各省學潮愈演愈烈，多半是由於中日交涉。一是魯案，一是閩案，兩案一直沒有解決。天津學生屢次求見省長，請轉電政府，與日本嚴重理論。省長不但不接見，還派衛隊驅散學生，甚至將多名學生毆傷。於是，天津各校全體罷課。北京各校也陸續響應，公舉代表謁見國務總理。靳雲鵬雖未拒絕，但也隻是支吾應對。學生們遊行演講，被大隊軍警幹涉，並被趕入天安門，不準自由出入，一直待到天黑，才被解散。學生們不肯罷休，仍然四處演講，一意排日，即使被軍警逮捕，也不屈服。上海、安慶、杭州各校也往往因嚴查日貨，與日商發生衝突。政府不得已下一禁令，不許學生幹政，並命北京警察廳根據《自治警察法條例》，將北京中等以上學校學生聯合會，以及北京小學以下學校教員聯合會全部解散。但壓製歸壓製，嘩噪歸嘩噪，終歸沒有了結。而且日本人也常常尋釁，屢有越境侵權、傷人斃命的事情發生：日本人屢次進入吉林省境內，越境搜捕韓國人；日本軍艦突入江蘇南通天生港；日本兵隊毫無理由占據滿洲裏車站，四麵架機關槍，禁止任何人出入；駐蘇州陸軍第二師第五團士兵在虎邱山巡察，竟被日本人用獵槍射擊，軍士胡宗漢被擊斃；駐海參崴日本軍隊與俄國新黨軍隊衝突，日軍擊敗俄軍，占領海參崴及附近各地，我國僑民多遭日軍傷害，並被抓去十多人；中東鐵路附近，日軍與捷克軍發生衝突，雙方開槍轟擊，中國護路軍隊在旁駐守，被流彈擊傷；日本突然調大隊軍士到哈爾濱，占用中國多處營房；日本在中東路線一帶，增兵運械，自由行動；日軍軍隊屢次在中東鐵路旁，侵占中國軍站營房並扣留車輛；日本人在山東高密、古城一帶擅自設置電杆，等等。
這些中日衝突，都發生在民國九年五月以前，中國雖然屢次與日本交涉，卻始終沒什麽效果。唯獨蘇州擊斃胡宗漢一案還算公平處理，凶犯名叫角間孝二，日本駐蘇領事不便硬為辯護，於是正式道歉，並令凶犯賠償撫恤費。至於日、捷軍傷害華兵，經英、法軍官調停，由日、捷兩軍撫恤死傷，並向中國道歉，也算結案。隻有山東問題，中國政府因全國人民反對中、日直接交涉，所以遲遲不答。駐京日使奉本國訓令，照會外交部，催促從速開議，內容分三項：
一、日本駐德國代理公使，已收到關係膠州各種文件，並送達東京。日本繼承德國在山東權利，依照和約，有三強國批準即生效力，現五國中已有四強國批準，隻有美國尚未批準。因此從前德國在山東權利當然由日本繼承，毫無疑義。
二、日本政府本著善意與友誼，要求中國政府與日本直接交涉，解決山東問題，圖謀雙方利益。不料日本政府種種好意，中國人不但不肯原諒，還發生種種排日舉動，日本政府不得不切實聲明，如中國依然抱著拖延政策，日本即視此種行為為默認日本的要求。
三、因上述兩種理由，故日本政府請中國政府速將方針決定，並定期與日本討論，解決山東問題，不容再延。
外交部接到此照會，一個個瞠目結舌，就連外交專家陸征祥也無從應付。當下找國務總理靳雲鵬共同商議，靳雲鵬取出一封電文交給大家，原來是由湖北督軍王占元領銜，共四十八人聯名的呈文，反對在山東問題上向日本讓步，更反對中日直接交涉。
湖北督軍王占元平時默默無聞，此次卻獨來領銜，而且慷慨激昂，讓人覺得有些奇怪。其實這篇電文，王占元不過是被動行事，背後操縱者乃是第三師師長吳佩孚。吳是山東蓬萊縣人，幼喪父母，靠兄嫂撫養成人。先是學文，但屢考不中，後發憤改途，投入保定武備學堂，舍文習武，畢業時成績優秀。當時，校中有一教員即後來的靳總理，非常看重吳，並推薦給當時的江北提督王士珍。後來吳輾轉為第三師營長，其師長就是曹錕。曹錕並非將才，得到吳佩孚後，遇事多與吳商量。吳的才智為錕所不能及，所以吳漸漸被倚重，由營長升為旅長。曹錕統兵援湘時，已密保吳佩孚為第三師長、前敵總司令。嶽州、長沙依次克複，應推吳佩孚為首功。曹錕北返，受任四省經略使，留吳佩孚駐守湘南。