唐太宗畢竟是封建帝王，他在健全科舉製的同時，也輔之恩蔭製。這裏講的“恩蔭”,不包括經濟上的庇護，而是指貴族官僚的子弟憑借父、祖的官爵而享有做官的特權，即指政治上的庇護。顧名思義， “恩”者，皇恩也； “蔭”者，樹蔭也，即蔭庇也。所謂“恩蔭”,顯示在浩**的皇恩之下、象征父祖的官職像樹蔭一樣庇護子孫進入仕途。正如官職與樹蔭有大小樣， “恩蔭”也有等級之分，本官大者，蔭人也多，蔭職也顯；本官小者，蔭人也少，蔭職也微。貞觀時期，雖說“盛開選舉”,但恩蔭製一直是相輔而行的。
唐初的蔭官繼承隋製，所謂“敘階之法，有以資蔭”,規定一至五品的官員；都可蔭及子孫做官，其中三品以上的最高級官員除蔭子孫外，還可蔭及曾孫。三品以上多屬宰相以及勳戚之流，他們一人當官，四代沾光。
可見，恩蔭是維護最高統治集團利益的封建等級特權。唐太宗製定恩蔭製，說明他同前代帝王一樣，是維護封建等級特權的。在特殊情況下，為酬功臣，甚至對其子弟格外開恩，還授職蔭官之上。
如貞觀十六年，功臣兼名將段誌玄病危處於彌留之際，唐太宗親臨病榻，涕泣而別，為慰將亡之靈，預許“當與卿子五品”官銜，誌玄要求“回授母弟誌感，太宗遂授誌感左衛郎將。”誌玄為右衛大將軍，官居正三品，按“資蔭”敘階之法，蔭子不得五品；而且蔭子不能轉而蔭弟，查《舊唐書·職官誌》二載： “左右(衛)郎將各一人，正五品上。”可見，太宗授職五品，沒有食言。這個例子，說明他並不完全按恩蔭製規定辦事，有時甚至還以皇權恣意橫行。
唐太宗試圖實行的功臣世封刺史，實質上也是他“資蔭”思想的引申與發展；對建立軍功的將領蔭以其子爵位，本質上亦為他的“資蔭”思想的衍化，所有這些無不是他濃厚的“資蔭”思想的反映。
說明唐太宗實行“才選”的科舉製的同時，並沒有排除“蔭選”的門蔭製。為了維護門蔭製，他還製定法律予以保護： “諸非正嫡不應襲爵而詐承襲者，徒二年；非子孫而詐承襲者，從詐假官法(即流二千裏)。若無官蔭詐承他蔭而得官者，徒三年。”
唐太宗為什麽保留恩蔭製呢?這有其階級根源與曆史根源。
階級出身的影響。唐太宗出身關隴貴族世胄，隴西李氏不管是冒牌士族也好，或貨真價實的士族也好，總之是出之名門望族，這就使他不能不受到門第觀念的影響。當他位居藩邸時，就注意搜羅譜學家以備顧問，這絕不能視為無謂的舉動。
史載： “秦王府倉曹李守素，尤精譜學，人號稱‘肉譜’。”李守素何許人也?《舊唐書》本傳譽其“趙州人，代為山東名族。尤工譜學，自晉宋以降，四海士流及諸勳貴，華戎閥閱，莫不詳究”。唐太宗任用李守素，不能說與他注重門閥的觀念沒有聯係。
即位後，由於政治地位的極端尊貴，門閥觀念比以前有更多的流露。也與乃父一樣，不惜遠攀老子李耳的血統，宣稱“朕本出於柱史”。“柱史”者，老子職稱也。這是追認老子為“皇祖”的由來。
房玄齡於貞觀晚年抱病疏諫唐太宗遠征時，特別指出， “願陛下遵皇祖老子止足之誡”。可見，在此之前，唐太宗已把自己的家族血統強扯到聖賢教主的地位，這不僅導致了他晚年崇信道教、嗜好方士丹藥，更重要的是反映了他企圖抬高皇族血統以便淩駕名門閥閱的思想。既然唐太宗有門戶之見，那麽保留門蔭製當然有他的階級根源。
社會風氣的影響。魏晉以來，社會上注重閥閱的風氣，形成曆史的惰性力量，這對唐太宗的思想也有影響。反映在選官上，往往講究“資蔭”閱曆。
貞觀元年，朝廷大開取士之門。有個曾在隋代擔任“司戶”的小吏，名叫柳雄的士子應選時，為了撈取稱心的官職， “妄訴隋資”。有學者注雲：“隋資”指“隋朝所授官資”, “妄訴”,就是妄加官品等級，即柳雄把任隋的史職偽造為官職資曆。唐太宗事先曾對“詐偽資蔭”者下了一道“令其自首，不首者罪至於死”的敕令，反映了唐太宗以皇權維護“資蔭”選官的意誌。
貞觀十四年，唐太宗再次暴露了他的門戶之見。他當眾追問張玄素的官職：在隋朝擔任什麽官職?張玄素答稱：縣尉。唐太宗又問：未任縣尉時擔任何職?張答以不入品官的流外曹吏。又問：什麽曹吏?這時，張玄素已感羞愧已極，臉色變得死灰一樣，失魂落魄似的退出殿閣，幾乎連腿都舉不動了。其實，善於知人的唐太宗對政治履曆早已了如指掌，卻故作不知，一再追問，顯然含有輕慢張玄素門第與資曆的用意。這種過分的做法，連士族出身的褚遂良也感到不妥，禁不住對唐太宗進諫道： “玄素雖出寒微，陛下重其才，擢至三品，翼讚皇儲，豈可複對群臣窮其門戶!"唐太宗一方麵提拔寒素出身的張玄素顯任三品大官；另一方麵又對他的往昔吏職當麵輕蔑，這種矛盾的做法反映了唐太宗強調“才選”的同時又注重“蔭選”的複雜思想。
正因為這樣，唐太宗健全科舉製的同時，仍然遺留“蔭選”的入仕途徑，後者必會反過來抵消科舉製的進步作用，這突出地表現在對待達官貴人的科舉特權方麵，所謂“其資蔭全高，試亦不拘常例，”科舉製的推行，削弱了蔭選的消極作用，而蔭選的保留又限製了科舉製的積極作用。這種矛盾的做法，對於處在封建時代的唐太宗來說，是不可能避免的。