各省一致抵製日貨，再接再厲。福建省的學生常常到各商家調查貨品，見有日貨便立即毀掉。日本曾與前清訂約，“福建全省不得讓與外人”，因此日本人一直視整個福建省為勢力範圍，格外注意。僑居福建的日商因貨物囤積，不能銷售，已非常憤恨，又聽說中國學生檢查嚴密，越加憤怒，於是邀集數十人持械尋釁。民國八年十一月十六日下午，這數十人正好遇到學生抵製日貨，他們當即下手行凶，擊傷學生七人。站崗警察急忙鎮壓，這些日本人竟不服勸解，取出手槍，將一名警察擊斃，就連從旁走過的路人也被流彈擊傷。警察見出了事，大吹警笛，叫來許多同事分頭拿捕，拘住三名凶手，一個叫福田原藏，一個叫興津良郎，一個叫山本小四郎。警察局長將凶犯當即押往交涉署，由交涉員轉送日本領事署；並將事實電達政府，請政府向駐京日使嚴重交涉。駐福建的日本領事袒護凶手，反而電請本國政府，派軍艦前往福建，保護僑民。日政府不問情由，立即調發軍艦來華。閩人群情激奮，交涉員忙電告中央。政府連得急電，當下令外交部照會日使，提出抗議。日使總算親自到外交部公署，聲明“閩案交涉已奉本國訓令，決定先派專員赴閩調查真相，再開始談判。本國軍艦已經出發，礙難中止。但艦隊登陸已有去電相阻。”外交部隻好依從，並派出部員王鴻年、沈覲扆等赴閩調查。
為了這番釁隙，北京中學以上各校學生全體告假，出外遊行演講，都說日本人無端殺人，太沒有天理，應喚起全國同胞，一體拒日。各省學生先後響應，遊行演講，表示決心。福建省的學生之前已發行《學術周刊》，提倡愛國，至此又宣布戒嚴，與日本人絕交。官府怕學生釀成大禍，立即取締《學術周刊》，勒令停止，並封了報社。於是，全體學生罷課，風潮沿及濟南。濟南學生聯合會正為青島問題滿懷憤激，此次聽說福建又生交涉，更覺不平，打算開國民大會以及山東全省學生聯合大會，誓抗日本。但這次集會被官府阻止，於是，全體學生集體罷課。在遊行演講時，學生與軍警發生衝突，有好幾名學生被毆受傷。學生們認為日本人無理，還有原因可尋，軍警同為國民，卻對自己同胞大打出手，實在可惡。官府自知理屈，特請教育會代做中間人，同意學生要求，此事才算和平解決。
日本政府派人員調查，覺得福田原藏等人理屈，但卻不願懲戒，反令日艦遊弋閩江，逗留不歸。中國外交部屢次抗議，日本政府才令軍艦撤退，卻在東京、北京、福州三處聲明所謂的理由，好像日僑並未犯罪，反而是受閩人欺淩，怪中國政府不肯極力保護，所以他派艦來華自護，最後還說會再派軍艦，分明是恫嚇之語。中國雖弱，但人心未死，看到這種語意，難道就甘心俯首帖耳，任人誣陷嗎？各省民眾激昂如故，外交部調查確實，再次向駐京日使提出撤領、懲凶、賠償、道歉四項條件。日使一味拖延，反說中國各省官吏不肯懲處排日人民，應該受到罷斥，並必須由政府保證，永不抵製日貨。”雙方各執一詞，毫無結果，當時已是民國八年年末了。
就在中國政府東借西掇，勉過年關，正要預備賀歲時，忽然聽說前總統馮國璋在北京病逝。大家記念舊情都前去祭奠，就連徐世昌總統也派人送去了素車白馬。
民國九年元旦，政府停止辦公數日，剛一銷假，駐京日使就遞來公文，大約如下：
聯合國對德國講和條約，業於本月十日交換批準，在該批準約文上署名的各國間，完全發生效力。關於山東條約，按第一百五十六條至第一百五十八條的規定，由日本政府完全繼承膠州灣租借權，及德意誌在山東所享有的一切權利。日本政府確信中國政府對於繼承上列權利一節，必定予以承認。在大正四年五月二十五日所締結的中日條約中，關於山東省部分的第一條，曾有明文規定：中國政府同意日後日本國政府擬向德國政府協定的所有關於山東省依據條約，或其他關係於中國政府享有一切權利利益讓與等項處分，概行承認。以上權利交還中國政府。關於此事，大正四年五月二十五日兩國所交還膠州灣換文中，曾言明：日本政府於當前戰役終結後，膠州灣租借地全然歸日本國自由處分之時，於下開條件之下，將該租借地交還中國。一、膠州灣全部開放為商港。二、在日本國政府指定的地區，設置日本專管租界。三、如列國希望共同租界，可另行設置。四、此外關於德國的營造物及財產的處分，並其他條件手續等，實行交還之前，日本政府應行協定。是以日本政府為決定交還關於膠州灣租借地，及其他在山東各種權利之具體的手續起見，提議中、日間從速開始交涉，深信必得中國政府的同意。
