陳炯明的部隊自從退出廣州後，除了謝文炳一師在北江外，其餘人馬都在惠州。一直以來，北方的反直派都極其希望孫中山和陳炯明能和平解決戰事，合力反抗直係。因此，吳光新等人紛紛在廣州、惠州兩地活動，勸孫中山、陳炯明言歸於好，共同北伐。誰知陳氏乘孫軍不備，襲取博羅，進窺石龍，甚至動員海軍反對孫中山。海軍總司令溫樹德之前曾附和過陳炯明，現在雖然聽命於孫中山，但心中極為不安，一經陳炯明慫恿，他便同意反孫，來個裏應外合。孫中山得知後，極為震怒，立刻下令免去溫樹德海軍總司令職務，命各炮台加緊戒備，並改換各艦長，由大元帥直接指揮。因此，陳炯明的逆謀失敗了。
孫中山把廣州的事情布置妥當後，立即命各軍向惠州進攻。而許崇智在潮州、汕頭一帶被林虎打敗，退至揭陽，此時並不在圍攻惠州的各軍之列。駐守惠州的楊坤如雖然屢次戰敗，卻不肯放棄，一味死守，因此孫軍一直未能攻下。孫中山見狀，與眾將商議道：“李烈鈞收編的兩旅現在又被林虎收編，敵軍的力量更加強大，好在廈門臧致平已聯絡許崇智總司令的留閩餘部和閩南自治軍，準備攻下潮州、汕頭，現在已攻克饒平、黃岡，如能攻克潮、汕，消滅林虎、洪兆麟等人的勢力，然後以其全力來攻打惠州後方，則惠州腹背受敵，我軍必然勝利。所以我們此時還是以攻為守，靜等攻克潮、汕之後，再猛攻也不遲。”計劃雖然這麽定了，但滇軍內部各派卻因競爭總司令一職，竟有私下溝通北方的情形，嫌疑最重的是師長楊如軒、楊池生兩人。楊希閔不等他們謀逆，便下令驅逐。楊如軒、楊池生立不住腳，便帶領殘部前往江西去了。
孫中山下令廢除滇軍總司令一職，將所有滇軍改編為四軍，分別任命楊希閔、範石生、蔣光亮、朱培德四人為一、二、三、四軍長，這件事才算解決。隻靜候臧致平和許崇智攻克潮、汕，以便夾攻惠州。不料林虎、洪兆麟向饒平反攻，臧軍被擊退。林虎占了饒平，又向平和進攻。臧致平一麵派兵堅守平和、詔安、雲霄一帶，一麵要兼顧北邊王永泉部的南下，一麵還要防備海軍杜錫珪、楊樹莊等的襲擊。由於被四麵夾攻，分身無術，臧致平連失平和、雲霄、詔安，漳州也有些吃緊。臧致平正想派兵堵截，忽然聽說海軍陸戰隊已在金門登陸，艦隊已入嵩嶼，廈門吃緊，不覺大驚道：“廈門是我的根據地，如果被海軍占領，那麽此後餉械都無所出。我軍雖不致被攻擊，卻也不能在福建立足了，我一定要前去保衛，寧失十個漳州，也不能失一個廈門！”當下帶領漳州的軍隊來救廈門，並派代表假意與海軍議和。
廈門保衛戰雖僥幸勝利，但漳州隻留下劉長勝一師，兵力十分單薄。林虎乘虛進攻，劉長勝聽說林虎勇悍善戰，心中怯懼，沒等交鋒就先逃走了。劉長勝一逃，部下無主將指揮，不戰而潰。林虎得了漳州，隨即進逼廈門。恰好王永泉軍從同安來攻，因此廈門數麵受敵，形勢非常危急。臧致平連接警報，悶悶不樂地回到公館。臧夫人見丈夫這般憂憤，知道一定是前方失利的緣故，就不停地安慰丈夫，並提議放棄廈門，前往上海。臧致平憤憤地道：“孫中山先生如此看重我，把廈門一方的責任全交與我，若我帶著家小躲到上海去，怎麽對得起他？不但將來見不得人，而且連死在前敵的將士也對不住啊！