李宗仁要薦白崇禧出任國防部長一事雖然被阻，但閻錫山卻未能阻止李宗仁、白崇禧調集兩廣軍隊全力保衛廣州。而蔣介石要選調各方精銳，堅守東南沿海。一個背著國防部，一個超越國防部，閻錫山雖然心中大為不悅，但卻也無可奈何。因為他知道自己手無軍權，這也是他早就料到的，所以，他並不煩惱，而是繼續在寫他的各種“方案”。

由於福州、贛州的相繼解放，國民黨在東南沿海的陣地受到嚴重威脅，而人民解放軍又迅速向西北挺進。蔣介石遂於8月23日中午由台北飛抵廣州，他事先也未向李宗仁、閻錫山打招呼，下了飛機就驅車到蘭園迎賓館去找李宗仁，並讓蔣經國去向閻錫山打招呼。誰知閻錫山中午回他的廟前直街官邸休息去了。蔣介石以為閻一定在午睡，便親自去找。豈料他一進閻氏官邸，卻見閻錫山正埋首書案寫什麽東西。蔣即問閻寫什麽？閻答曰：“是根據以前提出的《扭轉時局方案》，按非常委員會的決定，讓行政院有關部會製定細則，但原案是原則性的提法，不易厘定細則，隻得分門別類分製方案”。蔣介石接過這個話題，便將其掌握的李宗仁召集陳濟棠、餘漢謀、薛嶽、白崇禧等在總統府開會，決定任命餘漢謀為華南軍政長官，統一指揮廣東及其周圍的海陸空三軍，全力保衛廣州，並把廣州由院轄市改為省轄市，以便交餘漢謀統一指揮等情況告訴閻錫山，問閻“對此有何看法”？閻回答說：“對此事剛才聽到這些傳聞，尚未接到總統府正式通知，不明真相”。蔣介石知道閻錫山未參與其事，並且又拒絕了李宗仁要讓白崇禧任國防部長的要求，頗為滿意，對閻說：“你集中精力，為黨國的全麵和長久打算，確是深謀遠慮，對保衛華南和保衛廣州的實戰指揮，就讓顧祝同多負些責任去搞”（《閻錫山全傳》（下），第1190頁）。當天黃昏時，蔣介石在國防部召開軍事會議，參加會議的有閻錫山、顧祝同、還有鄭介民、胡宗南、白崇禧、陳濟棠。會上，蔣介石部署胡宗南固守川、陝邊境，白崇禧固守湘贛邊境，最後又宣布“國府”要準備離開廣州，西遷重慶。顯然，蔣介石是不僅不主張全力保衛廣州，反而要放棄廣州了，並且為了保障即將西遷至重慶“國府”的安全，要胡、白二人固守川陝、湘贛邊境。24日，蔣介石便飛往重慶。

按照蔣介石的部署，從華中南逃的白崇禧軍隊雖然在衡（陽）寶（慶）地區部署重兵，企圖組織抵抗，防止解放軍進軍兩廣。但是，在解放軍四野部隊的凶猛攻勢下，很快土崩瓦解。9月13日，四野部隊中路和西路兩兵團發起衡寶戰役，至10月13日勝利結束，殲滅白崇禧部主力4.7萬多人。與此同時，東路兵團在陳賡的統一指揮下，也向廣東進軍。10月2日發起廣東戰役，10月10日，迫近新街，廣州已岌岌可危。於是，閻錫山於10月11日偕財政部長關吉玉飛赴台灣，找蔣介石想辦法。10月12日，廣州動搖，李宗仁在總統府宣布“國府”遷往重慶辦公後，即飛回桂林老家。行政院副院長朱家驊，秘書長賈景德、政務委員徐永昌則率領廣州守軍跑往重慶。10月14日，廣州解放。15日，閻錫山偕關吉玉由台飛往重慶。

