閻錫山在積極籌劃其複出活動的同時，還加強了晉綏軍的建設，並在河邊村頻繁接見山西軍、政、教和工商各界人士，“日有數客”，以便了解掌握省內情形，為其複出作準備。在他回到河邊村後，即叫楊愛源、孫楚前去，麵授機宜。“楊、孫接受了閻的指示，立即組織了晉綏軍事整理委員會，楊任主任委員，孫任副主任委員。各軍師長均為委員。下設總務、考核、教育和補充四處，編製名額百餘人。舊日曾任過軍師旅長的二十餘人，都被委為中將和少將督練員，派在各處服務。如梁培璜即派在考核處，曾去臨汾一帶，點發楊澄源69師的8月份餉項。所有督練員的任務，都和梁培璜一樣，每月到各部隊去考察、點名或校閱”（《閻錫山統治山西史實》第172頁）。而從楊愛源到各督練員，都隻向閻錫山負責，這樣，通過他們，閻錫山未雨綢繆，對晉綏軍加強了控製與管理，所以，他複出後的“清退客軍”的行動能得以順利進行。
同時，閻錫山對於他複出後如何進行經濟建設,也做了一些工作，如他“與由太原建設廳長介紹來河邊之水利技正，研究開發山西水利。計劃先在河邊村擇地，親自實驗鑿深井機器”。此外，他還利用閑暇，親自執筆擬定《閻氏家族自治規章》，編撰《閻氏族譜》。
“9·18事變”後，中日民族矛盾的加劇，使國民黨內部的派別之爭暫時緩和。1932年1月2日，國民黨中政會召集緊急會議，決議邀蔣介石返回南京，主持大計。1月16日，“汪精衛到杭州與蔣介石會晤，雙方達成權力分配協議”（李鬆林等編：《中國國民黨大事記》解放軍出版社1988年版，第218頁），寧、粵（南京國民政府與廣東國民政府）合流。1月28日，日軍進攻上海閘北，駐滬的國民黨第十九路軍奮起抵抗，“1·28”事變爆發。日益上升的民族矛盾，加上趙丕廉、徐永昌、汪精衛、李石曾等人的疏通，以及閻錫山處理“12·18”慘案的表現，使蔣介石不能不表示對閻錫山“摒棄前嫌，團結禦侮”，並接受了汪精衛的提議，派閻錫山為太原綏靖公署主任。1月29日，國民黨中央政治局會議推舉閻錫山為國民政府軍事委員會委員，同時被推舉的有蔣介石、馮玉祥、張學良。2月18日，汪精衛給閻錫山來電，稱“……介石及弟擬提議設太原綏靖公署，指揮統帥晉綏兩省軍隊，並擬請公為主任，如荷讚同，擬即發表，立複為盼，弟兆銘巧”。閻錫山接電後的第二天即複電汪精衛，稱“傾奉巧電，並悉一是，弟以多病之軀，本不堪再任繁劇，惟此國難主殷之際，兄與介兄既如此擬議，弟自當勉任其職也”（《閻錫山年譜》（四），第1664—1666頁）。閻錫山的回電雖然如此，多少有些矯情，其實，他心裏早就盼望的不正是這個結果嗎！
之後不久，國民政府的正式任命發表。2月27日，閻錫山由河邊村回太原，略作布置，即於當日上午10時，在山西省政府大禮堂舉行了就職典禮，正式就任太原綏靖公署主任。何應欽代表國民政府出席了就職典禮。閻錫山下野蟄居一年有餘後，終於東山再起，重掌山西。
複出後的閻錫山，所麵臨的問題都令他感到棘手，卻又必須加以解決。山西地下黨組織的相繼恢複和廣泛開展的民主運動，廣大學生和民眾抗日救國運動的日益興起，這些都不能不使閻錫山感到擔憂，而最為棘手的問題，卻是待在山西的十幾萬“客軍”，以及瀕臨崩潰的山西財政金融。
