平定雲南後，孫可望和李定國之間開始出現不和。早先，孫可望與李定國、劉文秀、艾能奇的地位本來不相上下，入滇以後可望雖被推為盟主，但他畢竟不能同張獻忠相比，李定國、劉文秀手握重兵，各以“西府”、“南府”老爺自居，並不能惟孫可望之命是從。尤其是李定國，他是少有的將才，在軍隊中有很高的聲望。出於各方麵的考慮，孫可望決定與南明聯合抗清，借此請求永曆朝廷加封，這樣他的爵位高於二人後，就能名正言順地繼承張獻忠的遺產，節製李定國和劉文秀，並為他將來挾天子以令諸侯，甚至當皇帝鋪平道路。
1649年（永曆三年，順治六年），孫可望派楊畏知和戶部龔彝充當使者，前往廣東肇慶，同永曆朝廷聯絡。楊畏知到達肇慶後，呈上孫可望請封秦王的書信，並進獻禮物以表善意。
在當時參與抗清的各種力量之中，孫可望為首的大西軍實力最強，孫可望等人決策同永曆朝廷攜手抗清，本是這個小朝廷的最佳福音。可是，階級的偏見和政治上的鼠目寸光，卻在永曆朝廷內部引起了一場軒然大波。
廷臣會議時，讚成封孫可望為王的固不乏人，當政的一批人物卻因種種私慮表示堅決反對，惟恐擁有龐大實力的大西軍參加永曆朝廷將會削弱自己把持朝政的局麵。還有人建議在封爵的同時趁機挑撥大西軍各將領之間的關係。
爭論持續了幾個月，楊畏知見封孫可望為王的阻力太大，不得已上疏改請封孫可望為公爵，以便回滇複命。永曆朝廷勉強同意了，決定封孫可望為景國公，賜名朝宗。後經督師閣部堵胤錫一再上疏，永曆帝同意封孫可望為平遼王。
一波未平，一波又起。南明潯州守將慶國公陳邦傅擔心自身利益，他的中軍胡執恭建議結好於孫可望，倚仗大西軍的聲勢。二人利用永曆帝頒給的空白敕書，私自填寫，又暗中鑄造了“秦王之寶”金印，由胡執恭冒充朝廷使臣逕自前往雲南封孫可望為秦王。
孫可望並不知道封王內幕，對胡執恭送來的敕書和“秦王之寶”極為滿意。他安排了隆重的儀式，親自郊迎使者，“肅然就臣禮，先五拜叩頭，舞蹈稱臣。受秦王封後，率其義兄弟三人並三軍士卒各呼萬歲後，又秦王升座受義兄弟三人並三軍士卒慶賀”。然後把敕書謄黃布告雲南各地，歡慶三天。這一連串盛大儀式表明孫可望和義兄弟李定國、劉文秀統轄下的大西軍以及他們管理得頗有條理的雲南全省已經遵奉南明永曆正朔，孫可望本人的領導地位也得到了正式肯定。
誰知不久楊畏知等人回到昆明，帶來了封孫可望為平遼王的敕印。孫可望大為驚異，說：“我已經封了秦王了！”楊畏知也大吃了一驚，問明情況後，說那是假的。胡執恭到昆明時，並不知道朝廷采納了堵胤錫的建議，把封號由原議景國公改為平遼王，爭辯說平遼王敕印也是假的。
孫可望既誤信了陳邦傅、胡執恭假造的敕印，舉行了隆重的受封典禮，弄得雲南軍民皆知，這時要降格為二字王，處境的尷尬可想而知。他極為憤慨，下令把楊畏知、胡執恭關進監獄，給朝廷送去啟本，表示接到秦王敕印後已經鄭重宣布，大小官員和軍民都已祝賀，無法改變，請朝廷定奪。
平心而論，問題出在永曆濫發空白敕書和陳邦傅以公爵身分矯詔偽封一字王，孫可望不僅不負任何責任，而且在宣布受封秦王、接受拜賀以後也確實難以退步。永曆朝廷在既成事實麵前竟毫無靈活性，堅持拒絕封孫可望為秦王。在大西軍提出聯合抗清的建議以後，永曆朝廷不僅在封爵上多方刁難，還不顧大敵當前，加強了對大西軍的防範。“是冬，封黔鎮皮熊為匡國公，播鎮王祥為忠國公，防滇寇也”。
大西軍建立起以雲貴為中心的新基地後，永曆小朝廷的處境開始江河日下。
順治六年（1649年）清軍攻占了湖南，翌年清軍攻克廣州和桂林，駐於梧州的永曆君臣在同一天裏得到兩省省會陷落的消息，立即亂成一團。永曆帝倉猝登舟，向南寧逃難。永曆帝生性懦弱無能，一有風吹草動立即“起駕”逃難。他從梧州竄往南寧時，根本沒有作留守地方的任何部署，像普通百姓一樣隻知逃命要緊。
永曆帝君臣經過潯州時，慶國公陳邦傅已經決定投降清朝，準備邀劫永曆帝獻給清方。永曆帝得到報告，“衝雨而過”，脫離了危險。陳邦傅沒有抓到永曆帝，就將明宣國公焦璉刺殺，將其首級獻給清軍作進見禮。
