就在袁世凱拒絕南下的時候，臨時副總統黎元洪呈交了辭職電文，交送南京參議院。二月二十日，參議院召開臨時副總統選舉會，投票公決，全院仍然一致選黎。黎不便力辭，隻好接受。
於是，南京臨時政府派遣教育總長蔡元培為專使，汪精衛、宋教仁為副使北上。此時，唐紹儀已經到達南京，知道無法協商，隻好同專使北行。專使於二月二十一日出發，二十七日到北京。正陽門外彩棚高搭，懸掛著巨大的匾額，上麵用翠柏紮出的兩個鬥方大字“歡迎”。兩字旁還豎著兩麵大旗，有紅黃藍白黑五色，隱喻五族共和。街道的左右站著軍隊，立槍致敬。老袁特派的專員，出城迎接。城門大開之時，軍樂齊鳴，鳴炮十餘下，作為歡迎南使的先聲。蔡專使帶著汪、宋，與唐紹儀下車步行入城。專使下榻的賓館早已精心打點好，館中物件樣樣具備，賓館外有禁軍特別保護。
第二天一早，蔡元培與汪精衛、宋教仁一起去拜見袁世凱。名帖一經送入，袁世凱立即出來迎見。雙方行過禮、分賓主坐定後，蔡元培起身將孫中山的書函和參議院的公文交給袁世凱。袁世凱讀完後，皺著眉頭道：“我非常希望能南下與諸位同仁建立共和，無奈北方局勢還不穩定，一時無法脫身。我年近六十，自問才力，實在無法承擔總統的重任，隻希望在共和體製下，做一個太平盛世的百姓。不知南方各位同仁，為何推舉老朽？難道莽莽中原，除了我之外，就沒人能擔此重任了嗎？”蔡元培道：“先生老成持重，海內聞名，何必過謙？江南軍民都盼著一睹先生風采，聆聽先生的高談。如果先生不能南下，恐怕南方人士還以為先生有什麽意見，反而招來閑言。”袁世凱又說道：“北方要我留下，南方又要我前去，可惜我沒有分身術，可以彼此兼顧。但若論及國都問題，依愚所見，主張北方。”
宋教仁年輕氣盛，有些忍耐不住，朗聲說道：“袁老先生的主張，鄙人認為未必可行。此次民軍起義，從武昌發起，至南京告成，在南京已設臨時政府、參議院。由於孫總統辭職，現在特舉老先生繼任，先生既受國民重托，理當以民意為重，怎能對北京戀戀不舍呢？”袁世凱摸著胡須微微笑道：“南京地處偏隅，無法統馭中原。而北京為曆代都會，元、明、清三朝均以此為根據地。我若舍此適彼，安土重遷，不僅北方人士不答應，就是外國各使館也未必肯遷移。”宋教仁道：“天下事不能一概而論。明太祖建都金陵，不也統一北方了嗎？如擔心與外國人發生爭執，我國並非被保護國，主權在自己手中，若要南遷，他們也無權幹涉。何況庚子拳亂後，東交民巷已成外使的勢力圈。他們儲械積粟，駐兵設防，北京隻要稍有變動，他們就會製我國於死地。民國剛建立，我們正好借南遷擺脫羈絆。如果按先生的意思仍定都北京，那麽就像受了清帝的委任似的。他日，民國史上，或許會認為先生是劉裕、蕭道成之輩。先生如若為此承受汙名，也太不值了！”聽到這番話，袁世凱有些憤懣，正準備與他爭辯，忽見唐紹儀過來。一番寒暄過後，唐紹儀道：“國都問題，不如他日召集國會公決。今日諸位到此，無非是邀請袁老南下，何必多費唇舌？諸位遠道而來，袁老自然以誠相迎，若能抽身南下，肯定不會辜負各位盛意。”此時，袁世凱起座說道：“老唐此言甚對，我敬謝諸位及孫總統和議員的盛情推舉，定會竭盡全力為國圖利、為民造福。請諸位略等三五天，如若北方平靜，再南下也不遲。”說完，便命手下設席接風。
席後，蔡元培一行人回到賓館。汪精衛向蔡元培問道：“先生，你看老袁究竟什麽意思？”蔡元培徐徐答道：“難以預料啊！”宋教仁道：“一看老袁的行動，便知他詭計多端，今日如此，明日可就說不定了。”蔡元培道：“他用詐，我用誠，他或許負我，可我不負他，這也算問心無愧了。”宋教仁道：“蔡先生光明磊落，老袁卻狡猾得很，恐怕此番跋涉是徒勞了！”
