1908年11月14日，西太後整整一天都在處理國家事務，到了晚間才歇息，盡管非常辛苦，可這樣一來西太後反而氣色非常好。第二天，西太後依然如舊6點起床召見軍機大臣，和皇後、監國攝政王以及福晉(即榮祿女兒)談了很多話，還以皇帝的名義下達了一份諭旨，尊西太後為太皇太後，尊皇後為太後。當時就開始籌備慶祝尊號典禮，還要預定監國的大禮。到了中午，西太後剛剛吃飯，忽然間暈了過去，昏迷了很長時間。等清醒過來之後，眾人都說是因為前幾天過度勞累，導致舊病複發，病源在夏季的痢疾上，是那次得病傷了元氣導致的。西太後自己感覺時日無多，隨即召見光緒皇後、監國攝政王、軍機大臣，並下達諭旨，吩咐各項事務非常清楚，一如往日處理國事。諭旨內容是：
奉太皇太後懿旨：昨已降諭，以醇親王為監國攝政王，秉承予之訓示處理國事，現予病勢危急，自知不起，此後國政即完全交付監國攝政王。若有重要之事必須稟詢皇太後者，即由監國攝政王稟詢裁奪。
凡是了解宮廷情況和西太後的人，可以從上麵諭旨發現最後幾句話的重要性，其中的含義或許是想給新太後和葉赫那拉氏族機會，遇到有大事時候能參與。這樣，就能維持葉赫那拉氏永遠的權貴，進而鞏固當下的地位。假如監國攝政王和其他人有仇視的行為，那麽新太後就可以拿著這份諭旨說話。縱觀端方因為陵寢對新太後失敬後被立即罷免直隸總督職務的事情，就什麽都清楚了。從這裏可以知道監國攝政王職位的難做。隆裕太後使用特權，就是在給自己樹立威信。
西太後下達了上麵的諭旨後，病情開始不斷加重，就命令草擬遺詔，軍機大臣擬寫詔書後呈上。西太後審閱後，修改了很多地方，還添加了很多句子，即遺詔中“不得不再行訓政”那句話。西太後對眾人說到添加幾句話的意思：“我數次垂簾聽政，不知情者認為是貪權，實際情況是迫於形勢，不得不如此。”遺詔的末尾“回念五十年來……”也是西太後添加上去的，意思是回首一生沒有悔恨的意思。遺詔確定之後，西太後就開始向身邊的侍從訣別，周圍的人都在傷心。西太後神智非常清楚，盡管在彌留之際，依然在連續說話，和平時一樣，態度平和。後來，西太後漸漸昏迷，周圍侍從都說時辰到了，而此刻西太後忽然間又清醒了過來，在臨終前數分鍾依舊保持生的希望。掌控朝廷大權長達50年的西太後，留在人間的最後一句話竟然出人預料。她說：“今後，不允許婦人預聞朝政，這樣做違背祖宗家法，一定要嚴加限製，尤其要提防不可以讓宦官專權。明朝末年的事情須引以為戒。”說完，西太後去世，當時是下午3時，西太後麵向南方。或許，中國的傳統認為君王臨終都要麵向南方。有目擊者說：“西太後去世後，口張著沒有閉合。”有人就猜疑這是靈魂不願意離開身體的緣故。就這樣，權威至高無上的西太後歸天了！她的去世有點像其生前，也具有興奮勇曆的狀態，或許西太後本來就是一位深不可測的人物。接下來，小心入殮，隨後連同皇帝的遺體從西苑轉移到了禁中，途中都是叩頭的人。到達禁城之後，分別在大殿裏停靈。現在，將西太後遺詔——50年來最後的詔書記錄如下：
予以薄德，祇承文宗顯皇帝冊命，備位宮闈。迨穆宗毅皇帝衝年嗣統，適當寇亂未平，討伐方殷之際，時則發撚交訌，回苗俶擾，海疆多故，民生凋敝，滿目瘡痍。予與孝貞顯皇後同心撫訓，夙夜憂勞，秉承文宗顯皇帝遺謨，策勵內外臣工，暨各路統兵大臣，指授機宜，勤求治理，任賢納諫，救災恤民，遂得仰承天庥，削平大難，轉危為安。及穆宗毅皇帝即世，今大行皇帝入嗣大統，時事愈艱，民生愈困，內憂外患，紛至遝來，不得不再行訓政。前年宣布豫備立憲詔書，本年頒示豫備立憲年限，萬幾待理，心力俱殫，幸予體氣素強，尚可支持。不期本年夏秋以來，時有不適，政務殷繁，無從靜攝，服食失宜，遷延日久，精力漸憊，猶未敢一日暇逸。本月二十一日，複遭大行皇帝之喪，悲從中來，不能自克，以致病勢增劇，遂至彌留。回念五十年來，憂患迭經，兢業之心，無時或釋。今舉行新政，漸有端倪，嗣皇帝方在衝齡，正資啟迪，攝政王及內外諸臣，尚其協心翊讚，固我邦基。嗣皇帝以國事為重，尤宜勉節哀思，孜孜典學，他日光大前謨，有厚望焉。喪服二十七日而除，布告天下，鹹使聞知。