閻錫山到重慶的第二天，就召開行政院會議，並向會議提出了《作戰時期加大地方權責爭取勝利案》和《財政部委托各省市收支賦稅暫辦法案》。會前，他還專訪了國民黨西南軍政長官張群，重慶市市長楊森，四川省省主席王陵荃，以求取得地方的支持。麵對無可收拾的殘局，閻錫山已經看到國民黨在大陸的統治已近滅亡，他在18日的日記中就寫到：“曆代國家危急之際，有六種現象：一個是甘心滅亡，甘心滅亡有二義，一是幸其滅亡，一是利其消滅，總之一切所為皆為敵人所希求者，當然滅亡。一個是束手無策，坐以待斃，雖不甘心滅亡，但亦無法不滅亡。一個是一籌莫展，有計劃打不開環境，這也是免不了滅亡的。一個是知其不可為而為之，在無可如何的情勢下，了自己責任的做法。一個是盡人事聽天命，這也不過是成與敗，總能交代了曆史而已。一個是人定勝天，即是旋轉乾坤的做法，旋轉即是旋轉甘心滅亡的危勢，轉而為萬眾一心的挽救危亡”（《閻錫山年譜》（六），第2352——2353頁）。當然，閻錫山是不“甘心滅亡”的，可是他卻“一籌莫展”，在此情勢下，隻好“知其不可為而為之”，“了自己的責任”了。所以，他在當天出席重慶各界舉行的“慶祝政府遷渝及歡迎李代總統大會”上，在致詞中除檢討自己“就職四月，不隻未能扭轉時局，反失掉了許多土地，實覺對不起代總統，對不起立法院，對不起國人，對不起黨，並對不起自己”外，仍提出“確定以寸土必爭為目標”，要“走民眾路線”，“實行總動員”。“完成總體戰”。說“單四川一省，即有七千萬人，尚較一個世界大國的人口為多，再加上雲南、貴州、西康、廣西及鄂西、湘西、陝西，隻要一致努力，大有可為”（台灣國民黨行政院印：《閻院長博采眾議錄》第2頁）。之後不久，他為實行“總體作戰”，又出台了一個《保衛西南中心四川部分案》，並核準張群成立新軍5至10個師，同時加緊部署川陝軍事，令川、黔、桂肅清“散匪”，為挽救已是風雨飄搖的國民黨蔣家王朝做最大的努力。

對於閻錫山這種“知其不可為而為之”的愚蠢之舉，連追隨他多年的親信賈景德、徐永昌也無可奈何，在1949年10月29日他倆為祝賀閻錫山67歲壽辰而在重慶化龍橋商震舊寓舉行的便宴上，徐永昌說閻錫山是“知其不可為而為，其愚不可及也”，閻錫山說：“我的愚，正與寧武子的愚相反，他是假愚，我是真愚”。徐永昌說：“我向來主進不主退，院長知其不可為而為是仁的道理，行其所是可也。佛說：我不入地獄誰入地獄，應無不安”。閻錫山說：“既入地獄，隻好安於入地獄”。閻的意見十分明白，即他既然要“了自己的責任”，就應當負責到底，決不後縮，他是決心一愚到底，為氣數已盡的國民黨統治作最後的拚搏，並準備舍身成仁，入地獄了。

11月1日，人民解放軍第二野戰軍第18兵團等部從南北兩線進軍西南，圍殲胡宗南集團殘部。就在當天，李宗仁偕張群由重慶赴昆明巡視，中樞閣揆，全由閻錫山掌舵。11月2日，巴東國民黨軍隊失守，川東形勢也十分危急，但閻錫山仍委任楊森為重慶市衛戍司令，並任命董霖為外交部次長，王平為財政部常務次長，高信為內政部常務次長，趙子立為河南省政府主席。可是，當在香港的中央、中國兩航空公司負責人率客機12架飛往北京，宣布起義後，閻錫山真有點沉不住氣了，覺得自己已難以“承負時任”，於是，他一麵責成交通部派員處理在香港的中央、中國兩航空公司70架飛機，一麵於11月11日電請蔣介石出山，說“渝東、黔東軍事雖有布置，尚無把握，非鈞座蒞渝，難期挽救”（《閻錫山年譜》（六），第2357頁）。恰在此時，已無意再撐危局的李宗仁離開昆明飛回桂林老家，閻錫山眼看自己就要成為國民黨大陸失敗的替罪羊，因而他急忙動員在渝國民黨立法委員70餘人，分電蔣介石、李宗仁，“即日來渝，共挽危局”。