於是，吳佩孚權力所及已不止第三師，就連曹錕的舊僚屬也悉聽他的指揮。吳佩孚知恩感恩，願為曹氏盡力。曹屬直派，與段派貌合神離，因此吳佩孚自然反對段派。湘督張敬堯為段心腹，竭力主戰，吳佩孚駐防以後，隱承直派意旨，舍戰主和。二人宗旨不同，再加上收複長沙功在吳佩孚，卻被張敬堯後來居上，將湘督軍一職安然據去，吳佩孚心有不甘。段祺瑞想籠絡吳佩孚，特薦他為孚威將軍，促赴前敵。吳佩孚得一虛銜有何用處？於是對段的陰詐更加憎恨，反對也更加激烈。青島交涉，吳佩孚一意拒日，特聯合同鄉軍吏四五十人，同聲勸阻。靳雲鵬與吳佩孚是師徒關係，經常書信往來，吳佩孚對內主和平，對外主強硬，時常將自己的想法告訴靳，靳怎麽可能無動於衷？早已采納吳佩孚的意見，對外堅決拒日，對內和平解決南北問題。
對於日使的公文，靳總理一直主張拖延，現在日方緊逼，他隻好將王占元的這篇大作拿出來示意大眾，表明自己的立場。大家原本就多數拒日，於是決定直接拒絕，那幾個親日派也隻好隨聲附和。當下由外交部擬定複文照會日方。
北方分為直、皖、奉三派，西南各省也各分派別，滇、粵、桂三派組成軍政府，表麵上是同盟，暗中卻互相疑忌。岑春煊屬於桂係，資格最老，陸榮廷也屬桂係。江督李純屢次給老岑寫信，敦勸和議，就連徐總統也密托要人說合岑、陸。岑、陸頗想取消獨立，擁戴北方，但粵派首領為國民黨中堅，不願奉徐世昌為中國總統，再加上徐樹錚離間，使粵派排斥岑、陸。於是，西南各派被直、皖兩派分頭遊說，各自為謀。
駐粵滇軍第六軍軍長李根源，由雲南督軍唐繼堯派為建設會議代表，免除軍長職務，所有駐粵滇軍均由直隸督軍直接管轄。當時廣東督軍為莫榮新，他偏與唐繼堯作對，電令滇軍各師、旅、團長仍聽李根源統轄指揮。於是，滇軍各軍官，一部分服從滇督軍命令，不屬李根源；一部分服從粵督軍命令，仍認李根源為統帥。雙方發生衝突，連日在韶州、始興、英德、四會等處私鬥不休。唐繼堯接到戰報，不由得憤怒起來，認為駐滇軍應歸滇督軍處分，莫榮新怎麽能無端幹涉？當即通電西南海陸軍將領，說：“留粵滇軍問題，滇省務持慎重。據說莫榮新派兵四出，公然開釁，目無滇省，甘為戎首，繼堯不能坐視滇軍兩師受人侵奪，決意取必要手段，特行通電聲討。”隨後，派遣弟弟唐繼虞為援總司令，率領三師向雲南出發。陸榮廷從廣西出師，駐紮龍州，為莫榮新聲援。
之後，經軍政府總裁岑春煊為粵滇兩軍出來調和，這才停戰。但經過這次變亂，滇、桂兩派已經決裂。廣東軍政府中鬥爭更加激烈，政務總裁海軍部長林葆懌提出辭職，政務總裁外交兼財政部長伍廷芳離開廣東前往香港，後又移駐上海。廣州的舊國會參議院議長林森、眾議院議長吳景濂、副議長褚輔成與一部分議員，也先後離粵，通電攻擊政務總裁岑春煊，說他私自通好北方，違背護法宗旨，特與他脫離關係，另選地點開會。還有一部分議員仍留廣州，照常辦事，並另選主席，代理議長事務。軍政府總裁岑春煊免去外交兼財政總長伍廷芳職銜，改任陳錦濤為財政部長，溫宗堯為外交部長。由於伍廷芳離粵時帶走了西南所收關稅餘款，軍政府派人向香港、上海法庭起訴，又谘照留粵議員，並推舉政務總裁，讓熊克武、溫宗堯、劉顯世三人補充缺數。伍廷芳到上海後，與孫中山、唐紹儀晤談，主張另設軍政府，屏斥岑、陸等人，孫、唐也都讚成，並致電唐繼堯問明意旨。唐繼堯已與廣州軍政府對立，怎麽可能不答應？於是，伍廷芳與孫中山、唐紹儀、唐繼堯聯名，通電聲明道：
自今以後，西南護法各省區，仍屬軍政府之共同組織。對於北方繼續言和，仍以上海為議和地點，由議和總代表準備開議。廣州現在假托名義的機關，已自立於軍政府外，其一切命令、行動及與北方私行接洽，抵押借款，概屬無效。所有西南鹽稅餘款及關稅餘款，均應交於本軍政府，移設未完備之前，一切事宜委托議和總代表分別接洽辦理，望北方接受此宣言以後，瞭然於西南所在，繼續和議。望國難早日結束，大局早日解決。不勝厚望，惟我國人及友邦共鑒之！