原先聚集於兩廣的朝廷和地方官員大有樹倒猢猻散之勢。除了鎮西將軍朱旻如在昭平縣同清軍格鬥而死，被革職的朝臣汪皞投水自盡以外，其他未隨駕的官員有的降清，有的竄入深山，有的剃發為僧。王夫之等人都是在這時脫離永曆朝廷返回清政府統治下的故鄉，以明朝遺民自居。“山中宰相”方以智、原給事中金堡做了和尚。以風節自命的“五虎”首領袁彭年（左都禦史）和丁時魁再次降清，都自稱1648年在廣州反正是被李成棟所逼迫。
最後的永曆（10）
永曆帝逃到南寧後，無兵無將，轄地全失，已經走投無路，隻得依靠大西軍這唯一的一支力量了。於是順治八年初，永曆帝派使臣前往貴州，封孫可望為冀王，讓他帶兵到南寧護衛。
按明朝製度，一字王為親王，二字王為郡王，永曆帝到危難關頭決定破格封孫可望為一字王，卻不同意真封秦王，原因是明初朱元璋的次子朱樉受封秦王，位居諸藩之首，傳世二百多年，需要避免重複，也有恩自上出的意思。孫可望卻因為用秦王名義發號施令已久，不願拆穿早已謄黃公布的“偽敕”，拒不接受。楊畏知勸他接受冀王封號，說“假王何如真王”，孫可望置之不理。
1651年（永曆五年，順治八年）二月，清軍由柳州南下，南寧岌岌可危，永曆朝廷覆亡在即。孫可望見事態緊急，急忙派遣勁兵五千趕赴南寧護衛永曆皇帝。孫可望的軍隊一到南寧，就殺了永曆朝廷的兵部尚書楊鼎和，逼死了阻撓封秦的首席大學士嚴起恒。在這樣的狀況下，永曆帝被迫正式承認孫可望為秦王。
南寧又陷落後，朱由榔倉皇逃到瀨湍。順治九年正月，孫可望派人將永曆帝接到貴州安龍所，改名安龍府。答應每年向永曆“致銀八千兩，米百石”，而永曆帝允許孫可望今後“大小戰爭，誅斬封奏，先行後奏”。這個時候，永曆政權才完全在孫可望的控製下。
作為對比，我們再來看看後來孫可望投降清廷後的待遇。1657年（順治十四年，永曆十一年）八月初一日，南明內訌又起，孫可望在貴陽誓師，親自統率十四萬兵馬向雲南進發，攻打李定國。此但由於孫可望師出無名，他手下的重將白文選不支持他，結果兵敗。孫可望一路奔逃，走投無路下，終於決定投降清廷。
而清廷得知可望處境危急後，為了撈到這張王牌，立即派出大軍接應，擊退南明的攔截之兵，孫可望和家眷等四百多人才得以脫險。
在這以前，洪承疇受命經略五省總督軍務，始終局促於湖南、廣西境內，毫無進展。孫可望一手挑起的南明內訌和兵敗降清，對清廷來說無異是喜從天降。
清廷對於孫可望的來歸極為重視，特旨封孫可望為義王。孫可望應詔赴京陛見，到達京師後，清廷命和碩簡親王濟度、和碩安親王嶽樂帶領公、侯、伯、梅勒章京、侍郎等大批高官顯爵出城迎接，場麵相當隆重。明遺民方文當時正在北京，目睹其事，賦詩寄慨雲：“南海降王款北庭，路人爭擁看其形。紫貂白馬蒼顏者，曾攪中原是殺星。”次日，順治皇帝親自在太和殿接見孫可望。十天之內，皇帝賜宴多達三次，賜銀兩次共一萬二千兩，此外賜府第、賜蟒袍、朝衣、緞匹等，孫可望成了清廷上紅極一時的人物。
我們可以看到，1649年，孫可望統率數十萬貔貅之眾，以雲南全省之地，自願歸附風雨飄搖中的永曆朝廷，南明君臣在封一字王上備極刁難；而清廷對僅率數百人狼狽來歸的孫可望卻毫不猶豫地加封王爵。不能不看到清廷的度量和眼光比永曆朝廷高明得多。
可惜的是，孫可望受到清廷特殊的恩遇，靠的是出賣雲貴川抗清事業。孫可望本人的地位隨著永曆朝廷的衰微逐漸走向沒落。順治十六年（1659）閏三月，有人揭發孫可望放債取利等事。這種事情在滿洲八旗中本是習以為常的現象，順治皇帝卻不願放過這個機會進一步貶損孫可望的政治地位。他派內閣學士馬邇吉來到孫可望的住宅宣讀諭旨，先訓斥一番，然後宣布寬假其罪。
此後，孫可望的處境益發難堪了，正如古語所說“神龍失勢，與蚯蚓同”。順治十七年（1660）六月，他被迫上疏請求辭去義王封爵和冊印。這時，南明永曆皇帝雖然已經逃入緬甸，西南大勢已定。
就在這年的十一月二十日，孫可望死了。官方的說法是病死，真相如何頗有疑義。清初史家就說孫可望是“隨出獵被射死”。康熙八年，清廷派刑部尚書明珠前往福建招撫據守台灣的鄭經。鄭經回信中不無諷刺地說：“貴朝寬仁無比，遠的不說，以所聞見之事如方國安、孫可望，豈非竭誠貴朝者，今皆安在？往事可鑒，足為寒心。”可見，孫可望之死並非善終在當時一定流傳得很廣。
乾隆三十六年（1771年）六月，清廷終於決定：“孫可望子孫所有世職，嗣後不必承襲。”從此，孫可望家族在政治舞台上消失了最後的痕跡。