祿國藩聽了趙寶賢一番議論，一時良心發現，便笑道：“趙同誌的話是不錯，我也並非不願前進，實在是由於士兵沒餉不肯出發，也是無奈。現在大元帥既有命令，我明天定當先設法調一部分上前迎敵，隻是餉銀一項仍要請大元帥竭力籌劃。”古應芬在旁說道：“祿同誌放心。大元帥自當令軍需處竭力籌撥，貴部隻請前進就好！”祿國藩欣然而去。古應芬私下和趙寶賢商議道：“祿國藩雖一時被趙同誌言語所激，答應出兵，但過後必然反悔，恐怕還是靠不住。”趙寶賢道：“我看，他今天這副狂悖桀驁的樣子，眼中哪裏還有大元帥？分明是蔣光亮授意而來，要不然，一個參謀怎麽敢在大元帥麵前這般放肆。即使他自己不後悔，隻怕蔣光亮也不見得肯答應呢！”古應芬道：“博羅被圍，已萬分危急，如果再沒有救兵，勢必保不住；博羅一失，滿盤皆輸，這可如何是好？”趙寶賢也無計可施。半晌，古應芬又道：“我想滇三軍是不必寄希望了，還是由我拍電報給胡展堂總參議，調第一師來候令，你看怎麽樣？”趙寶賢道：“這也不見得妥當。剛才大元帥因左翼指揮胡謙方來電告急，已經電告第一師卓旅去救增城，現在再令第一師開到石龍，怎麽辦得到呢？”古應芬道：“除此以外也沒有別的法子，隻好照此試一試再說了。”
當下由孫中山下令，祿國藩部為右翼，福軍為左翼，與博羅城內各軍形成夾擊狀，以滇軍第四師為救應。這命令剛下，忽然接到軍報說第四師因沒有軍餉，已經全隊退回廣州去了。孫中山極為憤怒，將筆扔在地上道：“此輩還有什麽麵目麵對國人？”而後，祿國藩部和福軍分左右兩路前進。右翼祿國藩部到了第七碉陣地，忽然又退回石龍。這時，右翼福軍還不知道，依然按命令前進。孫中山得知這消息十分懊喪，一會兒在室內踱來踱去，一會兒伏在案上疾草命令，一會兒又凝神苦想，就是想不出一個方法，還時不時用拳頭在頭上亂敲。古應芬、趙寶賢等都從旁勸慰，孫中山歎道：“博羅城外大水已退，如果逆軍大舉攻城，博羅必不能守，博羅失守則石龍孤危，廣州也震動了。我的北伐事業豈不大受影響？我決定親自到第七碉察看，再作計議，或許還能挽救。”古應芬、趙寶賢均竭力勸阻，孫中山道：“我一生經曆多少艱危，才創成中華民國。今日情勢更加危急，如果我也退縮，那麽中華民國就要亡了，我豈能為了個人安全，忘卻國家的使命？我意已決，你們不必多言！”當下傳令把輪船開到第七碉，命飛機出發偵察。到了傍晚，飛機回來報告說逆軍還在博羅東北角山地，並未和許崇智軍接觸。孫中山稍微放心，命船泊在第七碉南岸。
第二天，福軍在義和墟和陳炯明軍接火，福軍敗退。陳軍趁機大進，沿義和墟趕向蘇村。孫中山仍想命部下死戰，經左右苦苦勸諫，他才命大南洋座船退回石龍。船到綠蘭時，看見一艘艘兵船接連不絕地逆流而上，一問才知是粵軍第一師所屬的卓旅。孫中山大喜，急忙命他們加緊開赴蘇村。大南洋船仍然開回石龍駐泊。
第三天，孫中山命楊廷培帶領第一師加入蘇村的戰鬥。福軍、卓旅和楊軍三軍聯手，打得陳炯明軍節節敗退。博羅城內被圍軍隊見救兵大隊已到，乘勢衝出，合攻銅鼓嶺的陳軍，陳軍死傷慘重，向派尾、響水退卻。博羅之圍解除，東江戰事總算轉危為安。
