鏟除了東太後，從此開始了葉赫那拉氏一宮垂簾的政治格局，載湉尚不能親政，西太後實現了真正的獨攬朝政。轉眼間到了光緒十年。
這幾年來，內憂外患仍不斷，先是日本侵占了琉球國，後又法國侵略越南，這些都給大清朝造成了巨大的威脅。而國內更是連年災害，這兒賑了水災，那兒又有旱災，本來國庫早已空虛，災害頻繁發生，戶部再也撥不出銀子去賑災。可是，貪官貪吏屢禁不止，這些煩心事兒樁樁叫西太後頭疼。
可是，更讓她頭疼的是有一股強大的勢力隨時可能突起與她爭權，那便是以恭親王奕為首的軍機處。此時的軍機處，可以說是奕的“私人辦公室”，軍機處裏的幾位軍機大臣雖然也有矛盾，但總的來說奕的勢力占絕對優勢。
對於足智多謀的“鬼子六”奕，西太後始終不能放心。看起來，奕恭恭敬敬聽命於西太後，但她比誰都明白：奕的野心很大，他從來就沒真正臣服過葉赫那拉氏，一旦奕的羽翼豐滿，他極有可能反叛那拉氏。同治初年，西太後狠狠地打擊過奕，奕從此也好像老實了很多，但他內心深處的積憤一天比一天強烈。這種仇恨一旦爆發將成為“火山口”，岩漿迸射會把大清宮燒為灰燼。
政治經驗已相當豐富的西太後不能不提防著這股強大的敵對勢力，她要搶先一步挫敗奕，使自己的政治地位更加穩定。可是，她不能重演十幾年前那幕劇，她必須變幻著“花樣”，以求朝廷眾臣的支持。
這些年來，西太後逐漸發現有一股勢力正迎合她的需要，那便是光緒年間興起的“清流黨”。清流黨中的一部分成員對恭親王有些看法，西太後決定來個借刀殺人，剪除奕勢力!
提起清流黨，這還得從光緒六年的“庚辰午門案”說起。
光緒六年，當時慈安東太後還活著，西太後正患肝疾，她無法臨朝，每日都是東太後勉強上朝，處理一些無關緊要的朝政。至於那些重大事件，則由東太後把折子帶到長春宮，與西太後共同商議後再決定。其實，東太後仍是個擺設，病中的西太後絲毫沒有減弱對朝政的興趣，她時刻關注著皇宮上下發生的每一件事情。
自從小皇上載湉進宮作嗣皇帝，七福晉很少能進宮看望親生兒子，作為母親，她怎能不生怨恨，怨恨中，她病了。西太後也在病中，她聽說妹妹因思念載湉而生病，心中多多少少有些過意不去，畢竟是同胞姐妹血肉相連，她豈有不關心之理!於是，西太後令李蓮英派一個小太監去醇王府問安，並送去八盒點心，以示西太後對七福晉的關心。
李蓮英知道這是一趟美差，西太後賜點心給醇王府，到了王府，醇親王夫婦一定會給送點心的太監一些賞錢。派誰去好呢?李蓮英當然想親自去，無奈，西太後在病中，他怎好擅自離開。想來想去，他決定派本家侄兒李三順去王府送點心。
這個李三順仗著本家叔叔李蓮英在宮中的勢力，他像跳蚤一樣，跳來跳去幹壞事。他領了美差，帶上兩個小太監，擔著八盒精製宮點朝午門東左門走去。到了門口，侍衛不認識他，便向他索要內務府的放行知照。往日，李三順出入宮門皆跟在李蓮英的身後，他知道叔叔出入宮門從不要什麽知照，反而是侍衛點頭哈腰向李蓮英請安。可今天，他被侍衛攔住了去路。李三順趾高氣揚地說：
“我是長春宮的，出宮給醇王爺送點心。”
“這位公公，話雖如此，索要知照是我們的職責，請公公回內務府一趟，拿來知照，我們才能放行。”
“莫要攔住本公公，誤了事兒，你們能負責任嗎?”
李三順小眼兒一斜，很有些蠻橫勁兒。侍衛照章辦事，他也不示弱，扯開嗓門大喊：
“攔住這三個人，說什麽也不能放行!”
