馮總統白費了一番心思，空勞了一回跋涉，沒情沒趣地折回北京，回到總統府中悶悶坐著。有幾個心腹進來探問消息，馮總統隻是不停地歎息。後來，陸軍部呈入軍報，多半是湖南的消息。二月初，湖北督軍王占元急電，報稱：“湘、粵、桂三省南軍攻陷嶽州，駐嶽總司令王金鏡退保臨湘，南軍占據嶽州後，連擾鄖陽、通城、蒲圻等處，聲勢非常浩大，請立即增派援兵。”馮看了此電，不禁怒發衝冠道：“真是了不得，看來隻好決裂了。”於是，委派曹錕、張懷芝、張敬堯為各軍總司令，由鄂赴湘，特派曹錕為兩湖宣撫使，張敬堯為前敵總司令，所有防鄂各軍統歸曹節製、調遣。虎變將軍曹錕首先率兵出發，於二月七日由津啟程，張敬堯於十二日從徐州出發，浩浩****地率軍前往湖北。隨後，總統府下令剝奪湖北襄、鄖鎮守使兼陸軍第九師師長黎天才、湖北陸軍第一師師長石星川、廣西督軍陸軍中將譚浩明所有官職、勳位、勳章，命各路派出軍隊嚴密追緝。
不久，總統府連發兩令：“對於前湖南督軍傅良佐一案，立即組織軍事法庭會審，嚴行審辦。周肇祥職司守土，遇變輕逃，交文官高等懲戒委員會依法懲戒。”“王汝賢、範國璋均剝奪軍官、勳位、勳章，交曹錕嚴行察看，留營效力贖罪。”
傅良佐與周肇祥是段派中人，所以要嚴辦；王汝賢與範國璋原是自己人，而且是奉命倒戈，當然不能重懲。馮總統又怕段派有議論，不得不剝奪兩人官階，仍留營效力，將功贖罪。後來，傅良佐始終不到案，並與馮氏反唇相譏，說自己罪輕罰重，不服馮氏裁判。另外，江西督軍陳光遠密承馮氏旨意主和，因而，贛、湘連續發生暴亂，陳卻擁兵坐視，不去援湘。總統府中雖下令促援，陳光遠料定並非馮總統本意，所以始終不動。此次，因段派彈劾，馮總統不得已下令，剝奪陳光遠上將銜及陸軍中將職位，隻留督軍一職。
投袂請纓的張懷芝已受任第二軍總司令，本應率軍出發，不讓人先，然而他卻徘徊觀望，甘心落在曹錕、張敬堯二軍的後麵。等到湘省檢閱使的任命頒布，張懷芝才欣然受任，帶兵出發，先命第一師師長施從濱取道九江，徑直前往湖北。隨後，張懷芝乘津浦鐵路火車南下經過南京，會晤江蘇督軍李純，商量好戰策後，前往南昌，援應曹、張二軍。
段派雖然已達到主戰的目的，但還想擁護段祺瑞複位，使段戰勝南方，得雪前恥，不給老馮留下口實。當時，段氏第一功臣要算徐樹錚，他奔走南北，動員倪嗣衝、張懷芝，讓下台的段祺瑞複興，主戰政策得以複活，因此徐絕對是段幕中首出人物。徐樹錚見段祺瑞隻出任參戰督辦，尚未複任國務總理要職，心中頓覺憤憤不平，再加上現在宣戰全是由馮氏出頭，將來若能收複湘省，再平兩粵，豈不是所有威名全歸老馮嗎？反顯得段氏沒有能力。想來想去，徐樹錚決定慫恿張作霖元帥，演一出好戲，威嚇馮國璋，叫他不得不起用段氏，這樣才能規複段氏的威名，貫徹平南政策。好在張作霖對徐樹錚已經非常信任，言聽計從，當下頒布動員令，調遣軍隊，東入山海關，聲稱為援湘而派兵南下。事實上，前隊到了秦皇島便逗留不行，整日逍遙海上，伺察往來各艦，誰也不知他在探何秘密。
過了幾天，正好從日本運來的大批軍械經過秦皇島，奉軍從旁打探，駕船人說是中國政府向日本購辦的。奉軍嘩然道：“我軍正缺軍械，今天湊巧有槍彈運來，何妨借我一用？”說著一齊登艦，七手八腳地把軍械搬到岸上。船夫怎敢阻撓？隻好眼睜睜地看著他們劫取。大約過了一兩個小時，全船的槍彈被搬運一空，奉軍也不稱謝，竟將軍械搬上火車，運往奉天去了。這一天是民國七年二月二十五日。二十六日，張作霖電告中央說：“奉省所派南下各軍已開往灤州。隻因槍械缺乏，時機緊迫，不得不變通辦理，現已將中央所購軍械運至奉天，除將軍械開單呈請備案外，謹先致電請罪。”馮總統看後非常憤怒，想向張作霖問罪，又怕他不服，隻好暫時坐觀其變。哪知這位張元帥真是敢作敢為，將軍械截取後竟分給部下各軍，並陸續遣入山海關，分駐京奉鐵路沿線。就連秦皇島、灤州、豐台、獨流、廊坊等處也都密密麻麻駐紮著奉軍。同時，在軍糧城設總司令部，張作霖自任總司令，因擔心京奉隔省，消息傳達得慢，張特派徐樹錚為副司令，代行總司令職權。軍糧城舊存軍糧共三千石，本屬陸軍部掌管，徐樹錚也不電請中央就擅自撥充軍食，大有士飽馬騰、踴躍待命的情景。