蔣介石也已看到西南形勢的嚴重性，遂於11月14日飛來重慶，一落腳，他即致電李宗仁返渝，“共商全局”。可是李宗仁最煩的正是蔣的背後操縱，今日蔣蒞重慶，他這個代總統就更無法工作了，一氣之下，稱病飛到南寧，離重慶更遠了。閻錫山也兩次致電李宗仁返渝“迅決大計，共挽危局”，但均未回音。11月20日，李宗仁由南寧飛香港，入太和醫院，並發表聲明：“治病期間，中樞軍政事宜，已電閻院長負責照常進行，總統府日常公務由秘書長邱昌渭、參軍長劉士毅代行處理”（《閻錫山年譜》（六），第2359頁）。蔣介石對李宗仁此舉雖暗中高興，但仍派居正、朱家驊等攜其親筆信飛赴香港，對李慰問，讓其安心養病。11月22日，人民解放軍第四野戰軍第四兵團解放桂林。11月25日，李宗仁托居正等人帶回書信，表示暫不返渝，看來他是另有打算了。

這時，人民解放軍二野主力已開至大西南，二野三兵團及四野一部在湘鄂川邊以神速突然的動作一舉殲滅宋希濂部主力。11月16日解放四川彭水，直逼重慶。就在這種危局下，閻錫山仍於11月23日召集行政院會議，他提議並決定“政府實行戰鬥體製，縮編人員，隨軍行動”，後來閻錫山將此稱為“戰鬥內閣”。戰鬥內閣由各部會人員組成。可是，閻錫山的“戰鬥內閣”尚未完全組成，解放軍已逼近重慶。11月28日，國民政府宣布由重慶遷至成都辦公，閻錫山隻好偕張群及部會官員飛抵成都。

到成都後，閻錫山首先召集總體戰執行委員會，決定各處具體負責人，以便迅速組成“戰鬥內閣”。任命穀正鋼為政治作戰處長，秦德純為軍事作戰處長，黃季陸為民眾作戰處長，楊愛源為敵後作戰處長，李漢魂為兵農合一作戰處長，鄧文儀為幹部訓練處長。這樣“戰鬥內閣”就算成立了。並於12月1日會見川、康籍國大代表、立法委員和監察委員時予以宣布。

但是，閻錫山的內閣在成都立足未穩，解放軍二野第三兵團及四野一部於11月30日解放重慶。此時，蔣介石急令胡宗南集團速從秦嶺以南撤至成都地區。解放軍華北第十八兵團和一野第7軍，在賀龍、李井泉率領下，尾追胡宗南部進軍川北，在連克成都周圍的隆西、內江、資中後，又與解放了貴陽、遵義的二野五兵團於12月7日分三路攻向成都，成都已然不保。

當天，閻錫山主持行政院會議，這也是他在大陸主持召開的最後一次行政院會議。會上，通過了“國民政府遷設台北，在西昌設大本營指揮作戰案”，並任命顧祝同為西南軍政長官。12月8日，閻錫山便偕副院長朱家驊、部會官員關吉玉、杭立武、陳立夫、萬鴻圖，總統府秘書長邱昌渭、參軍長劉士毅等14人乘專機飛台。飛抵台北後，受到陳誠、周至柔、黃朝琴、李友邦的迎接。當天下午7時，閻錫山在寓所招待記者時，正式宣布國民政府自即日起移台辦公，這實際上宣布了國民黨在大陸的統治從此徹底結束。9日，賈景德率各院部會官員80餘人也由成都飛抵台北。

