官校四出，擾亂得閭裏不寧，卻對軍伍之缺，一無裨補。正統元年（1436）九月分遣監察禦史軒（左車右兒）等十七人清理軍政，在賜敕中也指出當時的弊害，促令注意。敕書說：
武備立國之重事。曆歲既久，弊日滋甚。軍或脫籍以為民，民或枉指以為軍。戶本存而謂其為絕，籍本異而強以為同。變易姓名，改易鄉貫，夤緣作弊，非止一端。推厥所由，皆以軍衛有司及裏甲人等貪賂挾私，共為欺蔽，遂致妄冒者無所控訴，埋沒者無從追究，軍缺其伍，民受其殃。（《明英宗實錄》卷二二）
在實際上，不但法外的弊害，使農民受盡苦痛，即本軍本戶的勾捕，對農民也是極大災難。試舉數例說明。第一例要七十老翁和八歲孩子補伍：
洪武二十五年（1392）四月壬子，懷遠縣人王出家兒年七十餘，二子俱為卒從征以死。一孫甫八歲，有司複追逮補伍。出家兒訴其事於朝，令除其役。（《明太祖實錄》卷二七）
第二例單丁補役，田地無人耕種：
永樂八年（1410）四月戊戌，湖廣郴州桂陽縣知縣梁善言：本縣人民充軍數多，戶有一丁者發遣補役，則田地拋荒，稅糧無征，累及裏甲。（《明成祖實錄》卷一〇二）
第三例地方鄰裏因勾軍所受的損失。萬曆三年（1575）徐貞明疏言：
東南民素柔脆，莫任遠戍。今數千裏勾軍，離其骨肉。軍壯出於戶丁，幫解出於裏甲，每軍不下百金。而軍非土著，誌不久安，輒賂衛官求歸。衛官利其賂且可以冒餉也，因而縱之。是困東南之民，而實無補於軍政也。（《明史》卷二二三）
解除軍籍的唯一途徑，明初規定，必須做到兵部尚書才能脫籍為民。(30)《明史》卷一三八《唐鐸傳》記陳質許除軍籍，稱為特恩：
潮州陳質父在戍籍。父歿，質被勾補，請歸卒業，帝命除其籍。（兵部尚書）沈溍以缺軍伍持不可。帝曰：國家得一卒易，得一士難。遂除之。然此皆特恩雲。(31)
後定製生員特許免勾，但要經考試合格：
凡開伍免勾，洪武二十三年（1390）令生員應補軍役者，除豁遣歸卒業。二十九年（1396）令生員應起解者，送翰林院考試，成效者開伍，發回讀書。不成者照舊補役。（《大明會典》卷一五四）
永樂時又定例現任官吏免勾：
二年（1404）令生勾軍有見任文武官及生員吏典等，戶止三丁者免勾，四丁以上者勾一丁補伍。（同上）
從此官僚階級得豁去當軍的義務，軍伍的勾取隻限於無錢無勢的平民了。
勾軍之害，已如上述。一到大舉清軍時，其害更甚。清軍官吏是以清出軍伍的多少定考成的，因此肆意誅求，濫及民戶，唯恐所勾太少。《明史》記宣德時清軍情形：
（趙豫）官鬆江知府。清軍禦史李立至，專務益軍，勾及親戚同姓，稍辯則酷刑榜掠，人情大擾。訴枉者至一千一百餘人。(32)
正德時武定清軍，一州至萬餘人：
（郭侃）官武定知州。會清軍籍，應發遣者至萬二千人。侃曰：武定戶口三萬，是空半州也。力爭之得寢。（《明史》卷二八一《郭侃傳》）
王道論清軍之弊有三：第一是清勾不明；第二是解補太拘；第三是軍民並役。他說：
清勾之始，執事不得其人，上官不屑而委之有司，有司不屑而付之吏胥，賄賂公行，奸弊百出。正軍以富而幸免，貧民無罪而幹連，有一軍缺而致數人之命，一戶絕而破**數家之產者矣，此清勾不明之弊一也。國初之製，垛集者不無遠近之異，謫戍者多罹邊衛之科，承平日久，四海一家，或因遷發，填實空曠，或因商宦，流寓他方，占籍既久，桑梓是懷。今也勾考一明，必欲還之原伍，遠或萬裏，近亦數千，身膺桎梏，心戀庭闈，長號即路，永訣終天，人非木石，誰能堪此，此解補太拘之弊二也。邇年以來，地方多事，民間賦役，十倍曩時，鬻賣至於妻子，算計盡乎雞豚，苦不聊生，日甚一日，而又忽加之以軍伍之役，重之以饋送之繁，行齎居送，無地方可以息肩，死別生離，何時為之聚首？民差軍需，交發互至，財殫力竭，非死即亡，此軍民並役之弊三也。（《順渠先生文集》卷四）