用完夜膳，三人閑談片刻後便各自安睡了。睡得正酣時，忽然聽見外麵人嚷馬嘶，又傳來槍彈聲、屋瓦爆裂聲、牆壁坍塌聲。三人慌忙披衣起床，開窗一看，外麵已是火光熊熊。正在驚詫的時候，突然聽見一聲槍響，一粒流彈飛入窗中，將室內的牆壁擊出一洞。蔡元培焦急地說道：“好厲害的子彈！幸虧我等沒被擊著，否則定要絕命了。”汪精衛問道：“難道是兵變嗎？”宋教仁回答說：“這定是老袁的手段！”正說著，隻聽見外麵有人呼喝道：“這裏是南使所在，兄弟們不要鬧事。”“什麽南使不南使！越是南使，越要打他。袁大人要南去了，北京正好沒人主持，我們正樂得鬧一場。”蔡元培捏了一把冷汗：“外麵的人竟是要與我們作對，難道我們就這樣白白送了性命？”宋教仁道：“我們隻有數人，無拳無勇，如果他們闖進來，該如何應對？不如現在就逃吧！”話還沒說完，大門外又傳來幾聲巨響，門上已被鑿出幾個窟窿。蔡、汪、宋三使趕忙取了幾件要緊的物件藏在懷裏，一起向後院逃去。幸好後麵有一麵矮牆，三人想讓役夫找桌椅過來接腳，誰知叫了數聲，一個人影兒都沒有。還好牆角旁有兩條破凳子，汪、宋兩人拿起破凳子就開始砸牆，由於逃命心切，泥牆很快砸出了一個窟窿，三人急忙魚貫而出。外麵是一條小胡同，還好沒人看守。
蔡元培道：“總算僥幸逃出來了，但我們能躲到哪裏去呢？”宋教仁道：“此地與老袁的寓所很近，不如我們直接去他那裏，就算他有心侮辱我們，也不能翻臉不認人吧！”當下便挑了一條僻靜小道前往袁宅。此時，袁世凱寓所的門外已有無數兵士把守，見到他們到來，幾乎要舉槍相對。宋教仁急忙說道：“我們是南來的專使，快去通報袁公。”一麵說著，一麵向蔡元培索取名帖。沒想到忙亂之中，蔡竟然忘了帶名帖包，隻好從袋角摸出幾張舊名帖交給守衛的士兵。等了好一會兒，才見有人出來請他們進去。
三人這才放了心，跟著那人向裏走去，隻見台階上已有人相迎，此人正是剛剛當選的總統袁世凱。三人趕緊走上台階，老袁也走近數步說道：“讓諸位受驚了。”宋教仁立即接話道：“外麵鬧得不成樣子，究竟是匪徒還是亂軍？”老袁忙回答說：“我已派人調查，大家快請進客廳，天氣還冷得很。”蔡元培等人進入客廳，等仆人送上茶水後，袁世凱才從容坐下說道：“不料今夜發生這變亂，連累諸公受驚，很是抱歉。”宋教仁先答道：“北方將士都聽袁公的，為什麽會突發此變呢？”袁世凱正要回答，廳外來了一人，報告說：“東安門外和前門一帶，有人到處縱火，現在還沒罷手。”袁世凱問道：“究竟是土匪，還是亂兵？為什麽沒人鎮壓？”來人答道：“並非無人鎮壓，隻是起事的是軍士，附和的才是土匪，兵匪夾雜，一時有些棘手。”袁世凱道：“這幫混賬東西，清帝退位，還有我呢！真是無法無天了！”宋教仁又插嘴道：“袁老先生，你為何不派人鎮壓呢？”“我已派人去了，隻是當時我正就寢，沒及時聽到警報，調派得有些遲了，所以一時半會兒平定不了。”蔡元培說道：“京都重地竟有此變，這如何了得？我看外麵火光衝天、槍聲遍地，也不知百姓受了多少災難！先生應立即平亂，才是為百姓造福！”袁世凱頓足道：“我正為此事著急呢！”話還沒說完，又有人報告：“禁兵聽說大人要南下，才發生激變，並打算謀害南使……”說到“使”字，袁世凱嗬斥道：“休得亂報！”來人說：“亂兵的確是這樣說。”袁世凱又說道：“為什麽縱火殃民？”“士兵起事，匪徒們自然乘機作亂了。”於是，袁世凱向蔡元培說道：“兄弟我還沒有南下，他們就已瞎鬧起來。若我已動身，不知要鬧到什麽時候。我早就料到會這樣，所以孫總統一再敦促，我不得不審慎而行。昨日，宋先生說我對北京戀戀不舍，我有什麽舍不下的，定要居住在這北京城？”說完後，哈哈大笑。宋教仁麵帶慍色又想發言，蔡元培用眼神示意他打住。袁世凱似乎有所察覺，便道：“我與諸位長談都忘了時間，現在夜色已深，恐怕諸位也餓了，不如小飲數杯，邊聊邊充饑。”說到這裏，便向門外喊了一聲“來”，便有差役入內聽命。袁世凱吩咐道：“廚房裏有酒肴，快去拿來。”不一會兒，酒肴就上來了。蔡元培等人早已饑腸轆轆，也不推辭，隨便飲了幾杯，就聽見晨雞報曉。這時，外麵又來人報告：“亂兵已散，大致恢複平靜了。”用完餐後，袁世凱安排蔡、宋、汪三人入客房休息。