至於你們，並沒有什麽責任，我還是先送你們到租界去居住吧。”臧夫人再三相勸，臧致平仍然堅持。第二天，臧致平將家小送到租界去。隨後召集各團體的代表開會，各團體不敢不來。到齊以後，臧致平便向眾人宣言道：“現在，王永泉、林虎夾攻廈門，我軍雖沒有失去戰鬥力，但也不能在三五天內擊退敵人。敵人若能被我軍擊退，不但是廈門一地之幸，也是國家之福。萬一不能打退，我唯有城亡與亡，城存與存，決不輕言放棄。至於地方上治安，我定會竭力維持，如有不守本分，騷擾商民的兵士，一經查出，立即槍斃，以肅軍紀。但軍餉一事，卻不能不拜托地方上幫忙籌集。”各團體代表麵麵相覷，不敢回答，唯唯而退。
林虎和王永泉攻打廈門已很久，因臧致平一味死守，無法攻下，兩人隻得電請海軍助戰。馬江方麵的海軍帶著大批艦隊和陸戰隊來攻廈門，先占領金門作為根據地，然後向廈門進逼。
陳炯明聽說惠州楊坤如被圍困，便親自從香港趕來指揮，和孫中山所率部眾激戰多次，屢次戰敗。而吳佩孚派來救援的北軍卻在南雄被滇軍趙成梁扼住。此時，孫中山先生已將許崇智等部隊調到石龍，步步進逼惠州。陳炯明心中十分憂急，一天數電令攻打廈門的軍隊回來救援。林虎、洪兆麟見東江如此緊急，不敢逗留，隻得放棄廈門，回救惠州，因而廈門的形勢稍微緩和了一些。
孫中山先生聽說林虎、洪兆麟回救惠州，參加東江戰事，便把西北江的軍隊全部調到東江，並率領古應芬、趙寶賢等親赴前線指揮，設大本營於石龍，以大南洋輪船為座駕。大南洋輪船本是內河小輪，十分狹窄，孫中山的辦公室隻有幾尺見方，陽曆八月的天氣正是悶熱異常，十分難熬，孫中山先生卻披圖握管，決策定計，晝夜不息，一點兒都不在意。孫中山到了石龍以後，許崇智從博羅前線趕來晉見，孫中山先詢問了戰情，然後說道：“你回去指揮部隊進攻，明天我親自前去察看。”許崇智勸道：“大元帥進止，關係重大，怎麽能冒險輕進呢？依崇智愚見，大元帥還是在石龍駐蹕為是。”孫中山笑而不答。許崇智因前方緊急，告辭而去。
第二天早晨，孫中山令輪船向博羅航行，快到博羅時，許崇智得消息，忙帶著滇軍師長楊廷培來迎接。孫中山見了許崇智便問起敵軍情形，許崇智道：“剛才接到警報，說逆軍分三路來襲，李易標帶領一千多人已到湯村，離博羅隻有二十裏，陳修爵部也將趕到，雙方開火在即，想不到大元帥竟冒險到這裏來了。”孫中山獎慰了一番，又授了一些應戰機宜，二人才相互辭去。
這晚，孫中山辦公到十一點鍾才就寢，古應芬見孫中山休息了，便悄悄退到自己臥室裏休息。正睡得朦朦朧朧的時候，忽然覺得有人在旁邊喊他，古應芬急忙睜開眼睛一看，原來是許崇智和團長鄧演達，趕緊坐了起來，問有什麽要緊事。許崇智向四麵瞧了瞧，又走近一步，握著他的手，悄悄說道：“大元帥已經就寢，我也不驚動他了。現在有一件要緊事要和你說，因為李易標的軍隊已過湯村，我決定帶著各部軍隊全力去攻擊，天一亮，河沿兩岸便有炮火，你務必懇請大元帥離開這裏。”古應芬點頭道：“好，我知道了。還有別的事沒有？”許崇智道：“還有一句話，大元帥整天勞苦，這才剛睡下，不必去驚動他，讓他多休息一會兒，養一養神，四點鍾左右開船也不遲。