這樣一來，馮總統憂煩萬分，不得不派人去詢問。徐樹錚理直氣壯，說是為了援湘平南。當問到奉軍屯兵各要塞，不立即南下的原因，小徐竟張目厲聲道：“我隻知有段總理，段總理令我南下，我立即南下。”小徐這話明明是要段祺瑞複職，特地用武裝脅迫馮國璋。馮得知後，不由得滿腹躊躇，要是再任段祺瑞為總理未免自失麵子，要是不任段祺瑞為總理，背後伏著的小徐一定會仗著張元帥的威風前來脅迫。馮滿懷抑鬱，不堪言狀。國務委員大都是些無權無勢的人，國務總理王士珍屢次稱病，請假回去修養了，平常事務由內務總長錢能訓代理。但是錢能訓為了不得罪任何一方，總是用自願辭職的話來敷衍。無奈，馮總統隻好命秘書發一道通電谘詢各省，解決種種問題。而段派卻同聲鼓噪，堅持請段祺瑞再為總理。到了此時，馮總統也隻好忍辱負重，重用段氏了。
當時，曹錕、張敬堯兩軍先後到達湖北，張懷芝也撥軍相助，差不多有數萬雄師。王汝賢、範國璋由曹錕密授意旨，此時覺得勇氣勃勃，與從前退縮情形大不相同。此外，還有第三師旅長吳佩孚，由曹錕推薦為師長做前敵總司令。吳為報知遇之恩，身先士卒。在這種情勢下，不管湘、粵、桂三省聯軍如何勇敢，也隻能退避三舍，不敢爭鋒。湘、鄂各處激戰了好幾次，結果南軍全部戰敗。此時，海軍第二艦隊司令杜錫珪也來助戰，水陸夾攻，節節進逼，月塘嘴、白葛嶺、天嶽關等八處全部打了勝仗。隨後由曹、張兩大帥下總攻擊令，攻取嶽州。嶽州是湖南要隘，南方聯軍占領此地，就相當於管領全湘的門戶，怎肯得而複失，驟然退去？於是彼攻此守，你來我拒，相持了兩三天，槍林彈雨，血肉紛飛，城內外的百姓早已逃避一空，隻剩兩軍角逐，互相殘殺。結果是北勝南敗，南軍無法支撐，紛紛出城逃往長沙。
嶽州攻下，主戰派得勢，無不興高采烈，得意揚揚。徐樹錚仍在軍糧城催逼政府，迅速起用段祺瑞為總理，調度軍事，否則將引兵入京。國務總理王士珍早已打算呈請辭職，此時又為形勢所迫，更加堅定辭職的意念。於是，馮總統準他辭去，重新任用段祺瑞為國務總理。
段祺瑞當時正組織參戰事務處，任命靳雲鵬為參謀處處長，張誌潭為機要處處長，羅開榜為軍備處處長；聘定各部總長為參讚，各部次長為參議，並於三月一日宣告參戰事務處正式成立。三月二十五日，國務總理的任命頒布，段祺瑞也不推讓，當即受任。這是他第三次入閣了。
徐樹錚得知段祺瑞重任總理，便將灤州、豐台、獨流、廊坊等處駐紮的奉軍陸續調派，由津浦鐵路南下運往湘、鄂一帶，協助曹錕、張敬堯各軍進攻南軍。曹、張等得此援軍，軍勢更加強大，從嶽州出發，分道進兵，接連攻下平江、湘陰各城。湘、粵、桂三省聯軍逐路分堵，不敵北軍，隻好步步退讓。北軍乘勝進逼，到了同山口與南軍鏖戰一次，南軍再次戰敗，逃往長沙。曹錕、張敬堯見前軍得利，便命後隊一齊前進，齊攻長沙。南軍連吃敗仗，一個個膽戰心驚，已是未戰先慌，等到強敵壓境，哪裏還能迎戰？全部棄槍拋械向南竄去，整個一座長沙城，竟空空洞洞，毫無人影。北軍放膽入城，擊著勝鼓，鳴起行軍樂，喜氣洋洋。當時，馮政府已任命張敬堯為湖南督軍，等到張敬堯占據長沙，不等犒兵安民，就立即會同宣撫使曹錕向中央告捷。
國務總理兼參戰督辦段祺瑞連接捷電，喜形於色，以為湘省已經唾手可得，此後就好實行平南政策，達到最終目的了。隻是現在仍有幾件事讓人煩惱，一是前敵將士既有朝氣，必有暮氣；二是國庫空虛，無法久撐；三是受馮國璋牽製。徐樹錚竭力攛掇，很快把段總理的三慮一一打消。隨後，段祺瑞帶著交通次長葉恭綽、財政次長吳鼎昌出都南行，前往湖北去了。