公文中說了交還，又說繼承德國舊有一切權利，這明明就是想占領膠澳，不過掩人耳目罷了。日本人認為日本繼承德國在中國的權利，隻是一個租借權，並非絕對的領土權。此時外交總長陸征祥等人仍在巴黎，因為保加利亞、匈牙利、土耳其等國還未談妥，所以留在那裏等著簽字。外交部次長陳籙將日使來文提交國務會議，國務委員推諉說，等陸總長回國再想辦法，因此把來文暫行擱起，不做答複。廣東軍政府聽說此事，電致北京，反對山東問題由中、日直接交涉。
南北政府雖然對峙，但對外卻是保持一致的，所以對德和約，兩方都認為不能簽字。前次廣東軍政府通電聲明，與北京政府論調相同。這次更是反對中、日直接交涉，一再致電。隨後北京政府答複，表示會堅持到底。一月二十五日，外交總長陸征祥從歐洲乘輪船回京，謁見徐世昌總統，報告德、奧和約經過情形，並說由於還有些事情未解決，留同僚顧維鈞等在歐辦理。徐總統慰勞有加，並與他談及山東交涉。陸總長說：“現在不便交涉，隻能等待時機，再行解決。”於是，日使提案仍懸擱不理。
此時，西北邊防日益吃緊。俄國新、舊二黨在西伯利亞境內交戰不休，中國政府已多次討論防邊、護路等事項，現在陸總長已回國，因此再次會議，決定方案。從前，西伯利亞鐵路接入黑龍江、吉林兩省，由俄國人築造，吉、黑境內稱這條鐵路為中東鐵路，鐵路總辦也由俄國人擔任。西伯利亞發生戰事，免不得順道長驅，突入黑、吉境內，所以政府極為擔憂。經陸總長列席議決，以外交部的名義，向協約國正式申明：一、中東鐵路屬我國領土全權，不容第二國施行統治權；二、俄員霍爾瓦特僅為鐵路坐辦，無擔負國家統治的權能；三、按照鐵路合同，公司裏的俄員及沿線僑居、中外人民，應由我國完全保護。除這三條宣告各國外，政府又分別致電奉天、吉林、黑龍江、新疆四省督軍，及現駐庫倫西北籌邊使徐樹錚，命他們厚集軍隊，極力防邊。籌備的款項全部用來護路，並監視中東鐵路總辦霍爾瓦特，防止他有任何逾軌舉動。呼倫貝爾特別區域也擔心俄亂侵擾，願將特別區域取消，歸中國政府管理。呼倫貝爾本在黑龍江西北，向來屬黑龍江省管轄，俄國人垂涎此地，硬要中國與他定約，承認呼倫貝爾為特別區域，以便逐漸染指。俄亂一起，該地總管協領自知站不住腳，忙與暫護呼倫貝爾副都統貴福商量，托他電請中央。貴福先谘呈東三省巡閱使張作霖和黑龍江督軍孫烈臣，間接傳遞呈文到北京。徐總統當然欣慰，立即下令取消呼倫貝爾特別區域，同時取消民國四年中俄商訂的《呼倫貝爾條約》。
俄國新舊交爭，兩邊設立政府，新黨占住俄都彼得格勒，仍在歐洲東北原境。舊黨失去舊都，移居西伯利亞，組織臨時政府，暫住鄂穆斯克，之後又遷到伊爾庫茨克。兩黨交戰，新黨節節取勝，舊黨屢戰屢敗，伊爾庫茨克境內的社會黨目睹舊黨失勢，忙與新黨聯絡，突然鬧起革命，意欲推翻舊政府。舊政府領袖柯爾恰克將軍及部隊全部逃散。俄國新政府占據完全優勢，自稱消除一切階級，以農為本，故稱勞農政府。由於俄都彼得格勒在歐洲境內，新政府便改俄國從前舊都莫斯科為根據地。協約各國都派兵到海參崴，防禦俄亂。美國因俄新政府聲明，不侵犯外國人，當即將西伯利亞駐軍全數撤回。唯獨日本政府不願撤兵，反而增兵，並牒告美國政府：“日本處境與美國不同，就俄國過激派現勢觀察，俄國實足危及日本安全，故日政府決定增派五千補充隊，駐防西伯利亞東端。”美國也不理論，獨自撤兵走了。以前中國與日本協商，訂定中日軍事協定條件，所派軍隊不能自由往返。這項協議屢遭廣東軍政府通電反對，國務院電複廣東，稱：“軍事協定原為防止德、奧，現在各國駐俄軍隊已經分批撤退，我國軍隊自當與各國一致行動，等到全隊撤回，即為軍事協定終止之時。”但日本不肯退軍，中國受到牽製。日本甚至二次宣言，說西伯利亞的政局影響波及滿洲、朝鮮，危及日本僑民，所以不便撤兵，必須等到滿洲、朝鮮脫離危險，日僑生命財產得到安全保證，並由俄政府擔保交通自由，才能撤回西伯利亞的駐兵。中國政府聽到這個宣言，終於忍無可忍，立即由外交部提出抗議。
抗議書交給日使好幾天後，才來一複文，狡辯說：“中國政府可能誤解或誤譯日文。我帝國宣言中並述滿洲、朝鮮，不過是指俄亂影響始及滿洲，繼及朝鮮，足危害我日本僑民，並無蔑視中國東三省主權之意。”