遍也。”以上兩例說方旁兩字皆作溥、遍解。今音讀方為輕唇音，旁為重唇音。不知古無輕唇音，故兩字同音，相通。與溥字、遍字，皆為同紐之字。這是音韻學幫助訓詁學的例。(三)根據文法的研究。古人講書最不講究文法上的構造，往往把助字、介字、連字、狀字等都解作名字、代字等等的實字。清朝訓詁學家最講究文法的，是王念孫王引之父子兩人。他們的《經傳釋詞》用歸納的方法，比較同類的例句，尋出各字的文法上的作用，可算得《馬氏文通》之前的一部文法學要書。這種研究法，在訓詁學上別開一新天地。今舉一條例如下：
以上所述三種根據，乃是訓詁學的根本方法。
(三)貫通 上文說整理哲學史料之法，已說兩種。校勘是書的本子上的整理，訓詁是書的字義上的整理。沒有校勘，我們定讀誤書；沒有訓詁，我們便不能懂得書的真意義。這兩層雖極重要，但是作哲學史還須有第三層整理的方法。這第三層，可叫做“貫通”。貫通便是把每一部書的內容要旨融會貫串，尋出一個脈絡條理，演成一家有頭緒有條理的學說。宋儒注重貫通，漢學家注重校勘訓詁。但是宋儒不明校勘訓詁之學（朱子稍知之，而不甚精)，故流於空疏，流於臆說。清代的漢學家，最精校勘訓詁，但多不肯做貫通的工夫，故流於支離碎瑣。校勘訓詁的工夫，到了孫詒讓的《墨子閑詁》，可謂最完備了(此書尚多缺點，此所雲最完備，乃比較之辭耳)。但終不能貫通全書，述墨學的大旨。到章太炎方才於校勘訓詁的諸子學之外，別出一種有條理係統的諸子學。太炎的《原道》、《原名》、《明見》、《原墨》、《訂孔》、《原法》、《齊物論釋》都屬於貫通的一類。《原名》、《明見》、《齊物論釋》三篇，更為空前的著作。今細看這三篇，所以能如此精到，正因太炎精於佛學，先有佛家的因明學、心理學、純粹哲學，作為比較印證的材料，故能融會貫通，於墨翟、莊周、惠施、荀卿的學說裏麵，尋出一個條理係統。於此可見整理哲學史料的第三步，必須於校勘訓詁之外，還要有比較參考的哲學資料。為什麽呢？因為古代哲學去今太遠，久成了絕學。當時發生那些學說的特別時勢，特別原因，現在都沒有了。當時討論最激烈的問題現在都不成問題了。當時通行的學術名詞，現在也都失了原意了。但是別國的哲學史上，有時也會發生那些問題，也曾用過那些名詞，也曾產出大同小異或小同大異的學說。我們有了這種比較參考的材料，往往能互相印證，互相發明。今舉一個極顯明的例。《墨子》的《經上、下》、《經說上、下》、《大取》、《小取》六篇，從魯勝以後，幾乎無人研究。到了近幾十年之中，有些人懂得幾何算學了，方才知道那幾篇裏有幾何算學的道理。後來有些人懂得光學力學了，方才知道那幾篇裏又有光學力學的道理。後來有些人懂得印度的名學心理學了，方才知道這幾篇裏又有不少知識論的道理。到了今日，這幾篇二千年沒人過問的書，竟成中國古代的第一部奇書了！我做這部哲學史的最大奢望，在於把各家的哲學融會貫通，要使他們各成有頭緒條理的學說。我所用的比較參證的材料，便是西洋的哲學。但是我雖用西洋哲學作參考資料，並不以為中國古代也有某種學說，便可以自誇自喜。做曆史的人，千萬不可存一毫主觀的成見。須知東西的學術思想的互相印證，互相發明，至多不過可以見得人類的官能心理大概相同，故遇著大同小異的境地時勢，便會產出大同小異的思想學派。東家所有，西家所無，隻因為時勢境地不同。西家未必不如東家，東家也不配誇炫於西家。何況東西所同有，誰也不配誇張自豪。故本書的主張，但以為我們若想貫通整理中國哲學史的史料，不可不借用別係的哲學，作一種解釋演述的工具。此外別無他種穿鑿附會、發揚國光、自己誇耀的心。