南方自主軍隊組成廣東軍政府，反抗北方，本來與北方各執己見，不相通融，但對依法繼任的馮代總統還是承認的，隻與段祺瑞交惡。因此，馮總統的通電發出後，廣東軍政府接著發一通電，不承認北京新國會，更不承認其選舉出來的總統。
南北兩方一呼一應，都來反對段祺瑞。段暗想人眾我寡，何苦強出頭，還不如與馮國璋一起下台。於是，段宣告，願與馮一同下野。小徐仍不罷休，非要將段扛抬上去。段總理思深慮遠，不願冒險一試，不管小徐如何慫恿，他就是打定主意堅決不冒險。但馮、段二人全下野，總統的寶座究竟屬於誰呢？難道中華民國從此沒有總統了嗎？於是，小徐邀梁士詒、王揖唐等人開秘密會議。除馮國璋、段祺瑞外，隻有一位資深望重的大老有擔任總統的資格。這位大老就是前清內閣協理大臣，袁世凱的國務卿徐世昌。
徐世昌本非軍閥，不過他在前清時外任總督，內握軍機，與軍閥家往來已久，為武人所傾心。這次，徐久居天津，名為修身養性，實則對中央政事無不預聞。從元首到軍閥，全因他老成重望，隨時谘詢，將他的片言作答奉若準繩。徐世昌可謂是北方泰鬥。小徐等人主張推舉徐，無非因南北紛爭，形勢日益惡化，國璋、祺瑞既然願意一起下野，不如擁戴老徐，或許還可製服異類，保持本派勢力。主意打定後，小徐馬上派人到天津勸駕。徐世昌向來圓滑，怎麽會一請就來呢？免不得要做一個謙謙君子。小徐按計劃進行，促令新國會開議，選定王揖唐為眾議院議長，組織總統選舉會，在規定的日期內舉行。九月四日，議會選舉新總統，到會議員共四百三十六人，上午十點投票，午後開箱驗票。徐世昌竟得了四百二十五票，當選為總統。當場由議會備文谘照國務院，國務院立即通電各省，並通告全國。第二天，舉行副總統選舉會，等到中午，兩院議員到場還不到一半。議長當場計算，所有到會議員不足法定人數，即使投票也屬無效，隻好延期選舉。從那麽一天天拖延，竟將副總統問題擱置一邊，純粹不再提議了。徐世昌聽說自己當選，趕緊發一通電，懇辭總統一職。
當時，國會仍照舊製組成參眾兩院，既然已由徐樹錚暗中操縱，王揖唐竭力鼓吹，產出新總統徐世昌，眾人怎麽肯再讓他辭去呢？於是由兩院聯名，堅決請徐世昌出山。就是代任終期的馮國璋也生怕徐世昌不來，而改選段祺瑞，所以致電老徐，格外敦勸，真誠地希望他能接受總統一職。
國務總理段祺瑞已決定犧牲職位與馮國璋一起下野，樂得賣個人情，向徐世昌致勸駕書。此外，如黃河、長江兩大流域所有督軍、省長等都一致擁戴徐，電文絡繹不絕地傳到徐府，無非請徐如期就職，保護黎民。唯獨廣東軍政府中岑春煊、伍廷芳兩總裁拍電致徐，勸他千萬不要就職。
古人有言“一傅眾咻，終歸無效”。徐世昌當選總統，中國有十八、九個省表示讚成，隻有廣東數省勸他不要就職，這顯然就是一傅眾咻。中華民國大總統的職銜是所有人求之不得，夢寐以求的，徐世昌也是血肉之軀，他難道不願接受這飛來的富貴嗎？其實，徐再三推辭，不過是掩人耳目罷了。各處請駕的電文像雪花般飄到天津，老徐檢閱一番，見隻有廣東軍政府反對。老徐暗想廣東方麵寡不敵眾，遠難圖近，岑、伍即使硬來攔阻，也是人寡地遠，無力回天還不如等自己登台以後，再與他們言和，如果不同意，再做計議。人生在世，能就此出些風頭，也好作為一生的紀念。想著想著，老徐怦然心動，決意就職。但他沒有馬上動身入京，而是等各方麵再來敦促。果然不到幾天，京內外的促駕電報連番拍來，老徐這才提出“息事寧人”四字，作為借口，同意赴京就職。好不容易又挨過一二十天，到了民國七年國慶日，徐世昌這才收拾行李前往北京。馮國璋聽說徐世昌即將到來，特地於十月七日發出通電，陳述一年中的情形及時局現象。
據說馮國璋向來貪財，從前擔任蘇江督軍時，販運煙草，官商並營。此次總統卸任，馮將總統府中所有值錢的物件，一股腦兒搜攏來，移出外府，據為己有。就連南北海中的禁魚也被馮全部賣掉，隻剩下曆年檔冊，移交後任。
