兩宮皇太後一起執政的時候，南方的農民起義漸漸被鎮壓了。自1850年即道光末年，太平天國起義之後，農民軍在國內造成了巨大破壞，老百姓被迫離開家園。現在國家安定，人民安居樂業。這段時間，正是西太後擴充自己勢力、排斥東宮太後慈安的時期。中國很多的曆史學家將評定戰亂、拯救人民的大功算到了曾國藩總督身上，這很中肯。曾國藩、左宗棠等，都是勇士。中國儒學文化有其合理的地方，所以才在幾千年之後還能出這樣的人才，平定叛亂，拯救人民，這是儒學文化的動力。
曾國藩的名字應該說家喻戶曉，他之所以能夠成就大事業，很大程度在於西太後善於用人、賞罰公正。在國家平安無事的時候，朝廷聚集了很多人才，不過能夠從這些人的言行舉止中挑選真正的人才絕非易事。對於曾國藩的才幹和忠心，西太後很信任，這也是曾國藩成功的原因之一。在西太後心目中，國內外的高級官員，除了榮祿外，無人能夠和曾國藩相比。榮祿是滿人的貴族，而曾國藩充其量不過是湖南的一個地主。中國曆史學家非常詳細地記錄下了太平天國的事情，從中可以了解曾國藩的人品和性格。值得肯定的是，隻要西太後掌控朝廷，曾國藩的地位就不會動搖。有幾件與平定太平天國有聯係的事情，可當時的奏折、詔書都沒有提及，讓人頓生疑心。
鹹豐皇帝於1861年在熱河駕崩，英法聯軍燒毀了圓明園。在合約簽訂之後，兩宮皇太後開始垂簾聽政。恭親王是攝政大臣，他首先倡導依靠外國軍隊平定內亂。當時，長江流域被農民起義軍占領，政府非常憂慮，所以不惜借助外國的軍隊，這難道不奇怪嗎？不過，這正是當時中國政府的高明之處。原因是，長江流域屬於通商地區，外國人很清楚這一點，所以英法兩國早就想出兵幹預太平天國運動。這裏不再詳細敘述“常勝軍”的曆史。常勝軍於1862年在江蘇和農民軍開始作戰。英國政府在1863年2月任命戈登到中國率領常勝軍，協助中國政府平定戰亂。此後，官軍重振聲勢，曾國藩這才平定了戰亂，中國才恢複太平。在清政府平定叛亂事件中，戈登功不可沒。蘇州於1863年12月被收複，南京在第二年7月被收複，直至洪秀全去世，戰亂才平定。事件剛開始時，外國政府紛紛保持中立，到了後來都在協助清政府和農民軍作戰。西方人為了協助大清政府付出了許多生命代價，其中就包括戰死在中國的法國海軍提督，這是一份非常重的情誼。
收複南京之後，曾國藩給大清朝廷的奏折以及清朝廷下達的詔書中，都沒有提及戈登的“豐功偉績”。在奏折裏，曾國藩按照中國的傳統將功勞戴在去世的鹹豐皇帝頭上，感覺皇帝神聖無所不能及。如此的心理，不光在中國，日本也是這樣。打敗俄國之後，一些將領都歸功於天皇，做法和中國如出一轍。在中國，所有為了國家而死的人，政府都會給予一定待遇，是活著的人無法比擬的。假如外國人有了功勞，那就更難以攀比。曾國藩智勇雙全，可在此等事情上態度的變化讓人感到心涼。戈登將軍盡管協助官軍平定叛亂，可也曾跟隨英法聯軍進攻北京，並參與了燒毀圓明園的劣跡，所以，曾國藩奏折裏對其功勞隻字不提。
西太後聽到收複南京的消息心裏非常高興，就以皇帝的名義下了一道詔書，從中可以領會其性格。詔書大意是：這次洪秀全在兩廣作亂，到現在已經15年了。他們占領南京也有12年。踐踏十幾個省份，致使幾百座城市淪陷。這次能夠平定戰亂，鏟除惡首，是領兵的大臣頂風冒雨、不畏艱苦的結果，應該給予特殊的待遇犒賞他們的功勞。欽差大臣、協辦大學士、兩江總督曾國藩……籌劃縝密，智勇兼備，用人得當，調度有方。加賞曾國藩太子太保銜、一等侯爵，並且世代可以沿襲，另外賞賜雙眼花翎。浙江巡撫曾國荃……吃苦耐勞，公而忘家。加賞曾國荃太子少保銜、一等伯爵，並且世代可以沿襲，另外賞賜雙眼花翎。
其他的人都各有封賞。西太後隨後又下一道指令，提議皇帝應該親自到太廟和其他地方祭祀，感謝上蒼、列祖列宗、山河神靈的保佑。
在上報朝廷的奏折中，曾國藩匯報了掘出偽天王洪秀全屍首一事。對於偽天王洪秀全，官軍將士憤怒萬分，都想得到他的屍體才甘心。到了6月27日，在天王宮殿裏挖掘出了屍體，28日抬到了大營中，曾國藩與其弟曾國荃一起查看。另外還有曾經擔任刑部秋審處的靳方錡、龐際雲、孫尚紱等，包括各種文武官員，一起驗屍。洪秀全信奉邪教，所以屍體不用棺槨，隻用繡龍黃色綢緞包裹，包括褲腳用的也是龍緞。禿頭無發，胡須還保存著，但已經白了。腿和肩膀上的肉還沒有脫落。驗屍完畢後開始踐踏屍體，接下來是用火燒。有太平天國當官的女婢，是道州姓黃的女子，是用手埋的洪秀全屍首。曾國藩親自審問她，她說洪秀全一直到死都沒有見過自己。官軍在4月27日攻城激烈，洪秀全服毒身死，秘密沒有發喪。城內的農民軍和城外的官軍已經知曉，到十幾天後才開始向外公布。