魯王政權和隆武政權起初都采取防禦姿態。但對魯王來說，形勢更為嚴峻，因為從地理位置上說，魯王政權處於抗清前線，給福建提供了屏障。
魯王的兵力約二十萬人，基本上沿錢塘江布防。在魯王的將領中，有的讚成迅速攻打杭州，有的提出應首先加強紹興的防禦，意見不一。但對魯王來說，卻有他獨特的私心。他和忠於他的大臣知道隆武朝廷得到了南方絕大部分明朝地方政權的承認，卻希望能仗著地利攻克杭州，然後進取南京，先去拜謁孝陵（朱元璋的墳墓），這樣他就能建立起超過隆武朝廷的威望。於是，為了保住浙東，進而恢複失地，魯王政權先後兩次進攻杭州。
唐王與魯王之爭（9）
1645年八月，方國安、王之仁進攻杭州，沒有得手。
1645年十一月，魯監國築壇拜方國安為大將，節製諸軍。十二月十九日，朱以海親自到錢塘江邊西興犒軍，每名士兵賞銀二錢，“責限過江，攻取杭城”。二十四日，方國安、馬士英、王之仁派總兵三員領兵二萬多名過江，迫近杭州府城。清軍分兵三路迎擊，明軍大敗，被俘的副將有十一人，參將、遊擊、都司、守備四十八人。
本來這兩次跨過錢塘江的進攻對杭州造成了威脅。但是由於魯王軍隊之間配合很差，基本上在很短的時間內就被清軍各個擊破。
1645乙酉年十二月攻杭州戰役是魯監國政權的一件大事。這次渡江攻杭戰役失敗後，魯監國政權的將領壯誌頓消，基本上轉為劃江扼險的守勢。
對於隆武政權，隆武帝朱聿鍵銳意恢複，頗有中興之主的氣概，但他處境困迫，難以施展抱負，因為鄭芝龍的跋扈比弘光時的江北四鎮和左良玉都有過之而無不及。隆武帝為了提高朝廷的威望，特別注意網羅人才，以禮敦聘各地名聲較高的官員入朝任職，延請入閣的大學士名額超過了明代任何時期。但鄭芝龍卻憑借實力根本不把這些文官看在眼裏。朝廷建立不久，就發生了朝班事件。
鄭芝龍自以為帝由己立，朝見時自然應當排於文武諸臣的前麵，首席大學士黃道周卻以祖製勳臣從來沒有位居班首的先例為理由，堅持不讓。在隆武帝親自幹預下，黃道周贏得了表麵上的勝利。接著在一次朝見群臣的時候，鄭芝龍、鄭鴻逵當著皇帝的麵揮扇去暑，戶部尚書何楷上疏劾奏他倆“無人臣禮”。隆武帝嘉獎何楷敢於直言，立即給他加了左僉都禦史的官銜。鄭氏兄弟懷恨在心，處處加以刁難，何楷被迫請求致仕回籍，隆武帝在鄭氏兄弟的威逼下，不得不違心地同意他暫時回鄉養病。
但鄭芝龍仍不肯罷休，派人在半路上化裝成盜匪，截殺何楷。何楷見“盜匪”拿著白晃晃的刀子跳了出來，知道一定是鄭氏指使，鎮靜如常，站出來說道：“知君所欲得者，吾頭耳，毋及他人。”並主動將脖子伸出去，等著被“盜匪”砍。伸頸命取之。“盜匪”反倒愕然不知所措，半天才說：“好一個都院，且取若耳可矣。”於是隻割了何楷的耳朵，回到福州向鄭芝龍報告說已經殺了何楷。隆武帝聽說何楷被盜匪所殺，哭了好幾天。當時有人作對子諷刺說：“都院無耳方得活；皇帝有口隻是啼。”
鄭芝龍的跋扈由此可見一斑。黃道周的死對隆武帝是一個很大的打擊，之後隆武帝已經明白除非離開福建，擺脫鄭芝龍兄弟的控製，否則不可能有任何作為。於是，他決意親征，目的是第一步把行在移到江西贛州。按照理想的情況，如果江西用兵得手，可以西連湖南何騰蛟部，東接福建鄭芝龍部，南靠廣東。從這樣的戰略部署來看，江西的地位就格外突出。