第二天一大早，蔡元培三人洗漱完畢，剛吃完早點，就見袁世凱踉蹌跑來，遞給蔡元培一張紙說道：“蔡先生請看，天津、保定也有兵變的消息，真讓人焦慮！”蔡元培不由得皺了皺眉。袁世凱又道：“昨夜差不多有幾千商民被劫。此處兵變還未了結，天津、保定又發生警情。這讓我如何動身？”蔡元培沉吟半晌道：“隻好從長計議了。”
由於剛平息兵變，蔡元培等人暫住袁宅。一連兩天，他們都未見到老袁，隻接到老袁派人送來的警信，一是日本準備派兵入京，保衛公使；一是各國公使館，也有增兵消息。蔡專使有些發愁，便與汪、宋二人商議道：“北京如此多事，也不便強求老袁離京。”宋教仁道：“這都是他的詭計。”蔡專使道：“不管是不是他設下的圈套，依現在的局勢，隻好讓他上台。他若定要建都北京，我們也不能不遷就，隻要能統一中國，我們還有何求？”汪精衛道：“蔡先生高見。”這天傍晚，老袁也來磋商。無非是說南下為難，而且保定、天津的變亂比北京還要嚴重，現已派官員前去平息。還有公文來往頻繁，因此無暇敘談，還請諸公原諒，並代他向南方說明。蔡專使已不打算辯駁，便照老袁說的，給南京發電，略敘北京的情形，並補充說：“為今之計，應速建統一政府，我們盡可能遷就，以定大局。”孫中山接到此電，先與各部長商議，之後交由參議院決議。三月六日，參議院拿出六條辦法，由南京臨時政府轉達北方，條件列下：
一、參議院電知袁大總統，允許其在北京就職。
二、袁大總統接電後，即電參議院宣誓。
三、參議院接到宣誓之電後，即複電認為受職，並通告全國。
四、袁大總統受職後，即將擬派國務總理及國務委員姓名，電知參議院，求其同意。
五、國務總理及各國務委員任定後，即在南京接收臨時政府交代事宜。
六、孫大總統於交代之日，始行解職。
老袁拿到電報，瞧了第一條就已經心滿意足，其餘五條自然承諾。三月十日，老袁遵照參議院的議決辦法，歡歡喜喜地在北京就任臨時大總統一職。這一天，在京的舊官僚都來祝賀，蔡專使和汪、宋三人也不得不隨班就列。
袁總統舉行完大禮，宣誓完畢，又將誓詞電達參議院，參議院按慣例向他致頌詞，並將新修訂的《臨時約法》一起送達給他。袁世凱看後並無異議，於就職的第二天將共七章五十六條的《臨時約法》公之於眾。
約法頒布後，袁世凱開始任命國務總理，組織新內閣。盡管他早已決定任用唐紹儀為國務總理，但根據《臨時約法》的規定，總統任命國務委員，必須得到參議院同意，袁世凱隻好致電參議院議決。參議員聽說任用唐紹儀，多半讚成。於是，袁總理正式宣布任唐為國務總理。
任職當天，唐紹儀便奉袁總統的命令，前往南京組織國務院。唐總理提出要修改官製，將九部增至十二部，除外交、內務、財政、陸軍、海軍、司法、教育七部照舊外，將實業分為三部：工業、商業和農林；將交通分為交通和郵電兩部。這種修改本來是沒什麽道理的，隻因南北統一，兩方都有要人，而且都想壟斷部職。唐紹儀身為總理不能單顧一方，隻好想出這個方法來平衡南北人員。不過，修改官製必須經過參議院議決，如果議員反對，便不能成立，到時候唐也可援為口實。果然不出唐所料，參議院沒有通過，隻準分實業為工商和農林兩部，郵電仍並入交通部，結果九部改作十部。
