國務卿以外，各部總長也略有變動，教育總長改任湯化龍，交通總長改任梁敦彥，其餘各部照舊。大家俯首聽命，毫無異言。袁總統又特下一道命令：
按照約法之規定，將現行法令匯案分別修正，呈候本大總統核辦。在未經修正公布以前，凡關於呈報國務總理等字樣，均應改為呈報大總統；關於各部總長會同國務總理呈請字樣，均應改為由各部總長呈請；關於應以國務院令施行事件，均改為以大總統教令施行。餘仍照舊辦理。此令。
從此令看來，大總統已擁有無上權力，差不多與皇帝一樣。就是特任的國務卿也是無權無柄，隻好服從總統，做一個政事堂的贅瘤。總統發令，他隻需副署就好。之後的一切製度銳意變更，條例雜頒。其中最引人注目的法令，除新約法中規定的審計院、參政院外，還有省官製、道官製、縣官製，每省原有的民政長改稱巡按使。道區域由政府劃定，每道設一道尹，隸屬巡按使，所有從前的觀察使，一律改名；縣置知事，作為一縣行政長官，隸屬道尹。且各縣訴訟第一審無論民事、刑事，均歸縣知事審理，取消原來的司法獨立。各省都督也一概改名，稱為將軍。文官官製又分作九等：上卿、中卿、少卿、上大夫、中大夫、少大夫、上士、中士、少士。其他各部官製也酌加修正，並將順天府府尹改稱京兆尹。所有大總統公文程式、政事堂公文程式及各官署公文程式，全部改訂，並取消國家稅及地方稅的名目。
五月二十六日，參政院成立，停止政治會議，特任命黎元洪為院長，汪大燮為副院長。參政人員約有七八十人，一大半是前朝耆舊，一小半是當代名流。袁總統又援照新約法，命令參政院代行立法權。黎元洪明知此事違背共和，不應充當院長，但身入籠中行動不便，隻好勉強擔了這個虛名。他敷衍度日，院中也不願進去，萬不得已去一回，也是裝聾作啞，好像一尊泥塑菩薩，靜坐幾小時後便出院回寓所去了。袁總統不管是非，任情變法，今天修改這件，明天修改那件，頭頭是道，毫無阻礙。
在內政的問題上，袁總統處理得越來越順手，於是更加癡心妄想地要建立子孫帝王萬世的基業。但東西各邦隻承認中華民國，不承認中華帝國，若反對起來，那可不得了。於是，老袁想出一個法子，打算騰出巨款，聘幾個外國人充當總統府顧問員，將來好叫他們動員本國，承認帝製。可惜款項沒有著落，所有國家收入，即使隻供行政使用還不夠，哪裏還有閑錢？為了籌款，老袁放鬆廣東賭禁，設鴉片專賣局，又創行有獎儲蓄票一千萬元。各省援以為例，仿造各種獎券，散賣民間，危害比賭博、鴉片還大。與此同時，老袁跟法國銀行商量借一億五千萬法郎，情願加重利息，並讓出廣東欽州到四川重慶的鐵路權。錢到手後，老袁便聘用日本博士有賀長雄和美國博士古德諾等人為總統府顧問，加禮優待，打算借他們作為承認帝製的導線。不料，歐洲竟鬧出一場大戰爭來，即第一次世界大戰。中國積弱已久，隻能袖手旁觀，嚴守中立。中立條規共有二十四條，無非是對著交戰國，各守領土、領海界限，不相侵犯。所有彼此僑寓的兵民，不得參與戰事。各交戰國的軍隊、軍械及輜重品，不得運至中國境內，否則將卸除武裝，扣留船員。
中國山東省的青島，本屬膠州管轄。光緒二十四年，因曹州教案，戕殺德國二教士，德國便運入海軍，突然占領青島。之後經清政府交涉，將青島租借德國，定下九十九年的租約，然後了案。此次德國與各國開戰，日本與德絕交，想趁機進攻青島，謀為己有。青島是中國領土，德國隻有租借權，德既無力兼顧，應該歸我國接收，憑什麽日本越俎代皰？袁總統一心稱帝，有意親日，竟任他發兵東來，袖手旁觀。於是，日本破壞我國中立，從膠州灣兩岸進兵。
青島原駐紮德兵不過一兩千人，明知寡不敵眾，守不住青島，但又不忍心就此拱手相讓。膠州總督是管轄青島的德將，職守所在，當即下令拒敵。日本兵艦未能直入膠州灣，於是由龍口登岸，進兵濰縣西境，抄到青島背後，以便腹背夾攻。龍口、濰縣完全是中國領土，日兵進境明顯侵犯了中立條規。袁政府與他交涉，他仍自由行動，不肯撤回，還說什麽攻取青島，是給中國幫忙，等得到青島，定會完全交還中國。但天下真有這種好事嗎？同是中國人還爭權奪利，爭鬥不休，更何況中日不相聯屬，日本怎肯把處心積慮謀取到手的青島，交還中國呢？袁總統聰明過人，怎麽會不曉得這個道理？隻是中國的勢力不及日本，而他又想仰仗日本讚同帝製，隻好模糊過去。不過與日本劃一戰線，讓出數十裏中立地麵，聽令出入，要求戰線以外，不得運兵。日本得了運兵路徑已是心滿意足，自然答應袁政府的條件，隨即仗著一股銳氣夾攻青島。德兵多方防守，相持三個多月，最終彈盡糧絕，無計可施，不得已懸旗投降。