“什麽?你敢攔長春宮的人?”
“甭說你們長春宮了，就是養心殿的人，我也敢攔!”
“你少根弦兒，欠揍!”
侍衛反罵：
“你他媽的才欠揍!”
雙方爭執不下，李三順一個飛腳踢翻了點心盒，氣極敗壞地說：
“敢欺負長春宮的人，你們等著瞧!”
說罷，他轉身回了長春宮。李蓮英見侄兒這麽快就回來了，他詫異地問：
“怎麽回事兒?”
李三順哭訴著剛才發生的一切，李蓮英尚未耐心聽完講述，他便跪到西太後麵前告狀去了。
“太後，他們欺負到咱們頭上來了，午門東左門侍衛膽大包天，竟踢翻了點心盒，這口氣，奴才咽不下去。”
西太後聽後更生氣，她所賜的東西竟被侍衛踢翻在地，這不是明著汙辱她西太後嗎?西太後氣惱地說：
“小李子，去請東邊的來，看她怎麽處理這件事情。”
東太後聞訊趕來，西太後忿忿地向她誇張著李三順的故事，東太後不以為然，她輕描淡寫地說：
“這等小事何勞妹妹煩心，妹妹正在病中，切莫氣傷了身子。”
“這不是小事，分明是侍衛欺負我長春宮的人，打狗還得看主人，這個理兒，難道他們不懂嗎?”
東太後無奈，問：
“依你說該怎麽辦?”
西太後思索了一下，答道：
“踢翻食盒的那個侍衛要殺，而且是斬立決。”
東太後麵有難色，她說：
“太重了吧!”
西太後淚水湧出，東太後隻好勸慰她放寬心，將此案交至刑部立案。刑部尚書潘祖蔭接過這個案子，他哭笑不得，若這種小事也要斬人，大清朝豈不成了屠場!他連夜求見西太後，請求西太後息怒。沒想到病中的西太後肝火更旺，她大罵潘祖蔭沒有良心，拿著朝廷的俸祿卻違背朝廷的意誌，潘祖蔭還未辯白，西太後又大哭大叫了起來：
“大膽奴才，你想氣死哀家嗎?難道侍衛踢翻食盒是小事?不!這分明是汙辱哀家，此人不斬，我難消心頭之氣!”
刑部尚書潘祖蔭出於無奈，他隻得重判護軍，將護軍統領嶽林及護軍玉林、福祥、忠和四人逮捕。玉林、福祥發配黑龍江，遇赦也不得赦免，忠和監禁五年。但無人處斬，西太後仍忿忿不平。
事件剛剛發生，立刻引起了一些人的忿慨，右庶子陳寶琛、左庶子張之洞上疏力爭，為護軍鳴不平，他們認為此事由太監發起事端，懲治的本應是李三順，侍衛恪守職責，並沒什麽過錯。
起初，西太後很是反感，駁回了折子，但恭親王奕站在了張之洞一邊，他也上奏兩宮太後，請求兩宮太後三思，他說：
“‘庚辰午門案’事件雖小，但如果處理欠妥，勢必引起朝野震驚。太監隻不過是個奴才，他們仗著主子庇護他，便為所欲為，專橫跋扈，若不更改刑判恐怕將助長太監的驕縱，於朝廷大為不利。”
恭親王的奏折力陳了利弊，西太後不能不冷靜地想一想了，她生怕李三順之事給她帶來更大的麻煩，於是，她接受了奕、張之洞的意見，改判護軍玉林發配新疆，其餘皆免。而太監李三順杖打三十板。這下子，總算平息了事件。
不過，通過“庚辰午門案”，西太後不得不承認以張之洞為首的清流黨的勢力正在壯大。清流黨的成員多是不掌握實權，但對時政敢於針砭的文人，他們多是禦史或翰林出身，兩袖清風、一身正氣。對於這一類文人，西太後暫時需要培植他們，因為他們敢於揭露官場黑暗、敢於與邪惡勢力作鬥爭。
當然，清流黨的成員也並非個個剛正不阿，其中不乏借打擊別人、抬高自己的無恥小人，這些人，西太後更需要他們。西太後要的是輿論工具，借以鏟除自己的敵對勢力。在西太後的慫恿下，清流黨發展了起來。
