四月三十日晚上，多爾袞在薊縣獲悉大順軍已經撤離北京，命令多鐸、阿濟格和吳三桂等帶領精兵全力追擊，目的是進一步重創大順軍，盡量截留被大順軍運走的金銀財物。
五月初八日，清軍在慶都（今河北省望都縣）城東追上大順軍。李自成命蘄侯穀英率兵阻擊，被清軍擊敗，穀英陣亡。接著，清軍又在真定（今河北省正定縣）再次獲勝。大順軍在畿輔已無法立足，經井陘退入山西，留精兵扼守固關。追擊的清軍於五月十二日返回北京。
大順軍在山海關戰役中失敗的消息傳開以後，原大順政權管轄區內的明朝官紳認為時機已到，迅速糾集兵力發動叛亂，推翻當地的大順政權。這些發動和參與叛亂的官紳絕大部分是以明朝為正統的，他們對山海關戰役和清軍入京的情況並不大了解，有的隻知道大順軍被吳三桂部殺敗；有的雖然知道清軍入關，也以為隻是吳三桂借用清方兵力。因此，他們打的旗幟大抵是“擒賊複明”。
大順軍撤入山西以後，清軍停止了追擊，返回北京休息整頓，大約有一個月時間沒有采取軍事行動，所占地方不過是京師附近一帶。
李自成又一次犯了戰略性的重大錯誤。他不是坐鎮太原，火速從陝西等地調集軍隊入晉，加強山西防務；相反，卻同劉宗敏等高級文官武將率領主力繼續西撤，於六月初渡過黃河，返回西安。盡管他在固關留下了大將馬重禧；在大同、陽和留下了製將軍張天琳；在晉東南長治地區留下了大將劉忠；路過省會太原時留下明朝降將陳永福守禦，“且授以堅壁清野之計”；在晉西北保德地區留下了降將唐通；晉南臨汾地區又有綿侯袁宗第統兵萬人屯於掛甲莊。兵力似乎頗為可觀，但這些留守山西的軍隊各守汛地，缺乏一員威信卓著的將領統一指揮。
李自成匆促地返回西安後，清軍占領了畿輔地區，於是山西就成了大順政權同清方對峙的前線，李自成部署之不當又一次證明了他缺乏戰略眼光。
五月初十日，一度投降大順政權的明大同總兵薑瓖發動叛亂，“陽和軍民約與鎮城軍民內應，於是殺（張）天琳及偽中軍張黑臉，恢複大同”。薑瓖占據大同地區後，初期也是以複明為號召。這時李自成正在太原地區，卻沒有對這一雁北重鎮發生的重大變故采取任何措施，而是繼續西撤。
薑瓖隨即在清方拉攏下，放棄了所謂的複明，很快歸附了清廷。六月十六日，他接到清兵部信牌傳達多爾袞的令旨：“大同總兵官薑瓖忠誠為國，擒殺偽將，平定大同、陽和等功，予甚嘉悅。但立棗強攝理國事，以延先祀等語，甚覺不宜，其棗強王可炤舊守其本等爵級。……”薑瓖立即遵令用順治年號“大張榜示，通行布告軍民人等”。這樣，大同的複明變成了歸清。
明恭順侯吳惟英之弟吳惟華在多爾袞進京時拜迎馬首，自告奮勇前往山西替清朝招安地方。多爾袞欣然同意。六月，吳惟華離京赴晉，在兩三個月裏聯絡一些明朝文官武將先後招降了代州、繁峙、崞縣、五台，攻克靜樂、定襄等州縣，從而使清朝控製區擴大到太原以北。
薑瓖在大同叛變投清以後，又發生了唐通在晉、陝交界地區的叛亂。
順治元年八月初六日，清廷以攝政王多爾袞名義寫信招降唐通。唐通和薑瓖、吳三桂等人一樣都擅長於見風轉舵。大順軍兵敗撤出畿輔後，他奉李自成之命鎮守同陝西相鄰的軍事要地保德州、偏關地區。由於薑瓖的叛變，大同地區落入清方之手，唐通估計大順政權難以同清廷抗衡，就在八月下旬以保德州為據點發動叛亂，文告改用明崇禎年號，西渡黃河襲擊陝西府穀縣，同大順政權鎮守陝北的亳侯李過激戰達半月之久。由於變生意外，李過部損失較大。唐通占領了山西保德州、岢嵐州、永寧州（今離石縣）、河曲縣、興縣、嵐縣、臨縣和陝西府穀縣、葭州（今佳縣）一帶。
李自成與多爾袞的運氣（16）
清朝委任的山西總兵高勳和唐通有一麵之交，於九月初三日派人往保德招降唐通，初七日唐通回信表示願意歸附清朝。十月十一日，他正式拜表投降清廷，改用順治年號。後來唐通被召至北京，隸漢軍正黃旗，晉封定西侯。
唐通的叛變，不僅使山西北部全部淪入清方之手，而且由於唐軍占領了府穀、黃甫川、清水營和佳縣一帶，在黃河西岸的陝西境內也建立了據點，對大順政權的陝北防務構成了威脅。李自成深為憤慨，下令把唐通的母親和兒子處死。
此時，南明勢力已於五月中擁戴福王朱由崧為帝，定都於南京，改年號為弘光。雖然其政權君昏臣暗，但畢竟尚擁有中國南部的半壁富庶江山，兵多糧足，構成清朝統一中國的障礙。
