1940年5月，德軍開始進攻法國，作為永久性防禦工事的馬其諾防線不攻自破。先後由莫裏斯o居斯塔夫o甘末林和馬克西姆o魏剛指揮的法軍節節敗退，國內政局混亂。保羅o羅諾總理為控製局勢，建立最廣泛的民族團結，羅致了國內的各種力量，貝當也應召回國出任內閣副總理。結果，在繼續作戰還是通過求和結束戰爭這個問題上，法國政府內部分為兩派，一派以雷諾總理為首，另一派以貝當元帥為首。

在6月13日至16日為期4天的戲劇性討論之中，貝當公開而毫無保留地出來當了主和派的領袖。貝當向內閣宣讀了一份備忘錄，排除了在法國本土以外繼續戰鬥的任何想法，而在本土以內他又堅信法國業已戰敗，剩下的隻有設法締結一項體麵的和約。貝當以一種無可奈何的口吻說，法國的複興不可能通過軍事上的勝利來取得，而應是"祖國及其子孫承受苦難"的結果。停戰並不是對戰敗的懲罰，而是一個新的開端，即"保證不朽的法蘭西永世長存的一個必要的條件"。貝當甚至以辭職相威脅。16日晚，在迫不得已情況下，雷諾辭去總理職務，阿爾貝o勒布倫總統任命貝當組閣。貝當發表廣播演說："我把本人獻給法國，來減輕它的痛苦。"就在16日夜間，貝當即請求西班牙政府充當法國與德國談判的中間人。第二天，貝當下令法軍停火，這就等於承認放棄戰鬥，從而使法國在同德國談判停戰與議和條件時處於極為不利的地位，在很大程度上限製了法國政府拒絕或商討敵方所提條件的任何可能性。6月21日，希特勒親自來到1918年法國人接受德國投降的貢比涅森林接見法國談判代表團。22日，經貝當同意，法德停戰協定在當年的"停戰車廂"裏正式簽字，法國被迫接受十分苛刻的停戰條件。法國分為兩部分，包括巴黎在內的3／5的國土（主要是北方工業區）歸德軍占領，占領軍的費用由法國負擔。南部和西部（主要是農業區）為自由區；法國的空軍、陸軍裁到10萬人；最重要的是，貝當政府要在政治、經濟、外交等各個領域同德國"合作"。

1940年7月1日，貝當政府遷到維希。10日，國民議會以569票讚成80票反對通過決議，授予貝當製定新憲法的全權。新憲法以"法蘭西國家"代替了"法蘭西共和國"，以"勞動、家庭、祖國"代替了自1789年繼承下來的"自由、平等、博愛"。貝當被授予"國家元首"的稱號並兼任總理，擁有召開國民議會、製定行政立法、指揮軍隊、任命或撤換部長等多種權力，幾乎比路易十四的權力還要大。當時在政府公報上發表的許多條例都是以君主政體的格式開始的："本人，菲利普?貝當，以法國元帥、國家元首名義宣布，雲雲。"這位八十多歲的老人為往昔的聲名所累，一時得到了許多法國人的支持。其實在政治經驗方麵，貝當是初出茅廬，很不成熟。貝當不是一個政治家，隻得請皮埃爾o賴伐爾 作為代理人。維希政權的第一時期從1940年7月10日至12月13日，可稱為貝當―賴伐爾時期。1940年10月24日，貝當和希特勒在都蘭的蒙都瓦的列車車廂裏進行會談。

此後，貝當聲稱，為了法國的"榮譽和尊嚴"，法國必須尋求對德合作政策。從此，"合作"兩字就像標簽一樣，烙在貝當的身上。應該指出，貝當礙於體麵，和德國人的合作多少有些羞羞答答，不時使出他慣用的兩麵手法。當他和賴伐爾**裸的親德賣國行為發生嚴重的意見分歧時，1940年12月13日，貝當下令拘留他的"皇太子"(製憲法令規定，在貝當元帥去世後，由賴伐爾繼任)，並且派一支可靠的隊伍把賴伐爾護送到他的私人住所裏去。對於這個相當令人吃驚的事件，德國當局並不知道。於是，從1940年12月13日至1942年4月18日開始了維希政權的第二時期，稱為貝當―達爾朗時期。原海軍總司令達爾朗海軍上將變成維希政權的第二首要人物。貝當合作主義的政策"在很大程度上是同戰爭的進展和德國的勝利，或者相反地，同德國失敗的最初跡象密切相關的"。

貝當企圖在外交上采取中立和拖延政策，並曾與佛朗哥會晤，勸他拒絕德軍經西班牙開往北非。但賴伐爾在德國人的支持下於1942年4月19日重新執政，開始了維希政權的第三時期。這時又頒布了新的製憲法令："法國對內和對外政策的實際領導權全部授予政府首腦（即賴伐爾），政府首腦由國家元首任命，並直接對國家元首負責。"實際上把貝當變成壁爐台上的一件小擺設。1942年11月8日，美軍在北非登陸。貝當命令在阿爾及利亞的達爾朗與盟軍配合作戰，同時又發布電文抗議盟軍登陸。法國人在阿爾及爾的抵抗是象征性的，事實上已經向盟軍打開了北非大門。德國人因此認為停戰條款已經不起作用，因此於11月11日出兵占領了法國南部地區，維希也變成德國人公開當家做主的地方了。

盡管如此，貝當的投降主義和合作主義，對法國喪失民族主權獨立，蒙受德國侵略者的欺淩和**，負有不可推卸的重大責任。貝當政治上的軟弱無能使他不能阻止賴伐爾之流徹底的賣國行為，有意無意地扮演著"合作"的主角。貝當鎮壓統治區內的任何反德活動。貝當提供原料、商品支付德國的占領費用，從3億到5億，1944年7月又增加到7億。貝當在廣播中號召為德國招收勞工，設立強製勞動局。在德國出兵占領法國南方時，許多法國人希望貝當離開維希，但是他沒有離開，仍然留在那裏，仍然忠於一個過於簡單的政策概念：在祖國受難的時候，不應該拋棄本國的土地和自己同胞。這是貝當個人的悲劇。貝當在完全成為傀儡之後，仍然執迷不悟。1943年12月18日，貝當還寫信給希特勒表示："今後占領當局有權改變法國的一切法律。"1944年6月，盟軍在諾曼底登陸之時，貝當還在廣播中號召法國人民遵守秩序與紀律，服從德軍在作戰地區的任何指示。8月，戴高樂解放巴黎，貝當才悄悄燒毀自己的私人文件，派特使前往聯絡，準備和平移交權力，但遭到了戴高樂的拒絕。8月20日，貝當和他周圍的人被德國人從維希帶到洛克馬林根的霍恩佐倫的一座古老的城堡裏，他的政治生涯就這樣奇特地結束了。