為了一舉**平南方，也為了讓馮國璋刮目相看，段祺瑞決定一不做，二不休，索性再多借些外債，籌足餉械，派遣十萬雄師平南。於是，段授意曹汝霖、陸宗輿二人再去借款。曹汝霖現任交通總長兼財政總長，陸宗輿是浙江海寧人，遊學日本，畢業於法政學校，回國後輾轉遷擢，累居顯要。民國成立後，陸先後任國務院秘書及駐日公使、幣製局總裁等職，宦囊充裕，多財善賈，並與日商合辦中華匯業銀行，做該行總經理。曹、陸兩人同是親日派，與駐日公使章宗祥一個鼻孔出氣。這次奉命借債，曹、陸自然電告章宗祥，內外一起張羅。東鄰日本極為慷慨，隻要曹、陸、章與他籌商，無不答應，隻是抵押需要穩固，信貸契需要嚴密，這兩事辦好了，便有幾千萬的銀元源源接濟。日本到底有何用意，肯這樣替民國騰挪，苦心經營呢？從民國七年六月開始到九月，中國政府共向日本借款五次：
第一次，以吉林、黑龍江兩省全境森林礦產為抵押，向日本興業、朝鮮、台灣三銀行借款三千萬元。
第二次，以鹽稅餘款為抵押，向日本銀行團借第二次善後借款一千萬元。
第三次，以吉會鐵路所屬的一切財產和收入為抵押，向日本興業銀行、台灣銀行、朝鮮銀行，以修建鐵路為名借款一千萬元。
第四次，以滿蒙四路鐵路所屬的全部財產和其收入為擔保，向日本三銀行再借鐵路款兩千萬元。
第五次，以從山東濟南到直隸順德間，及由山東高密到江蘇徐州間的鐵路為抵押，向日本興業、朝鮮、台灣三銀行借順徐鐵路款兩千萬元。
以上各種借款契約，各備中、日文兩份，政府、銀行互執一份。合同中規定，若將來雙方發生疑議時，應取日文條約，不適用中文條約。曹、章、陸三人隻管借款到手，根本不管有何隱患，所以日本人如何說，他們便如何做。此外，還有製鐵借款、參戰借款等大約數十萬到上百萬借款，有的向日本借，有的向英、美等國借，還有少數借款無從查明。隻要能實現段祺瑞平南的目的，什麽森林、金礦、鐵路全部都可抵押出去。怎奈南軍堅持到底，誓與北方抗拒。一幫軍閥議員聯合起來，先由議員選定會所，組織非常國會與軍閥溝通意見，訂立軍政府組織綱目，並按大綱第三條“軍政府應從非常國會中選出政務總裁七人，組織軍政會議，行使職權。”，投票選舉出唐紹儀、唐繼堯、孫中山、伍廷芳、林葆懌、陸榮廷、岑春煊七人為政務總裁。後來，孫中山辭去大元帥一職離開廣東，前往日本；唐紹儀有事去了別的地方，沒有就職；所以由岑春煊、伍廷芳等人製定政務會議條例及政務會議內部附屬機關條例。民國七年五月二十日選出政務總裁，七月五日宣告軍政府成立。從此，南北兩方勢成對峙，段總理強烈的統一願望，反而導致了更大的決裂。
軍政府成立後，加快了北伐的進度，要麽攻閩，要麽攻湘，要麽攻瓊崖，相繼不絕。北方援粵總司令張懷芝統率炮步兵二十營，由山東進入湖北，再由湖北到江西，駐紮江西樟樹鎮，準備攻粵。粵軍先發製人，進攻贛邊，占領了虔南縣城。之後虔南縣被贛軍攻克，張懷芝正打算乘勝追擊，偏偏生了重病，隻好停止進軍，返回漢口養病。
這時還有一件事需要提及，炳威將軍陸建章，即原陝西的鎮守使，後來被陳樹藩趕走的大將軍，對於段祺瑞派袒護陳樹藩，將自己攆出，一直懷恨在心。待到馮、段交惡，陸建章樂得聯馮拒段，奔走於贛、鄂，動員各處和議，牽製段派。馮總統喜得一助手，特任陸為炳威將軍。這一任命立即引來段派的仇視，徐樹錚幾次都想殺死陸建章。當時，小徐為奉軍副司令，往來於北京、天津之間，他聽說陸建章在天津慫恿奉軍駐津司令部停戰言和，立即前往天津調查。果然消息不假，小徐怒發衝冠，當下寫了一封邀請函，請陸建章來司令部商談軍情，暗中卻秘密布置，埋伏士兵，專等陸建章掉進陷阱，好結束他的性命。陸建章知道徐樹錚恨自己，但想他總不敢隨便殺人，於是昂然前往奉軍司令部。