當布思朝林肯射擊的那一刻，同坐在包廂內的拉斯伯恩少校說時遲那時快，一躍而起就揪住了布思，但布思扭過身來向少校的手臂砍去，得以掙脫。布思越過包廂跳了下去，下麵是距包廂12英尺高的舞台，並不算高。不過起跳的時候，布思馬靴上的鉚釘絆到了懸掛在四周的彩旗，這讓他一下子失去平衡而跌倒在地，左腿的一根小骨頓時骨折。
布思立刻感到痛楚傳遍全身，但他沒有半點猶豫和退縮的時間。他認為，此刻他扮演的是他事業生涯中最至高無上的角色，這一幕注定會讓他永垂不朽。
布思很快回過神來，一邊揮舞著匕首，一邊高喊著弗吉尼亞的格言“向著暴君衝去”，一邊衝下了舞台，最後向著戲院後門揮舞而去。在這短短的幾步路中，他砍倒了一位攔住他去路的演奏者，絆倒了一位演員。一衝出門，他就一躍而上騎在了等候多時的馬身上，一個被稱為“花生約翰”的男孩試圖攔住那匹馬。布思立刻拔出左輪手槍，用槍柄將男孩打暈，隨即策馬而去。
布思在城中整整疾馳了兩英裏，途經國會大廈。等到明月高懸時，他已經到了阿納科斯蒂亞橋。橋上，科布中士手端步槍攔住這夜奔而來的男子，喝道：“什麽人？這麽晚了為何出城？你可知道這是違法的？按照規定，晚上9點後，任何人再不準過橋。”
布思卻不慌不忙地報出了自己的姓名，並稱自己來自查爾斯縣，每天白天會來城裏做生意，今晚特意等月亮出來後才上路回家。
這番言辭唬住了中士，況且當時內戰已經結束，沒有必要為這麽一點兒小事而疑神疑鬼。於是，科布中士放下步槍，放布思過了橋。就在幾分鍾後，布思的同黨戴維·赫羅爾德以同樣的理由騙過了中士，成功與布思會合，兩人結伴奔向馬裏蘭的低地。
子夜時分，他們在蘇拉維爾的一家小旅館稍作歇息。趁這個空當，他們喂足了馬兒，買了1美元的威士忌，拿走了當天下午薩拉特夫人留在這裏的雙筒望遠鏡和槍支彈藥。喝完酒他們便開始四處吹噓說林肯被他們槍殺了。之後，他們繼續策馬向遠處的重重黑暗奔去。
他們原本計劃在次日清晨抵達波托馬克河河岸，然後劃船過河直接去往弗吉尼亞。本來一切安排得都挺妥當，他們的確可能順利逃脫追捕，但他們沒有料到布思的腿會受傷。
盡管腿部時時傳來劇烈的陣痛，但布思還是以頑強的意誌力拚命趕路。他後來在日記中這樣寫道：“每跳一步，斷骨之處就如撕裂般疼痛。”最後，布思實在疼痛難忍，拂曉之前，在距離華盛頓城東南20英裏處，他和赫羅爾德停在了一個名叫薩繆爾·A·馬德的鄉村醫生家。
那時，布思已經虛弱到了無法自己下馬的地步。最後，他是連同馬鞍一起被抬下來的，醫生將他平躺著放在**。那裏窮鄉僻壤，不通電報，更沒有鐵路，所以當地人對暗殺事件仍然一無所知，因而馬德醫生也沒有覺得布思的傷情值得懷疑。但醫生總要問他是如何摔斷的腿，布思十分聰明地回答是路上馬摔倒壓的。於是，這位鄉下醫生立刻忙活起來，他先將布思穿在腿上的靴子取下，再將其折斷的腿骨拉正，加以固定和包紮。另外，他還為布思做了一副拐杖，來代替受傷的腿。
那天布思就留在了馬德醫生家。等到夜幕降臨時，他硬挺著從**爬起來，顧不上吃飯，就開始喬裝打扮。他先將自己極具特點的胡須剃個精光，再粘上一串假胡須。之後，他又找來一張披肩正好遮住右手上的文身，那是他全名的首字母縮寫。他們付給馬德醫生25美元後，便匆匆上路了，向著波托馬克河奔去。