三月二十九日，唐紹儀到參議院宣布政見，並提出各部總長名單，征求同意。這十部總長名單中，隻有蔡元培擔任教育總長與前相同，王寵惠外交總長改為司法總長，其餘各總長都換了新人。段祺瑞為陸軍總長、劉冠雄為海軍總長、趙秉鈞為內務總長，這三人都是袁係人物，無疑是老袁授意的。外交總長陸征祥屬於無黨派人士，財政總長熊希齡屬於新組的統一黨。農林總長宋教仁和工商總長陳其美與蔡元培、王寵惠，均屬同盟會。唐紹儀本屬舊官僚派，後來因為思想立場轉向民主共和，就在黃興、蔡元培的介紹下加入同盟會，因此當時有人稱這屆內閣為同盟會內閣。
得到參議院的決議後，唐紹儀即日致電北京。第二天，袁總統正式任命各部總長，交通總長暫命唐總理兼任。自此，唐式內閣完全成立了。
袁世凱宣誓就職，新內閣組成後，孫中山便到參議院辭職，並將臨時大總統印交還參議院。隨後，參議院投票決定將臨時政府移往北京，南京仍為普通都會。
袁總理任命前陸軍總長黃興在南京留守，控製南方軍隊，同時召唐紹儀回京。副總統黎元洪請辭大元帥一職，由袁總統改任為參謀總長事。所有前清的總督、巡撫，一律改為都督。這樣，政府以及各省人員的配備，也算粗粗就緒了。
隻有蒙、藏兩省一時無暇辦理，但袁總統已派人送信，勸其取消獨立，擁護中央。此時英、俄兩國正虎視眈眈，欲謀取蒙、藏。活佛喇嘛毫無見識，任外國人播弄，怎麽會僅憑袁總統一紙空文，就乖乖聽話呢？袁總統明知無益，卻不得不敷衍表麵，暗中卻用著全力，進行政府內部的運作，提出裁兵和借債兩項主張。
當時，各省的革命軍差不多有幾百萬人，既然南北議和，中央政府已完全成立，要這麽多的兵還有什麽用？更何況袁總統心裏天天防著南軍，早一日裁去，他便早一日安心。但是著手裁兵，首先就需要錢。當時的南京臨時政府，已是靠借債度日。從蘇路、招商局、漢冶萍公司得到的借款雖有五六百萬，但一到手就立即用盡；後來又發行軍需公債一億元，仍入不敷出。唐紹儀南下組閣時，撤銷南京政府，但所有欠款必須歸北京政府負擔。南京要兩三百萬，上海要五十萬，武昌方麵也要一百五十萬，都向唐總理支取，說是欠的軍餉無法再拖延了。唐總理立即致電北京，袁世凱複電，命他根據情況自行決定。於是，唐總理不得不向外國銀行低頭乞貸，四國銀行團仗著財大氣粗，願意出借巨款。
早在清宣統二年，清政府為了改良幣製和振興東三省實業，擬借外款一千萬鎊。英國的匯豐銀行、法國的法蘭西銀行、德國的德華銀行以及美國的花旗銀行，合資應募，彼此訂約，組成四國銀行團。但由於日、俄兩國抗議以及武昌起義的爆發，四國銀行中途縮手，交過四十萬鎊的墊款之後，便不再支付。直到民國統一，袁世凱出任臨時總統，他自知上台辦事不能沒錢，所以準備找銀行團商借。此時，四國公使也應銀行團請求，致函袁總統，願輸資中國，幫助建設，但是要求得到借款優先權。袁世凱自然同意，但要求先墊款四十萬鎊，以應急需。銀行團立即給付。
但按南方的要求，唐總理還是無法應付，隻好致函四國銀行團，請求再給一千五百萬兩的墊款。銀行團雖然同意，但提出需要擔保和監督，還要求將這筆款項的用法一一詳列。唐紹儀認為條件太苛刻，不願遷就，便與在華的比利時銀行商議借墊款一百萬鎊。比利時本是西洋小國，商人在中國沒有什麽特權，不過垂涎借款的利息，有意投資，便聯合俄國銀行以及未列入團體的英法銀行出認借款，議定利息五厘，以京張鐵路的餘利作為抵押。唐紹儀接收此款後，便支付南京二百三十萬兩、武昌一百五十萬兩、上海五十萬兩，其餘都攜至北京。但沒過幾天就用得精光，又要去仰求外國人了。
