在實施新經濟政策上，閻錫山在克難坡成立了“山西省經濟管理局”，以作為實行這一政策的總管理機構，他自兼局長，趙承綬任主任委員，王尊光任副主任委員兼秘書長。管理局下設1個辦公室，以及合作事業、互助事業、工商事業和鐵業4個管理處，1個糧食調節處，1個運輸合作總社。管理局不但管轄著閻統區內直屬的隨軍消費社、連升商行、興業成、建業成、軍裝管理處、軍裝、染色、製鞋、汽車管理處、中藥供銷社、麵粉、造紙、出版、石器廠、製墨廠、電氣廠、鑄造廠、製油廠、製酒廠、木器廠、硫磺廠、製茶廠等八、九十個企業，而且管理著各縣相應的企事業。此外，還有歸第二戰區“經濟建設委員會”管轄的紡織、化學、皮革、鐵工、煉焦、造紙、造胰、鋼鐵、麵粉、衛生材料、棉毛紡織、複興紗廠等20多個企業，以及由閻錫山直接領導的複興號、昌記、墾業商行、慶記等金融企業。
新經濟政策實施中的最為突出之處，首先就是廢除私商，實行商業統製。他以“物價波動，社會不安，全係私商從中撥弄，穩定物價非取消私商不可”為理由，打著“中央的限價法令”這個旗號，要求廢除晉西南20多縣的私商，並且提出要“以互助合作為中心，有計劃地組織生產、交換和消費，消除中間剝削，統一管理市場，穩定物價，保障人民生活”（張青樾：《閻錫山的“合作社”》，《山西文史精選》第2輯，第260頁）。為此，閻錫山采取了以下幾個步驟：第一步“分行合組”，即按同一地方、同一商號、同一物品、一個價格原則，將各種商號按業分行。人口較多、商業繁盛的縣份分為8行，人口較少，商業不發達的縣份，分為4行；第二步，登記接收。將各縣的私商全部進行登記，接收其貨物。對所接收貨物按質量及銷售好壞情況，進行定價，熱銷貨物按帳麵10成或9折，冷滯的根據程度，按5——8折計價，殘品按殘損程度計價；第三步，化商為工，私商的貨物被接收後，其固定資產、包括用具店址在內，也一律歸公借用，然後再陸續歸還；其人員也歸公選用，除一部分留用被委以“商官”，從事合作社的業務外，其餘大部編為各業生產小組，從事生產勞動。通過這些措施，閻錫山將晉西南23縣（多不完整）8600多名私商，強行廢除。廢除私商的做法，相當殘酷，不僅使相當一部分私商在貨物折價中受到損害，而“公家”卻大獲其利，僅殘貨折價一項，就從中牟取了上萬元的利潤，並且也使一些私商無以為生，有的被迫自殺。
其次，是要求合作供銷壟斷市場。1943年春，閻錫山將各縣經濟管理局，一律改組為縣供銷合作社，統製商業，管理市場。這些縣供銷合作社，因私商已經廢除，所以，它通過商品流通壟斷了零售市場，與糧食調節處結合控製了糧食市場，還與購銷處結合壟斷了采購批發業務，以及服務性行業。不僅如此，合作供銷社還專門設立了手工業生產管理社，控製了當地的手工業生產。這個管理社實行三定、二包、一管理的辦法，即定量、定質、定價，包供原料、包銷產品，管理其生產活動。它根據手工業不同行業，組織各業生產小組，如棉布、文具、副食等生產小組，供給其生產原料，經成本核算後，接收其產品，不準各生產小組自行出售其產品，從而直接控製了手工業生產。又通過強製生產，為商業供銷部提供了貨物來源。
再次，就是發行“合作券”。同任何經濟政策的實施一樣，推行新經濟政策，也需要有一定的金融作支持。閻錫山廢除私商時，對私商貨物的接收需要資金，收購糧食，實行合作供銷，供應各生產小組的原料，包銷各生產小組的商品，也需要資金。然而在軍政各費已相當緊張，國民黨中央又明令禁止發行地方紙幣的情況下，閻錫山仍能想出辦法來解決有關資金的問題，這就是依其“物產證券”的理論，決定由合作社發行的“物產的收條”——“合作券”，一種變相的紙幣。拿閻錫山的話來說，“合作券是接收產品的收條，受一物，發一券，券物相等，不會貶值落價”。
