在布思斷氣之際，密探已經搜查了他的全身。當時，他所有的物品隻有一隻煙鬥，一支長獵槍，兩支左輪手槍，一本日記，一個沾滿蠟燭的痕跡斑斑的指南針，一張300美元的加拿大銀行支票，一根鑽石飾針，一副指甲銼，五張漂亮女人的照片。這幾個漂亮女人都是布思的崇拜者，其中四人是演員埃菲·熱爾蒙、艾麗斯·格雷、海倫·韋斯頓，以及華盛頓的名流費伊·布朗，她的“芳名”曾被人津津樂道。
多爾蒂上校從馬背上拽來一張毛毯包裹住屍體，又向加勒特夫人借來針線，將包裹緊緊地縫合。他們叫來老黑奴內德·弗裏曼，給他2美元的酬勞，讓他將屍體運往波托馬克碼頭，那裏已經有艘船等待裝運屍體。
拉斐特·C·貝克在其所著的《美國特工史》一書中描寫了運送屍體到碼頭的全過程，此處我們截取了該書的第505頁，如下描述：
馬車一經啟動，布思的槍傷處就開始向外冒血。伴隨著馬車運轉時發出的嘎吱嘎吱聲，血液透過毛毯流淌到車軸上，滴在馬路上，形成一片片令人恐怖的，像威化薄餅般的圓片。血液還滲進了那車的木板，留下一片猩紅……一路上，屍體都在淌血，沿途處處都是血漿。
書中還寫到運送屍體的過程中，發生了一件令人意想不到的事。因為老黑奴內德·弗裏曼的那輛馬車實在破舊不堪，甚至到了“不可思議”的地步。本來馬車幾乎就要散架了，再加上這一路的疾馳顛簸和負重，使得馬車最終“光榮犧牲”在了半路上。原來，主螺栓突然折斷，使得馬車上的零件四處脫落，結果前、後輪分了家。車身的前端隨之“砰”的一聲摔落在地上，這情形實在詭異，就像布思的屍體“在盡最後的努力逃遁”。
貝克中尉隻得放棄這輛光榮殉職的破車，再從鄰近農夫那裏征來另一輛馬車，然後再次拴牢布思的屍體，向港口出發了。等在港口的是準備運送布思屍體返回華盛頓的“約翰·S·艾德號”。
第二天天亮，布思被擊斃的消息不脛而走，人們聽說放置布思屍體的“蒙托克號”彈藥船就停靠在波托馬克港。於是，華府人群湧動，大家全都懷著好奇心奔向那裏，去親眼看一看盛放著凶手屍體的船隻。後來，人們不隻是看船隻了，許多瘋狂的女人不聽指揮，不但登上了船，還剪下布思一縷縷的頭發。下午三四點鍾，情報署署長貝克上校不得不將這裏的情況上報給斯坦頓部長，以求指示。
斯坦頓大吃一驚，嚷道：“布思的每一根頭發都會被暴民珍藏。”
斯坦頓擔心的並不是人們珍藏布思的遺物那麽簡單，他想得更加深遠。自發生暗殺事件以來，人們一直認為林肯被暗殺是南部邦聯領導人和傑斐遜·戴維斯的陰謀。如果這是真的，那麽這幫人有可能會劫持布思的屍體，利用他來展開輿論攻勢，激起南方奴隸主們的熱情，借機挑起新一輪的內戰。
如果真像他想的那樣就糟了。於是，斯坦頓下令以最快的速度將布思的屍體秘密掩埋，他必須讓布思從人們的視線和記憶中消失，哪怕是他的一小件飾物、一件衣服或一根頭發。總之，布思的一絲一毫都不能落入南方人的手裏，以防止成為他們的輿論工具。
所以，在斯坦頓下達命令的當天夜晚，趁著月黑風高，貝克上校帶著侄子貝克中尉，駕駛一艘小快艇駛往“蒙托克號”彈藥船，完成了以下任務：抬下布思的屍體，將其裝進一個鬆木彈藥盒裏，再將盒子轉移到他們駕駛的小快艇裏；接著，他們收起巨型彈丸和沉鏈；隨後，兩人爬進船艙，駕著“蒙托克號”向下遊駛去。而這一切是在眾目睽睽之下完成的，他們必須完成得幹淨利索，好暗渡陳倉。
正如他們所料，岸上好奇的民眾順著河堤直追“蒙托克號”，大家互相擁擠著，推搡著，談論著，一定要親眼目睹他們要將布思的屍體掩埋到何處。就這樣，民眾足足跟著彈藥船奔走了兩英裏。那時，烏雲遮月，人們的目光全都追隨著彈藥船，沒有誰注意到那艘小快艇的去向。
此刻，快艇已經載著布思的屍體抵達吉斯堡尖地——一個波托馬克河最為僻靜的地方。貝克上校再次確信他們已經遠離了眾人的視線，便向大沼澤深處駛去。那個沼澤臭氣熏天，正是用來掩埋軍隊的死馬、死驢的好地方。