西太後的尊號已經達到22字，其生前已經有了16個字，去世之後又追諡了六個字。第一個字是“孝”，所有的皇後都有這個字；第二個字是“欽”，因此中國曆史上稱之為孝欽顯皇後。西太後諡號的隆重，在中國曆史上沒有人可以相比肩。去世之後，人民的思念，世界各國的稱頌，非常之多。金棺槨在寧壽殿停靈，後來轉移到了煤山下麵，準備擇選時辰安放到陵寢。出殯的那天，哀戚仰尊的大禮超乎尋常。幾乎所有臣民都說，西太後的去世，國家喪失了君主。從去世一直到出殯一年之間，祭祀的隆重景象一直沒有停下來。當年七月十五那天，用紙做了一艘大船，長大約50米，放在禁城外麵靠近煤山的地方。船上用紙紮著侍從、宦官、婦仆以及一些器皿，還有寶座，旁邊周圍環繞著身穿禮服的官員，就像日常召見臣工的樣子，非常齊備。監國攝政王以皇帝的名義在大船前祭奠，然後放火燒掉了。到出殯前一兩天，所焚燒的紙紮人物、駝馬、器皿等數不勝數，都是西太後在冥間使用的東西。下麵所記錄的，是1909年11月27日《泰晤士報》登載的報道：
欽天監擇選大行皇太後金棺槨從宮廷奉安到東陵的時辰是11月5日早起5時。所有的情景和前公曆5月大行皇帝奉安的禮節大致相同，隻不過軍隊更多，裝飾更加美麗，官員也更加整齊，因此，此次景象更加隆重。不過，有一點不足就是，大行皇帝奉安的那天天氣非常好，而這次卻烏雲密布，非常寒冷，加之禮儀時間非常長，觀看者都感覺有些不耐煩。
剛開始由84人抬著金棺槨，這是有史以來過城門最多的人，出城的時候就變成了128人。走在前邊的人是監國攝政王和諸位王公貝勒、軍機大臣；後邊是一隊騎兵，再往後是駱駝等。駱駝馱著帳篷和行宮的用具，原因是從京城走到東陵需要四天時間，因此需要預備晚間宿營用具，預備放置金棺槨的地方。隊伍再往後是傘隊，都是庚子年間從西安回京城時老百姓恭送的，安葬之後都燒了；其後是喇嘛；最後是一隊鑾儀衛，都拿著祭器、佛幡、旗子等。隊伍裏有兩乘車裝飾得非常華麗，都用黃色絲簾罩住了，所有都裝飾為龍鳳花樣。有兩匹紙紮的馬車和西太後平時用的差不多，大概是準備到陵寢上焚燒的。從整體上觀看送葬的隊伍，威武耀眼，讓人看後難以忘懷。有中國人說，隻有唐朝的武則天或許能與之比肩。根據曆史記載，武則天下葬時，曾經殉葬了幾百名侍從，如今已經不可能出現這樣的事情了。警察的布置很有水平，觀賞者都為之讚歎。梓宮經過的路線，家家關門閉戶，軍隊戒嚴，預防發生意外事件。這些人紀律嚴明，沒有絲毫的喧嘩紊亂現象，都行走在平整的沙路上，隊伍整齊地向東陵進發。
東陵距離北京城大約150千米，四麵由蔥鬱的鬆柏環繞，後邊是座山。當時，首先是榮祿負責施工，耗費800萬兩白銀，和定陵比較接近。定陵就是鹹豐皇帝的陵寢。西邊是慈安太後陵寢，東邊是鹹豐皇帝中宮皇後的陵寢。中宮皇後在鹹豐皇帝登基之前駕崩，皇後是追諡的封號。西太後一生非常掛念自己的萬年吉地，經常去查看，還時常詳細問詢。1897年竣工之時，西太後說柱子不夠大，就下令更換。榮祿去世之後，慶親王繼續這項工作，辦理陵寢的雕刻裝飾等業務，由此可見這項工程的巨大。奉安完畢之後，開始行辭別大禮，石門開始關閉，西太後一生，此刻也算畫上了句號。中國的民俗，葬禮的隆重和簡樸，費用的多少，事關去世者的威嚴和後代人的體麵。比較一下皇帝和西太後的喪葬費用，皇帝喪葬費是457940236兩白銀，西太後的喪葬費則是125萬兩到150萬兩白銀。當時有傳聞說，監國攝政王想去除一些費用，因為擔心葉赫那拉氏家族不高興隻好作罷。西太後的葬禮，國民重視毫無疑問，或許是因為西太後實際上是中國50年以來大眾擁戴的君主之故。
西太後的牌位從東陵帶回北京、入駐太廟時的大禮也非常隆重。西方人看了之後都刻骨銘心，從中也可以發現中國人敬重祖先的用意。牌位是木質的，外層塗抹了漆，用滿、漢兩種文字書寫，首先放到陵寢上。石門關閉之後，靈魂就會依附到牌位上，因此對待牌位與其健在時候一樣。從東陵回北京途中，西太後牌位先供奉在華麗的黃色綢緞轎子裏，後邊有很多人恭送，夜裏就放進特製的帳篷裏。牌位走的路，稱之為“神路”，有軍人負責清掃，非常清潔，尋常人不可以在上麵走動。臨近北京城，監國攝政王帶領各位王公大臣跪下迎接，商市停業，鴉雀無聲。過了禁城正門，進太廟，隨後安放在九祖三十五後的行列。在進入之前首先暫時撤下同治皇後的牌位，或許是因為牌位進入太廟，應該首先向祖宗叩頭，可是，父母的牌位不可以給兒子和媳婦叩頭。這個禮節讓人來代替。西太後牌位進入太廟，由監國攝政王代替宣統皇帝實施。每個牌位都需要三叩九拜，總共需要跪拜大約四百次。安放好之後，還要迎請同治皇帝及皇後的牌位入駐太廟，再向西太後牌位叩頭。西太後的牌位與慈安太後的牌位相鄰，由此西太後的葬禮完畢。西太後盡管已經去世，而其靈魂依然監臨在其臣民上麵。隨著時間的推移，西太後的過失逐漸被人們遺忘，可是，她的才幹和偉業依然令後人敬仰。