在朱棣當政的二十二年，楊士奇雖然深受信任，但常常還受到敲打。譬如說，朱棣在去世前一年，聽信旁人讒言，認為楊士奇輔導太子出了差錯，將他打入錦衣衛大牢，不到半個月又下旨釋放。朱棣兩次讓楊士奇到牢中小坐，皆有驚無險。這樣反倒增添了楊士奇的戒慎之心。永樂二十二年七月十八日，朱棣在西北榆木川軍中病逝，享年六十五歲。他死前讓英國公張輔赴京傳達遺詔，讓太子朱高熾繼位。朱高熾於八月十五中秋節這一天登皇帝位，是為仁宗。仁宗是一個勤政愛民的好皇帝，可惜在位時間太短。他死於第二年（即洪熙元年）的五月十二日。隻當了九個月的皇帝，享年四十八歲。
在仁宗執政的短短九個月內，他頒發了一係列詔令。對祖父朱元璋、父親朱棣兩位皇帝製造的冤案，都有所糾正；對老百姓的治理，更是大行寬政。因此，朝野上下都對這位新皇帝大加讚賞，認為是真正的太平天子。
他登基後不幾天，就下旨恢複被建文帝裁掉的公孤製度。始於漢代的公、孤，是朝廷的最高爵賞。各有三，三公為太師、太傅、太保；三孤為少師、少傅、少保。這六種職務並非專設，而是由尚書、輔臣中德高望重的人兼任。建文帝認為賞爵太濫是朝廷弊政，故革除。永樂一朝亦未恢複。仁宗皇帝恢複公、孤製度，乃是為了報答一直效命的幾位股肱大臣。第一批賞封公、孤的有四位大臣。他們是：蹇義為少傅，楊士奇為少保，楊榮為太子少傅，金幼孜為太子少保。
這四位大臣中，蹇義、楊士奇是仁宗身邊的老臣，而楊榮、金幼孜則是他的父親永樂皇帝的心膂。為了顯示公正，一邊提拔兩個。這四人中，最受仁宗信任的，應數楊士奇。
在仁宗執政的九個月裏，楊士奇提了不少好的建議。這裏記載四條。
第一條：楊士奇擔任禮部侍郎、華蓋殿大學士、少保三個職務不久，有一天忽然申請求見。時仁宗正在乾清宮外的便殿接見蹇義、夏元吉兩位大臣。他吩咐讓楊士奇進來，並笑著對在座的兩位大臣說：“新任的華蓋殿大學士來了，必有讜言，你們一起聽聽。”楊士奇一進來，果然一番諍諫。原來三天前，仁宗下詔減歲供，目的是減輕農民負擔。但大內惜薪司今日傳旨，依舊照去年計劃，征山東、河南棗八十萬斤。楊士奇看到這道旨後，認為與前旨不符，更與仁宗減輕農民負擔的初衷有悖。於是特意入宮，請求仁宗更改旨令。仁宗聽罷，立刻降旨減半征收。
第二條：仁宗因蹇義與楊士奇輔導有功，決定給他們二人增加俸祿。楊士奇知道後，連忙建議：“漢文帝劉恒即位後，首先增加了自己老師宋昌的俸祿，這件事受到史家的貶斥。請您先給扈從先皇出征的大臣增加。”仁宗聽從建議，先給楊榮、金幼孜增加了俸祿。
第三條：禦史舒仲成在仁宗尚為太子監國時，曾向朱棣告過刁狀，意在幫漢王說話。仁宗對此一直耿耿於懷，登基後，欲找個岔子對舒仲成治罪。楊士奇知道後立即製止，勸諫說：“陛下即位時，曾向全國下達詔書，明言此前一切忤旨者都不追究，盡行寬宥。如今卻要處罰舒仲成，這與詔書的精神不符。這樣一來，很多人都會感到恐懼，對政局的開展不利。陛下應該學習漢景帝對衛綰的態度，衛綰反對他，他卻不計前嫌給衛綰升官，這才是從諫如流的仁政。”仁宗聽罷，點頭稱許。
第四條：由於仁宗推行一係列勤政愛民的善政，短短幾個月，國家便呈現出生機勃勃的新氣象。於是，有一位大臣上疏，稱太平盛世已到來。仁宗很喜歡這個說法，把這封奏疏拿出來讓大臣們討論。大臣們多數都積極附和，唯獨楊士奇站出來對仁宗說：“陛下雖然恩被天下，但還有許多流徙在外的人不能回到家鄉，許多州縣的瘡痍尚未得到恢複，老百姓普遍還比較貧困，溫飽沒有解決。若陛下堅持懷仁之心以及養民善政，幾年後，百姓貧困得以解除，那時再提太平盛世，也不算遲。”仁宗再次聽從建議，將那份奏疏束之高閣了。