然而令他們萬萬沒想到的是，一片巨大的泥塘擋住了他們的去路。這是一望無際的澤奇亞沼澤，矮灌木和山茱萸密布其上，蜥蜴和蛇蟲四處叢生。夜黑人靜，兩個騎士迷失了方向，一直在原地打了好幾個小時的轉兒。
到了後半夜，他們遇到一位名叫奧斯瓦爾德·斯旺的黑人，他將他們帶出了迷宮。這時，布思的腿已經痛到無法再繼續騎馬了，於是，布思給了斯旺7美元，租用了他的馬車。就這樣，在複活節黎明時分，斯旺和他那匹白色的騾子，將兩個陌生人帶到了考克斯上尉的家。找到考克斯上尉，無異於找到了南部邦聯，至此，布思的逃亡終於告一段落。
布思將自己的真實姓名以及所作所為回報給了考克斯上尉，為了證明自己所言非虛，他還伸出手掌，亮出了他的文身。之後，布思苦苦懇求，要考克斯以自己母親的名義發誓不要出賣他，因為他所做的一切對於南方來說功勳卓著。
布思的腿傷讓他感覺非常不舒服，已經不能再繼續奔波和逃亡了，考克斯隻好將他們藏在自家房子附近的灌木叢裏。那哪裏是什麽灌木叢林，到處長滿了冬青和月桂，根本就是一個原始森林。布思二人就在那裏足足待了6天5夜，直到腿傷好轉之後才繼續上路。
考克斯上尉的兄弟名叫托馬斯·A·瓊斯，是個地道的奴隸主，曾為南部邦聯政府擔當過聯絡員，並協助戰時禁運品的運輸，還幫助從北方逃往南方的人偷渡波托馬克河。之後，就由瓊斯照料赫羅爾德和布思的飲食起居。瓊斯深知華府派來的密探遍布天下，於是每天早晨給他們送食物時，都會趕上自家的豬，佯裝趕牲口出門覓食。
然而，布思如今最渴望的不是食物，而是消息，任何有關事態發展的消息，他想知道國民是否為他的“壯舉”鼓掌歡呼。但布思翻遍了瓊斯送去的報紙，也沒有找到一星半點兒令他振奮精神的好消息，最後他隻剩下了萬念俱灰。
在去往弗吉尼亞的路上，布思所經曆的30多個小時，沒有一刻不被劇痛的腿傷折磨，但此時此刻，他內心的痛楚卻更勝一籌。他當然知道北方對這次暗殺一定會憤憤不平，這是他早就料到的。然而，他看到弗吉尼亞的當地報刊，才發現一心向往的南方也在反對和指責他，說他所做之事毫無價值可言。布思徹底崩潰了，陷入到了極度的失望中。他一直深信自己會成為萬人敬仰的英雄，而此刻卻發現自己遭到了唾棄，他成了千夫所指的走狗、凶手。
報刊上的指責如毒刺一般令他喘不過氣來。
那麽，布思有沒有為自己的所作所為自責過呢？一點兒都沒有。除了上帝和自己，他責怪所有人。他自我辯解，說他是上帝的工具，他是奉上帝的使命去暗殺亞伯拉罕·林肯的，而林肯錯在哪裏呢？他說林肯唯一錯在為一個民族服務時“太墮落”。“太墮落”，正是布思寫在日記裏的詞。
他寫道：“如果這個世界理解我就好了。我並不奢望成為偉人，但是我需要下一場急風暴雨，那樣我就能一舉成名……我胸懷遠大抱負，不應該像個罪犯一樣死去。”
當布思身蓋一張薄薄的馬皮毯子，躺在沼澤地附近那寒冷陰濕的土地上時，他被凍得渾身發抖，而破碎的心靈也隨著顫抖灑落了一地，他寫道：
我此時饑寒交迫，絕望無比，但人人都指著我的鼻子臭罵。為什麽？我為他們擊倒了一個專權的暴君，但我竟然被人嗤之以鼻，指責為殺人凶手。我的行為比任何人都要簡單、純潔……我不渴求得到怎樣的回報，但我至少認為自己所為是正確的，我不後悔。