“合作券”由晉興出版社統一印刷，票麵分1元、5元、10元3種，並印有縣名，然後，由山西省經濟管理局合作事業管理處發行給各縣合聯社。為此，閻錫山還頒布了《山西省各縣經濟合作社聯合社開付合作券辦法》，規定合作券僅限於原開付之合聯社所屬縣境內購買物品；持券人如果向它縣購買物品，或在它處有需用，得請求付合作券之合聯社為之匯兌；合作券以日工為計算標準，每一日工折合合作券10元；合作券接受產物，須依據評定之價格，並付合作券；合作社不得將合作券移作另項開支等等。對此，閻錫山曾自豪地說：“我新經濟政策的靈魂，是擴大生產；而接收物產唯一的武器是合作券，可以說合作券是新經濟製度的中心”（《革命行動》第9卷，第3期，第3頁）。它“可以鼓勵人民無限製的發展生產”。（張青樾：《閻錫山的“合作社”》，《山西文史精選》第2輯，第264頁）。
但是，事實並不像閻錫山所說的如此美妙。由於“合作券”隻是物產的收條，而非貨幣，並且它的本位不確定，無論閻錫山使用的“糧本位”，還是“工本位”，都因嚴重違反了商品價值和商品價格規律，當糧食豐欠變化後，仍按原來的價格收購糧食，而生產某種產品的勞動，又不分簡繁和勞動付出多少，均以一種標準來確定；同時，所產物品是否能夠適應社會需要而銷售出去，又都予以接收；並且，合作券僅限於在本縣流通，一出縣即不能使用，這對采購原料、銷售產品也造成了極大不便。凡此種種，都使“合作券”的推行，困難重重。後來，閻錫山雖然又成立了“平價購銷處”，以法幣從蔣管區采購日用品，調撥給各縣合作社銷售，並且為解決合作券不能在異地使用的問題而製定了“匯兌辦法”，規定各縣合作社按合作券與法幣的比率，折成法幣，實行匯兌，可是，由於合作社銷售日用品後回收的合作券無法兌換為法幣，導致資金周轉困難，而合作券的兌換，因各縣“券”“幣”比率不同，物價也各異，不僅折算麻煩，而且貽誤商機，因此，問題仍無以從根本上解決。
“合作券”的推行雖然並沒有促進了社會生產的發展，反而嚴重製約了社會生產的發展，給廣大民眾的生活也造成了極大的不便，然而，它卻為閻錫山收購到了一大批糧食，為解決其統治區的糧食問題發揮了很大作用。山西省經濟管理局糧食調節處，當初用合作券向農民購買糧食時，規定每石小麥15元，固定不變。當時合作券與法幣之比為1︰2，即每石小麥為法幣30元，可是當小麥漲價至每石法幣40、50、60元時，合作券價仍為15元。農民吃了大虧後，不願再將糧食交付合作社，糧食調節處不得不將糧價調整為每石小麥合作券250元。但不久，小麥每石又漲價至法幣4000元，而收購價卻仍為250元。就是通過對農民利益的這種損害，從1943年初到1945年7月，閻錫山從農民手購得糧食3萬多石，僅此一項，農民就損失法幣約5000萬元以上（王尊光、張青樾：《閻錫山對山西金融的控製與壟斷》，《山西文史資料》第16輯，第51頁）。難怪晉西南地區的百姓要把“合作券”叫做“活捉券”了。因為它確實活活捉弄了老百姓。