徐樹錚高興地出來迎接，並設宴款待。座中陪客全是奉軍軍官和徐樹錚的左右手，席間也未曾提及時事，隻是猜拳行令，把酒言歡。等酒闌席散，徐樹錚站起來對陸建章道：“這裏有一花園，風景頗佳，請入內遊玩一番。”建章不知有詐，隨他進去。入園後，樹錚使一眼色讓左右掩住園門，當即翻臉對建章厲聲說道：“你可知罪？”建章失色道：“我有何罪？”樹錚道：“你為南方做走狗，東奔西跑，主張和議，破壞內閣政策，還敢說無罪？”建章道：“海內苦戰，主和也不失為一個好計策。況且今日主和也不止我一人，怎能歸罪於我？”樹錚怒目道：“你不必多說了。”說著便命左右拿下建章，綁在園中樹上。建章趕緊求饒，願為樹錚幫忙。小徐置之不理，從囊中取出手槍，扳動機簧，隻聽“呯”的一聲，就把這位陸將軍送到冥府去了。隨後，徐樹錚致電國務院及陸軍部，說：“樹錚竊念陸建章勾煽軍隊，聯結土匪，擾害魯、皖、陝、豫諸省秩序……當令就地槍決，冀為國家去一害群之馬，免滋隱患”。
徐樹錚放膽橫行，擅自將陸建章槍斃，不僅未自請處分，反而自認為殺了陸建章對國家有功。國務總理段祺瑞、陸軍總長段芝貴看了小徐的報告，又驚又喜，自然替他設法辯護。檢查之前的文牘，如張懷芝、倪嗣衝、陳樹藩、盧永祥等都有彈劾陸建章的成案，於是段將文牘匯成檔冊，與徐樹錚的電文一並送入總統府，請令辦理。馮總統長歎數聲，暗想建章已死，不能複生，如果向小徐發難，又會得罪段氏，惹起爭端，隻好下一指令道：
據張懷芝、倪嗣衝、陳樹藩、盧永祥等先後報稱陸建章幾次在山東、安徽、陝西等處勾結土匪，煽惑軍隊，希圖倡亂，近來陸又在在滬勾結亂黨，當由國務院電飭拿辦。茲據國務總理轉呈，據奉軍副司令徐樹錚電稱，陸建章由滬到津，又來營煽惑，當經拿獲槍決等語。陸建章身為軍官，竟敢到處煽惑軍隊，勾結土匪，按照懲治盜匪條例，均應立即正法。現在既然已拿獲槍決，著即剝奪軍職、勳位、勳章，以昭法典。此令。
令文雖然這樣說，馮總統心裏卻更加仇視段派。不過，陸建章也並非善類。從前袁總統時，曾委任陸建章為軍警執法處處長。陸承袁旨意，派手下偵察反對黨，捉一個，殺一個，捉兩個，殺一雙，還常常公報私仇，亂殺無辜。陸建章居住的院落陳屍累累，所以京中人士見他請客，多有戒心，稱他的請柬為“閻王票子”，並因他殺人太多，又贈他一綽號叫“屠夫”。這次，陸掉進小徐的陷阱，突遭槍決，也算是罪有應得。
徐樹錚誘殺陸建章，為段祺瑞除掉了一個絆腳石，自以為是一條好計，哪知有得必有失，又白白多了一個仇家。陸建章的妻子馮氏是旅長馮玉祥的姑母，馮氏突然聽到丈夫被殺的消息，悲從中來，痛哭了好幾場，並要馮玉祥代報夫仇。馮玉祥本是皖中望族，其父在前清時為直隸候補知府，寓居天津，馮玉祥就是在天津出生的。小的時候，馮曾到教會學校讀書，所以投入基督教籍。後來入保定軍官學校，由該校保送到武衛右軍，擔任頭目。浙江督軍楊善德見了馮玉祥，認為他能成大器，便推薦給段祺瑞。段並不欣賞馮玉祥，馮玉祥隻好自尋門路。後來，馮玉祥為第三鎮步兵第五標第十團第三營管帶，統率百人，駐紮房山縣。很快，馮所帶營兵由陸建章謀劃，改編為京畿憲兵營，士兵擴充到了兩千名。民國二年，第二、三、四、六、七師移鎮鄂、湘、蘇、皖等地，北洋防務空虛，袁世凱命募新兵，編練混成旅。馮營為陸軍第十六混成旅，馮玉祥任旅長。第二年馮玉祥拔營南下，一直駐紮武穴。段祺瑞一意主戰，命馮玉祥率軍支援福建，後又改命支援湖北。馮玉祥本來就不想附和段派，因而一直觀望不前，並且有意服從馮總統，他曾發出通告請迅速罷兵，並有“元首力主和平，討伐各令都出自脅迫”等語。段氏因他擁兵自大，不便說什麽，隻能暫時觀望。