當布思瑟瑟發抖地寫下這篇日記時，3000名密探和10000名騎兵正仔細搜尋著馬裏蘭南部的每一個角落。他們不放過每一棟房子和每一個洞穴，就連澤奇亞沼澤地的泥塘都被他們踏遍了。他們懸賞10萬美元捉拿布思，生要見人，死要見屍。布思甚至能清晰地聽到“嗒嗒”的馬蹄聲，這聲音正來自200碼遠的公路上，那些騎兵正在那裏搜尋他的下落。
布思聽到了騎兵的戰馬在相互嘶鳴和應答，他唯恐他和赫羅爾德的馬也可能回應不遠處那些馬群的呼喚，這必然會將他們暴露無遺。於是，赫羅爾德在夜晚時分將馬牽到沼澤地，把它們槍殺了。
然而兩天後，一群群的禿鷹突然出現在天空中，一開始，它們隻是在他們的頭頂上盤旋，但不一會兒就拍著翅膀向那兩匹死馬衝過去。布思嚇壞了，這很有可能引起追擊者的注意，並發現這就是布思的栗色馬。最要緊的是，布思的腿必須得到醫生的治療。
不得已，在4月21日，星期五的晚上，也就是暗殺事件之後的第七天，赫羅爾德抬起布思，將他放在托馬斯·A·瓊斯所贈送的馬上，再一次向波托馬克出發了。
那個夜晚實在是個適宜逃亡的夜晚，不但一片黑暗，而且迷霧重重，兩人隻能靠觸摸對方來感覺彼此的存在，因為他們根本看不到彼此。
瓊斯真像一隻忠實的走狗，當晚一直走在前麵為他們引路。他們穿越廣袤的田野，跨過了一條公路和一座農場。為了防範無處不在的追擊者，瓊斯一直同他們保持50碼的距離，確保安全之後，才衝後麵吹一聲哨響，提示他們可以前行。幾個小時以來，他們一直膽戰心驚地跋涉，最後終於抵達波托馬克河岸邊。那是一個懸崖峭壁，黑暗中可以聽到懸崖下方波托馬克河水拍打沙礫的聲音。
聯邦士兵已經在波托馬克河一帶巡邏把守了一個星期，他們翻遍和燒毀了馬裏蘭岸邊的每一艘船隻，但還是讓布思他們逃走了。瓊斯叫黑人亨利·羅蘭在白天劃船到河心捕撈河鯡魚，夜晚再叫他將船劃到登特的草地藏匿起來。
瓊斯為兩個逃亡者布置好了一切，等他們抵達河邊時，就隻剩下感謝之詞了。最後，布思花了17美元買下他的船和一瓶威士忌，便向5英裏外的弗吉尼亞河岸劃去了。
天氣仍然霧氣重重，漆黑一片，布思坐在船尾憑借指南針為赫羅爾德導航，赫羅爾德則負責在船頭奮力劃船。不過沒走多遠，他們就遭到了湍急旋渦的阻撓，結果浪花將他們又打回了數英裏。迷霧中，他們失去了方向。等到黎明，他們繞過了來回巡邏的聯邦彈藥船，但這時他們才發現自己北上了10英裏，與弗吉尼亞河岸的距離依舊是5英裏，跟前一天晚上出發前一樣。
一整天，他們隻好藏在南傑莫伊灣的沼澤地裏。到了第二天夜晚，饑寒交迫的二人才奮力劃到了河的對岸。這時，布思高聲呼喊：“感謝上帝！讓我安全抵達光榮而古老的弗吉尼亞。”
兩個人找到了理查德·斯圖爾特醫生，並向他求助。斯圖爾特醫生家曾經用作南部邦聯的聯絡處，而且他也是弗吉尼亞喬治國王縣城最富有的大戶人家。布思本以為斯圖爾特會把他看成南方人的英雄和救星，但斯圖爾特因協助南方而飽受北方政府的逮捕和苛待，況且內戰已經結束，他不想再拿自己的生命冒險，於是拒絕幫助這兩個謀殺總統的凶手。最後，他拿出一些吃的東西便將他倆打發給了一個黑奴。黑奴也不願收留這兩個亡命之徒，因此當他們進屋時，黑奴一直對他們罵罵咧咧。
這就是布思一直所渴望的弗吉尼亞！
到這裏，布思的逃亡之旅已經接近尾聲，3天後他便被捕了。