其餘也沒別的事了，你再休息會兒吧！”說完就走了。古應芬怕睡著了誤了時間，便一直坐著。等到三點鍾，古應芬悄悄地走到大元帥寢室門口，隻見裏麵燈火通明，知道孫中山已在那裏辦公，便進去行了一個禮。孫中山問有什麽事，古應芬道：“十二點鍾的時候，許總司令曾來過一次，因大元帥剛就寢，所以不敢驚動。臨去的時候對應芬說：‘天明就要開火，河岸兩旁不安全，務必請大元帥離開此地’。”孫中山點頭道：“我也並非故意喜歡冒險，忘了重大的責任，隻因我本人不到前方，總覺心裏不大安穩。既然他這樣說，你就傳我的命令，把船開下去吧！”古應芬遵令辦理。
大南洋輪船順水而行，十一點鍾到達石龍。就在此時，連接兩個報告：一是博羅，因兵力單薄，已退守飛鵝嶺，請撥調救兵；一是增城報告，林虎帶領大隊來攻，請求派兵救應。孫中山一麵電令張民達旅猛攻平山，分擔博羅的敵軍；一麵用飛機傳令廣州滇軍，去救增城。第二天，又接到許崇智的急電，說是飛鵝嶺失守，請立即派隊救援。孫中山見了電報，急忙撥了一架飛機飛往博羅城上巡視。古應芬道：“大元帥為什麽不發一個電報，卻讓飛機巡視呢？”孫中山道：“博羅急切等待支援，即使發電去，也未必能使守城將士相信救兵馬上能到。如果見飛機飛到，他們必然會以為是救兵特地去偵察形勢的，才會安心死守。”孫中山接著道：“糧彈一項極為重要，必須派差遣軍艦冒險送去才行。這件事你去辦吧，我再寫一封親筆信，叫艦長順便帶給許崇智總司令，也可讓他安心應敵。”古應芬遵令而去。與此同時，孫中山又命廣州滇軍第三軍軍長蔣光亮火速發兵。
孫中山正在焦急時，忽然有人進來說，博羅許崇智總司令行營參謀陳翰譽自小路到石龍請見，報告軍情。孫中山急忙傳見，詢問詳細情況。陳翰譽道：“博羅東、西、北三門都已被逆軍包圍，隻有南岸還沒有敵兵，可以和惠州飛鵝嶺劉震寰總司令行營通點消息。城裏彈盡糧絕，情形比昨天更危險，如再無救應，恐怕博羅守不住了。”孫中山聽了沉思不語，半天才對古應芬說道：“你親自到廣州去一趟，催促各部隊伍火速出動，蔣光亮一定要有餉才出發，可先調福軍和吳鐵城的部隊即刻去救援，除撥出鐵城一團去救增城以外，其餘都可去救博羅，萬萬不可再誤。”
第二天早晨，古應芬從廣州回到石龍複命，說道：“昨天四點鍾到省城，在一家洋行的樓上見到蔣軍長，他一見我就說：‘博羅的危急我已完全知道，即使大元帥沒有命令，我的軍隊也應趕去救應，所以我已決定今天晚上出發，隻是不知道有沒有火車。’我聽了這話，立刻到大沙頭車站去查問，知道各軍的專車都已預備妥當，便忙派人去通知他。福軍和吳鐵城部也都答應立刻出發。”正說著，忽然接到消息說，福軍前部奉令開到，吳鐵城部已開抵增城，並另外派了幾十名騎兵來供偵察之用。這時，傳報軍長李福林、朱培德和財政次長鄭洪年來見。孫中山大喜，即刻傳見。見麵後，孫中山問鄭洪年籌辦軍餉的情況，鄭洪年道：“各種財政權都被各軍霸占，財政部已毫無收入，借債很難，費用又無從減省，近來前方軍事緊急，軍餉要得更頻繁，財政部雖東借西挪卻也無法應付。昨天，鄧澤如送來一萬元，因聽說行營所帶的錢已經用完，我正想提解，誰知又被蔣光亮軍長支走了。”孫中山聽了，回頭向古應芬道：“他又得了一萬元軍餉，總該出動了吧！”然而等到天黑，還不見蔣光亮一兵一卒到來。