可笑的是，與西太後暗中爭鬥幾十年的恭親王也看中了清流黨，他認為清流黨中的張之洞、寶廷、陳寶琛、張佩綸等人向來與自己交好，而西太後又不扼製他們，讓他們的勢力發展起來，他們可以牽製西太後，因為他們敢說敢講，一旦西太後違背祖製、過於囂張，奕可以利用這些講官和言官來指責西太後。
更可笑的是，同治皇帝的師傅李鴻藻充當了清流黨的領袖。李鴻藻仗著東太後對他的信任，在軍機處裏並不奉承於恭親王，他與恭親王已形成分庭抗立的局麵，而他的學生張之洞卻是恭親王的至交密友。
為了各自的利益，西太後、奕、李鴻藻都“鍾情”於清流黨，以至於到了光緒十年清流黨成了大清朝的政治喉舌，他們的奏疏往往占有舉足輕重的地位。政治嫻熟的西太後抓準時機利用了清流黨這一政治工具，狠狠打擊了恭親王奕，再次把奕趕出軍機處，這是許多朝臣所始料不及的。
起因還在中法戰爭。光緒年間，法國對窺視已久的越南發動侵略戰爭，這對於大清國來說無疑是嚴重的挑釁。西太後得知這一情況後，她令朝臣談談看法。首席軍機大臣奕主張支援越南，打退法國侵略軍，他說：
“越南很久以來就是我們的藩屬國，歲歲進貢，不可坐視不管。”
直隸總督兼北洋海軍大臣的李鴻章也直陳道：
“唇亡齒寒，如果法人侵占了越南，大清國將麵臨危機，非戰不可。”
西太後冷靜分析了局勢，她認為前些年的收複新疆以及北洋海軍的籌備足以證明清廷有能力抗擊法軍，所以，遊移不定的她最後也決定與法交戰。
可是，事情並不是人們想象的那麽簡單，法軍氣焰十分囂張，他們擊敗了清軍，一直追趕清軍至山西，統帶雲南巡撫唐炯棄軍而逃，廣西巡撫徐延旭閉城不出，法軍猙獰狂妄，揚言一個月內打進紫禁城。
西太後驚恐萬分，她急忙派李鴻章前去與法國公使和談，結果當然是清廷委曲求全，以滿足法軍無禮要求為前提，中法簽定了不平等的條約，大清朝又一次受到了汙辱。此時，清流黨中的一些人義憤填膺，他們上疏西太後，要求懲治賣國賊。其中有一個人，名叫盛昱，他在奏疏中將矛頭直指恭親王奕，同時還彈劾了清流黨領袖李鴻藻與張佩綸，他說：
“越事失機，議者皆謂，咎在雲南撫臣唐炯、廣西撫臣徐延旭，此二人，張佩綸薦之於前，大學士李鴻藻保之於後。此乃輕信濫保，使越事敗壞至此。而恭親王、寶鋆久直樞廷，更事不少，非無知人之明，與景廉、翁同龢之才識凡下者不同。其咎應與李鴻藻同科……”
說得很清楚，中法戰爭失利是因為張佩綸、李鴻藻薦人不當，恭親王、寶鋆監督不利引起的，而與你西太後沒有任何關係。
美哉!妙也!這正合西太後的心意!
本來，中法戰爭以清廷失敗告終，西太後覺得臉上很不光彩，正在這時，盛昱一份折子把她洗刷得幹幹淨淨，她怎能不高興!再者，自從慈安東太後暴薨後，她前進中最大的障礙就是奕了，如今有了彈劾奕，順帶捎著軍機大臣李鴻藻、寶鋆等人，正可以借此“刀”來“殺人”。
西太後將盛昱的折子轉給眾臣閱讀，大家早已知曉西太後的政治手腕，一些趨炎附勢的人抓住了這個機會討好西太後，對恭親王、寶鋆等人大肆汙蔑，一時間，紫禁城上空的“烏雲”又壓了下來。
西太後察言觀色，她發現丹墀下的眾大臣並不是個個擁戴她，奕的對立麵確實有，但並不是占大多數。為了實現自己的計劃，西太後來個先發製人。她清了清嗓子，說：
“恭王二十多年來盡忠朝廷，功不可抹，但是，近年來他恃功自傲，多有失誤，特別是中法交戰，他任人不當，辱了朝廷，盛昱所奏句句是實。”
軍機大臣章京素來嫉恨恭親王，他搶先一步發言：
“太後英明!太後所言正是臣等不敢之言，恭親王倚權攬政，早有私謀，還請太後查辦處置。”
恭親王奕豈能任人誣陷，他大吼：
“你血口噴人!”
