清初為緩和階級矛盾，實行獎勵墾荒、減免捐稅的政策，內地和邊疆的社會經濟都有所發展。至十八世紀中葉，封建經濟發展到一個新的高峰，史稱“康乾盛世”。於是中央集權專製體製更加嚴密，國力強大，秩序穩定，清朝的國家機器逐漸完善起來，建立起強化皇權的統治機製。
中央行政機構
入關之前，皇太極已仿照明製，設內三院和六部。順治元年(1644年)五月，攝政王多爾袞攜幼主進京登極，各方麵基本上是照搬明朝的製度。中央機構是三院八衙門。三院就是內國史院、內秘書院、內弘文院，八衙門指吏、戶、禮、兵、刑、工六部和都察院、理藩院。其中，理藩院主要負責管理邊疆少數民族地區事務，這在中國政治製度史上亦屬首創。清朝的最高行政機構直接對皇帝負責，由皇帝直接指揮，中央行政機構無權向地方直接發布政令，隻能奏請皇帝頒發詔諭，皇帝直接掌握著最高行政權。
順治十五年將內三院改為內閣。又經康熙、雍正、乾隆三朝，內閣官員建製基本固定。內閣設官有大學士、學士、侍讀學士、侍讀、典籍、中書、中書舍人等。大學士都冠以殿閣之名，如中和殿大學士、保和殿大學士、文華殿大學士等，常設滿、漢各二人，正一品。內閣大學士權力很大，相當於宰相，被稱為“宰輔”，有進呈奏章和代擬批旨之權，即“票擬”。
吏、戶、禮、兵、刑、工六部，分掌國家的官吏、財政、教育、軍事、司法、建築等事務。六部最高長官是尚書，從一品；副職為侍郎，正二品，均滿、漢各一人。因為清朝不設宰相，六部直接接受皇帝的控製，直接對皇帝負責。
吏部班列六部之首，是主管全國文職官員任命考核的機構。主要負責製定中央及地方各衙門文職官員的編製，銓選官員，依照有關規製銓敘品秩勳階，稽考功績過失，議定黜陟賞罰，辦理調動等事務。下設文選、考功、稽勳、驗封四個清吏司。文選清吏司，負責文職官員的品級之升降、補調及平均銓法。考功清吏司，負責文職官員的考核工作。稽勳清吏司，負責文職官員守製，喪養兼稽京官廩祿等事務。驗封清吏司，負責文職官員的蔭敘、封贈、襲職、優恤等事務。
1-1清朝前期中央機構
戶部是掌管全國疆土、田地、戶籍、稅賦、俸餉、財務的機構。天下錢糧，統歸戶部，國家各種開支，俱由戶部支配。清朝疆土分為二十七個省區，各省戶數和人數每年報部一次。全國各種名份的田地頃畝丈量之數都要報部注冊，各種賦稅也要定期報部繳納，經費要按定製報銷。戶部所掌政務分別由下設的十四個清吏司和井田科、八旗俸餉處、現審處、飯銀處、捐納房、內倉等具體部門分別管理。清朝戶部沿襲明朝定製，以地區劃分清吏司，這十四個清吏司是江南(江蘇、安徽)、江西、浙江，福建(兼直隸)、湖廣(湖北、湖南)、山東(兼管奉天、吉林、黑龍江)，山西、河南、陝西(兼甘肅、新疆)、四川、廣東、廣西、雲南、貴州。他們各掌其所劃分省區的民賦，並兼管一些全國性的事務。
禮部是管理國家典禮及學校、科舉等事務的機構。典禮分為吉、嘉、軍、賓、凶五禮。吉禮指祭天地、神祗、太廟、陵寢、曆代帝王、先聖先賢、忠列名臣等；嘉禮指登極、傳位、親政、婚嫁、慶壽、冊封、頒詔、筵宴等慶典；軍禮指“大閱”、親征、命將、納降、凱旋等；賓禮指朝貢、敕封，宗室外藩王公相見等；凶禮指帝後、妃嬪、皇子、親王等喪葬禮儀。
