孫中山先生離開廣州前往上海後，陳炯明於八月十五日回到廣州，在白雲山總指揮處開了一個軍事會議。為了籌餉，陳炯明請來接近銀行界的陳席儒擔任廣東省省長。到了第二個月，陳炯明恢複了軍總司令的名稱，又令葉舉兼任參謀長。此時護法軍的李烈鈞已放下軍事，繞道長沙，赴上海養病，陳嘉祐部在湖南被宋鶴庚部改編，許崇智、黃大偉、李福林等部在福建聯絡王永泉、徐樹錚、臧致平等人準備攻打李厚基，李明揚、朱培德、賴世璜等部經湖南退入廣西，梁鴻楷部向陳炯明投降。
廣西的情形同樣複雜：劉鎮寰通電就任廣西各軍總司令，而廣西自治軍韓彩鳳占據柳州，梁華堂占據桂林，陸福祥占據桂邊，這三人都和劉鎮寰不和。這時西南的情形，真是亂得一團糟。
滇軍朱培德、贛軍李明揚、賴世璜，自江西退到湖南後，湖南邊防十分吃緊。湖南督軍趙恒惕派人敦勸，朱培德等人知道久留湖南並非長久之計，便於九月中旬退入廣西，向桂林行進。在桂林的梁華堂得了這個消息，一麵布置防線；一麵聯絡柳州韓彩鳳，協力抵抗。韓彩鳳自從驅逐盧燾，占領柳州後，勢力大張，接到梁華堂的電文，更覺氣勢倍增，認為朱培德和賴世璜兩支敗軍不堪一擊，因而不怎麽上心。梁華堂等不到韓彩鳳的救兵，隻得獨力抵禦。隻打了一仗，梁軍便大敗而歸，把桂林城輕易送給了朱、賴。
恰好這時沈鴻英班師回桂，借道湖南邊境，到了桂林附近。沈鴻英軍原和北軍合作，抵抗北伐軍，這時因岑春煊蟄伏滬濱，便和孫中山先生聯絡，變冤家為親家，彼此合作起來。碰巧加入了一個張開儒，於是，孫中山等人決定先由沈鴻英向西南柳州進軍，掃除韓彩鳳。韓彩鳳見滇、贛軍占領了桂林，又來了一個沈鴻英，不免有些恐懼，不等兵臨城下，先在雒容布防嚴守。沈鴻英的前隊到了雒容，當即和敵方拚殺起來，不多時，便因後隊尚未趕到，有些抵抗不住，隻得後退。韓彩鳳看沈軍如此不經戰，便乘勢輕進。不料沈鴻英大隊到來，奮勇反攻。韓彩鳳軍不過是些烏合民軍，根本無法抵禦，當即大敗而逃，退回柳州。沈鴻英派師長何才傑追擊，又奪回了柳州。
韓彩鳳失去了根據地，無路可逃，隻得以唇亡齒寒之說，向陸福祥告急。陸福祥知道韓彩鳳失敗後，自己也不能幸免，還不如先發製人。因而他立刻派兵和韓彩鳳合軍，攻奪柳州。沈鴻英急忙帶隊趕去救援，但為時已晚，隻得退守雒容。韓彩鳳乘勝進攻雒容，何才傑直麵激戰，而沈鴻英悄悄帶了一團人，繞到韓彩鳳陣後，兩麵夾攻韓軍，韓軍大敗而退，沈鴻英乘勢進占柳州。韓彩鳳退到鳳凰嶺，依險而守，一麵向割據南寧的陸雲高求救。陸雲高見梁華堂、韓彩鳳屢戰屢敗，擔心自己也不能幸免，急忙派隊馳救，而後倚仗人多，重新占領柳州。不料沈鴻英的退卻是一種戰略，出城時城裏早已埋伏了許多便衣士兵，韓彩鳳黑夜進城，根本就無從知道。天蒙蒙亮時，沈鴻英反攻回來。韓彩鳳正準備出城抵禦，忽然好幾處地方起火，沈鴻英的便衣軍傾巢而出，和韓彩鳳的自治軍巷戰起來。韓彩鳳聽說沈鴻英的軍隊已經入城，嚇得魂飛魄散，不管三七二十一，就往城外逃。不料剛到南門，便被沈軍的便衣隊捉住。韓軍無主，不戰自敗，紛紛繳械投降。沈鴻英入城，部下將韓彩鳳押了上來，沈鴻英笑道：“他已全軍覆滅，不過一個常人而已，何必殺他？”當下傳令釋放。韓彩鳳感謝而去。沈鴻英一麵布告安民；一麵電請陸榮廷撤懲陸福祥和林廷俊，限他們十日內退出南寧。陸榮廷沒有答複。