閻錫山離開成都後不到20天，12月27日成都解放，蔣介石最後一支主力胡宗南集團和退集成都地區的其他數十萬部隊除起義者外，悉數就殲。

閻錫山自出任國民政府行政院院長兼國防部長以來的半年中，為保衛華南、西北，動輒出“案”，奔波操勞，可謂嘔心瀝血，殫精竭慮，也可謂盡職盡責，盡心盡力。他明知國民黨的統治氣數已盡，看到了國民黨滅亡之“死相”，也清楚自己已無任何實力，又處在蔣、李明爭暗鬥的夾縫中間，因而往往是“一籌莫展，有計劃打不開局麵”。可是，他為了實現國民黨的“中興”，仍“知其不可為而為之”，苦煎苦熬，苦苦支撐，企圖“旋轉甘心滅亡的危勢”，維持破敗不堪的殘局。閻錫山這樣執迷不悟，這樣愚不可及，自然有其強烈的功利主義因素，但最根本的原因則是他對、的極端仇恨，因而，他隻要有一息尚存，就要與、鬥爭到底。可以說，閻錫山的階級立場是堅定不移的，他對國民黨也是無比忠誠的。然而，曆史終究是無情的，人民民主革命的潮流是任何人也阻擋不住的。閻錫山即便是有實力，即便是可以專斷獨行，指揮一切，也是難以將國民黨這艘行將沉沒的破船，駛向“中興”的彼岸的，這到底是閻錫山的悲哀，還是國民黨的悲哀？

3、三個月慘淡經營，終知“計劃難行”，隻好“迎”蔣複出，卸任歸隱

閻錫山飛抵台北的第二天，又像國府遷至重慶、成都時那樣，在台北賓館舉行遷台首次行政院會議，迅速布置了各院部委遷台後的辦公地點，以使國民政府這架殘舊的機器馬上運轉起來。

蔣介石本來還想留在成都，親自指揮再抵擋一陣，但由於12月9日雲南省主席盧漢，西康省主席劉文輝，西南行政長官公署副長官鄧錫侯、潘文華等人宣布起義，滇、康兩省和平解放，蔣介石見狀也不敢久留，於12月10日乘飛機抵達台北。

台灣國土麵積小，人口少，雖然自然資源豐富，被稱之為“寶島”，但由於日本帝國主義的長期統治掠奪，日本投降後，國民黨台灣當局又對台灣實行了絕對獨裁統治，並因此而於1946年爆發了以“2·28”事件為導火線的全島性大規模起義，未有何生息之機，因此，經濟相當落後，政局也很不穩。如今隨著國府遷台，國民黨控製區的200萬黨政軍人員也紛紛退至台灣，致使人口激增，並由此而導致日用消費品奇缺，物價暴漲。同時，蔣介石殘餘勢力與台灣地方勢力之間相互爭鬥，矛盾日深，而軍隊又是“敗兵殘卒，烏合之眾”，“虛張聲勢有餘，英勇拒敵不足”（江南：《蔣經國傳》，中國友誼出版公司出版，第225頁），如此一個破爛局麵，若不加以整治，對於已是氣息奄奄的國民黨而言，其後果真是不堪設想。

國民黨在大陸潰敗時，尚有台灣可退，那麽，若在台灣也潰敗的話，那隻有葬身大海了。因此，閻錫山在12月21日致“革命實踐研究院”（院長蔣介石）研究員的答詞中就說：“今天我們國家最迫切的需要，是確保台灣與恢複大陸的準備”（《閻錫山年譜》（六），第2365頁）。而蔣介石對國民黨目前的處境似乎更為清楚，特別是美國總統杜魯門於1950年1月4日公開宣布要拋棄國民黨殘餘勢力後，蔣介石對其部下的講話中便哀歎道：“我們……到了大禍臨頭的最後關頭，試問大家退到了這樣一個孤島以後，還有何處是我們的退路？我們每個人今日的環境是一個天涯淪落，海角飄零，這樣一個淒愴悲慘、四顧茫茫的身世，真所謂‘命懸旦夕，死亡無日’的時期”（李敖：《蔣介石研究》第1集，台北·李敖出版社1986年版，第237頁）。

也許，正是因為國民黨再無退路可退，所以，閻錫山要把確保台灣作為最迫切的需要，甚至還要以台灣作為恢複大陸的根據地。此時的蔣介石雖然在台灣，雖然也暗中操縱，但畢竟還是“在野”，況且正忙於收羅殘部，並部署海南島軍事，李宗仁雖然出國，去紐約治病，但仍是代總統，因此，閻錫山便責無旁貸地又忙碌起來。