除掌管五禮外，禮部還負責奏辦預選鄉試、會試、殿試考官及預定錄取名額等事務，下設儀製、祠祭、主客、精膳四個清吏司，還有鑄印司、會同四譯館等。儀製清吏司，負責嘉禮、軍禮和學校科舉事務；祠祭清吏司，負責吉禮、凶禮；主客清吏司，負責賓禮和接待屬國藩使等；精膳清吏司，負責典禮宴饗及祭祀供品等。鑄印局負責鑄造皇帝的寶印和內外臣司的所有書印。會同四譯館負責接待外國和藩屬國貢使，翻譯外國或國內少數民族的文字。
兵部是管理全國軍事及武職官考核任免的機構。下設武選、職方、車駕、武庫四個清吏司。武選清吏司，負責武職官員的品級與選補、升調、承襲、封贈，並掌管軍隊營製和管理土司；職方清吏司，負責武職官員的敘功、核過、黜陟、賞罰、撫恤，以及軍旅之簡閱、考察等，並掌管關禁與海禁；車駕清吏司，負責全國的馬政及郵傳事務。武庫清吏司，掌管全國的兵籍及軍器，還負責武科舉有關事務。此外，兵部還設有會同館和捷報處，前者管理京師驛傳事務；後者負責收受各省遞送的奏折，以及發送軍機處寄發的諭旨或禦批奏折。
刑部是掌管全國法律、刑罰的司法機構。除負責授理全國刑事案件和主管刑罰、監獄外，與大理寺、都察院組成三法司，共同負責審核全國的死刑案件及重大要案的判決（有關詳細內容見清朝的司法製度)，負責審定各種法律。刑部下設十七分省清吏司，還有督捕清吏司(負責督捕旗人逃亡諸事)、秋審處(負責核察辦理秋審和朝審之案）、減等處(負責匯核與辦理各省及現審案件的恩赦事務)、髒罰庫(負責收管現審案內髒款髒物)、贖罪處(負責納銀贖罪事務)、提牢廳(管理獄卒，稽查南北所監獄收禁的各省犯人)、律例館(纂修法律條例，稽核律例)等機構。十七分省清吏司是直隸、奉天、江蘇、安徽、江西、福建、浙江，湖廣(湖南、湖北)、河南，山東、山西、陝西、四川、廣東、廣西、雲南、貴州。各司分掌其分省刑名案件，有的司兼管一些其他事務。各省刑名案件的題谘到刑部後，各司複核原審，具稿呈堂，以定準駁。由於刑部之權的運用極為重要和關鍵，所以，刑部用人是最謹慎的。
工部是管理全國各種工程事務的機構。凡土木、水利、製作等工程的籌劃、施工、管理、經費都由工部負責。下設營繕、虞衡、都水、屯田四個清吏司，以及節慎庫(負責工程經費的收支)、料估所(負責各項工程所用工料的預算與核算)。營繕清吏司負責各項營繕工程，包括盛京和各省的祠廟、宮殿、衙署、城垣、倉庫、營房等工程的估修和核銷，並負責征收“工關”木稅和葦稅。虞衡清吏司負責製造和收發各種官用器物，核銷各地軍火、軍裝等物品開支，還掌管全國度量衡。都水清吏司負責河道、溝渠、水利、道路、橋梁等修防工程及造船事務。屯田清吏司主要掌管陵寢工程，其名稱係沿明製而職掌不同，因此，名實不符。
都察院掌監察，負責整肅綱紀，糾劾百官、控製言論，充當皇帝的耳目。因它也參與處理重大刑事案件，故與刑部、大理寺合稱“三法司”。
理藩院原名為蒙古衙門，崇德三年改為理藩院，主要掌管內外蒙古及青海、新疆、西藏等地區少數民族事務。主要管理有關政令、朝貢、封爵、刑罰等，還掌管部分外交事務。關於外交事務，與禮部的分工是東南海路來的禮部負責，西北方陸路來的由理藩院負責，與俄國外事往來和交涉歸理藩院辦理。下設旗籍、王會、典屬、柔遠、徠遠、理刑六個清吏司。理藩院的設置，說明了清朝對邊疆地區少數民族事務的重視，而且有利於加強和鞏固多民族國家的統一。