然而，僅僅這3天時間，已經讓他經曆了太多：他遇到3名內戰歸來的南部邦聯騎兵，於是在他們的陪伴下，兩人橫渡拉帕漢諾克河，之後又向南騎行了3英裏，投靠在一個農場主家。他告訴這家人自己名叫博伊德，是李將軍手下的士兵，腿傷是在裏士滿附近受的。
之後兩天，布思一直待在加勒特農場。他有時在草地上曬太陽，查看舊地圖，有時製定向奧格蘭德出發的路線，到了萬不得已的地步，他想從那裏去墨西哥。
當布思和加勒特一家第一次共進晚餐時，加勒特家的小女孩一直在飯桌上喋喋不休地說著剛從鄰居嘴裏聽來的暗殺事件，並一直猜測行刺者是何身份，他又能拿到多少酬金。
布思再也聽不下去了，突然答道：“據我所知，他一分錢都拿不到，而且從此臭名昭著。”
次日下午，也就是4月25日，布思和赫羅爾德正在加勒特家的後花園庭院伸懶腰，突然，幫助他倆橫渡拉帕漢諾克河的少校衝了進來，警告他們說：“北方佬正在朝這邊走來，你們得多加小心。”
兩個人急忙向密林深處跑去，直到天色暗下來才潛回加勒特家。
這個非常舉動反倒引來了加勒特的懷疑，但他從來沒有將這二人跟刺殺事件聯係起來，他認為這兩個人是偷馬賊，前天他們談論怎樣去購買兩匹馬時，他就起了疑心。現在，他很想將這些神秘“客人”趕走。晚上就寢時，這兩個人又拒絕上樓過夜，反而想要在遊廊下或倉庫裏睡覺，這點更讓主人確信了自己的判斷。
於是，加勒特將這兩個人安置在一座破舊的煙草庫裏，當他們睡下後，加勒特悄悄將門上了鎖。為了確保疑犯不會逃脫，加勒特又讓兩個兒子加以看守。於是，威廉和亨利兄弟倆就躡手躡腳地到相鄰小穀倉裏，以便時刻留意著自家的馬匹是否會被人牽走。
對於加勒特一家來說，那是個令人難忘的夜晚，一家人懷著既興奮又期待的心情睡去。他們更不會預料到，第二天天一亮，等待他們的將是一個令人震驚的消息。
一隊國軍已經在附近進行了整整兩夜的搜索，不肯放過任何蛛絲馬跡。果然，他們發現了一絲線索，一個老黑人說見過布思，在老黑人的指引下，他們找到了送布思橫渡拉帕漢諾克河的船工，又從船工那裏得知布思上岸後是由威利·傑特上尉帶走的。他們現在已經打聽到上尉的情人住在12英裏以外的鮑靈格林鎮。
搜捕隊員立即飛身前往鮑靈格林鎮，因為極有可能在那裏找到上尉。子夜時分，他們終於在上尉情人的**找到了他。一位士兵用左輪手槍頂向傑特的肋骨，喝道：“布思在哪兒？該死的，你把他藏哪兒了？快說，否則要了你的命。”威逼之下，傑特隻得上馬，帶領國軍來到加勒特農場。
夜晚暮靄重重，伸手不見五指，而這隊倉促的人馬為了盡快找到凶手，馬不停蹄地飛奔了整整9英裏。為了防止傑特逃脫，士兵們將其左右牽夾，將他的馬韁繩綁在士兵的馬鞍上。
淩晨3點30分，他們終於抵達了目的地。旋即，他們將加勒特那斑駁的白房子重重包圍，並在每一個門口和窗口都架好機槍。隊長這才緊握手槍，猛拍這家的大門。
不一會兒，睡眼惺忪的理查德·加勒特端著燭台把門打開。見到眼前這副情景，加勒特的雙腿不停地打起了戰。貝克中尉一把抵住加勒特的喉頸，端起手槍命他交出布思。
這可憐的老農被嚇得連大氣兒都不敢喘一口，但仍然撒謊說，兩個陌生人已經不在他這裏，他們早就逃到林子裏去了。但這謊言沒有瞞得了搜捕隊員，他們將他拖出門外，掏出繩子要把他綁在樹上。