民國七年十月十日，正是國慶紀念日，京都上下，爭迎新總統蒞任。上午十點，一位頭發花白的老人穿著製服登堂，行就職禮。一切禮儀全照曆屆總統就職的成例，所有誓詞也沿襲舊文，沒有大的改動。文武百僚群來謁賀，很是熱鬧。由新總統委派的秘書長代讀蒞任宣言書後，就職禮告成，大家陸續散去。於是，馮政府告終，徐政府開始了。
徐世昌既然以“息事寧人”為借口繼任，當然是主張和平，不能再戰，這與段祺瑞的政策絕對不同。段因主戰無功也有倦意，再加上之前曾宣告眾人，與馮一同下野，馮已離去，他若再戀權，豈不是言而無信，坐失人格嗎？段於是提出辭職書，呈入總統府。徐總統雖無意留段，但仍虛與周旋，派人慰留。見段祺瑞決意告辭，徐總統便下令允準，改命內務總長錢能訓暫行兼代國務總理，但參戰督辦一職仍屬老段。段也不再謙虛，專顧參戰事務去了。
南方軍隊自從組成軍政府後，與北方對壘分峙，分做兩頭政治，有些不容易融和。於是，徐總統令錢總理及各部總長聯名通電，傳達南方，商量休兵息戰的辦法。
北方新選總統，廣東非常國會當然反對，並曾於雙十節前一日，特開兩院聯合會議，決定暫時委托廣東軍政府代行國務院職權，總統選舉從緩舉行。議案訂立後，非常國會谘照廣東軍政府。軍政府立即開政務會議，承認國會議決案。當日通電宣告，由廣東軍政府代行國務院職權及大總統職權。
由此可見，南北論調是絕對不能相容的。不管北方的徐總統與錢總理如何勸告，也屬枉然，徒落得口幹舌燥。徐總統不肯罷休，想從外交上著手，聯絡美、英、法、日、意各國從中調停，力謀南北統一。而美國總統威爾遜曾一再演說，力勸世界和平，中國為世界的一部分，理應如美總統所說，列入和會。隻是現在南北自相爭擾，內部尚且未和，怎好對外？所以，徐總統窮思極想，呼求外援。外國人也願意助一臂之力，於是徐總統發一命令，讓前敵軍隊全部罷戰。
隨後，美國公使出來幫忙，向廣東軍政府提出說帖，勸南軍速息內爭，自謀統一。於是，廣東軍政府通令前敵各軍，全體休戰。政務總裁岑春煊等人發一電文傳到北京，寄給徐總統，決定以上海租界為中立地點，仿效辛亥前例，由雙方各派相等人數的代表，委以全權，舉行會議。徐總統接到電文，喜出望外，立即複電表示同意。同時，由國務院附致一電，提議“雙方各派代表十人，臨時推選首席，共同協議。會議地點選在南京，最為合適”。北方這邊，擬委任江蘇督軍李純主持。李純本來聽從馮國璋，向來主和。他聯同江西督軍陳光遠、湖北督軍王占元，稱為“長江三督”，與主戰派對抗。此次徐政府鼓吹和平，李純當然同意主持，所以與中央往來文件中，除例行公事外，多是籌商和平的辦法。隻是北方想在南京議和，南方想在上海議和，雙方因議和地點爭持不下，所以尚未決定何時開議。不過總算有了一絲和平氣息。
此時，歐洲戰事已經平息，於是英、美、法、日、意五國公使奉五國政府訓令，願出麵為中國南北和議做調解人。五國公使先是提出勸告書，遞交北京政府，隨後又電令駐粵領事，向廣東軍政府致書勸和。
徐總統與錢總理已得到外國承認，於是立即通電各省，召集督軍到北京商量和議的辦法。奉天、安徽、直隸、吉林、湖南、湖北、江西、山西等省的督軍以及淞滬護軍使盧永祥，綏遠都統蔡成勳等都先後到京。徐總統特地選了集靈囿四照堂作為會議場。而後，徐總統帶著全體國務員和參戰督辦段祺瑞入堂開會。各督軍有許多原是主戰派，但迫於內外壓力，也就不再堅持之前的觀點，都見風使舵，同聲呼和。就連勢必平南的段督辦也認為久戰無益，對主和提議表示讚同。大會討論了大半天，主要商議了五個問題：一、停戰撤兵；二、如何應付外交；三、停戰之後各省的善後工作；四、收束軍隊的辦法；五、整理財政的用途。第二天，政府將議決通電各省。各督軍陸續出京，各回原任。隨後，禁募軍隊，各種弭亂求治的通令陸續頒布。另外，熊希齡、汪大燮為疏通與協約國之間的感情，特在北京發起協約國國民協會，熊希齡為會長，汪大燮和法國人鐵士蘭為副會長。總統府中則特設外交委員會，汪大燮為會長，熊希齡等人為委員。委員會的職責主要是調查、審議對外事項。此外，如全國省議會、商會、教育會也都推舉代表，在北京組織全國和平聯合會，於民國七年十二月十八日成立，旨在推進南北和平。