但十分可惜的是，隆武帝調不動鄭芝龍的軍隊由福建入江西，他寄於厚望湖廣長沙的何騰蛟一樣私心自用，並沒有派精兵強將從湖南入江西迎駕。滿清方麵的洪承疇卻已經看出了隆武帝的部署，抽調了大量兵力赴江西，先後攻陷吉安、贛州、南安等府，江西戰局為此逆轉。
1646年（清順治三年，明隆武二年）二月，清軍再次南下，經蘇州進抵杭州，預備先取浙東。
恰好這一年浙江久旱不雨，錢塘江水流緩慢，泥沙淤積。清軍到達江邊時，見有人在江中洗澡，水深不過馬腹，於是分兵兩路，涉水過江。渡江後兩路會合，，大舉進攻。方國安等部署的錢塘江防線頓時瓦解，各部明軍損兵折將，紛紛逃竄。魯監國在水師提督張名振等護衛下離開紹興，經台州乘船逃往海上。
紹興陷落後，魯監國所封的絕大部分文武官員紛紛投降。興國公王之仁見大勢已去，率領部分兵員乘船數百艘，攜帶大批輜重由蛟門航海到舟山，打算同隆武帝所封的肅虜伯黃斌卿會師共舉。
王之仁是直隸保定人，明朝崇禎朝大太監王之心的弟弟，後來累官定海總兵。
但黃斌卿據守著舟山群島，有割據自雄之意，以前對隆武帝都一直不大尊重，更不要說魯監國的人了。史書上說黃斌卿這個人“怯於大敵，而勇於害其同類”。他對王之仁不僅無恤憐之義，反而乘人之危落井下石，打算派兵攻殺，擄掠其財物，收編其軍隊。黃斌卿先是假裝答應了王之仁，得到了大批輜重，隨即在出海的時候發炮攻打王之仁的船隊。
王之仁不及防備，兵船損失慘重。他對黃斌卿的背信棄義痛恨不已，下令將自己家屬乘坐的船鑿沉，家眷共有九十三人，全部溺海而死。王之仁隨即將魯監國頒發的敕印也投進大海，自己留下一條大船，豎立旗幟，鼓吹張蓋，直駛吳淞江口。當地清兵以為他是前來投降的明朝高官，送王之仁到鬆江府，吳淞總兵李成棟不敢怠慢，立即將王之仁轉送南京。於是，戲劇性的一幕上演了。
洪承疇親自接見王之仁。王之仁突然間態度全然變了，慷慨陳詞，說自己是“前朝大帥，國亡當死，恐葬於鯨鯢，身死不明，後世青史無所征信，故來投見，欲死於明處耳！”洪承疇這才恍然大悟，這個人根本就不是來投降的，而是來舍身取義的。
洪承疇開初還希望王之仁回心轉意，以禮相待，婉言勸他剃發投降。王之仁斷然拒絕，大罵洪承疇“反麵事仇，先帝贈若官，立廟祠若、祭若，蔭若子；若背義亡恩，操戈入室，平夷我陵寢，焚毀我宗廟，若通天之罪，過李陵、衛律遠矣”。洪承疇無地自容，惱羞成怒，下令將他以亂刀砍死，葬在雨花台僧舍中。
清軍進占浙東府縣後，唯有督師大學士朱大典據守金華，誓死不降。清軍統帥博洛親自統率滿、漢軍從紹興前往金華，把該城四麵包圍。由於明軍在朱大典指揮下憑城頑抗，博洛不得不從杭州調來紅衣大炮，浙閩總督也奉命帶兵參加攻城。清軍以絕對優勢的兵力猛攻了二十天，金華才被攻破。朱大典帶領家屬和親信將校來到火藥局，用自己繩索捆在火藥桶上，然後點燃了引線，轟地一聲，壯烈成仁。有人評價說：“蓋浙東死事之烈，未有如大典者。”但這位朱大典卻是明末官場上著名的貪官。
唐王與魯王之爭（10）
朱大典，字未孩，浙江金華人，萬曆丙辰進士。史書上說朱大典“饒有才，而性奇貪，多行暴虐”。他督師鳳陽的時候，“括取財賄，四府僚屬，囊橐皆盡，人擬其富且敵國”。朱大典的貪婪由此可見一斑，然而當民族危難之時他卻能破家紓難。