孫中山命大南洋輪船開赴蘇村，誰知這天夜裏風大雨急，到了鐵岡便不能前進了。吳鐵城部的馬隊和福軍也被風雨所阻，隻得停止休息。第二天才到達目的地。而蔣光亮部卻隻到了四百多人，蔣光亮本人自然沒去。幸虧博羅城外水深數尺，陳炯明軍不能逼近攻擊，隻能在北門外高地上用大炮遠遠地射擊，所以沒什麽大損害。第三天，滇軍第三軍的大隊全部開到，蔣光亮仍舊沒有來。孫中山隻得先傳召蔣光亮的參謀祿國藩來商議軍事，祿國藩行過禮後，孫中山便催他進軍。祿國藩道：“行軍以糧餉為重，現在沒有糧餉，叫我們怎麽前進？”孫中山道：“你的話確實有道理，但也需分個緩急，若在前線不怎麽吃緊的時候，要求發清全餉也還有道理，但現在博羅十分危急，倘若固執要餉，豈不誤了兵機？博羅一失，必然牽動全局戰事，那時廣州未必保得住，哪兒還能索餉？恐怕連現在這樣的支領也領不到了。”祿國藩笑道：“如果這樣長久下去，還不如現在散了。我們有了子彈就是糧，難道還愁拿不到餉？”孫中山道：“我現在要你前去援救，你肯去嗎？我是大元帥，你敢違抗我的命令？你如果肯去，我可給你指揮之權。解了博羅之圍，再額外給你重賞，你去不去？”祿國藩笑道：“正經的餉銀都拿不到，還希望什麽賞銀？即使打了勝仗，也不是一場空？我不去，我隻要餉。”孫中山怒道：“軍法具在，怎敢無禮？我今天不要你去，叫你的軍長去，看你如何再違抗？”祿國藩道：“讓我去，要餉；不讓我去，也要餉。我又沒說不肯去，隻要把餉發齊，我自然開拔，要餉是不犯軍法的。”
不等孫中山訓斥，站在一旁的一位英雄早已被激怒，看到祿國藩桀驁不馴的樣子，忍不住走上前去，向祿國藩一指，怒道：“祿同誌！請問你是不是大元帥部下的一員軍官？是不是任中華民國的公職？是不是吃全國國民的公祿？”祿國藩吃了一驚，問道：“你貴姓？”古應芬在旁介紹道：“這是參謀趙寶賢同誌。”祿國藩當即道：“趙同誌為何說這話？這樣淺近的問題，我還不知道嗎？”趙寶賢道：“你既然知道就好說了，請祿同誌想一想，國家為什麽要用我們這幫軍人？人民為什麽要把辛苦掙來的錢供給我們？大元帥令我們去作戰，是替什麽人做事？要知道大元帥並不是自己喜歡多事，甘冒危險，無非為著受了國民的托付，不得不戮力討賊，為國除害，才不負眾望。我們所以相從至此，也無非為了大義。既然彼此的行動全為大義，就不能單在利益方麵講了。有餉，我們固然作戰；沒有餉，我們也要作戰。我們是為大義而聽大元帥的指揮，並不是因私利而受孫中山先生的命令。我們是為大義而戰，並不是為餉而戰。假如僅僅是為餉而戰，我們將自己處於何等地位？國家要我們這些軍人又有何用？人民何必拿出這些錢來供養我們？祿同誌是深明大義的人，所以甘從大元帥，不畏困難和艱險，不願附和陳氏，做北方軍閥的走狗。現在卻單隻替士兵在餉糧上麵著想，忘了前線吃緊和自己的天職，豈不可惜？”