清軍攻克揚州前後，江北明朝官軍幾乎毫無鬥誌，一矢未發即倉皇投降。
據多鐸向清廷奏報，來降的南明總兵多達二十三員、副將四十七員，馬步兵共計二十三萬八千三百名。僅這一批在江北投降清朝的南明兵員數目就超過了多鐸、阿濟格兩路兵力的總和。不久後，左良玉之子左夢庚帶領麾下十五員總兵全軍降清；黃得功部將田雄、馬得功的叛變投降。
這些將領原本就沒有忠貞報國之誌，隻是擁兵自重，挾製朝廷之心。他們所關心的既然隻是保住自己的榮華富貴，一旦強敵壓境，自然以歸順“敘功”為上策。投降的總兵李成棟等人後來為清廷征戰時表現出相當的戰鬥力，李成棟重新舉兵反清時，滿清貴族也視之為畏敵。
揚州的失陷也預示了弘光政權的命運。消息傳到南京，弘光朝廷頓時陷入一片驚惶失措之中。與曾在崇禎皇帝最後幾天向皇上提出南遷建議相似，錢謙益主張，首都應該遷得更南，也許可以到貴陽去。弘光皇帝沒有接受這個建議。
弘光朝庭朱由崧等人開初還對長江天險寄於希望。五月初五日，清軍進抵長江北岸，主力集結在長江北岸儀真至瓜州之間。對岸，在大運河入長江處，有大量明朝軍隊保衛府城鎮江和那裏的運輸站。初九日夜，清軍利用黑夜和大霧，將紮有火炬的木筏送過江，引誘明守軍開炮射擊。同時，一支先頭部隊在西邊偷渡過江。第二天早晨，當鎮江守軍發現清軍就在附近時大為恐慌，棄城而逃。
初十日夜，弘光皇帝帶著馬士英等少數人秘密出城，向西南方向蕪湖附近的黃得功駐地逃去。第二天，當發現皇帝不見了時，大多數官員也逃的逃，走的走，有的幹脆閉門等候。
老百姓則洗劫了皇宮和高官住宅。一個監生領著一夥暴民從獄中救出“南太子”王之明，讓他穿上宮中的戲裝“登基”，並在武英殿建立一個小朝廷。“太子雖為百姓擁入，文、武元老無一至者”。
《江南見聞錄》記載：初十一這天，“兩月以來，天氣陰霾淒慘，日色罕見。是日天清日朗，晝夜明暢”。
南京守備勳臣忻城伯趙之龍為首的勳戚大臣卻決定降清，派人前往清營接洽。
五月十五日，大臣趙之龍、錢謙益等獻南京城投降。在傾盆大雨和泥濘中，多鐸受到的歡迎和他的哥哥多爾袞在北京受到的歡迎一模一樣。南京的整個南明政權和它在前線的大部分軍隊都這樣投降了敵人，為他們的新主子將來征服江南提供了骨幹和軍力。
最可笑的是，當豫親王多鐸入城的時候，當地開始流傳著一種極富想象力的謠言。有人說，還不到三十歲的多鐸並不是多爾袞真正的親兄弟，他實際上是紹興當地人，他很多年前加入了清兵（張怡《搜聞續筆》第一卷）。這種幼稚的謠言顯然是不攻自破的。
五月初十日夜間，朱由崧同馬士英等逃出南京後，原來的意圖是避往浙江杭州。不料途經溧水縣時遭到當地土兵的攔截搶掠，混亂之中，馬士英的兒子馬鑾擁簇著弘光帝奔往太平府（府治在當塗），太平府官不知道是怎麽回事，閉門不納。弘光於是轉入蕪湖投靠靖國公黃得功；馬士英與弘光失散後，則以隨身兵力保護皇太後鄒氏輾轉赴杭。
黃得功在擊敗東犯的左夢庚軍後領兵屯駐於蕪湖，對南京城中的變故一無所知，他也不知道史可法已經以身殉國。弘光皇帝的突然駕到使他大吃一驚。問明緣由後，他不勝感慨地說：“如果陛下您死守京城，臣等猶可盡力借勢作事，奈何聽信奸人之言輕出，進退何將所據？為臣營壘單薄如此，怎能護衛陛下安全呢！”盡管他已經意識到朱由崧張皇失措，無可救藥，仍然決定效忠到底，把這位昏憒的皇帝迎接進自己的軍營。
清軍統帥多鐸得知弘光出逃，自然不會放過。進南京後即命剛剛投降的劉良佐率領部卒充當向導，派兵經太平追至蕪湖。在劉良佐現身說法的招誘下，加上清軍重兵壓境，黃得功部下將領田雄、馬得功決定降清。黃得功不知軍心已變，把劉良佐派來招降的使者處斬，引兵出戰。叛軍趁黃得功不備，暗中猝發一箭，射中黃得功喉部。黃得功在馬上奮力坐穩，大叫一聲：“我黃某豈可為不義屈，今日死國，為義也！”言畢雙手握住喉頭之箭用力自刺，落馬而亡。