民國八年二月中旬，北京政府命朱啟鈐到南京，作為南北會議全權代表，會同江蘇督軍李純開始議和。廣東軍政府推選政務總裁唐紹儀作為南方總代表，但唐紹儀到了上海，不肯再前往南京。費了一番筆舌，經江蘇督軍李純調解，北方同意南方的要求，將議和會場改在上海。民國八年二月二十日上午，借上海舊德國總會為會場，南北總代表各引分代表同蒞會所，兩派並聚一堂，差不多與辛亥會議的陣勢相似。
會議開始後，先由南、北總代表各陳宗旨，然後各代表們全部起立，向著國旗，歡呼：“中華民國萬歲！和平統一萬歲！”閑談幾句後，就散會了。第二天，開始正式會議。南方總代表唐紹儀首先提出陝西問題，要求撤換陝西督軍陳樹藩。原來，南方國民黨於右任曾到陝西境內糾結黨人，與陳樹藩有過摩擦。陳樹藩本是段派健將，堅決不讓國民黨占據一丁點兒領土，因此屢攻於軍。於軍不甘退讓，雙方一直相持不下。徐政府雖已通令停戰，但陳樹藩有段祺瑞為靠山，根本不把中央命令放在眼裏，仍自由行兵，所以唐總代表首先質問，要求將陝西督軍撤換。北方總代表朱啟鈐願意轉達中央，立即草就電稿派人拍發，請政府速令陳樹藩停戰。此外所議的事情如八年公債、參戰借款以及湘督軍張敬堯仇視國民黨等，對於這些問題，雙方沒有大的分歧。
次日，接到徐政府的複電，說已特派張瑞璣赴陝監視，責令陳樹藩立即停戰。於是，唐紹儀、朱啟鈐兩個總代表商榷，決定用和會名義致函張瑞璣，催他立即赴陝，監督、束縛兩方軍隊。函電發出後，雙方約定等陝西停戰後，繼續開會。過了兩天，再次開會。南方總代表唐紹儀取出陝西於右任來電，聲稱陳樹藩部下劉世瓏仍率眾進攻於軍，顯然違背和議的宗旨，北方應擔負責任。朱總代表隻好申電陳請，權詞相答。又過了兩天，唐紹儀邀朱啟鈐開會，出示陳軍依舊挑釁的警電。朱總代表無言以對，隻說政府如不速停陝戰，他便辭職。轉眼已是二月二十八日，唐總代表在會議席上向朱總代表抗議陝西戰事，限期四十八小時內答複。朱總代表自覺中央理屈，不便議和，特與各分代表全體致電北京，請求辭職。徐政府複電慰留，並令陝西全體停戰。
徐政府雖決意停戰，希望南北好和，但陳樹藩卻不聽從徐政府命令，備戰不休。不久，南方總代表唐紹儀接到於右任親筆書函說：“陳樹藩密奉參陸處電文，促令繼續進攻，因此從北京運往陝西的軍械，從參陸處或從漢陽兵工廠陸續出發，絡繹不絕。”唐總代表當即提出宣言書，認為北方缺乏誠意，要求中止和議。第一次和議就這樣暫停了。江蘇督軍李純得知消息後，非常氣憤，特擬定了五條辦法，電陳中央征求同意。徐總統原無他意，不過受人牽製，未能貫徹主張，現在有了李純的電請，自然照準。李純又電達廣東軍政府，征得同意後，通告全國：
……惟以中央頒布停戰罷兵令，廣東軍府也通令停戰罷兵，各省雖皆奉行，而陝、閩、鄂西等處尚有糾葛，經多次協商，定簡捷之辦法：
一、陝、閩、鄂西各方，一律嚴令實行停戰。
二、援閩、陝軍隊立即停止前進，擔任後方剿匪任務，嗣後不再增援。
三、閩省、鄂西、陝南，由雙方將領直接商定停戰區域辦法。簽字後，各呈報備案。
四、陝西省內部由雙方總代表公推德高望重的人前往監視區分。
五、劃定區域，各軍隊擔任剿匪衛民之職責，勿相侵越。
李督軍的通電發布後，上海和會又有了複活的趨勢。