北方各省軍閥家接到唐繼堯、劉顯世兩人的通電後，立即由曹錕、張作霖領銜，複電滇、黔，說得娓娓動聽、斟情酌理，似乎南北雙方可以由此走向和平，但細細品味語意，仍存在很多矛盾。北方主張解散新舊國會，新國會原由段派組建，南方本來就反對它；但舊國會由滇、粵兩派組成，南方本來就想恢複立法權，怎麽肯答應解散呢？段祺瑞的武力統一主義，南方向來與之抗爭，此時段派雖然倒了，但曹、張也是軍閥，南方怎麽肯信服？更何況徐世昌總統為新國會所選，南方不肯承認徐，想要南北和平，還需改選總統，這顯然又是不容易辦到的。所以雙方通電，仍是相持不下，怎麽能和平呢？
湖南第七師及暫編一旅炮兵各一營，突然在武穴**，由馮玉祥率兵鎮壓，才得以平定。旅長張敬湯是張敬堯的兄弟，以前曾敗逃湖南，中央已明令通緝。武穴兵變正是由張敬湯暗中煽動。因所謀未遂，敬湯匿居漢中，後來被湖北督軍王占元察悉，派兵拘住。在訊明張敬湯的罪狀後，王占元電呈中央。中央下令準處死刑，就地槍斃。還有張敬堯舊部第二混成旅旅長劉振玉，曾在寧鄉、安化、新化等縣縱兵焚掠，被各處災民告發，由湖南總司令部遣兵拘獲，審訊屬實，立即處死。此外，如保定、通縣、兗州等境內也偶有兵變，多是安福部餘波，經地方長官剿撫，都得以平定。張勳脫罪後移居天津，因有張作霖保護，所以他借當年徐州會議時段祺瑞的書信為自己聲辯，又想在軍閥界中占據一席。
外蒙取消自治已將近一年。徐樹錚到庫倫後，削奪前都護陳毅職權，陳毅不願屈從，索性離庫南歸。後來徐樹錚回京主戰，事敗逃匿，無暇顧及外蒙，政府認為陳毅駐庫多年，素稱熟手，仍令他暫署西北籌邊使，即日赴庫。陳毅尚未到任，外蒙又密謀獨立，竟於九月十三日夜間大放槍炮以示慶賀。駐庫司令褚其祥及時派軍隊鎮壓，拘住兩名首犯，驅散餘眾。隨即致電巡閱使曹錕，詳報情形。曹錕立即轉告中央，請撥餉濟助，並促陳毅蒞任。政府自然照辦。後來查悉，此次外蒙事變仍由俄國人暗地唆使。俄新政府雖已戰勝舊黨，但國亂未平，列強均未承認，再加上俄兵四出拓地，擾波蘭，窺印度，更被列強仇視，所以列強勸告中國與俄絕交。中國政府恃有列強為助，樂得順風使舵，於是徐總統下令：停止與俄國的邦交，但保護仍在我國的俄民及其生命財產；對於俄國內部鬥爭仍守中立；關於俄國租界及中東鐵路用地，以及各地方僑居的俄國人民一切事宜，由主管各部及各省、區長官妥善辦理。
駐京俄使庫達攝福接到照會後，立即致牒外交部，抗議說中國背約，並責成中國政府妥護僑民。政府置不答複，但命令將各處俄國租界一律收還，並向駐京各國公使處聲明。各公使均無異議。俄使無可奈何，隻得轉求法國公使代管俄產，法使不同意。隨後，俄國租界陸續由中國長官接收。天津本有俄租界，俄國僑民雖然不能力拒，卻提出抗議條件，想與中國政府交涉。東三省、哈爾濱[16]、海參崴各俄商紛紛改掛法國旗幟，俄商道勝銀行托詞歸法國保護，不讓中國接收。因此，外交部特照會法使，提出三項事宜，請求法使履行：
一、根據九月二十四日，法使拒絕俄使庫達攝福請求法使代管俄產之事，證明法國並非希望接管俄產之意。
二、哈爾濱之法旗，是俄國人為了規避接管，與法政府並未有任何讓渡手續，故事實上不徹底。
三、俄商濫用法旗，若我國前往接收，轉涉及法國國徽尊嚴，故先行聲明，希望法使轉告其撤收法旗，以免因俄國人關係，損及中、法完全無缺之睦誼。
照會去後，交通總長葉恭綽與俄道勝銀行經理蘭德爾簽訂關於中東鐵路的合同。此後中東鐵路純歸商辦，中國加入管理，等俄國政府統一後，經中國政府承認，另行議定。蘭德爾作為該路代表，簽字立約。於是，哈爾濱道勝銀行及中東路公司所懸掛的法旗立即撤去。與此同時，法使給出公文關照，令俄商撤下法旗。若俄國人民願將法旗懸掛，法國公使也不再深究。之後由駐京俄公使團照會政府，正式承認中國對俄行動，同意中國收回俄租界，但俄使館的房屋仍委托前俄使庫達攝福管理。外交部不得不同意。因此，俄使庫達攝福仍寄居北京城，不過國際上已無代表俄國的資格。
