在南下過程中，朱德由於反對張國燾的分裂做法，受到張國燾的排擠，就在這逆境之中，朱德仍以一個共產黨員的寬闊胸懷，堅持團結大多數指戰員，積極消除分裂帶來的不利影響，並參與了軍事指揮工作。
朱德被調離司令部後，到了四方麵軍總指揮徐向前率領的部隊。徐向前也不滿張國燾的錯誤作法。朱德便同徐向前一起，加強對部隊的領導，並指揮打了一些勝仗。從10月上旬至11月下旬的一個多月中，連續發動幾個戰役，先後攻克綏靖、崇化、丹巴、懋功、興寶、天全、蘆山等地。
戰鬥過程中和結束後，朱德抓緊時間寫文章，總結經驗教訓，對部隊進行教育，提高部隊的戰術水平。朱德先後寫出了《綏、崇、丹、懋戰役中我左支隊二十七師兩河口，撫邊、達維、夾金山、日隆關、巴郎山一帶戰鬥經過及其模範教訓》、《青龍場戰鬥是天蘆戰役中的模範戰例》、《天蘆戰役中追擊之模範與不追擊之失敗》、《雪山攻擊之注意》和《康、瀘、天、蘆、名、雅、邛、大戰役中戰術上應注意之點》等文。文章指出，根據敵情、我情及地形等不同條件，遇山地、隘路時，應進行山地戰、隘路戰和運動戰，而遇地形較平坦或攻取城鎮時即應改變戰術，由山地戰、隘路戰變為平地戰，街市戰，並由運動戰改為陣地戰與堡壘戰。但不管進行何種戰鬥，都必須堅持紅軍作戰中行之有效的戰術原則，即：集中兵力打敵人的弱點；機動地尋求打運動戰而不被迫硬攻堡壘，即使打城市和堡壘，也須在野戰中擊潰敵人，乘勝直追，襲取城市和堡壘須在夜間或拂曉時去攻擊。針對蔣介石派空軍空襲的情況，朱德又寫出《對防空應注意之點》一文，詳細地規定對空射擊的方法，對空觀察哨的設立，對空的隱蔽，偽裝，欺騙和空防中應遵守的紀律等等，以減少損失和樹立信心去戰勝敵人，朱德在軍事指揮上有一個顯著的特點，就是采取各種可能的方法，充分利用敵人的弱點，充分發揮自己的優勢，使敵人的損失增加到最大限度，使自己的損失減少到最小限度。他有時聲東擊西，神出鬼沒，使敵人摸不著頭腦；有時又兵不厭詐，使敵人上當受騙。他可以集中兵力以多勝少，有時也出其不意地以少勝多。這些，都說明朱德雖身處逆境，但他仍然積極地進行著提高部隊戰鬥素質的工作。
與此同時，因為張國燾長期對部隊實行家長式、軍閥的統治，朱德同徐向前等還注意進行提高四方麵軍政治素質的工作。朱德把原一方麵軍的政治工作幹部，分派到四方麵軍裏麵去，深入進行政治工作，用中央蘇區的好辦法來建設黨，建設軍隊，進行群眾工作，發揚軍事民主，廢除打罵製度。他自己也深入到廣大指戰員中間進行政治思想工作，向廣大指戰員講馬列主義，講紅軍好傳統，講蘇維埃的民主生活。由於朱德平易近人，部隊裏的夥夫、馬夫、幹部、戰士都願意同他接觸，聽他講話。他還常同大家打球，大家也同他談得來。朱德對人說：“不管怎樣，多講一點共產主義，多講一點革命道理，總是有影響和起作用的。”盡管張國燾成立了偽中央，但朱德在部隊中的威信仍然很高，他的話對四方麵軍幹部有很大的影響。
