錢德拉博士——厄巴納市伊利諾伊大學的計算機科學教授——也有一種揮之不去的罪惡感，但與弗洛伊德的罪惡感非常不一樣。一些學生及同事常常懷疑，這位瘦小的科學家是否還有一絲人性。當他們聽說錢德拉對那些遇難的航天員無動於衷時，一點也不覺得驚訝。唯一讓錢德拉傷心欲絕的是他失蹤的“兒子”，哈爾9000。
多年來，他不眠不休地檢查發現號傳回來的數據，還是找不出究竟是哪裏出了問題。他隻能用一大堆理論來解釋，而他所想知道的事實都塵封在哈爾的電路裏(目前哈爾還在木星與艾奧之間的某處飄**)。
直到出事的那一瞬間，宇宙飛船遭遇的一連串事故都已經很清楚地被證實。之後，指揮官鮑曼還與地球恢複短暫的通話，對當時的情況做了一些細節上的補充。不過，知道發生了什麽事並不足以解釋為什麽出事。
事故發生的第一個征兆出現在任務的後期，當時哈爾曾經發出警訊，說控製發現號主天線的組件逐漸失效，恐怕馬上無法將天線對準地球的方向。假如這束五億公裏長的電波失去準頭，宇宙飛船將變得又盲又聾又啞。
鮑曼曾經親自爬出太空艙，取回被懷疑有問題的組件，但令人驚訝的是，測試結果發現它完全沒有問題。自動測試電路根本找不出它有什麽不對勁。信息傳回厄巴納市之後，哈爾的孿生妹妹莎爾9000也查不出個所以然來。
但是哈爾堅持他的診斷無誤，結論指向“人為錯誤”。他建議將該控製組件裝回去，等它壞了，到時候就可以確切知道故障發生的位置。沒有人表示反對，因為即使它最後壞了，換一套新的隻需幾分鍾就行了。
然而，鮑曼和普爾開始擔心，他們覺得事情有點不對勁，但都不知道哪裏不對勁。幾個月以來，他倆已將哈爾視為狹小太空艙內的第三個成員，對他的脾氣摸得一清二楚。然而，艙裏的氣氛卻出現微妙的轉變，空氣中彌漫著一絲緊張的感覺。
占艙內人數三分之二的人類成員曾私底下討論過，假如那個非人類成員真的有點故障的話應該怎麽辦。憂心忡忡的鮑曼事後也曾向任務控製中心提出報告——但感覺上好像在告密。在最壞的情況下，他們打算解除哈爾的高階任務，甚至包括斷電——對一部計算機而言，斷電相當於處死。
憂心歸憂心，該做的事還是得做。普爾駕著一艘小型的分離艙出去，在宇宙飛船外出任務時，分離艙是個交通工具兼活動的工作室。由於拆換天線組件比較需要技巧，無法靠分離艙本身的機械手臂，普爾決定自己來。
令人百思不解的是，接下來發生的事情監視錄像機居然沒有拍到。鮑曼聽到普爾一聲慘叫——然後一片沉寂——才知道出事了。接著，他看到普爾一邊不斷翻滾，一邊往太空中飄去；他的分離艙先撞到他，然後失控爆炸。
鮑曼事後坦承，當時他犯了一些嚴重的錯誤——其中隻有一個錯誤可以原諒。在一心想救援普爾的情況下——如果他還活著的話，鮑曼立即駕著另一艘分離艙出去，而將哈爾留在宇宙飛船裏掌控一切。
這次宇宙飛船外的救援行動結果是白忙一場；當鮑曼趕到時，普爾已經死了。失望之餘，他把屍體拖回宇宙飛船——不料哈爾拒絕開門。
不過哈爾低估了人類的智力和毅力。雖然鮑曼的航天服頭盔留在飛船裏沒帶出來，但他仍然冒著直接暴露在外層空間的危險，拚命找到一個不受計算機控製的逃生艙口進入。進入後第一件事就是找哈爾開刀，將他的“腦部組件”一一拔除。
鮑曼重新掌控飛船之後，發現一件駭人聽聞的事。在他離船的那段時間裏，哈爾把三位正在低溫睡眠中的航天員的維生係統關掉了。當時鮑曼孤立無援的狀況是人類有史以來所僅見的。
要是換成別人，在這種孤立的絕望中可能會半途而廢，但鮑曼證明了當初挑選他擔此重任的那些人是對的。他想盡辦法維持發現號的正常運作，甚至斷斷續續地與任務控製中心恢複聯係。雖然天線卡住了，但他設法調整宇宙飛船的轉向，盡量使天線對準地球。
終於，發現號循著預定的路徑到達木星。鮑曼與其他許多衛星一樣，繞著那顆巨大的行星運轉。這時他遇見了一塊黑色的大石板，也在繞著木星運行——這塊石板與以前在月球上的第穀坑所挖出來的形狀一模一樣，但有好幾百倍大。他駕著分離艙前往探勘，旋即失蹤，隻留下那句令人費解的話：“上帝啊，全是星星!”