十幾萬“客軍”對山西地方的滋擾，已使當地官民不堪其苦，怨聲載道，而他們企圖長期對山西的占領，對複出後的閻錫山對山西的統治，更造成了嚴重威脅。因而閻錫山一就任太原綏靖公署主任，便抓緊了“清退客軍”的工作。為此，他一麵以客軍經費山西已“難再籌墊”為由，向當時的華北軍政負責人張學良提出了予以解決的要求；一方麵利用徐永昌的特殊身份，向各方遊說。徐永昌對宋哲元說：不要困死山西，應把目光放遠大，要設法向外發展，否則是不會有什麽前途的。並建議宋哲元不妨走孔祥熙的路子，注意向孔拉攏。同時，徐又以同鄉身份遊說孔祥熙，說“山西遭受雜牌軍的災害，我們都是山西人，應關心山西地方”，還建議孔要抓住機會，培植自己的軍事力量。不僅如此，徐永昌甚至直接向蔣介石反映山西的“客軍”問題。他在晤見蔣介石時，就說：“現在晉民所苦，首在少數不守紀律之客軍，鮑剛、張人傑兩部尤為地方人民所痛惡，但又不便迫其解散，最好能設法調開”（趙正楷：《徐永昌傳》第209頁）。徐的建議得到了蔣介石的允諾。客軍陸續從山西境內開走。1932年7月19日，日軍進犯熱河。8月14日，國民黨中央任宋哲元為察哈爾省主席，宋軍大部及龐炳勳先後由晉赴察，次年初，“鮑剛、張人傑、孫殿英等部亦離晉北上。5月28日，在泰山養病的馮玉祥下山赴察，通電抗日，組織‘民眾抗日同盟軍’，於是，方振武、鮑剛、張人傑、孫良誠、吉鴻昌、劉桂堂、孫殿英等皆歸之。此時駐晉客軍，隻留宋哲元部之張自忠師尚駐平定陽泉一帶。待二十三年（1934年）三月，北平軍分會令調張部開察後，山西全省已無客軍在晉”。在此之前，1933年春，馮玉祥部大部和手槍團、炮兵團、軍官學校亦開往張家口附近，“但留有手槍團300餘人，遲遲不動。山西方麵即由晉綏軍第71師207旅旅長溫玉如率兵一部，前往包圍繳械。繳械後，對晉籍官兵發給川資，令各回原籍；對外籍官兵，則集中押送到榆次車站，上了火車才發給路費令行”，予以遣散（《閻錫山統治山西史實》第173—174頁）。
在“清退客軍”的同時，閻錫山還把連隊空名予以剔除，以防部隊主官吃空額。並為縮減軍費開支，裁汰了一部分老弱官兵，又召集了一批失業的閑散軍官，編為優待失業軍人的屯墾隊，派遣到綏遠西部從事開墾。第70、72、73師的老弱殘病士兵，亦同時前往，在包頭設立了辦公署，閻錫山自兼督辦，由七十師師長王靖國任會辦，代理閻的督辦。屯墾隊對外說是閻主任“決心造產救國，並遵孫總理墾荒遺教，實行屯墾，為海內倡”，但實際上，這支屯墾隊是在綏西種植鴉片的。原來，閻錫山為了解決其財政困難，即把種植鴉片作為了一條生財之道，他借口為修築同蒲鐵路籌措巨款，把鴉片煙製成“戒煙藥餅”，實行官賣，令“禁煙考核處”承辦專賣，每縣設一“禁煙”委員會，監督縣長推銷藥餅。這些製造藥餅的原料鴉片煙，除一部分是從農民手中低價收繳、禁煙考核事物所沒收，以及從甘肅、青海、寧夏等地采買者外，其餘大部分主要是綏遠“屯墾處”所種的鴉片。如屯墾處原計劃種3萬畝，第一年即1932年種了6000畝，預計產煙土60萬兩。而當年共沒收煙膏20餘萬兩，連同“禁煙考核事物所”存儲以前沒收的煙土10餘萬兩，總共才30餘萬兩。從1932年8月開始發售藥餅，到1937年抗戰爆發停止售賣，六年中即共獲利2000萬元（《閻錫山統治山西史實》第175頁，第192—193頁）。閻錫山是堅決反對人民吸食鴉片的，可是他卻以“寓種於禁”的辦法，大量種植鴉片，大肆銷售所謂的“戒煙藥餅”，荼毒人民，這不能說不是其階級本性使然。但是，閻錫山此舉，對於緩解山西的財政困難，開辦“公營事業”，也確實起到了一定的作用。
閻錫山複出後，另一個讓他頭痛的問題是晉鈔的急劇貶值，並由此而導致的金融危機和工商業的蕭條。中原大戰之前，閻錫山為了籌措軍費，不斷擴大省鈔發行量。據統計，到“閻錫山逃亡大連時，晉鈔發行總數已高達7000餘萬元”（《閻錫山和山西省銀行》第43頁）。由於晉鈔發行量迅速擴大，使晉鈔與銀元的比價，由1929年的1:1，跌至1930年的13:1。晉鈔開始陷入“毛荒”危機之中。而倒蔣戰事失敗後，以往流行於平、津、冀、察等地的晉鈔，以及發給倒蔣聯軍的晉鈔，同軍隊一樣，形同飛蝗般全數湧回山西，更使“毛荒”的晉鈔，雪上加霜，到1931年，晉鈔與銀元的比價，進一步跌至30:1。晉鈔已形同廢紙，以往信譽較為良好的山西省銀行信譽掃地。晉鈔的急劇貶值，使山西經濟大受打擊。其中的當質業，1927年為660家，到1933年僅剩下306家，不及半數，錢莊業倒閉得也很厲害。