袁總統無心過問，照樣收攬大權，一心想著規複專製，所以新頒章程又增添了若幹條。其中《立法院組織法》和《地方自治試行條例》，名目上是改良舊製，維持共和，其實是徒有虛名，掩人耳目。當時，有個叫宋育仁的在京人員，居然倡議複辟，欲請出宣統帝來登皇帝寶座。袁總統知道後，立即下一申令，說他邪詞惑眾，紊亂國憲，將他驅逐回籍。到了此時，袁總統仍滿口共和，並稱帝王總統，均非所願。誰知他口是心非，暗地裏卻進行著帝製的複辟。到了民國三年十二月下旬，老袁先將改定後的《大總統選舉法》公布出來。
僅看選舉法前三條的規定：
一、有中國民國國籍之男子，完全享有公權，年滿四十歲以上，並居住國內滿二十年以上者，有被選舉為大總統的資格。
二、大總統任期十年，可以連任。
三、每屆大總統選舉時，大總統代表民意，依第一條所定，敬謹推薦有被選舉為大總統資格者三人。前項被推薦者之姓名，由大總統先期敬謹親書於嘉禾金簡，鈐蓋國璽，密貯金匱於大總統府，特設尊藏金匱石室尊藏之。前項金匱之管鑰，大總統掌之。石室之管鑰，大總統及參政院長國務卿分掌之，非奉大總統之命令，不得開啟。
試想，做了大總統已是年滿四十歲，一任十年，而且可以連任，但到底可以連任幾次，一次或兩次還是三次，並未明確限製。人生不過百年，若連任數次，便是終身大總統了。後任的大總統必須由前任的大總統推薦三人，署名金簡，密貯金匱。將來選舉後任大總統時，除現任大總統有選舉的機會，可以連任外，隻有金簡中所寫的姓名可以參加選舉。照此製度，明明是總統可以世襲，如袁總統有十幾個兒子，他若在金簡上寫三個兒子的姓名，藏起來，等後任選舉，總要從他三個兒子中，選出一人；否則隻有老袁永遠活著，仍讓他連任下去，別人是永世無望了。
《大總統選舉法》既然已經改定，袁總統應按照法律規定施行，他便將自己中意的三人書藏金匱，有人說是黎元洪、徐世昌和袁大公子袁克定；也有的說是克定、克文、克良，全是袁家公子。但袁總統素好秘密，書藏時無人在旁，因此具體是哪三人，外人也無從知曉，不過妄加推測罷了。
光陰似箭，轉眼間到了民國四年。元旦期間，自然免不了一番封官授爵，隻是這次改用新頒布的官製。老袁一麵命令教育部整頓學校，提倡忠孝節義，要求所有小學校讀《論語》《孟子》二書，並列入科目，不得廢經。一麵頒布亂人自首特赦令，凡在民國三年十二月前，所有附亂人等，或被脅、或盲從，均可以向地方行政官署悔罪自首，由地方行政官呈請大總統特赦，給予免罪證書，回籍營業。
歐洲各國忙著戰爭，根本沒空管中國的閑事，美國雖屬中立國未曾參戰，但距華較遠，與中國也沒什麽齟齬。隻有東鄰日本虎視眈眈，自從攻取青島後，屯兵不撤，日夕綢繆。不但青島領土權被占去，就是青島街市上所有營業、行政等權，也被日本人占去。袁總統得此消息不由得吃了一驚。原來青島有一德華銀行，之前由德國人經營，老袁曾存著巨款，約計兩千萬馬克，準備將來恢複帝製時用。這次聽說日本人幹涉營業，擔心被日本人吞去，無從追索，豈不是白費金錢，破壞好事？領土權可以拋棄，私款確是萬難割舍！當下老袁急中生智，迅速通牒英、德、日三國，宣告撤銷山東戰場，牒文內列著三個理由：一、青島戰事現已完畢；二、膠、萊、龍口各處已安定；三、中國應設兵防海，阻禁匪徒侵入膠、萊各處作亂。如此一來，不能不要求日本撤兵。哪知牒文剛發出去，日本政府的照會就到了，照會中含混說道：“君有大誌，何必親近德意誌，難道我大日本帝國，就不能做一幫手嗎？”袁總統看到此照會，心裏一暖，躊躇了好一會兒，便邀請顧問員有賀長雄、西阪大佐等人秘密商議，托他們電達本國政府極力讚助。接著又電囑駐日公使陸宗輿，疏通日本內閣。