與新經濟政策一脈相承的，就是閻錫山於1944年開始正式推行的“兵農合一”製度。由於閻統區人口不多，而晉西南又土地貧瘠，糧食產量很低，因此，閻錫山軍隊兵員的補充，社會生產的進行，糧食的供給就都麵臨著嚴重的困難。1943年2月間，孫楚在鄉寧給閻錫山的電報中所說：“目前農村無丁，無人種地，營盤無兵，無人打仗，部隊已到瓦解境地”，（楊懷豐：《關於閻錫山兵農合一暴政的回憶》，《山西文史資料》第14輯，第174頁）並非虛妄誇大之辭。以閻錫山的第61軍、第19軍和騎兵軍而言，每連官兵最多者不過六七十人，少則隻有二三十人（誌青：《兵農合一暴政紀實》，《山西文史資料》第14輯，第180頁）。因而，當閻錫山接到孫楚的電報後，即提出要解決“種地的人少，打仗的人少，”的問題，並提出“軍事第一、食糧第一，必須向食糧為中心的抗戰政治目標集中努力”（《閻司令長官抗戰複興言論集》第7輯，第137頁）。經多次開會，他又想出了一套“不但中國從來沒有，就是世界各國也沒有”的“兵農合一”製度（《閻錫山統治山西史實》第326頁）。並於8月15日召開的有軍師級軍官和區、縣級負責人參加的行政會議上通過，決定試行這一製度。他認為，這樣，不僅能使打仗的人多，種地的人多，而且還能把土地問題和國防問題一爐而解決，使民族革命與社會革命並談而處理。會後，還由省民政、財政、教育、建設4廳廳長、田糧處長、軍管區司令部主任等組成兵農會議，閻錫山自兼主席，作為領導“兵農合一”的機構。
閻錫山為推行其“兵農合一”製度，曾從三個方麵進行了準備，這也是“兵農合一”的主要內容，即“編組互助、劃分份地和平均糧銀”。
編組互助。就是以自然村為單位，把村中18至47歲的役齡壯丁，不管其在村或不在村，每3人編為一個兵農互助小組，其中1人為常備兵，入營服役受優待，其餘2人為國民兵，在家領種份地做工，每年共出小麥或小米5石，熟棉花10斤，優待同組的常備兵家屬，簡稱“優待糧花”。常備兵服役3年期滿，轉服國民兵役，由同組中另抽1人入營服役。不在村的役齡壯丁，限期由家屬叫回，抽簽服役，逾期不歸者，則編入兵農互助小組，頂服國民兵役，由家屬代出優待糧花。已在軍中服役的本省籍士兵，由原籍村公所指定村中2人，編為一個兵農互助小組，給予優待糧6石，熟棉花10斤，以示優待。
劃分份地。即以村為單位，把村中所有土地按年產量純收益小麥或小米20石作為一份的標準，劃分為若幹份地，分配給國民兵領種。份地分為7等21級，優劣遠近相搭配。若是果園、菜地，則按上述標準把產物與糧食折合，名為果木份地、蔬菜份地。每個國民兵領一份份地，非國民兵和婦女，不得領份地。國民兵領到份地後，或與家屬自耕，或與村中有勞動力的人組成耕作小組，由國民兵當主耕人，勞動產品，按勞力大小分配。為保證份地的耕種，由村公所適當調配耕畜與農具。為避免貧困的國民兵交不起糧租，要其領地前先交優待糧花，否則不準領地。
平均糧銀。即把劃入份地的田賦負擔，均重新平均，不管以前有糧無地，有地無糧，地好糧輕，地壞糧重，都要重新均糧。各縣原有糧銀，以不增不減為原則，偏高偏低時由全村調劑、縣補救。無主或推於村中之地，其糧銀累入份地中。
在這些內容確定之後，閻錫山還派薄毓相率人去鄉寧縣進行試點工作。薄僅搞了10多天的試驗，就回去向閻匯報說：“‘兵農合一’貧富皆大歡喜，農民普遍擁護，是‘為人類謀幸福，替造化表功能’”（《山西文史資料》第14輯，第180頁）。閻聽後頗為滿意，稱薄為“兵農專家”，隨即在兵農會議下設辦公室，由薄兼主任。並下令從各機關抽調大批幹部，分別主管編組、份地、均糧等事宜，指定有關“兵農合一”的各種章則法令。
