間斷平衡理論是由埃爾德裏奇(NilesEldredge)和古爾德在1972年提出來的。他們認為，物種形成的速度比我們想象得要快，起碼比達爾文想象得要快，那並不是一個漸變積累的過程，而是一個集中爆發的過程。新的物種一旦形成，就會長期處於穩定狀態，安心地過日子，不再向前進化，這個相對安靜的過程會持續幾百萬年甚至上千萬年，這就是“平衡”，然後會瞅機會再來一次突變，或許會出現另一個新的物種。物種進化的過程就是“平衡”不停地被“間斷”的過程。

看來生物進化也懂得“養兵千日，用兵一時”的道理。

除了寫專業論文進行論證和闡述外，古爾德還通過專欄文章用通俗的語言向普通讀者介紹自己的理論。

古爾德指出，“間斷平衡”理論有兩個重要的支撐點：首先，化石表明，物種呈現明顯的穩定性，在地質記錄中出現時和消失時的外形幾乎相同，沒有出現達爾文想到的持續變化。其次，也是極其重要的一點，新物種的出現是突然事件，而且一旦出現，就已經相當完備，根本都不需要進一步修改的樣子。而這一事實又與達爾文的逐漸變化理論有所抵觸。達爾文要求的連續的化石鏈條並沒有如期出現，過渡生物遲遲不願露麵。為此，古爾德表示，要正確解釋現有的化石現象，就必須拋棄“漸變論”。但他也反複告訴大家，這樣做絕不表明他打算徹底幹掉達爾文。

“間斷平衡”一經提出就受到了主流進化論學者的廣泛認同。但達爾文的鐵杆粉絲們對此很不高興，雖然古爾德等人一再聲稱，“間斷平衡”其實是對達爾文物種漸變理論的完善和發展，經典的進化論者仍然提出了很多質疑，漸變論者手中的救命稻草依舊是“化石發現不全”。

反對者問道：如果物種在進化過程中真的存在所謂“平衡”期，也就是長期不變的“穩態”，那這個事情如何解釋？畢竟，所有的觀察都表明，每代之間都存在變異，沒有哪個兒子和老爸是完全一樣的。由於環境的天然不穩定性，想要讓物種保持幾百年的穩態實在是讓人難以想象。但“間斷平衡”理論對此並不擔心，因為事實就是，化石確實表現出了穩態，甚至是現存的物種也都證明了穩態是鐵的事實。我們的國寶大熊貓，就是物種穩態的一個有力見證。

群體遺傳學家給出了一個解釋。他們認為，穩態之所以存在，是因為穩態受到了穩定化選擇。局部自然環境一直喜歡這種形態，所以這種形態就一直生存了下來。就算自然不喜歡某種形態，但生物已經具備了一定的能力，它們會尋找自己合適的環境以躲避自然選擇，比如果蠅不耐高溫，當某地溫度升高時，它們肯定不會坐以待斃，而完全可以飛著去找一個更涼爽的地方作為避難所。就這樣，原來的穩態得到了保存。局部環境變化帶來的危險就這樣被聰明的生物所規避。

但這種宏觀方麵的解釋仍不足以滿足所有人的好奇心，他們更關心的是，一個具體的生物，是如何從一個樣子變成了其他樣子的？難道它們真的不是以達爾文的漸變論為原則進行變化的嗎？大的突變可以在分子水平發生嗎？何以發生？

分子生物學的發展似乎給間斷平衡帶來了不利的消息。從分子水平來看，化石上的穩態似乎隻是一種假象，比如無肺螈的某些種與另一些種在表麵上看起來差距不大，顏色、骨架和身體大小都差不多，如果不是專家，可能都分辨不出它們誰是誰。可是用關鍵蛋白質的序列分析進行比較時，卻發現它們至少在六千萬年前就已經分道揚鑣了，根本不是一家人，完全是屬於不同的種，甚至都不是同一個屬，但在化石上看起來卻好像是處於穩態中的同一個種。化石看起來都差不多。

不過失望總是與驚喜同行，對生物發育過程中基因調控的研究取得了極大的成功，被廣泛接受的HOX基因調控理論認為，所有的動物雖然看上去五花八門，但它們在分子水平上的調控卻是基本一致的，而且手段非常簡單。

HOX基因又叫同源異型基因，專門調控生物外觀形體，掌控能力非常強大，一旦HOX基因發生突變，哪怕是輕如蝴蝶揮動翅膀般的動作，也會帶來意想不到的後果，身體外形會隨之發生巨大改變，有時變得簡直慘不忍睹。腳，完全可以因此而長到頭上去！

也就是說，如果不是HOX基因發生突變，而隻是一些無關緊要的分子有了輕微變化，它們外在的形體是不會有什麽驚人的飛躍的。三葉蟲可以長時間地繼續做它的三葉蟲，或許身體的某個局部有些微調，但那仍然是三葉蟲。不過一旦HOX基因出現突變，結果是不可預料的，我們完全可能認不出原來的三葉蟲，因為它已經變成了其他生物。

運用這個理論不但可以解釋寒武紀物種大爆發，甚至可以在實驗室裏模擬物種突變現象。一些果蠅和斑馬魚等常規實驗動物的身體已被科學家們折騰得亂七八糟了，甚至連雞的翅膀最後可以發育成雞腿，而雞腿卻變成了雞翅膀，這隻可憐的雞肯定不會如我們人類一樣尊敬那些科學家。

當然，所有這些理論並不一定是對物種大爆發現象的真理性解釋。隨著科學的發展，肯定還會有新的理論出現，但所有這些理論都有一個共同的信念，那就是在自然的框架內解釋物種大爆發現象。

特別需要提醒的是，麵對如此多的關於突變的理論，其實漸變論者仍然在堅持正統的達爾文的觀點。此前比目魚那兩隻處於同側的眼睛曾被拿來當作是突變論的一個極好的例證，也就是說，比目魚的兩隻眼睛是一次性完成從兩側到一側移動的。而最近的化石表明，在兩側和一側之間，確實存在著過渡的類型。比目魚並不是一天形成的。

有生就有死，如果說進化論者已經在某種程度上基本搞定了物種大爆發的話，那他們自然也要對物種大滅絕問題負責。所有的凶殺案背後都必有凶手，找出大滅絕的原凶自然是獵手們的基本任務。

達爾文對於物種滅絕的態度仍然是極具邏輯性的。既然物種是慢慢發生的，那自然也應該慢慢滅絕，這是長期生存競爭的必然結果。因為不相信自然界存在大規模的殺傷性武器，所以，在達爾文的世界裏，也就不存在很多物種突然之間發生大滅絕的概念。為此，他明確地表達了自己的想法：“一個種滅亡的速度一定比它出現的速度慢。”但其實他在當時就已注意到，海生的菊石類生物就似乎是在短時間內神秘消失的。