發電以後，唐紹儀另行備函，並附宣言書一份，送達北方總代表王揖唐處。王揖唐正因南方代表不肯開議而愁悶，現在收到唐紹儀的正式公函，自然歡顏接受，複函道謝。哪知廣東軍政府因孫中山、唐紹儀、伍廷芳、唐繼堯四人發表宣言，而憤憤不平，立即召開政務會議，免去議和總代表唐紹儀，改派溫宗堯繼任，並致電北京，聲明同人的宣言無效。北京政府接到此電，立即知照王揖唐，令他暫停和議。王揖唐正興高采烈，想與唐紹儀言和，偏偏遭此打擊，害得索然無味，鬱悶到了極點。
南北紛爭連年不斷，事情越來越多，越來越複雜。起初隻有南北衝突，漸漸地北方分出兩大派，一直一皖，互相暗鬥；接著南方也分出兩大派，粵、滇為一黨，桂自為一黨，與北方情形相似，爭個你死我活。還有四川境內，督軍周道剛由於屢受師長劉存厚牽製，憤然去職，竟將位置讓與劉存厚。劉存厚繼任，又被師長熊克武攻訐，退居綿州，成都隨即由熊克武主持。熊克武成為廣東軍政府政務總裁後，有意與岑春煊、陸榮廷結好，反對雲南督軍唐繼堯。就連滇軍師長顧品珍也被熊克武籠絡，竟與唐繼堯脫離關係。於是，川滇相爭，滇與滇又自爭，五花八門，層出不窮，隻是苦了各省的小百姓，顛沛流離，無所定居。大軍閥打得越厲害，小百姓的日子就越苦，號稱“革命”“共和”，卻攪到這種田地！
俄國勞農政府自從遷居莫斯科後，迅速擴張勢力，把俄國舊境占據了一大半。外交委員喀拉罕，派人到中國外交部送交通牒，請正式恢複邦交，聲明將從前俄羅斯帝國時代在中國以侵略手段取得的土地和所有特權一律放棄，並放棄庚子賠款。外交部接到此牒，立即呈報總統及國務總理。徐世昌、靳雲鵬二人召集國務員開會，大家認為舊失權利忽然返是絕大的好事，但協約國對俄情形尚未一致，就是俄國勞農政府也未經各國公認，中國既然與協約國同盟，就不能單獨訂約。政府隻好將來牒收下，暫不答複。後來聽說協約國各派代表到了丹麥，與勞農政府代表開議。於是，中國政府派駐丹麥公使曹雲祥為代表，將中國政府的意見轉告俄國勞農政府的代表，即如果將來協約國能與俄國恢複貿易與邦交，則中國政府自然尊崇俄政府的提議。在此之前，希望勞農政府能立即通令西伯利亞及沿海各省官吏及委員，勿虐待中國人民，勿沒收其財產，並令伊犁、海參崴的勞農政府官吏，將前日沒收的中國商人的糧食及貨物，一律予以公平賠償，以增進中俄國民之友誼。
過了十幾天，接到駐丹麥公使曹雲祥複電，說已與勞農政府代表接洽，該代表已同意斟酌辦理。得知這個消息，全國人民都喜躍異常。從前，俄國雄踞東方，從我國強取特權，不計其數，此次俄國勞農政府肯一律返還，這真是天大的喜事。各界人士紛紛致電政府，請速解決中俄問題，收回之前失去的權利。徐世昌總統猶豫不決，將來電暫時擱置。隨後海參崴高等委員李家鏊報稱：“海參崴俄國代表威林斯基，不承認有俄國通牒送達中國，擔心其中有詐。”政府不禁疑慮叢生。然而，上海各界聯合會擔心政府無端拖延，錯過時機，登報指責政府，並說如果政府再拖延下去，就自行交涉。風聲傳到北京，政府怕激起政潮，急忙將其中緣由通告各省，嚴令查禁私自交涉者。
盡管中國政府對俄新政府的話半信半疑，但中國政府已將西伯利亞所駐華軍分批撤回，並向日本聲明，從前中日製定的軍事協定，本是為了防德國，並非防俄國，現在德事已了，不必屯兵了。所有俄日衝突事件，中國軍隊沒有與日軍共同作戰的義務，所以撤還。日本人不加抗辯，自己去對付俄國人了。此外一切中西交涉，如對匈和約、對保和約、對土和約，跟中國沒什麽關係，中國也不能自作主張，隻隨著協約國方針共同簽字。各國和議結束後，多半添設使館，中國政府也增設墨西哥、古巴、瑞典、挪威、玻利維亞五國使館。