當時，朱培德正在動員駐紮梧州的粵軍劉震寰，慫恿他對廣州宣告獨立，討伐陳炯明，並宣言擁護孫中山先生。梧州軍中有一部分不願討陳的隊伍連夜逃出梧州，退守封川口，想伺機反攻。陳炯明得了這個消息，急忙委派參謀長葉舉為總指揮，帶領親信軍隊三十營，由肇慶向梧州進攻。滇、桂、粵聯軍竭力抵抗，還是支持不住。朱培德料到不可力敵，當下變更戰略，以攻為守，一麵請沈鴻英帶領所部取道懷廣，去攻陳軍的側麵，一麵設法動員陳部在後方的軍隊和海軍一起倒戈。葉舉正向梧州發起猛攻，忽然接到軍報說沈鴻英部攻擊四會，剛剛分兵去救，忽然又接到軍報說梁鴻楷部已歸附聯軍，不覺大驚道：“梁鴻楷斷我們的後路，若不趕緊退走，恐怕到時想退都來不及了。”當下通知前軍停止前進，退到三水防守。前軍接到撤退的命令，正想退回，後路卻被沈鴻英、梁鴻楷截斷，當下散的散，繳械的繳械，隻剩少數部隊退往羅定等處。葉舉退到三水以後，急忙調集北江援軍折入河口，防阻滇、桂聯軍東下。無奈葉軍鬥誌全無，屢戰屢敗。當下省城震動，人心惶惶，各團體紛紛派代表謁見陳炯明，請他下野。到了十二年一月十五日，形勢更加危急，陳炯明部下都主張退保東江，陳炯明仍猶豫不決。忽然接到軍報，海軍總司令溫樹德已和滇、桂軍保持一致。而此時魏邦平態度不明，陳炯明知道事情已經無法挽回，長歎一聲道：“大勢至此，隻好退保東江了，一切事情由你們斟酌去做，我就應了人民之請吧！”當日通電下野，領兵退出廣州，守惠州根據地去了。同時，另派一部分軍隊退往北方韶關一帶，以便和吳佩孚派往援閩、贛的孫傳芳部隊聯絡。總計從六月十五通電請孫中山下野，到十二年一月十五陳炯明自己通電下野，整整不過七個月的時間。陳部洪兆麟的軍隊原屬湘軍，並非陳氏嫡係，這時見陳氏失敗，便在汕頭宣告獨立，歡迎孫中山、許崇智回粵。
孫中山此時仍在上海，許崇智則在福州。原來，許崇智於韶關戰敗後，和黃大偉、李福林退入福建。因福建督軍李厚基禍國害民，三人致電聲討。恰好這時徐樹錚到閩，暗地慫恿李厚基部中的旅長王永泉和許崇智聯絡，反對李厚基，並通告設立建國軍製置府，限李厚基在二十四小時內退出福州。李厚基見了電報勃然大怒，立即率領親信部隊，到水口和王永泉決戰。雙方相持了幾天，未分勝負。許崇智探得福州空虛，當即派黃大偉和李福林連夜前往襲取，福州毫無守備，自然難以抵禦，因此黃、李兩人不費吹灰之力便得了福州。李厚基聽說福州失守，無心作戰，王永泉乘勢進攻，李軍抵擋不住，立刻潰散。李厚基急忙逃入日本籍的台灣銀行，第二天又逃入中國軍艦。海軍中人對李厚基原無好感，當下把他監視起來。而李厚基留下的親信軍隊史廷颺部還想奪回福州，卻也不敵黃、李部隊，隻一仗便大敗而退，隨後被海軍陸戰隊截留遣散。
許崇智與徐樹錚、王永泉進入福州，商量建設計劃。徐樹錚毫不客氣，決定依照自己所著的《建國真詮》設官分職，以製置府的名義，任命王永泉為福建總撫，統轄軍民兩政。這些消息傳入陳炯明和北京政府當局的耳朵裏，大家都很擔心。此時，陳炯明虎踞廣州，正是全盛時代，立刻委派洪兆麟為援閩總司令，尹驥為總指揮，率部討伐許崇智。洪兆麟雖接到命令，但到了汕頭卻不肯前進，所以洪軍和許崇智並未接火。北京政府所擔心的，不在許而在徐，因而委派江西的常德盛師為援閩總司令，入閩討伐徐樹錚。常德盛進軍後，又委派李厚基為福建討逆總司令，薩鎮冰為副司令，高全忠為閩軍總指揮。薩鎮冰原屬海軍中的人物，得了北京政府的好處，便竭力為李厚基想辦法，因而李厚基得以脫離海軍監視，赴南京求援。
