朱由崧登上了皇帝的寶座，挫敗了某些東林—複社人士擁立潞王朱常淓的計劃。圍繞帝位的勾心鬥角，並沒有就此平息。弘光立國一年之內，先後發生了“妖僧”大悲、偽太子、“童妃”三大案。這三個案件表麵上是孤立的，互不相涉，卻都貫穿著對弘光皇帝朱由崧繼統不滿的政治背景。
第一件、大悲案
1644年十二月，忽然有個和尚來到南京，自稱是明朝親王，從兵亂中逃出做了和尚。弘光帝派官員審訊他的來曆，大悲起初信口開河說崇禎時封他為齊王，他沒有接受，又改封吳王。大悲還肆無忌憚地說自己與潞王有聯係，聲稱“潞王恩施百姓，人人服之，該與他作正位”。弘光君臣見他語無倫次，形跡可疑，嚴加刑訊，才弄清大悲是徽州人，在蘇州為僧，確實是個騙子。
但是，一些人認為他的陳述證明他了解包括福王在內的一些藩王的情況，而掌權的人不願把這些情況暴露出來。不論大悲和尚是真瘋還是裝瘋，因為又提起了福王和潞王之爭，負責審問的官員都想快些在暗中了結此案。
隻有阮大铖看出有追究的理由，他抓住大悲在供詞中提到錢謙益（錢被視為與東林黨和複社有牽連的人）這一情節，開了一份讚成潞王和挑唆大悲顛覆弘光朝廷的人的黑名單。這份黑名單中共有一百四十三人，其中有史可法、高弘圖、薑曰廣以及其他東林黨和複社的名士們。
生於憂患死於安樂的弘光政權（9）
事有湊巧，阮大铖還沒來得及下令逮捕這些人，錢謙益已經上疏批駁大悲的供詞漏洞百出，不堪一擊。錢謙益並不知道黑名單的事，他主要是針對大悲提及他的指控。但這樣一來，事情就公開化了。
這個時候，馬士英不想將事態礦大，製止了阮大铖的黑名單行為。1645年三月二十七日，經過九卿科道會審後，大悲被處斬。
二、假太子案
就在大悲和尚出現在南京的同一天，鴻臚寺少卿高夢箕的奴仆穆虎從北方南下，途中遇到一位叫王之明的少年，結伴而行。晚上就寢時發現少年內衣織有龍紋，驚問其身分，少年自稱是皇太子。抵南京後，高夢箕難辨真假，急忙送往蘇州、杭州一帶隱蔽。可是，這少年經常招搖於眾，露出貴倨的樣子，引起人們的注意，背後竊竊私議。高夢箕不得已密奏朝廷，弘光帝派遣內官持禦劄宣召。
弘光元年（1645）三月初一日，這個少年從浙江金華到了南京，被交付錦衣衛馮可宗處看管。第二天，弘光帝麵諭群臣道：“有一稚子言是先帝東宮，若是真先帝之子即朕之子，當撫養優恤，不令失所。”隨令侯、伯、九卿、翰林、科、道等官同往審視。大學士王鐸曾經擔任東宮教官三年，自然熟悉太子的模樣，一眼就看出是奸人假冒。
弘光立國之時許多官員曾經在崇禎朝廷上任職，見過太子朱慈烺的並不止王鐸一個。如曾經擔任東宮講官的劉正宗、李景廉“皆言太子眉長於目”，他們看了偽太子之後都不認；弘光帝“又命舊東宮伴讀太監丘執中往認。之明見執中，亦不識也。於是群疑稍解”。時任協理詹事府事禮部尚書的黃道周記載：“王之明者，頑童，故駙馬都尉王昺之侄孫，途窮附高鴻臚之仆穆虎者欲南趨苟活，而穆虎居為利，遂謂子輿複出也。廷詰之日，諸講官侍從諗視無一似東朝者，之明亦茫然。而靖南疏至，輒持兩端，訟言不可誅，誅之禍起。”
戴名世的《南山記》說，太子為流賊所獲，拘於劉宗敏處，李自成西逃時，人們看到太子身著紫衣跟隨在李自成馬後。當左懋第北使北京時，曾經秘密寫信給史可法，說太子仍活在北京。所以史可法第一個懷疑王之明的真偽，並上書揭發。
當時在弘光朝廷上的官員都知道北來“太子”純屬假冒，沒有人提出過異議。問題是這件事直接牽涉到弘光帝位的合法性，對朱由崧繼統不滿的人乘機興風作浪，散布流言蜚語，於是圍繞著“太子”的真偽在不明真相的百姓和外地文官武將中掀起了一片喧嘩。黃得功和左良玉都上書表示對弘光政權嚴刑審訊“南太子”的行為表示不滿。而弘光朝廷越說是假，遠近越疑其真。普遍的看法是如果“南太子”是真，弘光皇帝就必須歸還皇位，弘光皇帝不想歸還皇位，所以才堅持說“南太子”是假的。這事一直鬧到清軍占領南京，弘光朝廷覆亡，方告平息。