生於憂患死於安樂的弘光政權（17）
弘光帝被田雄等活捉獻給清方。有一種記載描寫了當時的場麵：“田雄負弘光皇帝於背，馬得功執弘光二足。弘光慟哭，哀求二人。二人曰：‘我之功名在此，不能放你也。’弘光恨，齧田雄項肉，流血漬衣。”
五月二十五日，弘光被押回南京，“首蒙包頭，身披藍布衣，以油扇掩麵”。圍觀的百姓都對他唾罵。
一進城，弘光就被帶到了靈璧侯府邸，多鐸正在那裏正在舉行一個宴會。多鐸特意將“南太子”王之明的座位安排在弘光之上，並問他說：“不為先帝報仇，反將太子監禁，此是何意？”弘光默然不答。就連“南太子”也被多鐸的厲聲質問嚇了一跳，他開始為弘光辯護，他說他最初還是得到了款待，隻是由於奸臣幹政才變糟了。
多鐸又說：“我大兵尚在揚州，為何棄了陵寢土地先去，以失民望？自主之耶？抑左右教之耶？”弘光還想替自己辯護，但卻無言以對，而且已經汗流浹背了。他隻有在眾人麵前難堪地低下頭來，裝聾作啞。
不久，弘光被解送北京處死，弘光政權覆滅。“南太子”王之明也被秘密處死。
時人張岱痛罵朱由崧，說：“自古亡國之君，無過吾弘光者。”又說：“弘光癡如劉禪，**過隋煬，更有馬士英為之顛覆典型，阮大铖為之掀翻鐵案，一年之內貪財好殺，殢酒**，諸凡亡國之事，真能集其大成。”
但將全部責任怪在朱由崧身上，顯然並不準確。
張岱是紹興望族，其曾祖父是隆慶五年（1571年）的狀元。1644年國變以前，張岱是個典型的花花公子，一直泰然自若地陶醉於漂亮的僮仆和嬌美的侍女，以及戲劇、音樂、煙火、華服、佳肴、名茶等享樂之中，反正家中有錢，他愛怎麽玩就怎麽玩——“少為紈絝子弟，極愛繁華”——正如複社的大多數公子們一樣。
1645年，清軍南下，占領了浙江，張岱迅速放棄了所有享樂，跑到魯王朱以海的小朝廷裏供職。但不久後魯王政權滅亡。張岱不肯剃發當清朝的子民，於是舍棄了家裏的山莊別墅，以及漂亮的書齋和各種各樣的稀世古玩，披發入山，從此變成了野人，在所著的《陶庵夢憶》自序中說，“作自挽詩，每欲引決”。
張岱歸隱山林後，花費極大的心力，編撰了一部記述明朝曆史的名著《石匱藏書》，大抵是要以史為鑒，正如黃宗羲所說：“國可滅，史不可滅”。張岱這種痛改前非的實際行動無疑是一種悔恨之情的表現，顯然是由對明朝覆滅的負罪感而引起的。不僅僅張岱，所有忠於明朝的人都相應地改變了他們的生活。當時的名畫家陳洪綬甚至在明亡之後更改名為“悔遲”，既是為了紀念1644年的事變，也是為了埋葬那段曆史。
南京作為朱元璋開國之地、明朝兩京之一，自從大順軍攻克北京以後，有的人把它看成複興的中心，有的人則把它視作苟且偷安之所，僅僅一年，就這樣糊裏糊塗地淪陷了。孔尚任在《桃花扇》中寫道：“漁樵同話舊繁華，短夢寥寥記不差。曾恨紅箋銜燕子，偏憐素扇染桃花。笙歌西第留何客，煙雨南朝換幾家。傳得傷心臨去語，年年寒食哭天涯。”江山依舊，人物全非，寄托了幾分悲憤、無限哀思。
但並非所有的漢人都甘心投降，一些漢人卑怯歸順，也激起了另外一些漢人更強烈的抵抗。
一首叫做《赭山》的詩寫道：
阮與馬共天下，
偏地職方司漫天。
都督府金輿玉輦不知處，
黃旗紫蓋渡江去，
赭山高兮無極，
烈火燒空兮焦石，
燭龍無光不照地，
猩猩怒嗥向人立。
我縱言之複何益，
主失勢兮恩為仇，
客操柄兮羊化彪。
這首詩的作者潘檉章和吳炎於1663年（康熙二年）六月被殺，他們被殺的原因就是那場著名的文字獄——莊氏史案（即金庸小說《鹿鼎記》中提及的“明史”一案），這兩人幫助過浙江湖州莊廷櫳修《明史輯略》。
值得一提的是，在1644年，江南自殺的現象非常多，因為這裏是文人們最為集中的地區。當聽到崇禎皇帝的死訊時，曾經有幾百名當地的文士用投水、絕食、自焚、上吊等各種形式殉節。然而，更多的人沒有選擇死亡，他們麵臨著何去何從的艱難選擇，矛盾的心理很難以一言蔽之。