隨後，孫中山回廣州處理一些緊要事後，又重新出發，前往飛鵝嶺劉震寰營中，商議攻破惠州的辦法。桂軍各級軍官聽說大元帥駕臨，一齊前來迎接，然後一起先到炮兵陣地察看。這時，惠州城上的陳軍用望遠鏡看見孫中山親自來察看陣勢，便命炮兵瞄準孫中山開炮。一顆顆炮彈朝著孫中山飛來，有的離孫中山隻有一兩米遠。大家見了，都替孫中山擔心，勸他趕緊離開。孫中山笑道：“你們不必驚恐，敵軍的表尺已完全用盡，瞄準、測量遠近的東西沒有了，射來的炮彈怎麽能傷到我們？即使密集射擊，也決不能射及我們站立的地點。我們盡管商量破城的計劃吧！”桂軍總司令劉震寰道：“逆軍楊坤如善於守城，我們屢次猛攻都不能得手，真是沒有辦法。”孫中山道：“我特地帶來了一船魚雷，可用此物作為攻城的武器，炸毀城基，如果城基崩壞，惠州即日便可攻克了。”劉震寰唯唯稱是。孫中山又道：“我今天仍回梅湖，特留程潛部長和趙寶賢參謀在這裏和劉兄商議一切。事不宜遲，明天便可下總攻擊令了。”劉震寰點頭稱是。
孫中山仍舊坐大南洋輪船轉回梅湖，剛到中途，忽然聽到“轟隆”一聲，船身仿佛一震，不知什麽地方炸烈了東西。大家正在驚訝，忽然偵緝員趕來報告道：“駐泊白沙堆的輪船失事，所帶魚雷全部爆炸。飛機隊長楊仙逸、長洲要塞司令蘇從山、魚雷局長謝鐵良遇難。”孫中山悲痛不已。當下派人到廣州運帶魚雷等攻城武器，又下令追封楊仙逸陸軍中將，厚恤謝、蘇兩人。案件發生後，孫中山曾親赴遇難地點察看。隻見血肉模糊，慘不忍睹，孫中山不禁倍感傷心，當即令設壇致祭，親自致奠，祭奠完畢後才回到梅湖陣地。
廣州的魚雷運到後，孫中山仍命程潛在飛鵝嶺主持攻城事宜，並定於九月二十三日下總攻擊令，先以魚雷炸城基，然後各部隊衝鋒前進，飛機則在前麵偵察敵情，拋擲炸彈。
九月十三日晚十二點，隻聽“轟”的一聲，惠州城垣被魚雷轟塌了好幾丈。城內的陳炯明軍大吃一驚，楊坤如急忙下令修堵。劉震寰的桂軍向來膽怯，在城垣沒有攻破之前還踴躍呐喊，誰知城被攻破後，反而怔住了，不敢衝進去。等到程潛得到消息，趕來指揮時，離城基被炸塌已過了兩個小時之久，陳軍早築好了一層新城，把缺口堵住了，並在城上用機關槍密集掃射。劉震寰的桂軍傷亡慘重，隻得退回。孫中山得知後很不高興，隻得計劃第二次進攻。
然而沒過兩天，河源、平山兩地都被陳炯明軍攻陷。圍攻惠州的桂軍劉震寰得知後，擔心後路被截，便急急忙忙地退出飛鵝嶺，放棄了惠州陣地。孫中山得知這個消息，擔心惠州的楊坤如派兵攻襲博羅，假如博羅失陷，全局又將被牽動。於是，忙令範石生部為主力軍，肅清沿鐵路一線的敵人，並向平湖進展；胡思舜部前往博羅，和許崇智、劉震寰各軍聯絡。
剛布置完，忽然得到軍報說林虎率領一千精兵占領龍門，進犯增城，陳策、李天德部不戰而退。孫中山極為憤怒，急忙令朱培德、胡思舜前去支援，隨即電命陳策、李天德反攻。就在此時，忽然博羅許崇智來電告捷，鄧演達占據石龍，李根沄占領鴨仔步，盧師諦攻克深州。孫中山大喜，即刻動身回到廣州。
然而，一天之後，許崇智部再次被陳炯明軍打敗，退出博羅，回到石龍，滇、桂軍也相繼退卻。就這樣，雙方激戰了數月，由於將領們不齊心協力，導致孫中山的所有軍事計劃失敗，最後孫中山退回廣州。此次東江戰事，曆時四個月之久，雙方死傷無數。