俄事剛剛就緒，東南的江蘇省又出了一件驚天動地的事，李純督軍突然自殺。李督軍因和議曆年未成，積鬱成疾，所以保薦南京鎮守使齊燮元為會辦。齊燮元正值壯年，曾任第六師師長，頗能曲承李意，李將他視為心腹，遇有軍國重事，便召他密商，他也不愧為幕下參謀。至段係失敗，安徽督軍兼長江巡閱使倪嗣衝因是段係中人，年也衰邁，自請辭職歸休。於是，徐世昌總統命張文生暫署安徽督軍，並將長江巡閱使一職，令李純兼任。長江巡閱使本來是徒有虛名，沒有實權，李純不願接受這一職銜，於是派參謀長何恩溥赴京晉謁總統，代辭長江巡閱使一席，並將議和總代表兼差也一並辭掉，請徐總統另派重員。徐總統不同意，不過已窺透李純隱衷，於是特將長江巡閱使裁去，改任李純為蘇、皖、贛巡閱使，齊燮元為副使，李純這才受命就任。但江西督軍陳光遠卻不服，他與李純一起共事，現在卻要聽李純指揮，心中當然不滿，有“情願歸鄂，不願歸蘇”的宣言。新上任的安徽督軍張文生也不服李純，蘇省士紳又說李純向來聲稱不預民政，並拍電請他移駐九江、當塗等處，電文中頗多諷刺。李純受了種種刺激，更是心神不安。江蘇省長齊耀琳與李純意見相左，呈請中央請求辭職。於是，李純保薦王克敏為省長。不料，這一舉動引起了蘇人的極大反對，紛紛致電政府，稱王克敏為嫖賭好手，怎麽能當江蘇長官？政府顧全民意，不用王克敏，特任王瑚為江蘇省長，這才平息群議。一波未平，一波又起。李純因保薦義子張文和為財政廳長，又遭到蘇人的唾罵。相傳張文和原籍江西，擅長獻媚。當年李純督贛時，張文和在族人的介紹下與李純相見，參見後嗚咽不止。李純很驚異，詢問原因，張文和哭著答道：“督帥與先父長得太像了，所以不禁感觸，悲從中來。”李純還以為張文和真有孝心，立即認為義子，並委任他為煙酒公賣局局長，隨後薦任兩淮鹽運使，現在又保舉為財政廳長。蘇人向來有“蘇人治蘇”的傳統，因而乘此機會致電府院，不但痛罵張文和“為人卑鄙齷齪，秉性貪婪，擅長迎媚”，而且力詆李純。電文絡繹不絕，語語厲害，並且刊載在報刊上。
十月初，李純的弟弟李桂山由京返蘇，李純與他談及家事，詳細將產業布置一番。內弟王某擔任某旅營長，李純召他到署，嗚咽著說：“我的督軍不能做，你的營長也幹不下去了。現在，我令軍需課撥給你七千大洋，你回家後購置田產也可過活，何必在此取咎呢？”當時，李純的元配王夫人剛巧在一旁，聽他語帶蹺蹊，不免瑣問。李純歎息道：“人心如此，世無公道，我命已不長了，何必多問。”王夫人不敢再多問。
十一日上午，李純問左右：“我有一支勃林手槍，曾送機器局修理，現在修好了嗎？”左右奉諭，立即電詢機器局。過了一會兒，槍就送來了。李純檢查完後，收藏在小皮箱內。下午三點，李純翻閱上海各報，報上又載有評斥他的文章，當下頓足大哭道：“我蒞蘇數年，撫衷自問，良心上確實對得住蘇人。現在為了一財政廳長，他們竟這樣毀我名譽，我有何麵目見人？人生名譽為第二生命，我無端受辱，活著還有何趣呢？”王夫人聽了這話，知道自己不能勸慰，急忙命人請齊燮元來苦勸。然而李純始終不說一句話，齊氏隻好拜辭而去。黃昏後，李純召入秘書，囑擬一電，拍致北京，自述病難痊愈，保薦齊燮元暫代江蘇督軍。秘書應聲退出。李純又親筆寫了幾封書函放進抽屜，隨後，入內就寢。淩晨四點，一聲怪響將王夫人從夢中驚醒，起來一看，李純已麵色慘變，不省人事，隻有雙眼仍睜著，還帶著兩行淚痕，王夫人趕緊派人請軍醫診治。醫生解開李純的衣服，猛然見衣上血跡淋漓，才知是中槍畢命。後來在枕頭底下發現一把勃林手槍，正是白天從機器局取回來的那一把。醫生驗視脈息及口中呼吸，已毫無生氣。這一年，李純才四十六歲，尚無子嗣。