許崇智等人在福州得到消息，忙開會討論。李福林道：“孫總統昨天通電任命我們為東路討賊軍一、二、三路司令，並說前福建第二師長臧致平已經回到廈門，一定有所活動，南路可以無憂。常德盛未必肯死戰，我們隻需要派軍隊堵截，不必十分擔憂。至於高全忠，並沒什麽實力，也不足慮。我們現在要留意的隻有海軍一方麵。”許崇智等都點頭稱是，當下決定防守西北路，又向海軍疏通，叫他們不要幫助北京政府，至少要嚴守中立。
許崇智的部下許濟奉命在杉關防守，常德盛的軍隊到了杉關，許濟不戰而退。常軍占住杉關，又向光澤進通。許濟稍微抵抗了一下，便退守邵武。常德盛覺得非常奇怪，於是不敢輕易前進，改攻勢為守勢。許濟得到這個消息，立刻通電報告許崇智。許崇智大笑，和黃大偉又商量了一條密計。兩天後，黃大偉帶領部下往西北路去了。
一天，徐樹錚去拜訪許崇智。二人談了一會兒軍情，忽然說起製置府的事情。許崇智道：“製置府的存廢，現在並無問題，隻是總撫一職，閩人非常反對，還是設法更改的好。”徐樹錚沉默了一會兒才說道：“我改任王永泉為總司令，林森為省長，軍民分治如何？”許崇智道：“這也是應急的辦法，不如就這樣吧。”第二天，徐樹錚下令裁撤總撫，改任王永泉為福建總司令，林森為省長。王永泉開始還不知道是怎樣一回事，後來聽說是許崇智的意思，便對許非常不滿，對徐的態度也大不如前。徐樹錚見自己的目的已經達到，便於十一月二日離開了福州。而許崇智和王永泉卻仍像往日一般共事。
李厚基在南京得到齊燮元的幫助，帶著巨款到廈門與高全忠商量，想要反攻福州。不料，高全忠被臧致平的舊部圍攻，高全忠大敗，和李厚基一起逃到了鼓浪嶼。常德盛部此時已占領邵武，得知高全忠大敗，黃大偉已領兵到泰寧，並將繞攻常軍後路，便不戰自退，連杉關也完全放棄了。許濟追攻前進，收複了杉關。吳佩孚聽說援閩各軍屢戰屢敗，非常震怒，當即委派長江上遊總司令孫傳芳為援閩總司令，移兵入閩，隨即任命駐紮江西的周蔭人為總指揮。周蔭人一接到命令，便帶領一混成旅攻入邵武。孫傳芳則運兵由武穴入江西，後轉入福建，準備戰鬥。不料孫傳芳軍隊到福建時，許崇智已被孫中山任命為廣東總司令，拔隊回廣州了。王永泉本來就與許崇智不和，當下聯絡薩鎮冰、劉冠雄聲明擁護中央。孫傳芳得到消息，立即電呈中央，並向曹、吳請示。吳佩孚知道他的意思，於是電請中央下令，“孫傳芳的所有討逆軍總、副司令立即撤銷，援閩軍隊即刻停止進行”。與此同時，中央還下令，李厚基來京，另候任用，裁撤李厚基福建督軍一職，撤銷對王永泉的通緝。福建的事情，總算告一段落。
許崇智部沒有回到廣東之前，廣州各軍共同設立了一個海陸軍警聯合維持治安辦事處，推舉魏邦平為主任。不料在海珠會議上，朱培德因魏邦平之前附和過陳炯明，而與魏發生言語衝突。滇、桂軍也怕魏重新反叛，索性將他扣留，然後將他的陸軍第三師一並繳械遣散。沈鴻英把自己的部隊開到廣州城外，通電歡迎孫中山先生回粵，主持善後，同時發電報催促許崇智盡快回粵。許崇智率隊到了大埔，不知為什麽竟和洪兆麟的軍隊發生衝突。洪兆麟不願和許氏發生戰禍，危及自己的地位，於是傳令部下退讓。許崇智順利到達潮州。這時，尹驥的部隊駐紮汕頭，正想派兵堵截，忽然又聽說商會接到許崇智的電報，勒令供餉二十萬，不覺大怒，立刻派兵向許崇智進攻。因此，許崇智軍不能直接回到廣州。