在這種情況下，多爾袞的戰略是：對農民軍的主要力量堅決消滅，其中對地方小股起義、“土賊”則剿撫並用；而對南明政權則是“先禮後兵”。多爾袞派出大量降清的明官對南明君臣招撫，並寫信給南明閣臣史可法，提出“削號歸藩，永綏福祿”。在南明派出左懋第使團來北京談判過程中，他將其軟禁起來，並不給予明確的答複。清軍於九月占領山東，十月進據蘇北，與史可法的軍隊沿河相峙。
在這種形勢下，多爾袞認為全麵進攻農民軍和南明政權的時機已經成熟，便於十月先後命阿濟格和多鐸率軍出征，分別向農民軍和南明福王政權發起了戰略總攻。
就當時雙方力量對比而言，多爾袞過高地估計了自己的實力。由於他雙管齊下，本來不多的兵力卻分兵作戰，兵分則勢弱，容易被分別吃掉；況且此舉很容易引起漢民族的同仇敵愾，使他們暫釋前嫌，有可能攜手作戰。就在這年十月，大順農民軍二萬餘人進攻河南懷慶，獲得大勝。敗報傳來，給多爾袞猛然敲了警鍾。他立即令多鐸暫停南下，集中對付農民軍，由山東入河南，與北麵的阿濟格軍對陝西形成前後夾擊之勢。
曆史的偶然性再一次救了多爾袞，使他得以在戰略上改變兩個拳頭打人的方針，而集中優勢兵力，各個擊破。
此時三支不同的軍隊同時在進攻大順。北路由阿濟格統領，輔之以吳三桂和尚可喜部，通過寧武關直撲西安。阿濟格進軍如此之快，是與西北幾位軍事將領的迅速投降分不開的。南一魁原為明朝官員，曾歸順李自成並被授以參將之職。在他認識到李自成不可能再成為皇帝後，便棄李而去，投奔蒙古的鄂爾多斯部。當阿濟格從陝西北向進軍延安時，南一魁甘願為清效勞；並同另一明降將楊鎮邦一道，在南擊延安時與滿、蒙、漢旗軍協同作戰。
同時，在南部，多鐸派其一部渡過黃河，進攻許定國，輔之以孔有德和耿仲明部從河南進襲陝西潼關；在中路，葉臣與石廷柱率軍出山西以保護其餘兩路。
1644年十二月底，多鐸率軍通過河南，直趨戒備森嚴的要塞潼關。潼關在許多世紀以來，就是中國戰爭史上的要地。多鐸的探馬報告了大順軍的實力——那裏約有3萬戰士正嚴陣以待清軍的到來。因此，多鐸在河南稽留了將近一個月，立營靈寶以等待重炮兵團，盡管他幾次接到朝廷對其遷延不戰的指責。正如事實所示，炮兵對清軍這次的勝利起了決定性作用。而這場戰鬥是清人征服中國過程中最為艱難的戰鬥之一。清軍對潼關的初次進攻失利了。防守的一方奮力抗擊，甚至設法把滿漢先頭部隊與其主力分割開來，使多鐸的人馬傷亡慘重。
在關鍵的時候，孔有德和耿仲明投降滿清時所帶的“紅衣大炮”改變了戰局。當炮兵猛轟起義軍的陣列時，許多大順士兵驚慌潰散，死者“不計其數”。大順將領馬石瑤派其三百名精銳輕騎衝擊清軍的側翼，另一支部隊則去進擊清軍的後殿。然而，兩支人馬都失敗了：一支為耿仲明部擊敗，另一支為滿蒙士兵合殲。
次日，馬石瑤與其近侍投降了。清軍馬不停蹄出關西進，沿綠波粼粼的渭河河穀直指西安。
西安的李自成很快就得到了潼關失守的消息。他親自率領其衛隊離城出戰，企圖挫敗清兵對他在陝西的這個大本營的侵襲。然而他的戰士未能擋住鑲黃、鑲藍和正白旗兵。事實上，李自成僅僅保住了他的輕騎兵，而隨之出戰的步兵迅速被圍殲了。清軍尾隨其後，雙方相距隻有幾天的路程——如果不是幾小時的話。李自成和他的騎兵最終得以進了西安城門。他隨即放棄西安轉移——這與八個月前他從北京潰逃的情形幾乎一模一樣。類似的大破壞再度重演了。他又一次讓部下掠奪財寶，又一次將其舊日宮殿焚燒一空，又一次想把整個城市化為一片火海。
根據清朝官方的記載，李自成並不是帶領一小夥親兵逃離西安的。盡管阿濟格的情報可能不確，但他給朝廷的報告中卻說，李自成帶著二十萬人馬，很有可能打算襲擊南京。李自成經過藍田南去商洛，又從武關進入了河南境內。從河南出發，大順餘部去了湖廣，沿漢江而下，途經襄陽。
當李自成統率大順軍由襄陽、承天向漢川、沔陽推進時，南明鎮守武昌的寧南侯左良玉連章告急。明江西總督袁繼鹹以為大順軍可能沿長江北岸向南京進發，帶了一支軍隊趕往湖北蘄春，同左良玉部相呼應。大順軍卻從沔陽州的沙湖一帶渡過長江，在荊河口擊敗左良玉部將馬進忠、王允成部，一時“武、嶽大震”。左良玉不敢迎戰，在三月二十三日借口接到崇禎帝“太子”密諭，扯起“清君側”的旗幟全軍乘船東下，放火焚毀武昌。