西太後剛剛執政的時候比較溫和，還能聽從恭親王的勸告，聯合慈安太後任命恭親王擔任攝政王職務，並下令，攝政王世世代代能夠沿襲王位。恭親王極力回絕這次任命，兩宮皇太後就極力堅持，最終在恭親王再三懇求下，兩宮皇太後收回了任命。其實，有兩宮皇太後輔政，根本用不著其他人再來輔佐。西太後一直掛念著恭親王在熱河曾經協助自己的大恩，就加封恭親王女兒為大公主，還特許可以用黃色轎子，所以恭親王一度權勢很大。在西太後開始執政時，因為許多事情還比較生疏，且北京城裏派別林立難以掌控，又不擅長外交事務，擔心局麵不好控製，所以恭親王就成為了西太後的親信。恭親王攝政時間比較長，曆經很多大事，猶如西太後的左膀右臂。時間一長，西太後漸漸熟悉了朝中的國家大事處理方法，剛毅的性情漸漸顯露出來，她不喜歡別人幹涉自己的事情。西太後非常聰慧，加之博覽群書，在用人做事方麵非常得民心。對之前信任的大臣，慢慢開始疏遠，西太後開始獨攬朝政。
西太後性情本來如此，可恭親王本身不甘心退居幕後，其性情野心和西太後難分上下。西太後慢慢對恭親王開始疏遠冷遇，恭親王漸漸感覺到難以容忍，所以，二人的關係再也不像之前那樣親密了。接下來，西太後就鼓勵慈安遇到一點事情就給恭親王“小鞋子”穿，和諧相處的境況難以恢複到從前。恭親王在用人時，無論升遷還是罷免，都不會和西太後商議，自己一人決定。各個省份的大事，恭親王都一人操作。後宮和朝堂之間的矛盾慢慢滋生起來，開始互相掣肘。
當時，人們都感覺恭親王如此對待兩宮皇太後有些過分。恭親王感覺自己已經掌握了大權，開始操控所有，驕橫是難免的。
西太後在一次召見恭親王時，恭親王居然對她們說：你們之所以有今天的地位，都是因為有我。西太後絕對不會容忍這樣的話。西太後召見大臣的時候，都會坐到大殿的寶座上，麵前還要隔著黃色的簾子，被召見的人是不會看到太後的。召見時，人要分開進入。恭親王借助議政的理由，時常先進朝堂。寶座周圍就有殿前的宦官，出現大臣失態，宦官都能看到。沒有總管宣旨，無論什麽人都不能擅自進入。但是，恭親王多次沒等宦官們宣旨就直接進入大內，感覺自己能夠超越這些宮禁製度。
執政時間一長，西太後漸漸感覺到恭親王和製度背離，妄圖蔑視君王。大臣的奏折要經過西太後問詢後才可以回答。有時候，西太後已經說完，恭親王就假裝沒聽見，要求西太後重複一遍。西太後說完話，恭親王回答時常用大嗓門，驕橫的態度讓西太後難以容忍。
在宮廷之外，恭親王和國內外的官員自由來往，恣意妄為，根本沒有拿西太後的旨意當回事。西太後密令宦官監視恭親王，隨時匯報他的行蹤。西太後漸漸失去了對恭親王的信任，這一切從情理上講都很正常。
西太後感覺到恭親王的權勢非常大，經常妄圖超越自己的權威，因此就決定警告他一下，讓他清楚國家體製是不可以隨便超越的。人事方麵的權力，必須要西太後決斷。假如不是西太後的意思，立即就會被罷免。
西太後開始尋找機會，準備報複恭親王。到執政的第四年，即1865年4月，機會終於來了。這天，恭親王在回答西太後的問話時，竟然不守規矩地擅自站了起來，這種做法絕對違反了朝廷製度。朝廷製度規定：被召見的大臣，絕對不可以忽然站起身，這項規定主要是避免大臣有非常舉動而威脅到皇帝安全。宦官向西太後做了稟報，西太後大聲說：“恭親王忽然起身，唯恐有其他用心，這樣對兩位太後有危險。”侍衛們聽到喊聲進入大殿，將恭親王拉了出去。西太後隨後下令，大意是：恭親王侵擾朝廷皇權，輕舉妄動，罷免其攝政王、軍機大臣以及其他宮廷所有職位，撤銷其總理衙門的職務。
詔書中另外還附加說明：恭親王辜負了朝廷的恩惠，妄加用權，隨意用私人，所以被罷免所有職務……
一個月後，國內外的一些有關處理恭親王事件的言論傳到西太後耳朵裏，她感覺憑借自己的地位，不應該讓人們隨便議論，於是就以自己和東太後的名義下達一道指令，對這件事情做了解釋，目的是維護自己，掩蓋了當時的行為。
從當時的實際情況來分析，這次處罰恭親王在某種程度上說不是壞事。七天之後，西太後又以兩宮皇太後的名義下達一道詔書，大意是：如今恭親王能夠領悟其中含義，且能悔過自新，朝廷內外臣民，取舍進退，都大公無私，沒有絲毫成見。何況恭親王是朝廷親信重臣，才幹過人，輔佐朝政，不可以中途改變，讓其在家貪圖安逸。恭親王繼續在軍機大臣職位上做事。不用另外商議，以此表示對其栽培。希望恭親王能夠不要忘記那天悔過的心思，一心輔佐朝政，努力報答朝廷恩惠，不要心存疑慮，以此推諉，讓朝廷失望。
同治四年（1865）秋天，舉行了鹹豐皇帝的葬禮。當時，修建陵墓達四年，埋葬鹹豐的同時，還把孝德皇後也隨葬了。孝德皇後在鹹豐皇帝登基前一個月去世，其靈柩暫時安放在城西大約11千米的一個廟宇裏，距離現在已經15年時間了，就是為了能和鹹豐皇帝合葬。修築陵墓和出殯的所有費用加起來數字巨大。當時，籌集款項困難很大。南方各個省份因為農民戰亂，軍費開支巨大，很難再擔負這筆開支。皇帝的陵墓費用需要數千萬兩白銀。地方政府無法承擔這筆錢，內務府和各部官員被迫捐獻承擔。
先帝大葬之日，小皇帝和兩宮皇太後都來到了東陵，恭親王也一路隨從，他另外還要負責修築皇陵的任務，還有籌集款項的事宜。此時，西太後對恭親王並沒有過多的苛責。皇帝的棺槨用梓木做成之後，還要塗抹厚厚的漆，上麵還要寫“佛”字。放到陵墓中之後，底座還裝飾了很多的珠寶。陵墓是用上等的石料修築。之前，皇帝葬禮需要嬪妃和宦官來殉葬，現如今都使用木頭和紙張做成的人來代替。讓這些假人跪在棺槨前邊，點起巨大的蠟燭，接下來，和尚們開始念經。金圭、玉笏、成串的珍珠，都放到了棺槨上麵，其他所有貴重的擺設都放在陵墓中。所有這些儀式結束後，隨後就關閉陵墓大門。第二天，兩宮皇太後下了詔書，對恭親王一些人進行了嘉獎。可是，四年之後，恭親王和東太後密謀鏟除了西太後的寵信安德海，此舉極大地傷了西太後的心。