為了謹慎起見，避免被人跟蹤，兩個密探在這可怕的泥潭裏繞了好幾個小時，但他們所經之處隻有牛蛙的鳴叫和潺潺的水聲。子夜降臨，帶來了可怕的寧靜，兩個人屏住呼吸，為了保持高度的警覺而不發一言，他們互相對視了一眼，決定返途向上遊劃去，動作盡量緩慢而輕巧，生怕驚動了四周。
終於，他們抵達了目的地，那是一座古舊的監獄，他們在它的圍牆邊上停了下來。這座堅固的磚石建築本來就有一個通往河邊的門洞，此時兩人就將船隻劃靠在洞口，與裏麵已經等候多時的監獄長官對接暗號，之後，他們將棺材移交給了監獄長官，棺蓋上“約翰·威爾克斯·布思”的字樣在星光下依稀可見。半小時後，人們在一間大房子的角落裏挖了一個淺淺的墓穴，那是政府的彈藥儲藏室。下葬完畢，兩人將墓穴上的泥土踏平，看起來跟四周沒什麽區別。
次日清晨，當太陽升起之時，兩人就沿著波托馬克河返回城中了。當經過吉斯堡大沼澤時，日光的照耀讓他們清楚地看到了被拋棄在那裏的馬、驢的腐屍，這讓他們突然感到不寒而栗。
一時間，全國上下都在打探布思屍體的處理方式，但這個秘密隻有八個人知道，而他們發誓永不泄密。往往就是這樣，越是神秘越能引發流言蜚語，全國的媒體都在大膽猜測這個秘密。《波士頓廣告報》說，布思的頭和心髒被存放在華盛頓的軍隊醫學博物館裏；還有一些報刊則說，布思的屍體已經被拋入大海；還有的報紙說，屍體已經被焚燒了；更有一家周刊登出了一幅所謂“目擊者”描繪的草圖，證言屍體在子夜之時被拋進了波托馬克河。
謠言越傳越離譜，竟有人說士兵當時誤殺了他人，而真正的布思早已經逃之夭夭。這則流言或許是有些許根據的，因為，人們帶回來的布思的遺體實在與他生前差別太大。1865年4月27日，斯坦頓指派了不少人前去“蒙托克號”彈藥船認屍，約翰·弗雷德裏克·梅醫生是其中一個。梅醫生在華盛頓地區頗有聲望，因此，人們或許根據他所說的話而做出了這種猜測。他說：
當他們拉起遮蓋屍體的防水油布時，我驚呆了，因為那具屍體所呈現的樣貌與我之前所見過的布思本人相差太多了。我由於過於驚訝，不禁對著一旁的巴恩斯將軍脫口說道：“這具屍體一點兒也不像布思，我無法相信這就是布思本人。”過了一會兒，我要求他們將屍體豎立擺放。我也跟著站起身來，從頭到腳仔細地打量了一番，終於，我還是從中辨認出了點兒布思的五官。在此之前，我從未見過人在生前和死後軀體能有如此大的差別。眼前這具屍體，形容憔悴，肌膚發黃，頭發蓬亂纏結。他一定在生前經過了長期的風餐露宿，忍饑挨餓，才變得麵目全非的。
在場的其他人也根本無法認出這就是布思的屍體，於是流言就這樣傳了出去。可惜的是，盡管斯坦頓以最快的速度秘密處理了布思的屍體，而且拒絕向媒體提供任何消息，但各種流言還是四散開來。
華府一家知名報刊《憲政聯盟》認為，整件事就是一個騙局，接著，其他報刊也紛紛加入這個行列。《裏士滿觀察家報》則針對叫囂聲回應說：“我們早已知道布思逃脫了。”而《路易斯維爾日報》則公開指責稱：“這件事足以顯示出有人使詐，貝克及其同黨可能陰謀敲詐美國財政部。”
媒體將事件越描越黑，就像一般的小案子一樣，一旦有一個目擊證人出現，就會一下子冒出更多的目擊證人。此時，就冒出了數百人，人人自稱在加勒特倉庫那場阻擊戰之後還見過布思，甚至還跟他交談過。有人說他去了這兒，有人說他去了那兒，他似乎無處不在。他出現在加拿大，跑去了墨西哥，登上開往南美的客輪，逃到了歐洲，還有的說他一直潛伏在弗吉尼亞，或藏匿在亞洲的某個小島上，等等。
如果流言上升到全民的地步，那麽它就不僅僅是流言了，它已經成為美國曆史上最廣為流傳、最經久不息的神話了。這個神話一直在民眾口中存活了四分之三個世紀，時至今日，仍有成千上萬的人相信那些流言，包括一些智力超凡的人。
就連高等學府裏的教授學者也開始相信流言。還有一位著名的神職人員，大江南北巡回演說，向人們宣稱布思已經逃脫。就在筆者撰寫這一章節時，還受到過一位科學學者的批評，他嚴肅地告訴筆者，說布思早已經自由了。