就在這時，看守在小穀倉裏的男孩們終於跑過來說出了真相。搜捕隊員立刻將煙草庫圍了個水泄不通。
國軍本想要活捉布思，因此先同布思進行了將近20分鍾的談判，勸他投降。但狡猾的布思說自己是個傷殘之人，求他們給自己一個機會，如果對方撤退一百碼，那麽他願意出來跟士兵進行一對一的單挑。
赫羅爾德早就嚇壞了，想投降了事，布思卻罵道：“你這可惡的膽小鬼，滾開，我不想再留你在這裏。”於是，赫羅爾德高舉雙手獨自走了出來，還一邊請求寬恕，說他向來喜歡林肯總統的幽默演說，而且說他並未參與謀殺總統。康格上校於是把他拴在樹上，命他停止抽泣。
但布思仍然執迷不悟，他聲稱自己在為子孫後代而戰，並說他的字典裏沒有“投降”一詞，還說自己有權得到一副擔架。康格上校氣得直向空中鳴槍，他讓加勒特的兒子抱來大捆幹草堵住煙草庫的縫隙，想要點燃煙草庫，將布思逼出來。正當布思咒罵小男孩的舉動時，康格上校悄悄溜到煙草庫的後牆，點燃一撮幹草，順勢塞進縫隙。
這倉庫本來就存滿了幹草，火勢隨著四麵牆的通風口很快蔓延開來。透過通風口，人們看到布思正對著大火猛撲，這情形就像一場悲劇的尾聲。然而上麵下達命令，必須活捉布思。政府不想讓這個凶手痛快地死去，而要讓他經曆漫長的審訊再施以絞刑。
於是，隊長一再命令，不得向布思隨便開槍，但那位半瘋半傻的中士科比特卻說他得到了上帝的指令，於是不顧長官的命令，向已經放下手槍從火中跳出來的布思扣動了扳機。科比特的判斷是這樣的，當時布思已經渾身起火，因此有可能做最後的掙紮而向這邊開火，為了避免無謂的傷亡，他才做了射殺布思的決定。其實，布思是很有可能被生擒的。
隨著一聲槍響，布思尖叫一聲，身體向前一傾，重重地跌倒在了幹草堆裏。那時，火勢正迅速蔓延，貝克中尉擔心奄奄一息的布思會被大火吞噬，於是急忙跳進火海，奪下布思手中的短槍，將他的雙臂捆綁在一起，然後把他從大火中拖了出來。
一位士兵得令向著3英裏外的地方飛奔而去，要為布思找個醫生，但中士那一槍是致命的。
當時，加勒特夫人有個妹妹同她住在一起，這位在學校任教的哈洛韋小姐是布思的忠實粉絲。於是布思臨死前，一直受到這位小姐的溫柔善待。她把布思放在床墊上，並讓他枕著自己的枕頭，將布思的頭放在她的腿上喂他喝酒。當布思到了無法吞咽的地步時，她又不厭其煩地沾濕手帕，為他濕潤雙唇和喉嚨。她還溫柔地為他揉搓前額和太陽穴。
布思臨死前苦苦掙紮了兩個小時，不停地咳嗽、喘息，一會兒又哀求康格上校一刀殺了他。最後，他請求人們捎信給他的母親，“告訴她……我所做的……是世界上最棒的一件事……我是為……國捐軀的。”臨終之際，他祈求人們將他的頭抬起來，他要最後看這世界一眼，但沒有一個人理會他的請求。布思於是罵道：“混蛋！混蛋！”便永遠閉上了雙眼。
當時，太陽正從加勒特家院子裏的那棵老洋槐樹上緩緩升起。但布思即使再睜大眼睛，也看不到那天升起的太陽了，突然，他雙腿挺直，腦袋歪向了一邊，完蛋了。
布思斷氣的時間是7點整，比林肯離世的時間早22分鍾。科比特中士射中的是他的後腦勺，比林肯中槍的部位隻低了1英寸。醫生剪下布思的一縷頭發送給哈洛韋小姐。從此，哈洛韋小姐一直珍藏著這縷頭發和沾染布思血跡的枕頭。晚年時，窮困潦倒的哈洛韋小姐還用枕頭的一半換來了一桶麵粉。