鼻咽癌轉移最常見部位是骨、肺、肝。骨轉移以骨盆、脊柱、四肢骨常見。臨床觀察發現，隨著頸淋巴結腫大，遠處轉移機會亦明顯增加，遠處轉移率為4.8%~27%，屍檢則發現高達76%。骨轉移多表現為骨部疼痛等，肺轉移表現呼吸困難、咯血等，肝轉移為肝區疼痛、黃疸等。