八衙門之外，中央機構還有一些單位或部門。大理寺，掌平反刑獄，可參與九卿議大政事。通政使司，掌各省題本，校閱後送內閣，並參與九卿議大政事。翰林院，儲備人才之所，設官有掌院學士、侍讀學士、侍講學士、修撰、編修、檢討、庶吉士等。掌院學士掌修國史筆翰之事，並備顧問。侍讀學士以下掌撰文章。國子監，最高的教育機關。欽天監，觀察天象，製定曆法的機構。宗人府，掌皇族政令及皇族家譜修撰的機構。內務府，管理皇家事務的總機構。詹事府，專為皇帝或皇子服務的機構。太常寺，管理壇廟祭祀的機構。光祿寺，掌典禮祭祀宴席供應之政令。太仆寺，掌牧馬之政令。鴻臚寺，掌朝會賓客“讚相禮儀”的機構。太醫院，研究和供應醫藥的機構。
上述中央機構，大都是沿用明朝的設置。清朝的中樞機構除了這些常規的部門外，還有頗具本朝特色的機構，那就是它從關外帶來的“議政王大臣會議”、康熙年間設立的“南書房”、雍正時期設立的“軍機處”。
議政王大臣會議
議政王大臣會議，是議政王和議政大臣集議諸事的一種議政形式，在清朝前期相當長的時間裏，是在皇帝統帥下議處軍國大政的最高權力機關。“議政王大臣”之名正式出現於崇德元年（1636年）以後，但滿族上層貴族與議國政的製度，卻早在清太祖努爾哈赤建立後金汗國之初即已形成。當時滿族處於奴隸製向封建製轉變之際，尚存有濃厚的奴隸主貴族軍事民主的習俗。後金的軍國大事，都由諸貝勒等人共議裁決。諸貝勒大都是努爾哈赤的子侄等宗室貴族。明萬曆四十三年（1615年）努爾哈赤創建八旗製度之後，又置議政大臣五人，理事大臣十人，與諸貝勒每五日朝集一次，協議國政。天命六年（1621年）二月，努爾哈赤命四大和碩貝勒按月分值，國中一切機務，俱令值月貝勒掌握。天命七年三月，努爾哈赤又諭令八旗旗主貝勒共議國政。至天聰年間（1627-1636年），除宗室貴族中被封為貝勒者充當議政的成員外，八旗固山額莫（見都統）也兼充議政。至此，在天命及天聰年間，這種由宗室貴族及八旗中的五大臣、固山額真等組成的議政製度，雖無議政王大臣會議之名，實際上是議政王大臣會議製度的早期形態。
崇德元年，皇太極正式稱帝，改國號為清。將原來的旗主貝勒全部封王，並令除八旗固山額真繼續兼議政大臣外，每旗另設議政大臣三員，在清代曆史上正式出現了“議政大臣”的職名。此後，清王朝宗室貴族中的王與八旗固山額真、議政大臣共同議政的形式，即稱為“議政王大臣會議”。因參與議政的宗室貴族除親王、郡王以外，還有貝勒等人，故又稱“議政王、貝勒、大臣會議”。會議的成員雖由上層貴族及八旗大臣所組成，但不是所有上層貴族、大臣都可以出席。“議政”是一種正式的職銜，代表著一定的權力和地位，必須經過皇帝的任命。同樣，在必要時，皇帝也可以撤銷某一貴族及大臣的“議政”資格。
1-2清朝的議政大臣
清王朝統一全國後，議政王大臣會議的成員有較多的增加，貴族中除親王、郡王、貝勒參加者政外，貝子及公一級也有參加議政的。議政大臣除滿洲八旗的固山額真和大臣外，蒙古八旗（見八旗製度）的固山額真及六部滿、蒙尚書也列為議政大臣。其他如皇帝的侍從官員--內大臣、侍衛，以及王、貝勒府中的長史、旗下閑散等，也有被列為議政者。漢軍八旗的大臣如範文程、寧完我等人也曾一度參與議政。當時在內廷還專設“議政處”，作為議政王大臣的辦公處所。當時議政王大臣會議的職掌主要有兩個：一是軍務，凡有軍事行動，必須先經過議政王大臣會議議定後才能實施；二是審理滿洲王公大臣刑案。進入北京後，議政王大臣會議的職權有所擴大。