西太後拍案而起：
“放肆!大殿之上，豈能大吵大叫!”
其實，西太後這一聲尖叫比誰的聲音都大，可是，沒有一個人敢出麵斥她“放肆”。這就叫“權大一級壓死人”，一向隻準官家放火、不準民間點燈的她又搬出了“絕活”——嚎啕大哭，她竟在大殿上痛哭不已：
“先帝呀，你走得太早，如今有人欺負你額娘，你在天之靈能瞑目嗎!”
眾臣見狀，驚慌失措，他們一個個“撲通、撲通”跪了下來，弄得十四歲的光緒皇帝不知所措，他連連喊：
“親爸爸，消消氣，你消消氣。”
寶鋆上前一步，又跪了下來，說：
“太後，臣知過錯，願受罰。可是，恭親王二十多年來輔政沒有功勞，也有苦勞，太後應念在他輔政鞠躬盡瘁的份上，網開一麵。再者，中法戰爭大清失利也不應推卸到他一個人身上。乞求太後三思!”
西太後抹了一把淚水，反問道：
“依你之言，應該歸咎皇上和哀家了?”
寶鋆忙擺手：
“不，不，是大清軍實力較弱所致，誰都不應該承擔全部的責任。”
“一派胡言，寶大人，你老糊塗了吧!”
西太後的語調陰沉得可怕，其他大臣還有敢出麵說話的嗎!西太後生怕再有人替奕說情，她不耐煩地說：
“退朝。”
“嗻。”
在這裏，隻會磕頭說“嗻”的朝臣占多數，西太後才得以一手遮天!
退朝後，西太後單獨召見了軍機大臣章京，她認為此人可以利用。果然不出西太後所料，章京與恭親王早已失和，他正愁沒機會打垮強勁的對手。此時，西太後有意想利用他，他怎肯錯過這千載難逢的大好時機。
“太後，恭親王早有異心，不知太後為何這般寬容他。”
章京有意刺激西太後，以引起西太後對奕的更加反感。奕與她暗中爭鬥無人不知，可奕有異心，她未曾料到。西太後警覺地欠了欠身子，問：
“不可亂講，你有憑據嗎?”
“太後，恭親王表麵上主戰，而暗中使奸，致使法軍追至山西，他正想借此機會駕空太後，以使自己掌握實權。”
一番話說得西太後心中直冒涼氣，她不會忘記二十多年前八國聯軍進北京的情形。當時，鹹豐皇帝倉惶“巡幸木蘭”，留他“鬼子六”在皇城與洋人周旋，那時就有人說奕有野心，他想趁亂奪皇權。
“難道，難道他這次還耍這一招?!”
