1969年4月1日至24日，中國共產黨第九次全國代表大在北京舉行。出席大會的代表有1512人。
在會議前夕的3月22日，毛澤東在一次會議上明確表示，他認為珍寶島事件是突發事件，蘇聯高層事先並不知情，政治局也沒有討論。
當時，毛澤東甚至不同意在“九大”政治報告中過多地談論中蘇邊界衝突。沒過幾天，毛澤東實際上已準備采取措施緩和中蘇關係，並指示周恩來“準備外交談判”
1969年4月28日，中共九屆一中全會在北京召開，毛澤東在會上作總要講話。
毛澤東說：
此外，過去講過的了，就是要準備打仗。無論哪一年，我們要準備打仗。人家就問了：他不來怎麽辦呢？不管他來不來，我們應該準備。不要造手榴彈都要中央配發材料。手榴彈，到處可以造，各省都可以造。什麽步槍，輕武器，每省都可以造。這是講物質上的準備。而主要的，是要有精神上的準備。精神上的準備，就是要有準備打仗的精神。不僅是我們中央委員會，要使全體人民中間的大多數有這個精神準備。我這裏講的不包括專政對象，什麽地富反壞那套人。因為那套人是很高興帝國主義、修正主義打來的，他以為打來了，這個世界就翻身了，他就可以翻身了。還要準備這一條。
社會主義革命過程還要革這個命。
毛澤東接著指出：
人家打來，我們不打出去。我們是不打出去的。我說不要受挑撥，你請我去我也不去。但是你打來呢，那我就要對付了。看你是小打還是大打。小打就在邊界上打。大打，我主張讓出點地方來。中國這個地方不小。他不得點好處，我看他也不會進來。要使全世界看到我們打仗是有理的，有利的。他進來了，我看比較有利，不僅有理，而且有利，好打，使他陷在人民包圍中間。至於什麽飛機、坦克、裝甲車之類，現在到處經驗證明，可以對付。
毛澤東的講話，表明了中方堅決捍衛主權的決心，在當時的形勢下，毛澤東的話對驕橫跋涉的蘇聯也是一種威懾。
1964年10月14日，勃列日涅夫參與推翻赫魯曉夫的政變，任蘇共第一書記。
勃列日涅夫上台以後，蘇聯的戰略方針是有變化的。從1965年起，蘇聯開始實行常規力量和戰略力量的現代化計劃。
隨著戰略方針的改變，蘇聯既加速發展火箭核武器，又大力擴充常規軍備。他們恢複了被赫魯曉夫撤銷的陸軍司令部，充實了地麵部隊，加強了炮兵和坦克兵，並大力擴充空降部隊；加強了空中機動能力、水麵作戰和兩棲作戰能力，建立了海軍陸戰隊；並開始建造大型運輸機、大型登陸艦，萬噸級遠洋運輸艦和航空母艦。
與此同時，蘇聯頒布了新的兵役法，降低征兵年齡。他們還加緊對蘇聯居民進行“備戰教育”和“民防訓練”。
1966年之後，中蘇邊界緊張局勢大大增加。1966年10月2日，有200萬中國人在蘇聯邊境，特別是在中國東北和蘇聯遠東之間的邊界上，參加了群眾示威遊行，以支持中國的領土要求。
從1966年起，蘇方開始禁止中國船隻從撫遠三角洲北麵和東麵的江麵通過，並出動炮艇在江麵進行攔截。
1967年夏，蘇聯邊防軍及阿穆爾河分艦隊的人員一再登上黑龍江主航道中心線中國一側的吳八老島，毆打和驅趕過去在島上耕種的中國邊民。
1967年1月以後，蘇聯軍隊一再侵入烏蘇裏江，阻止中國邊防軍上島巡邏。
從1967年11月底至1968年1月5日，蘇軍連續出動人員幹涉中國邊民在七裏沁島進行冰上捕魚等活動，中國邊防部隊奮力保護島上的群眾。雙方多次發生爭辯，蘇方先棍棒毆打中國邊防軍民，然後發展到鳴槍威脅。中國軍民用棍棒進行還擊，因力量薄弱，結果有100多人被打傷，蘇軍隻有10人受傷。
1967年2月，在蘇聯大使館被圍困期間，局勢特別緊張。
2月2日，北京廣播電台宣稱：“蘇修和美日帝國主義者”通過黑龍江省進攻中國的陰謀被粉碎了。
2月11日，所有的中國邊境軍隊處於戒備狀態。
1968年發生了許多小事件，但為了緩和局勢，中蘇雙方都沒有公布這些事件。
雙方最嚴重的一次衝突發生在1968年1月5日。當天，蘇軍出動裝甲車衝撞正在島上從事生產活動的中國邊民，當場撞死、壓死中國邊民4人，造成中蘇邊界糾紛以來第一次慘重的流血事件。
1969年1月24日，事件發生後，中共中央軍委電示沈陽軍區、北京軍區，要求加強中蘇邊界東段的邊防警戒。
中央軍委還作了一些克製性的規定：
如遭到蘇方毆打，我方可以還手，但不要開槍；如蘇方使用裝甲車等向我衝撞時，我方可采取必要的防護措施，並向蘇方提出強烈抗議；如蘇方用裝甲車等繼續向我衝撞，並軋死軋傷我方人員時，我方可以相應地還擊，如炸毀其車輛，棒擊其人員，但不準開槍射擊；如蘇方向我開槍，我應當場向蘇方提出最強烈抗議，並鳴槍警告。當我方兩次警告無效，對方打死打傷我方人員時，我邊防部隊可以開槍還擊。但是，在采取上述自衛措施時，應做到“先禮後兵”，並且把還擊行動控製在我方境內。
根據中央軍委的建議，沈陽軍區從值班部隊中抽調了部分精幹人員進入七裏沁島附近，進行反擊準備。但蘇方因東歐國家局勢不穩而收斂了越界行為，直到烏蘇裏江春季開冰前，中蘇雙方未發生武裝衝突。
然而，1968年春夏以後，蘇軍飛機越過邊境線進行偵察挑釁的事件卻日益增多。對此，中國政府向蘇聯政府提出了抗議，但在邊界上未采取射擊行動。
8月，蘇聯大規模入侵捷克斯洛伐克。隨即，蘇聯領導人又想在邊界上對中國施加壓力。當時，蘇聯在中蘇邊界東段的軍隊有10多個師。
當時，中共中央正在籌備召開“九大”，在此情況下，蘇聯邊防軍多次挑起了邊界衝突，在毛澤東和周恩來的指示下，中方對蘇聯的侵略行徑一再忍讓。