哪知霹靂一聲，陸建章斃命，馮玉祥顧念親情當然驚心，再加上姑母馮氏哭著求他報仇，玉祥也不禁嗚咽道：“姑父平日所為，我也極端反對，屢勸他緩獄恤刑，姑父卻習以為常，遂以致怨家挾恨，陷害於他。但今屈死小徐手中，侄兒我實在是不甘心。小徐靠老段的勢力橫行不法，暴戾恣睢，我若不為姑父複仇，如何對得住姻戚？但目前尚難行動，我部下不過數千人，勢必不能一舉成功，我死也不足惜，死且無益，不如從長計議。”姑母馮氏聽了此話，覺得很有道理，隻好揮淚走了。
馮玉祥經過此變，便與段內閣決裂，宣告獨立，部下副官李銘鍾、團長楊貴堂、何乃中等仍願效力。段總理平白多一敵手，不得不格外加防。
湘南未平，閩軍又敗，龍裕光孤守瓊崖，屬地已失去大半，專等援粵總司令張懷芝一軍入粵解圍。哪知張懷芝病倒漢口，遲遲不見病愈。留駐江西的張軍才移到醴陵，就被南方間諜偵悉，南軍竟從攸縣進兵，猛地撲向醴陵。張軍猝不及防，數十營士兵倉皇逃跑，嚇得養病漢口的張司令出了一身冷汗，帶病乘車返回北方，引咎辭職了。瓊州失援，龍軍隻好放棄巢穴，向北逃生。
麵對一係列變故，段氏背後的小徐格外擔憂。他本想推倒馮國璋，奉段祺瑞為總統，舉張作霖為副座，所以請張作霖幫忙，合力同謀。隻是段氏認為南方未平，沒有豎起威望時不便驟任元首，所以小徐對平南政策非常看重。如何借債，如何調兵，多半由小徐獻策，慫恿段氏進行。偏偏事不從心，計策多半沒有遂願，小徐怎麽能不五內俱焚呢？躊躇四顧，小徐憤不可遏，自想平南政策不能貫徹，都是由馮派橫生阻力，以致種種障礙。當下，小徐打算使出釜底抽薪的招數，將老馮這顆眼中釘拔去，改擁段為總統，然後令出必行，全軍一心平南。說幹就幹，徐樹錚立即組成新國會，為選舉總統做準備。好在各項借款還未用完，小徐先將軍事暫且擱置，一意慫恿議員，組合政黨。帝製餘孽梁士詒、王揖唐趁機出頭，來做小徐幫手，漸漸地三五成群，四五結隊，湊齊了數千人，迎合小徐，擁戴老段，並取了一個黨名“安福”。“安”是安邦，“福”是福國，名稱雖然非常動聽，但一幫安福係中的人物，究竟是為國家著想，還是為自己著想，不得而知。
民國七年七月十三日召集新國會，第一個問題就是選舉新總統。馮總統本來就是代任，期限不過一年。他從民國六年八月一日入京就職，到七年八月任期已滿，理應卸職另選，所以召集新國會的命令由馮總統頒發。馮並非不想續任，但有段派這個對頭，自知續選無望，還不如與老段同時下野，倘若自己退位，段氏繼任，這是無論如何也不甘心的。於是，他暗中囑咐同黨，設法阻止段當選。江南督軍李純、第三師師長吳佩孚暗中秉承馮意，一再通電，主和反戰。就連直隸督軍兼四省巡閱使曹錕也屢開督軍會議，不願擁護段。至於擁護張作霖為副總統，各督軍都不讚成，段派中除小徐外，也多反對張元帥，所以張作霖有些賭氣，不肯再為段效勞。轉眼間已是八月，新國會議員聚集北京，馬上就要開會了。馮總統預先加以防備，頒一通電說：
……今距就職代理之日已逾一年，而求所謂統一和平，乃如夢幻泡影般杳無把握。推其緣故，國璋一人，難辭其咎。……今攝職之期業將屆滿，國會開議，即在目前，希然國會議員，各本一良心之主張，公舉一德望兼備，足以恢複統一和平者，以副約法精神之所在，加固國本，消除隱患……這篇電文，看似引咎自責的謙詞，其實意在阻撓段氏當選。段主戰，馮主和，戰爭向來被百姓所痛恨，電文中屢次說統一、和平，無非是馮聲明自己本意不願戰，將此次調兵遣將，借債濟師以及種種挑撥惡惑、毒害生靈的舉動都推到段身上，好讓新國會人員體察民情，不選舉段祺瑞。並且馮鄭重提出叫各議員存些良心，公舉一位統一和平的總統，這顯然是在反對段祺瑞。