多爾袞在攝政時期，充分利用議政王大臣會議來打擊反對派，懲治與己不和的王公大臣。順治親政後，議政王大臣會議進入新的階段，成員增加了，議題廣泛，權限很大。所議處的內容主要包括：審斷重大案件；議處宗室王公、滿洲大臣爵位的承襲晉封；商議軍務，討論對策，給敗將以處治；複議死囚情罪；討論和修改法令；議處蒙古、藏等少數民族問題；懲治瀆職大臣；議定典章製度，改革完善行政製度、皇族內部重要事務。這期間，議政王大臣會議對擴大、鞏固清皇朝的統治，維護滿族貴族的利益，加強皇帝的權力，起了很大的作用。順治後期，議政的宗室王公顯著減少。康熙年間，議政王大臣會議除一般事務外，主要議處用兵、民族關係、邊界和重大案件四方麵的問題。由於南書房的設立和康熙對入值書房大臣的倚重，議政王大臣會議的地位和影響，受到相當的限製和削弱。
雍正初年，雍正帝利用議政王大臣會議來懲治反對派和威脅皇權的大臣。軍機處設立後，議政王大臣會議的職能受到更大的削弱，一般不讓議政王大臣經理政務。乾隆前期，議政王大臣會議隻進行一些象征性的活動，逐漸名存實亡，“議政大臣”成為虛銜。乾隆五十六年，乾隆下諭正式廢除。議政王大臣會議終於在存在一百五十多年後壽終正寢。由議政王大臣會議的產生、發展、廢除的過程可知，它是帶有清朝自身特色的一個機構，它的成員都是滿洲貴族，其地位在內閣、六部之上，漢人不得參與其活動。
設立南書房
南書房是康熙皇帝為了加強皇權所設置的一個機構。議政王大臣會議與皇權多少還是有矛盾的。因為參加議政王大臣會議的滿洲王公貴族，地位很高，擁有一定的權力，皇帝有時不得不尊重他們的意見，盡管不完全讚同。為了擴大皇權，康熙十六年(1677年)十月，康熙在皇宮乾清門右階下設置了南書房，從翰林中挑選才學和品德兼優的“詞臣”到南書房上班，他們被稱作“南書房行走”。他們的職責除陪伴皇帝填詞賦詩、寫字作畫外，還根據皇帝的旨意起草詔令，“撰述諭旨”，取代了內閣與大學士的部分職權。
由於南書房“非崇班貴檁、上所親信者不得入”，所以它完全是由皇帝嚴密控製的一個核心機要機構，隨時承旨出詔行令，這使南書房“權勢日崇”。南書房地位的提高，是康熙帝削弱議政王大臣會議權力，同時將外朝內閣的某些職能移歸內廷，實施高度集權的重要步驟。康熙帝親政以後，朝廷的權力一則受議政王大臣會議的限製，國家大事需經過議政王大臣會議，而這些滿洲王公貴族地位較高，有時與皇帝意見發生矛盾，皇帝也不得不收回成命；二則內閣在名義上仍是國家最高政務機構，控製著外朝的權力，康熙帝為了把國家大權嚴密地控製在自己手中，決定以南書房為核心，逐步形成權力中心。
1-3南書房
雍正朝自軍機處建立後，軍機大事均歸軍機處辦理，南書房官員不再參與機務，其地位有所下降。但由於入值者常能覲見皇帝，因此仍具有一定地位。南書房亦被長期保留，直至光緒二十四年（1898年）撤銷。因接近皇帝，對於皇帝的決策，特別是大臣的升黜有一定影響力。所以，入值者位雖不顯但卻備受敬重。雍正朝成立軍機處後，撰擬諭旨為軍機大臣等專職，南書房雖仍為翰林入值之所，但已不參與政務。在當時，人們都把南書房看作是重要之地，更以能被選拔到這裏工作為榮。中國第一曆史檔案館藏有《南書房記注》，是迄今發現的為數極少的南書房檔案。
南書房的建立，是康熙將外朝權力轉向內廷的一次成功嚐試，為雍正建立軍機處積累了經驗。
成立軍機處
軍機處始建於雍正朝中期，是為集中軍政大權，便於處理西北軍務設立的，但是軍機處的出現並非偶然。縱觀曆史，它實際是中國封建專製製度不斷發展的結果，是清初滿族統治者由貴族分權向中央集權不斷演變的產物。由於軍機處的建立，加強了雍正的統治，因而為迅速穩定社會秩序，恢複經濟繁榮，奠定了良好的基礎。