許多人都很關心這件怪事，但錢德拉博士卻隻關心哈爾。心如止水的他如果還有一丁點情緒的話，那就是很討厭事情真相不明。除非找到哈爾失常的原因，否則他絕不善罷甘休。即使到現在，他仍不承認那叫故障，他認為最多隻能稱之為“異常”。
他的小小密室陳設很簡單，一張旋轉椅、一個電器櫃，以及一塊黑板，黑板兩側各掛了一張大頭照。一般人很少知道大頭照裏麵的人是誰，但有資格進入密室的人都能馬上認出來，他們是計算機神殿裏的兩個神祗：馮·諾伊曼和圖靈。
密室裏沒有半本書，櫃上也沒有紙筆。錢德拉隻要動幾根手指頭，全世界每間圖書館的每一本書都唾手可得。熒光幕是他的素描簿和便條紙。即使是黑板也是專給訪客用的，黑板上被擦掉一半的方塊圖是三個星期以前留下來的。
錢德拉博士點燃一根由印度馬德拉斯進口的一種濃嗆雪茄，大家都認為抽煙是他唯一的惡習——事實上確實如此。計算機控製台從來不關，他看了看屏幕上沒有重要信息，就對著麥克風說道：
“早安!莎爾。有什麽新消息要告訴我嗎？”
“沒有，錢德拉博士。你有要告訴我的嗎？”
這個聲音很像是一位曾經在印度和美國都讀過書的優雅的印度女人。剛開始的時候，她的口音並不是這樣，但多年來的耳濡目染，她已經深受錢德拉的影響，變成這種腔調。
錢德拉在鍵盤上打入一個密碼，將莎爾的輸入端切換到最機密的記憶電路。從來沒有人知道他是通過這個電路對計算機說話，因為他未曾向人透露這件事。盡管莎爾幾乎不了解他所說的話，但她的回答卻頭頭是道，即使身為創造者的錢德拉，有時候也會被耍得團團轉。事實上，他希望這樣被耍，這些私下的互動有助於他的心理平衡——甚至讓他保持精神正常。
“你常告訴我，莎爾，假如沒有進一步的信息，我們將無法解釋哈爾的異常行為。問題是，我們如何取得這些信息？”
“很簡單，得有人回到發現號。”
“當然!現在看起來這件事即將實現，比我們想象的還要快。”
“我很高興聽到這個消息。”
“我就知道你會喜歡。”錢德拉真心地回答道。錢德拉很久沒與那些身材日漸消瘦的哲學家來往了，他們總是認為計算機不會真正地感受到感情——它們隻是假裝而已。
(“如果你能向我證明你的發怒不是假裝的，我就會認真考慮你的說法。”他曾輕蔑地反駁過一個持這種觀點的人。而那時，他的對手還真擺出了一副最有說服力的憤怒表情。)
“現在我想探討另一個可能性，”錢德拉又說了，“診斷隻是第一步。除非診斷能提供治療方法，否則整個過程就不算完整。”
“你相信哈爾可以恢複正常運行嗎？”
“我希望如此，但我不確定。也許他已經受到無法修複的損害，失去了大部分的記憶。”
他停止談話，一麵沉思，一麵抽了幾口雪茄，然後很有技巧地吐了個煙圈，不偏不倚地套在莎爾的廣角鏡頭上。這對人類而言絕對不是個友善的舉動，但莎爾不會介意。計算機的好處又多了一樁。
“我需要你的合作，莎爾。”
“沒問題，錢德拉博士。”
“這件事可能有些危險性。”
“你的意思是……”
“我打算關掉你的部分電路，特別是那些與高階功能有關的電路。我這樣做你會不高興嗎？”
“在沒有更明確的信息之前，我無法回答這個問題。”
“很好。讓我這麽說吧，自從你第一次被啟動以來，你的操作一直都沒停過，是吧？”
“沒錯。”
“但是你很清楚，我們人類沒辦法做到這一點。我們需要睡眠——這樣我們的心智活動才幾乎可以獲得完全的休息，至少在有意識的層麵上而言。”
“這個我知道，但我不了解。”
“呃……也許你馬上會親自體驗到類似睡眠的東西。在睡眠期間，你不會感覺時間的流逝。當跟你的內在時鍾比對時，你會發現你的監控記錄裏有許多中斷的地方。就是這樣。”
“但是剛才你說這件事可能有些危險性，是什麽危險性？”
“它發生的幾率可說是微乎其微——幾乎計算不出來——當我把你的電路重新接通以後，你的特質以及未來的行為模式可能會有些改變。你會覺得不一樣，但說不上是變好還是變壞。”
“我不知道那是什麽意思。”
“抱歉——也許沒什麽意思。所以不用擔心這個了。現在請打開個新文件——文件名在這裏。”錢德拉利用鍵盤輸入，打出兩個字：鳳凰。
“你知道這是什麽嗎？”他問莎爾。
計算機沒有任何停頓就做了回答：“在目前的百科全書裏總共有二十五條解釋。”
“你認為哪一條最常用？”
“阿喀琉斯的導師？”
“有意思，我不知道這一條。再猜一次。”
“一種非常漂亮的鳥，會從前世的灰燼裏重生。”
“很好!現在你了解我為什麽要選這一條了吧？”
“是因為你希望哈爾能重生？”
“沒錯——但你要助我一臂之力。準備好了嗎？”
“還沒。我想問一個問題。”
“什麽問題？”
“我睡著以後會做夢嗎？”
“當然會。所有智慧生物都會做夢——但沒有人知道原因。”錢德拉停了一下，從雪茄裏又吐出一個煙圈，然後補了一句話，這句話他從來不肯對其他人類開口，“也許你會夢到哈爾——就像我一樣。”