1944年2月，閻錫山在吉縣小河畔召集各大區統委會主任開會，研究在晉西南各縣普遍推行“兵農合一”的問題。會上，閻標榜其“兵農合一”製度是什麽“新的井田製”，並對這個製度的好處，大大吹噓了一番。會後，閻便組成17個“兵農合一”宣導組，分赴各縣指導執行“兵農合一”工作。
僅經過一個春天，鄉寧、大寧、吉縣、永和、石樓、隰縣、蒲縣等7個完整縣即普遍實行了“兵農合一”。7個縣的53萬人口中，共編兵農互助組50970個，抽出常備兵42850人，編國民兵107060人，並在閻錫山能控製的新絳等16個縣，抽常備兵27340人，編國民兵69460人，總計在兩年多的時間裏，就共抽調常備兵70190人，把15萬多國民兵和編入耕作小組的65萬多男女老少，用於了他的“兵農合一”上（《閻錫山統治山西史實》第326頁）。於是，閻錫山更認為“兵農合一”是既“合乎公道”、“合乎人情”、“又適於生產”的一個“無一行不通，故可以永久不變”的製度，應將其“發揮光大”。“兵農合一”等於手掌，組織、政治、軍事、教育、經濟等於5個指頭，“手掌作了5個指頭的根據，就可以掌握運用屈伸自如，我們深信將來一定會有許多意想不到的好處，一切複興上的工作統有了著落”（《革命行動》第9卷，第8期，第2頁）。他所辦的《陣中時報》更吹噓兵農合一是“革命主張，空前絕後，為曆史之創舉”。是不流血的土地革命，輕而易舉的解決了擾攘複雜的中國土地問題，“是抗戰的聚寶盆，抗戰勝利在此，建國必成亦在此”（《陣中時報》1944年11月6日）。
但是，事實確並非完全如此。許多青年為了逃避常備兵，有的隱瞞年齡，甚至有的不惜自殘以示抗議。不少新入營的常備兵也設法潛逃，連閻錫山也說：“我近來感到不快者，即兵農合一之下，入伍的新戰士逃的不少”，還有一些村莊，為了達到閻錫山所要求的各村役齡壯丁應達到全體村民的四分之一的指標，竟連50多歲的老頭和十五、六歲的孩子，也算進了役齡壯丁之中。在份地上，問題也不少。晉西南的各縣多為山地，產量不高，一些地方的上等地，每畝產量也不過1.5石，大部在1石以下，根本達不到每份地純收益必須夠20官石的要求。於是，不少地方隻好人為地增加土地產量，把畝產1石提為1石5鬥，5鬥提為1石，結果由於農民受害，各村都出現國民兵不願領份地的現象。有的國民兵則明分暗不分，仍然各種各地，有的領了地，但所產糧食還不夠交各種負擔，隻好逃亡在外。對此，閻錫山也不得不承認：“耕作小組之編成，因助耕人之勞動能力大小不一，耕作技術優劣不一，並與主耕人立場不同，領受份地後，雖加強政治管理，合夥耕種，亦不如樂於自動耕作收獲大”（蔣順興、李良玉主編：《山西王閻錫山》河南人民出版社1990年版，第213頁）。
在均糧上，更是坑害百姓。由於閻錫山的軍隊和幹部眷屬有20萬人，人口糧和馬料，每年共需110萬石，除過蔣介石從陝西撥給現糧20萬石，晉西南田賦征糧30萬石外，尚缺之60萬石，係向國民政府領款購買。於是閻錫山把這項巨款差糧，全部要由農民負擔，向他們強迫攤購。可是購糧價從清款到核定，手續往返，經過一段時間後，法幣已經貶值，加上不能及時發款，這樣，等到糧款發到農民手中時，已經不值多少錢。在“均糧上”，由於實行的是累進的“均糧法”，畝產越高，累進數越大，結果不僅沒起到均糧的作用，反而增加了農民的糧銀負擔。至於田賦的征收，閻錫山在幾個完整縣實行的“征一購三”的辦法，即征收1石頂糧銀不給錢，另購買3石。此外，還要購馬料4鬥，民調糧和省、縣附加糧各7.5鬥，村攤糧5鬥，幫助糧1鬥，下來共計6.5石.在不完整縣則實行“征一購二”或“征一購一”。