使真太子命運這一曆史問題變得複雜的，是“北太子”這樣一件事。“南太子”事前三個月，另一個自稱太子的人在北方出現，在清廷引起另一樁撲朔迷離的公案，其微妙與政治影響在每一點上都與南京的案件相似。據稱“北太子”有長平公主確認，確實為她的親弟弟。但滿清不想承擔殺前明太子的罪名，卻又擔心前明死灰複燃，於是堅持說“北太子”是假太子，將“北太子”處死。
但弘光皇帝卻不敢采取這個辦法，因為在南方，盡管缺乏證據，卻普遍地並往往是狂熱地相信“南太子”是真的。百官皆知偽，然民間猶嘖嘖真也”。這是一種普遍的心理安慰的需要。
三、“童妃案”
就在審問“假太子”的同時，一個自稱是弘光皇帝妃子童氏的人，正從河南被護送到南京。
這個案件的大致情況是：1641年（崇禎十四年）李自成起義軍攻破洛陽，老福王朱常洵被俘殺，世子朱由崧僥幸逃出。經過長期顛沛流離之後，忽然時來運轉被擁戴為皇帝。1645年（弘光元年）初，河南有一個姓童的婦人麵見南明河南巡撫越其傑，自稱是德昌王（即朱由崧）的繼妃，亂離中與朱由崧失散。越其傑和廣昌伯劉良佐深信不疑，一麵奏報，一麵派人護送來南京。朱由崧立即否認，宣布童氏為假冒。
三月初一日，童氏送抵南京，下詔獄由錦衣衛審訊。童氏自述“年三十六歲。十七歲入宮，冊封為曹內監。時有東宮黃氏，西宮李氏。李生子玉哥，寇亂不知所在。黃氏於崇禎十四年生一子，曰金哥，齧臂為記，今在寧家莊”。朱由崧批駁道：“朕前後早夭，繼妃李殉難，俱經追諡。且朕先為郡王，何有東、西二宮？”這是符合實際情況的，按明朝典製，親郡王立妃由朝廷派員行冊封禮。《明熹宗實錄》載，天啟二年十月傳製遣“工科給事中魏大中、行人司行人李昌齡封福府德昌王由崧並妃黃氏”。童氏稱入宮邸時朱由崧有東、西二宮已屬荒唐，更不可能又有什麽“曹內監”為她舉行冊封禮。朱由崧沒有兒子，“玉哥”、“金哥”之說也是空穴來風。
一些史籍記載，童氏在送往南京途中，地方文武官員紛紛拜謁，她舉止輕浮，毫無大家風範，“凡所經郡邑，或有司供饋稍略，輒詬詈，掀桌於地；間有望塵道左者，輒揭簾露半麵，大言曰：免！聞者駭笑”。
童氏一案與大悲、假太子案基本相似，她肯定不是朱由崧的王妃（崇禎十四年河南巡撫高名衡題本內明白說過“世子繼妃李氏”於洛陽城破之時投繯自盡），後來某些野史又說她是誤認（如說她原為周王宮妾，或說是邵陵王宮人），也有揣測她是在朱由崧落魄之時曾與之同居，但這些說法同童氏自己編造的經曆都不符合。就案件本身而言，無論童氏是冒充，是誤認，還是與朱由崧有過一段舊情，都不應成為南明政局的焦點。
生於憂患死於安樂的弘光政權（10）
但童氏因此備受酷刑。一個當時人記錄道：其血肉之模糊，不忍卒觀。在她精神失常之後，她被帶回扔進地牢，三天以後就死在那裏了。弘光皇帝將這個女人瘐死獄中的行為，在他的不得人心之外又增加上一層懷疑。假太子事件和童妃事件給南京弘光政權帶來的重大信任危機。
“童妃”案和假太子案，喧囂一時，鬧得烏煙瘴氣，實際上是某些東林—複社黨人在幕後掀風作浪。
清人戴名世對這段公案作了以下論斷：“嗚呼，南渡立國一年，僅終黨禍之局。東林、複社多以風節自持，然議論高而事功疏，好名沽直，激成大禍，卒致宗社淪覆，中原瓦解，彼鄙夫小人，又何足誅哉！自當時至今，歸怨於孱主之昏庸，醜語誣詆，如野史之所記，或過其實。而餘姚黃宗羲、桐城錢秉鐙至謂帝非朱氏子。此二人皆身罹黨禍者也，大略謂童氏為真後，而帝他姓子，詐稱福王，恐事露，故不與相見，此則怨懟而失於實矣。”
弘光朝廷的內部紛爭嚴重影響了自身穩定，無暇北顧，特別是一些東林—複社人士依附地處南京上遊的世鎮武昌的軍閥左良玉，更增加了弘光君臣的不安全感。馬士英、阮大铖明白要扼製住擁立潞藩的暗流，必須援引江北四鎮兵力作後盾。從這個意義上說，弘光朝廷遲遲未能北上進取，同東林—複社黨人的興風作浪有密切的關係。左良玉不久後的興兵東下，固然有避免同大順軍作戰和跋扈自雄等原因，但他扯起“救太子”、“清君側”的旗幟卻同某些東林—複社黨人所造輿論一脈相承。