至嘉靖時，軍伍更缺，法令愈嚴，有株累數十家，勾攝經數十年者，丁口已盡，猶移覆紛紜不已。萬曆中南直隸應勾之軍至六萬六千餘，株連至二三十萬人（《明史》卷九二《兵誌四》）。衛軍已逃亡的，“勾軍無虛歲，而什伍日虧”；未逃亡或不能逃亡的，卻“平居以壯儀衛，備國容猶不足”(33)。衛所製度到這時候，已經到了完全崩潰的階段了。
六、募兵
從永樂遷都北京以後，每年須用船運東南米數百萬石北來，漕運遂為明代要政。運糧多由各地衛軍負責。宣宗即位後，始定南北衛軍分工之製，南軍轉運，北軍備邊。(34)特設漕運總兵，用衛軍十二萬人（《明史》卷一五三《陳暄傳》）。東南軍力由之大困。弘治元年（1488）都禦史馬文升疏論運軍之苦說：
各直省運船，皆工部給價，令有司監造。近者漕運總兵以價不時給，請領價自造，而部臣以軍士不加愛護，議令本部出料四分，軍衛任三分，舊船抵三分。軍衛無從措辦，皆軍士賣資產，鬻男女以供之，此造船之苦也。正軍逃亡數多，而額數不減，倶以餘丁充之，一戶有三四人應役者，春兌秋歸，艱辛萬狀，船至張家灣，又雇車盤撥，多稱貸以濟用，此往來之苦也。其所稱貸，運官因以侵漁，責償倍息，而軍士或自載土產以易薪米，又格於禁例，多被掠奪。（《明史》卷七九《食貨誌三·漕運》）
江南軍士“多因漕運破家”，江北軍士則“多以京操失業”(35)。南北衛軍因之都廢弛不可用。
明代用全力防守北邊，備蒙古入侵。腹地軍力極弱，且經積弛之後，一有事故，便手足無措。隆慶時靳學顏疏言：
夫陷陣摧堅，旗鼓相當，兵之實也。今邊兵有戰時，若腹兵則終世不一當敵，每盜賊竊發，非陰陽醫藥雜職，則丞貳判薄為之將，非鄉民裏保，則義勇快壯為之兵，在北則借鹽丁礦徒，在南則借狼土，此皆腹兵不足用之明驗也。（《明史》卷二一四《靳學顏傳》）
所說的雖然是後期情形，其實在前期即已如此。正統時鄧茂七起義，將帥尪怯退避，反由文吏指揮民兵作戰。(36)天順初年兩廣“盜”起，將吏率縮朒觀望，怯不敢戰。(37)至正德時劉寵、劉辰起義，腹地衛軍已全不能用：
正德六年（1511）劉寵劉辰等自畿輔犯山東河南，下湖廣，抵江西。複自南而北，直窺霸州。楊虎等自河北入山西，複東抵文安，與寵等合。破邑百數，縱橫數千裏，所過若無人。（《明史》卷一八七《馬中錫傳》）
隻好調邊兵來作戰。西南和東南則調用素稱剽悍嗜殺的狼土兵。(38)可是狼土兵毫無軍紀，貪**殘殺，當時有“賊如梳，軍如篦，士兵如鬀”(39)和“土賊尤可，土兵殺我”之謠。(40)甚或調用土韃(41)，如毛勝（原名福壽）之捕苗雲南：
正統六年（1441），靖遠伯王驥請選在京番將舍人捕苗雲南，乃命勝與都督冉保統六百人往。……［正統十四年（1449）］以左副總兵統河間東昌降夷赴貴州（平賊）。（同上書卷一五六《毛勝傳》）
和勇（原名脫脫孛羅）之平兩廣“盜”：
天順間以兩廣多寇，命充遊擊將軍，統降夷千人往討。……成化初趙輔、韓雍征大藤峽，詔勇以所部從征。（同上書卷一五六《和勇傳》）
又行僉民壯法，增加地方兵力。正統二年（1437）始募所在軍餘民壯願自效者。十四年（1449）令各處招募民壯，就令本地官司率領操練，遇警調用，事定仍複為民。弘治二年（1489）又令：
州縣選取年二十以上五十以下精壯之人，州縣七八百裏，每裏僉二名。五百裏者每裏三名。三百裏者每裏四名。一百裏以上者每裏五名。春夏秋每月操二次，至冬操三歇三，遇警調集，官給行糧。（《明史》卷九一《兵誌》）