西太後怕了，她真的很害怕!她垂簾聽政二十多年，可不能一朝失去這個權利。葉赫那拉氏當即立斷，說：
“章大人，哀家諭令你禦前擬旨，罷斥恭親王。”
章京喜形於色，西太後緩緩地說：
“諭內閣：欽奉慈禧端佑康頤昭豫莊誠皇太後懿旨：現值國家元氣未充，時艱猶巨，政虞叢脞，民未敉安，內外事務，必須得人而理。而軍機處實為內外用人行政之樞紐，恭親王奕等，始尚小心匡弼，繼則委蛇保榮，近年爵祿日崇，因循日甚。……恭親王奕、大學士寶鋆，入直最久，責備宜嚴，姑念一係多病，一係年老，茲特錄其前勞，全其來路，奕著加恩仍留世襲罔替親王，賞食親王雙俸，開去一切差使，並撤去恩加雙俸，家居養疾。寶鋆著原品休致。協辦大學士，吏部尚書李鴻藻，內廷當差有年，隻為囿於才識，遂致辦事竭蹶，兵部尚書景廉隻能循分供職，經濟非其所長，均著開去一切差使，降二級調用。工部尚書翁同龢甫直樞廷，適當多事，唯既別無建白，亦有應得之咎，著加恩革職留任，退出軍機處，仍在毓慶宮行走，以示區別……”
西太後的語氣很堅定，章京意識到：這個女人很厲害，誰也別想改變她的決定。軍機處人馬幾乎全部罷斥，留下自己也是受罪，他戰戰兢兢地說：
“太後，臣實無才，請求太後開恩，恩準臣回鄉養病。”
西太後心想：
“算你知趣，連奕、寶鋆、李鴻藻都趕出了軍機處，你還好呆在那兒嗎?”
於是，她開口道：
“若軍機處太煩勞的話，恩準你離開軍機處，哀家認為回鄉養病就沒有必要了吧。”
“謝太後!”
章京有苦難言。西太後暗自高興，她沒費多少勁兒就撤換了軍機處全班人馬，新組的軍機處當然要按她的意誌辦事。諭令頒發後，朝廷上下無不震驚，一些人為自己慶幸，這場朝變並未殃及自己，他們明哲保身，誰願意為奕等人鳴不平；一些人暗自高興，終於除掉了奕，他們可以更放心大膽地為虎作倀；一些人心驚肉跳，這次朝變差點兒觸及到他們。總之，該滾出軍機處的滾了，該進的也進來了。
三天後，西太後又頒一諭令：
“禮親王世鐸著在軍機大臣上行走，毋庸學習禦前大臣，並毋庸帶領豹尾槍。戶部尚書額勒和布、閻敬銘，刑部尚書張之方均在軍機處大臣上行走。工部侍郎孫毓汶著在軍機大臣上學習行走。”
諭令頒發，令朝臣啼笑皆非，帝師翁同龢感慨萬分：
“一群庸人怎擔此任!”
西太後何嚐不知幾位新任軍機處大臣是庸人。她就是要用庸人!這樣，她才能牢牢掌握真正的皇權。甲申朝變標誌著西太後在政治上已完全成熟，她竟玩弄皇親貴族、王公大臣於股掌之上。這是她的又一次勝利，許多男人在這次朝變中改變了終生命運。
清流黨的盛昱驚愕不已，他萬萬也想不到自己竟為西太後所利用。新組軍機處一點兒也不比原來的實力強，他後悔莫及，又上一折：
“恭親王才力聰明，舉朝無出其右，隻以沾染習氣，不能自振。李鴻藻昧於知人，暗於料事，唯其愚忠不無可取。……”
他又開始為奕等人說話了，可是，為時已晚，西太後不再理睬他。西太後不顧眾臣的直諫，開始啟用醇親王奕譞，奕譞誠惶誠恐，他生怕走六皇兄的老路，對於西太後，他是言聽計從，百般依從，以至於有人諷刺他是西太後的“跟屁蟲”。
新組建的軍機處完全成了西太後的政治擺設品，甲申朝變使西太後獲得了至高無上、無拘無束的皇權，她演變成了一位真正的獨裁主義者。利用清流黨，她打擊了奕勢力，一旦清流黨失去特定的價值，她又要來打擊清流黨!
清流黨首領之一張佩綸，本是個地地道道的書生，可是，西太後派他帶兵打仗，中法馬尾一戰，張佩綸狼狽不堪；西太後當然要革他的職。寶廷原是好色之徒，五十多歲的人又納小妾又買姬，有人彈劾他不務正業，**靡無度，西太後借機罷了他的官。陳寶琛因保薦過罪臣唐炯而被降職。
就這樣，清流黨也被西太後瓦解了。罷免奕、瓦解清流黨是葉赫那拉氏在甲申年間最大的成就。她踢開一塊塊“絆腳石”，正雄心勃勃邁向新的人生。
此時的西太後已經五十歲!