朱德對張國燾迫害知識分子幹部的行為也作了有力的鬥爭。想方設法保護一些同誌。那時，在四方麵軍造成一種工農與知識分子對立的空氣，隻要你在上衣插上一支鋼筆，戴個眼鏡，穿條製服褲，會講道理，就被當作知識分子，認為不可信任，並因此受到敵視和迫害。當時廖承誌、朱光、羅世文等被張國燾軟禁起來。朱德曾告訴康克清，要她無論如何設法找到廖承誌，把他保護好，說將來廖承誌在統一戰線工作中能起到別人不能代替的作用。對其他知識分子幹部，也要保護好，廖承誌後來對別人說，他自己是被朱德總司令保過來的，否則恐怕人頭落地了。從這件事也可以看出，朱德既善於鬥爭，又是很有政治遠見的。
這時候的張國燾，搞來搞去搞不出什麽名堂，想打出四川也打不出去，開始悲觀失望，想躲到綏靖去當土司，有些人就戲稱他為“張土司”。等到朱德和徐向前等逐步把部隊整頓好，又擊潰了川軍的十幾個旅，補充了兵源，“張土司”才又出來。這時左路軍表麵上雖然還蒙著張國燾偽中央的陰影，但內部卻在起著變化。張國燾感到西進路不好走，留在四川又蹲不下去，於是改變手法，擺出向一方麵軍幹部靠攏的姿態。
1935年12月19日拂曉，國民黨軍十幾個旅從東、北、南三麵向紅軍進攻，拉開了百丈決戰的戰幕。
據俘虜供稱：劉湘下了死命令，要川軍拚死奪回百丈，援救名山守敵，臨陣不前者，一律就地槍決。戰鬥一打響，敵人即集中強大炮火，向紅軍陣地猛烈轟擊。成批敵機盤旋上空，瘋狂施行轟炸。整營整團的敵軍，輪番向紅軍陣地猛攻。從黑竹關到百丈十多裏戰線上，處處是戰火硝煙、刀光血影，爆炸聲、槍炮聲、喊殺聲，是雙方的殊死搏鬥。
百丈一帶，地勢開闊，多丘陵、樹叢，深溝、水田。戰鬥開始後，徐向前騎馬趕到這裏，觀察情況，現場指揮。三十軍指揮所設在百丈附近一座小山包上，徐向前繞來繞去，好不容易才摸到。見了李先念他們，簡單問了問戰況。當時判斷，劉湘是狗急跳牆，孤注一擲，如果紅軍頂住敵人的攻勢，滅敵一部，有可能勝利轉入反攻，直下岷江西岸。唯敵機太討厭，對紅軍前沿至縱深輪番轟炸，威脅甚大。部隊在開闊地帶運動和作戰，不易隱蔽，對付敵機又缺炮火，傷亡增大，叫人很傷腦筋。紅軍堅守在月兒山、胡大林，鶴林場及黑竹關至百丈公路沿線的山崗叢林地帶，與敵反複拉鋸，血戰3晝夜。敵用兩旅兵力企圖通過水田進占百丈，在紅軍幾十挺機槍掃射下，整營整連的敵軍，被擊斃在稻田裏，橫七豎八，躺倒一大片。但因該地交通方便，敵人調兵迅速，後繼力量不斷增加，攻勢並未減弱。21日，紅軍黑竹關一帶的前鋒部隊被迫後撤，敵跟蹤前進。22日，百丈被敵突入，紅軍與敵展開激烈巷戰。百丈的街上，有些房屋已經著火，冒著濃煙烈火，與敵拚搏，打得十分英勇。百丈附近的水田、山丘、深溝，都成了敵我相搏的戰場，殺聲震野，屍骨錯列，血流滿地。指戰員子彈打光，就同敵人反複白刃格鬥；身負重傷，仍堅持戰鬥，是一場空前劇烈的惡戰，打了7天7夜，紅軍共斃傷敵1.5萬餘人，自身傷亡亦近萬人。雙方都打到了精疲力竭的地步。