富民不願服務，可納錢免僉，由官代募。此種地方兵又稱機兵，在巡檢司者稱為弓兵。到此人民又加上一層新負擔，軍外加兵，疲於奔命。
調用邊兵土兵達兵和僉點民壯，雖然解決了一時的困難，可是邊兵有守邊之責，土兵不易製裁，達兵數目不多，民壯稍後也積弊不可用，而且是地方兵，隻供守衛鄉裏，不能遠調。王守仁在正德時曾申說當時兵備情形：
贛州財用耗竭，兵力脆弱，衛所軍丁，隻存故籍，府縣機（兵）快（手），半充虛文，禦寇之方，百無一恃，以此例彼，餘亦可知。是以每遇盜賊猖獗，輒覆奏請兵，非調土軍，即倩狼達，往返之際，輒已經年，靡費所需，動逾數萬。逮至集兵舉事，即已魍魎潛形，曾無可剿之賊，稍俟班師旋旅，則又鼠狐聚黨，複當不軌之群。機宜屢失，備禦益弛。征發無救於瘡痍，供餼適增其荼毒。群盜習知其然，愈肆無憚，百姓謂莫可恃，競亦從非。（《陽明集要·經濟集一·選揀民兵》）
在這種情況下，不能不另想辦法。於是有募兵出現。在衛軍民壯以外，又加上第三種軍隊。募兵出而衛軍民壯自以為無用，愈加廢弛。(42)
募兵之製，大約開端於正統末年。募兵和民壯不同，民壯是由地方按裏數多少或每戶壯丁多少僉發的，平時定期訓練，餘時歸農，調發則官給行糧，事定還家。完全為警衛地方之用。募兵則由中央派人招募，入伍後按月發餉，東西征戍，一唯政府之命。戰時和平時一樣，除退役外不能離開行伍。正統土木之變，京軍潰喪幾盡，各省勤王兵又不能即刻到達，於是派朝官四出募兵(43)，以為戰守之計。嘉靖時倭寇猖獗，沿海糜爛，當時人對於衛軍之毫無抵抗能力，不能保衛地方，極為不滿。主張在衛軍和募兵兩者中擇較精銳的精練禦敵，即以所淘汰的軍的糧餉歸之能戰的兵，郎瑛所記“近日軍”即代表此種意見。他說：
古之置軍也防患，今之置軍也為患。何也？太平無事，民出穀以養軍，官有產以助軍，是欲藉其有警以守，盜發以討，所以衛民也。衛民，衛國也。今海賊為害有年矣，未聞軍有一方之守，一陣之敵焉。守敵者非招募之土著，則選調別省兵勇。故見戮於賊也，非地方男婦良民，即遠近招募之眾。是徒有養軍之害，而無衛軍之實，國非亦為其所損哉！為今之計，大閱軍兵，使較射撲，軍勝於募，則以募銀之半加於軍，募勝於軍，則扣軍糧之半以益募。如此則軍兵各為利而精矣。以練精者上陣以殺賊，餘當減之也。庶民不費於招募之費，國不至於倍常之費，雖為民而實為國矣。（《七修類稿續稿》卷三）
要求用精練的兵作戰。當時將帥都在這要求下紛紛募兵訓練，內中最著名的如戚繼光：
繼光至浙，見衛所兵不習戰，而金華義烏俗稱慄悍，請招募三千人教以擊刺法，長短兵迭用，由是繼光一軍特精。又以南方多藪澤，不利馳逐。乃因地形，製陣法，審步伐便利，一切戰艦火器兵械，精求而更製之，戚家軍名聞天下。（《明史》卷二一二《戚繼光傳》）
譚綸：
東南倭患已四年，朝議練鄉兵禦賊。參將戚繼光請期三年而後用之。綸亦練千人，立束伍法，自裨將以下節節相製，分數既明，進止齊一，未久即成精銳，益募浙東良家子教之。而繼光練兵已及期，因收之為己用，客兵罷不複調。（同上書卷二一二《譚綸傳》）
同時張鏊募兵名振武營(44)，鄭曉(45)、朱先募鹽徒為兵。(46)名將俞大猷所練兵名俞家軍。(47)都卓有成效，在幾年中完全肅清了倭寇。
另外，北邊的邊軍也漸漸地用募兵來代替和補充世軍。《明史》卷二〇四《陳九疇傳》：
世宗即位，巡撫甘肅。抵鎮言：額軍七萬餘，存者不及半，且多老弱，請令招募。報可。(48)