哪知四國公使卻來了一個照會：“唐總理擅借比款，與前時袁總統複函，許給借款優先權顯然違背，即望明白答複。”袁總統自知理虧，隻好求美公使出麵調和，美公使便邀請唐總理一起去拜會三國公使。此時的唐總理也顧不得麵子，平心靜氣地向各使道歉，並婉言說道：“此次借用比利時等國的款項，實在因南方急需。若貴國銀行團肯借巨資給我，移償比款，與比的約定便可取消。當時未能關照，實屬冒昧，還求貴公使原諒。”英、德、法三國公使仍然怒目相視，美公使忙嘰裏咕嚕地說了數語，各國公使的情緒才稍有緩和，但提出三個要求：一、另訂日期，向四國銀行團道歉；二、財政預算案必須送各國備閱；三、不得另向別國秘密借款。唐總理一一同意，雙方才盡歡而散。
這邊協調好後，唐總理立即電致比利時銀行，提出取消借款約定。比利時商人怎麽肯將到嘴的肥肉讓與他人？自然反唇相譏。唐總理無可奈何，隻好又托美公使做中間人，代為調解。美公使便一麵與英、法兩國公使商議，請英、法兩國公使阻止英法銀行與比利時聯合，以此斷絕比利時銀行的資金來源；一麵又與比使談判，逼他們停止銀行借款。比利時公使，自知螳臂當車，堅持無益，樂得討美使歡心，同意勸比利時銀行取消借約。比商雖不甘心，無奈合股的英法銀行已經退出，上頭又有公使壓力，不得不同意取消借約，但索還墊款一百萬鎊。
與此同時，唐總理與銀行團就之前尚未商討的事宜舉行會議。唐總理提出，銀行團在六個星期內，先貸給三千五百萬兩，以後每月付一千萬兩，自民國元年六月起至十月止，共需七千五百萬兩。但銀行團提出質疑，之前隻需一千五百萬兩，現在忽然加添數倍，究竟幹什麽用。隨後，四國銀行團各選派代表到唐總理府中，要求與唐麵談。唐總理當即接見，各代表開口便問借款的用途。唐總理不假思索，信口答道：“無非為遣散軍隊，發給恩餉。”各代表又問及實需數額。唐複答道：“非三千萬兩不可。”各代表又問：“為什麽要這麽多？”唐總理隨口應酬道：“軍隊林立，若要一一裁並，三千萬還是少數。如果隨時酌裁，照目前所需，三五百萬也可將就敷衍。”各銀團代表看他忽增忽減，多寡懸殊，不禁笑問道：“總理前天曾借過比款一百萬鎊，用在何處？”唐將付給南京、上海、漢口等款額一一列出，並表示除支付給南方外，其餘的都用在北京。各代表不滿地問道：“貴國這般濫用款項，敝銀行團雖有多款，也不便草率輕借，需知有借期，必有還期，貴國難道有借無還嗎？”唐總理被他一問，無話可說了。這時，德華銀行代表起身離座道：“用款如此模糊，若沒有好的辦法，如何借？”唐總理也起立道：“什麽辦法？請明示。”德代表冷笑道：“要借款，必須由敝國監督用途，無論是否裁兵，沒有我國監督，都屬無效。”唐總理遲疑半天道：“這可能不方便吧。”各代表都起身道：“貴總理既然說不便，敝銀行團也並非一定要出借。”說完，便要走。唐總理忙又說道：“我們還可以再磋商。”各代表一麵往外走，一麵說道：“此後借款事項也不必與我等商量，請直接向敝國公使商議。”說完，便揚長而去。
唐總理非常失望，隻好轉達袁總統。袁總統默默籌劃，又想了一計：既然四國銀行團這麽強硬，我何不轉向別國銀行暫時借貸呢？計劃已定，他便暗地裏派人四處活動，日本正金銀行、俄國道勝銀行居然仗義責言：“四國銀行團既應政府許可，願借款幫助中國，理應遷就一點。否則銀行團此舉太不近人情了。”此話一出，英、美兩國公使難免有些恐慌，暗想日、俄兩國從中作梗，肯定不懷好意。如果借款被搶先，又要費無數唇舌才能搶回。當下，英、美兩國公使便照會臨時政府，願再次出麵調停。袁總統當然樂意，仍委托唐總理出麵協商。唐總理懲前毖後，實在不願意再擔當此重任，但又急著籌款，隻好硬著頭皮出去商辦。這時，新任財政總長熊希齡來京任職了。