張岱在淮揚的時候，親眼看見朱大典貪橫，“真如乳虎蒼鷹”；然而張岱又親眼看見朱大典“嬰城守婺，破家從忠，繼之以死”，實在是歎息他的為人。
清軍進入金華後，借口“民不順命，因屠之”，又炮製了一場慘絕人寰的“揚州十日”。
順便提一句，黃宗羲最早在魯監國政權中擔任過兵部主事，已經在魯監國政權處境艱難時離開，轉入清方統治區，並且遵製剃頭，開始以明朝“遺民”的身份自居。而浙東兵敗後，為黃宗羲甚至天下人所不恥的馬士英這次沒有像在杭州那樣搶著投降，而是逃入了四明山，削發為僧；後來被清軍搜捕，被俘後不屈殉難。馬士英曾經兩次參加渡錢塘江會攻杭州之役。曆史人物的複雜性由此可見一斑。
延平的隆武朝廷聽到清軍渡過錢塘江的消息後不久，鄭芝龍借口對付海盜襲擊，離開了延平。此時鄭芝龍已經決定投降滿清，秘密下令仙霞關守將放棄天險，自動撤退，這就給清將李成棟和佟養甲的率兵進攻讓開了道路。佟養甲是遼東“舊臣”，他的職責就是嚴密監視李成棟。
魯監國政權瀕於瓦解後，隆武朝廷麵臨真正的危險，他們盡一切努力挽救局勢。
畫桃花扇的楊文驄所守仙霞關告急後，隆武帝決定去江西贛州。贛州的守衛此刻具有關鍵意義，因為以贛州為中心的江西南部是連接福建、湖南的要區，又是廣東的屏障。
如此危難緊急關頭，酷嗜讀書的隆武帝並沒有意識到噩運已經臨頭，仍然“載書十車以行”，邊走邊讀，邊讀邊走，根本沒有輕裝前進。不久，一行人得知清軍迫近，隆武君臣大驚狂奔。此時的“禦駕親征”變成了“禦駕親逃”的意思，一邊是隆武帝臣下的眾叛親離，離心離德；一邊是清軍將領的馭兵有方，指揮若定，此間情形，讓人慨歎。
隆武帝到達汀州的時候，隨行的五百多名士卒。1646年八月二十八日淩晨，有大隊身穿明軍軍服的人急叩汀州城門，聲言護駕。守門士兵不知是計，城門一開，原來都是清將李成棟派出化裝的清軍。隆武帝聞亂驚起，持刀剛入府堂，為清軍亂箭射殺，同時遇難的還有其皇後曾氏和不滿月的皇子。
當清軍不戰而進入福州時，這座城市幾乎空了，城中百姓紛紛逃竄，留下的人則立即開始剃發留辮。鄭芝龍已經同清軍談判在先，但事到臨頭，心中開始沒譜，於是他派人摧毀了福州的火藥庫，自己帶人退往家鄉安平鎮。不過，一個月後，鄭芝龍不顧他的兒子鄭成功和部下許多將領的反對，在福州正式向清軍統帥貝勒博洛投降，博洛答應他任福建和廣東總督。
不久後，鄭芝龍就在“朝見新皇帝”的借口下被清軍派重兵送往北京。1648年（順治五年），清廷食言自肥，僅授予他一等精奇尼哈番的空頭官銜，撥入旗下，實際上遭到軟禁。
鄭芝龍的兒子鄭成功則與父親分道揚鑣，與叔叔鄭鴻逵一起率部退往金門。而在鄭芝龍自投羅網以後，清軍立即背信棄義地攻入安平鎮，大肆搶劫**掠，鄭成功的母親田川氏也被奸汙，憤而自縊。鄭成功聞訊後，痛不欲生，更堅定了武裝抗清的信念。清兵飽掠而歸後，鄭成功回到安平，料理了母親的喪事，用黃金鑄造了一尊田川氏的坐像，飾以珠寶，朝夕上供，從此開始了他獨擋一麵的長期抗清鬥爭。
這個時候，二十二歲的鄭成功的力量並不大，但在同清方反複較量的過程中，他成功地將東南沿海地區的抗清勢力匯合成一支勁旅，鄭成功也逐步在曆史的大舞台上嶄露頭角。