為克服金融危機，閻錫山出走大連後，省主席商震曾采取了“抽簽兌現”的辦法，即晉鈔1元隻能兌現洋4角，但“二五兌現”的辦法，並未能從根本上解決問題。
麵對如此嚴重局麵，閻錫山下決心開始著手整理晉鈔。因為他重新上台後即倡言的山西省政十年建設計劃案，必須要有足夠的財力和強有力的經濟基礎作保證，而眼下的晉鈔“毛荒”，省銀行的信譽全無，無疑成了他發展經濟的最大製約因素。為改變這種狀況，閻錫山首先采取了“二五存款，折收股本”的措施，即令省銀行以1:2.5折收存款，定期5年，到期歸還現洋。隨後又改為折收股本，即要求存券戶按1:2.5折價入股。這樣做，對存戶而言，雖然拿不到現款，但卻能以每元折價4角入股，確比市麵價20:1要上算得多。因此，以此辦法省銀行收回了一部分晉鈔。緊接著，閻錫山嚴令省銀行經理高步青，迅速湊足現洋100萬元，作為回收省鈔之用，否則從嚴懲辦。閻錫山之所以如此威逼高步青，是因為高係商震所委，“1931年商震帶他的32軍離晉時，借口關發欠餉，又從省銀行僅存的現金40餘萬內提走30萬元”（《山西文史精選》（2）——《閻錫山壟斷經濟》山西高校聯合出版社1992年版，第19頁），並且高又有以落價晉鈔套取銀行庫存現洋之行為。高步青對閻的嚴令，不敢怠慢，親自出馬，一日之內，即湊足了規定數目，得以交差。閻錫山以這100萬元現金作準備，放棄了正“毛荒”的舊省鈔，發行了兌現新省鈔。新省鈔1元撤收舊省鈔20元。新省鈔發行後，半年不到，舊省鈔即全部收兌完畢。
與此同時，為了進一步鞏固金融秩序，閻錫山又讓省政府下令整頓改組山西省銀行。根據《修正山西省銀行章程》，改組後的山西省銀行，實行“公營民監”，即“由山西省政府設置經營，由全省商民監督之”；其宗旨為“調劑全省金融，扶助經濟建設”。銀行的主要經營範圍是：1、發行兌換券；2、經營省金庫及省建設金庫；3、募集和經理公債事務。並且規定“為鞏固業務，防止流弊起見，概不借墊軍政個費”。意在向社會表示省銀行不再會像以往那樣充當籌餉機關，而是依照金融機構的規則獨立經營，完全可以相信。此外，閻錫山為使省銀行的經營不再受改組前信譽掃地的影響，還將其重新注冊登記。
省銀行的改組於1932年7月結束，轉入正常運行。對此，國民政府全國經濟委員會所寫的“山西考察報告”中，曾予以很好評價，稱“改組後定為官營民監，以調劑全省金融，扶助經濟建設為宗旨，現省政府當局，為力矯前非，防止流弊起見，嚴定規章，概不借墊軍政各款，故邇來營業頗有起色，其基礎也漸臻穩固。共有分行辦事處27所，散布各縣，總資本定為國幣1200萬元，自二十二年度開始，由山西省政府每月撥10萬元，預定10年如數撥足，截至民國二十四年十月止，計已撥280萬元”（《閻錫山與山西省銀行》中國社會科學出版社1980年版，第75頁）。經過這番整頓，山西金融危機基本得以克服，全省金融秩序初步走上軌道，而山西省銀行也重新確立了在山西金融中的統治地位。
閻錫山複出後，對客軍的“清退”和晉綏軍的整頓，及其對金融的整理，應當說是成功的，其效果也是明顯的。這些措施的采取，都有力地克服了山西社會混**不安的局麵，使山西社會秩序基本上趨於穩定，從而為其政治、經濟和其他各項事業的建設，創造了一個比較有利的環境。