嘉靖二十九年又令薊鎮自於密雲、昌平、永平、遵化募兵一萬五千（《大明會典》卷一二九）。隆慶二年（1568）以戚繼光為總兵官練薊鎮兵，募浙兵三千做邊軍模範（《明史》卷二一二《戚繼光傳》）。後又續募浙兵九千餘守邊，邊備大飭（同上書《譚綸傳》）。甚至京軍也用募兵充伍：
嘉靖二十九年（1550），遣四禦史募兵畿輔、山東、山西、河南得四萬人，分隸神樞神機。（同上書卷八九《兵誌》一）
從此以後，以募兵為主力，衛軍隻留空名，置而不用。(49)時人以為募兵較世軍有十便：
年力強壯者入選，老弱疲癃，毋得濫竽其中，便一。一遇有缺伍，朝募而夕補，不若清勾之曠日持久，便二。地與人相習，無懷故土逃亡之患，便三。人必能一技與善一事者方得掛名什伍，無無用而苟食者，便四。汰減之法，自上為政，老病不任役者棄之，不若祖軍頂替，有賄官職而瞞年歲者，便五。部科遴揀，一朝而得數什百人，貪弁不得緣以勒掯需索，便六。有事而強壯者人可荷戈，不煩更為挑選，便七。家有有力者數人，人皆得為縣官出力，不願者勿強也，便八。壯而不能治生產者，得受糈於官，無饑寒之患，便九。猛健豪鷙之材，籠而馭之，毋使流為奸宄盜賊，便十。（《客座贅語》卷二）
萬曆末年建州勃興，遼沈相繼失守，募兵愈多，國庫日絀。募來的兵多未經嚴格訓練，又不能按時發餉，結果也和衛軍一樣，逃亡相繼。熊廷弼《遼左大勢久去疏》：
遼東見在兵有四種：一曰募兵，傭徒廝役，遊食無賴之徒，幾能弓馬慣熟？幾能膂力過人？朝投此營，領出安家月糧而暮逃彼營；暮投河東，領出安家銀兩而朝投河西。點冊有名，及派工役而忽去其半；領餉有名，及聞告警而又去其半。此募兵之形也。（《熊襄湣公集》卷三）
甚至內地兵尚未出關，即已逃亡。(50)在遼就地所募兵，得餉後即逃亡過半。(51)天啟時以四方所募兵日逃亡，定法攝其親屬補伍（《明史》卷二五六《畢自嚴傳》）。也隻是一個空頭法令，實際上並不能實行。稍一缺餉，則立刻嘩變，崇禎元年（1628）川、湖兵戍寧遠時，以缺餉四月大噪，餘十三營起應之，至縛係巡撫畢自嚴（《明史》卷二五九《袁崇煥傳》）。“流寇”起後，內外交逼，將帥擁兵的都隻顧身家，畏葸不敢作戰。政府也曲意寬容，極意籠絡，稍有功效，加官封爵，唯恐不及。喪師失地的卻不敢少加罪責，唯恐其擁兵叛亂，又樹一敵。由此兵驕將悍，國力日蹙。(52)諸將中左良玉兵最強，擁兵自重，跋扈不肯聽調遣，《明史》說他：
多收降寇以自重，督撫檄調，不時應命。……壁樊城，驅襄陽一郡人以實軍，降賊附之，有眾二十萬。……福王立……南都倚為屏蔽。良玉兵八十萬，號百萬，前五營為親軍，後五營為降軍，每春秋肄兵武昌諸山，一山幟一色，山穀為滿。軍法用兩人夾馬馳曰過對，馬足動地，殷如雷聲。諸鎮兵唯高傑最強，不及良玉遠甚。（《明史》卷二七三《左良玉傳》）
一人擁兵八十萬，當時號為左兵。在崇禎時代他為要保全私人實力，不聽政府調遣。福王立，他又發動內戰，以致清兵乘虛直搗南京。其他鎮將如高傑、黃得功、劉澤清、劉良佐在北都亡後，擁兵江北，分地分餉，儼然成為藩鎮。他們不但以武力幹涉中央政事，還忙於搶奪地盤，互相殘殺。高傑、黃得功治兵相攻，劉澤清、劉良佐、許定國則按兵不動。後來許定國誘殺高傑，以所部獻地降清，劉澤清、劉良佐也不戰降附，黃得功兵敗自殺，南都遂亡。
七、軍餉與國家財政
明初衛軍糧餉，基本上由屯田所入支給。明太祖在初起兵時，即立民兵萬戶府，寓兵於農：
戊戌（1358）十一月辛醜，立管理民兵萬戶府。令所定郡縣民武勇者，精加簡拔，編輯為伍，立民兵萬戶府領之。俾農時則耕，閑則練習，有事則用之。事平有功者一體升擢，無功令還為民。（《明太祖實錄》卷六）