戰局沒有打開，薛嶽部又從南麵壓了上來。雙方力量懸殊，持久相峙對紅軍不利。隻好放棄原計劃，從進攻轉入防禦。11月下旬，紅軍三十軍、九軍撤出百丈地帶，轉移到北起九頂山，南經天品山、王家口至名山西北附近之蓮花山一線。四軍在滎經方向，遭薛嶽部猛攻。被敵突進，部隊遂撤至青衣江以北。在西麵大炮山的三十三軍，則繼續鞏固陣地，與李抱冰部對峙。紅軍遭敵重兵壓迫，堡壘封鎖，南下或東出已不可能。
紅軍百丈決戰失利，教訓何在呢？第一，對川軍死保川西平原的決心和作戰能力，估計不足，口張得太大。川軍是紅軍的老對手，被紅軍打怕了的，曆次作戰中往往一觸即潰聞風而逃。但這次卻不同。經過整編，蔣介石向各部隊都派了政工人員，多數軍官又經峨嵋軍官訓練團的訓練，敵軍的戰鬥力有較大加強。為確保成都平原，劉湘親自坐陣，不惜代價，指揮軍隊死打硬拚，加上兵力眾多，運輸方便，地形熟悉，堡壘密布，炮火強大諸條件，便成了難啃的硬骨頭。戰役過程中，薛嶽部又壓了上來。對於這些情況，戰前缺乏足夠估計，想一口吞掉敵人，打到川西平原去。這是導致決戰失利的主要原因。第二，與此相聯係，紅軍高度集中兵力不夠，劉湘在這帶集結的兵力，達80個團以上，縱深配備，左右呼應，憑碉堅守。紅軍隻集中了15個團的兵力進擊，一旦遇到敵人的拚命頑抗和反撲，深感兵力不足，捉襟見肘。部隊兩過草地，體力消耗很大，乍到新區，人地生疏，群眾還沒發動起來，無法積極配合紅軍作戰。這樣，就難以取得戰役戰鬥中的優勢地位。第三，戰場的選擇失當。百丈一帶，地勢開闊，部隊的集結、隱蔽攻防受很大限製，極易遭受敵機襲擊與炮火殺傷。當敵發起反攻時，紅軍處在十餘裏的長弧形陣地上，三麵受敵，相當被動。另外，部隊習慣於山地戰、隘路戰，而對平地、水田、村落戰鬥，則缺乏經驗。有些幹部到了平川地帶，連東西南北都辨別不清，敵機來了，無法對付；部隊撒出去作戰，抓不住，收不攏，影響了指揮信心。仗打得比較亂，有的部隊“放了羊”，有的部隊你打你的，我打我的，協同配合不好，有的部隊不講戰術，增大了傷亡。如此種種，都與在戰役指導思想上的急躁和輕敵有關。廣大指戰員的浴血奮戰精神，是可歌可泣的。
百丈決戰，是紅軍從戰略進攻轉入戰略防禦的轉折點，也是張國燾南下方針碰壁的主要標誌。戰後，紅軍遂以鞏固天全、蘆山、寶興，丹巴地區為中心任務，在這帶與敵對峙，發動群眾，準備過冬。紅軍總部和方麵軍總部，住蘆山城北的任家壩。
那年冬天，天氣異常寒冷，臨近川中盆地的寶興、天全、蘆山，本屬溫熱地區，冬日氣候較暖，但卻一反往常，下了十多年未遇的大雪。位於大小雪山——折多山和夾金山附近的丹巴，懋功地區，更是漫山皆白，地凍三尺。部隊派出籌集糧食、犛牛的人員，大都得了雪盲症，有些同誌凍死在雪地裏。當地人口稀少，糧食、布匹、棉花無繼，兵員擴充有限。敵軍重兵壓迫，戰鬥不止。紅軍處境日趨艱難，廣大指戰員愈來愈清楚地認識到，張國燾的南下方針是錯誤的。