布思的確死了。千真萬確，毫無疑問。雖然他在加勒特煙草庫裏被槍殺前曾絞盡腦汁地要挽救自己的性命，但他還是死了，不管人們的想象力多麽豐富，也改變不了這一事實。一個人死了，可是人們卻做出各種揣測要他活，這實在太荒謬可笑了。
斯坦頓為了再次證實死者確實是布思，又派出10人前去驗屍，其中有上文提及的梅醫生。因為梅醫生在布思生前曾為他做過頸部的纖維瘤切除手術，那是“一大塊纖維瘤”，讓愈合後的傷口留下了“一大塊難看的傷疤”。梅醫生正是憑借此傷疤認出了布思。他說：“但從屍體的樣貌來看，我的確難以確認這就是布思先生，因為這跟他生前的樣子相去甚遠。但手術刀在其生前所留下的痕跡是無法消失和改變的。從這點看，毫無疑問，這就是布思，那個暗殺總統的布思。”
梅裏爾牙醫憑借不久前給布思補牙時所用的材料，也確認了屍體。
布思曾經入住國家大酒店。酒店職員查爾斯·道森認出了布思右手上的文身“J．W．B”，那是布思全名的首字母縮寫。
華盛頓著名攝影師加德納確認了屍體是布思本人。
作為布思的密友，亨利·克萊·福特也指認屍體正是布思本人。
1869年2月15日，安德魯·約翰遜總統下令掘開布思的墳墓，布思的密友們再次確認是布思本人，確鑿無疑。
墳墓被挖開之後，人們將布思的屍體移往巴爾的摩，準備下葬在布思家族的格林山公墓。下葬之前，布思的兄弟、母親及生前密友都再次確認屍體是布思本人無誤。
恐怕，這個世上沒有誰在死後能像布思那樣被一次又一次地謹慎而仔細地確認身份的了。但這仍然止不住四下盛傳的謠言。
19世紀80年代，許多人將居住於弗吉尼亞裏士滿的J·G·阿姆斯特朗認作是隱姓埋名的布思。人們的判斷根據是，阿姆斯特朗長著一雙炭黑色的眼睛，他烏黑的頭發長及頸部，以便遮蓋傷疤，而且他還有一條瘸腿，行為舉止也十分誇張，等等。
之後，仍不斷有新的“布思”冒出來，陸續不下20人。
1872年，有人在田納西大學舉辦了一場有關“約翰·威爾克斯·布思”的說明會。演說者極盡誇張之能事，對學生們說：隱姓埋名的布思後來跟一個寡婦結了婚，但很快他就嫌棄了寡婦，於是告訴她自己就是暗殺總統的人——布思；還表示說他要去新奧爾良獲取自己的一筆財富。至此，他就失蹤了，“布思夫人”再也沒有見過或聽過他的任何消息。
19世紀70年代末，在得克薩斯州格蘭伯裏，一個患有哮喘病的酒吧老板在微醉時向一個名叫貝茨的年輕律師吐露了一個驚天秘密，說他就是布思。貝茨不相信，他就給年輕人看了他頸後那道難看的傷疤，還神秘地透露說，是副總統約翰遜勸他去暗殺林肯的，而且許諾要給他特赦。
又過了四分之一個世紀後，在1903年1月13日，俄克拉荷馬州恩尼德的大道酒店，一位名叫戴維·E·喬治的癮君子服毒自殺，他生前是油漆工人。在臨死前，他表示自己就是約翰·威爾克斯·布思，而且將事情的前前後後都交代了一遍，說他成功暗殺林肯後，朋友們將他藏匿在箱子裏，送到開往歐洲的輪船上，所以他就在歐洲生活了10年。
貝茨律師從報上看到這個消息後，立即前往俄克拉荷馬查驗屍體，之後他斷定，這位戴維·E·喬治跟25年前向他“坦承”暗殺經過的得克薩斯州患有哮喘病的酒吧老板，實為一人。貝茨還特意讓殯葬服務員將戴維·E·喬治的頭發梳理成布思生前的樣式，並對屍體做了防腐處理，最後運往其家鄉田納西州孟菲斯，完好保存了20年。這期間，貝茨不斷要求政府支付給他捕獲布思的高額懸賞金。
1908年，貝茨專門寫了一本叫作《約翰·威爾克斯·布思的逃亡和自殺》的書，書名又叫《暗殺林肯的第一手真相披露——作案數年之後布思的完全告白》。這書暢銷一時，賣了7萬冊，使得全國再次上演了一輪“布思熱”。貝茨還向亨利·福特出售“布思”的木乃伊，要價1000美元。最終，“布思”的木乃伊在南方做了一次巡回展出，每場票價l0美分。
今天，你如果在各類嘉年華的集會上留意的話，會發現總共有五副被稱為“布思的腦殼”的頭骨被展出。