清朝初年，沿襲滿洲貴族議事的舊製，設議政王大臣會議，決定軍國大事。康熙初年，四大臣輔政，滿洲、蒙古都統俱為議政大臣，六部滿人尚書也參與會議，議政王大臣會議較前擴大。康熙帝親政後，為了加強君主專製，在宮內設置南書房，這個機要班子的設立，實際上削弱了議政王大臣會議和內閣的權限，許多重大政務不再交付議政王大臣會議討論，許多重要的諭旨也不再交付內閣草擬。雍正帝登基後，為了進一步把權力集中在皇帝手中，在宮內設立了軍機處。軍機處取代了內閣、駕空了議政處，是由皇帝直接控製的首要樞廷，是輔助皇帝行使強權的有力工具，為政令的通暢順利執行提供了有力的保障。
關於軍機處的成立時間，史料上眾說紛紜，但它始於西北用兵之際是可以肯定的，確切時間當在雍正七年（1729年）對準噶爾策妄阿拉布坦用兵之時，由於議政王大臣都是世襲的貴族，沒有實際經驗，早已不熟悉軍國大事；又由於內閣在太和門外，離街市近，人員多，往返遞奏本章容易泄漏機密。所以，雍正帝下令把內閣中三四品以上人品端正、才思敏捷的大學士，由太和門外的內閣，調到隆宗門外(後又遷入隆宗門內靠北、乾清門外靠西的地方)來親承旨意，擬發諭旨。雍正七年（1729年）二月，雍正帝公開向朝臣宣布對西北用兵。六月，為辦理軍需，特派怡親王允祥、張廷玉、蔣廷錫主持其事，並為此發布上諭：“兩路軍機，朕籌算者久矣。其軍需一應事宜，交與怡親王、大學士張廷玉、蔣廷錫密為辦理，開始正式建立軍機房。雍正八年（1730年），改名”辦理軍機事務處“，也即軍機處。
1-4清朝軍機處
軍機處的地點，最初設在乾清門外，後來遷往門內，離雍正帝寢宮養心殿很近。據載，軍機處初創時隻有幾間簡陋的木板房，乾隆初才改建為瓦房，但比起旁邊那些高大的殿閣，仍顯得很矮小，內部設置也很簡單。由於當初軍機處設置簡陋，在很長一段時間裏，沒有人認為它是一個正式衙門。
由於北京比較炎熱，康熙和雍正都喜歡到郊區去住。康熙帝長住暢春園，而雍正帝則長住圓明園。皇帝既然在這裏，那麽他的心腹軍機大臣自然得影隨，海澱軍機處就這樣誕生了。
軍機處的官職並不多，僅設軍機大臣、軍機章京兩種職官。軍機大臣開始稱”辦理軍機大臣“，後來又改為”軍機處大臣上行走“、”軍機大臣上學習行走“，簡稱”軍機大臣“，俗稱”大軍機“，雅稱”樞臣“。軍機大臣是由皇帝從內閣大學士、尚書、侍郎等官員中特旨挑選，或由軍機章京升任，也可由滿洲皇室親王選任，其名額沒有定數，人數的多少由皇帝一人決定。
從《清史稿·軍機大臣年表》看，軍機大臣最初設了三人，即怡親王允祥、大學士張廷玉、蔣廷錫，後來逐漸增加，最多時達十一人。他們之間沒有隸屬關係，各自辦理皇帝交辦的機要事務，分別對皇帝一人負責。軍機大臣能文能武，出將入相，既能熟悉部院事務，了解地方情況，又能指揮作戰，具有軍事經驗。如鄂爾泰出身進士，先後任佐領、廣西巡撫、雲貴廣西三省總督，雍正十年（1732年）任保和殿大學士、兵部尚書，進為軍機大臣。
軍機章京(滿語，意為”官“)是軍機大臣的下屬，俗稱”小軍機“，與”大軍機“相對。軍機章京也沒有定員，由內閣、翰林院、六部、理藩院、議政處等衙署中的中下級官員選任，負責公文收發及滿、漢、蒙古多種文字的翻譯等日常事務。
軍機處的官員沒有編製，簡放任免都在原單位，人數也視需要而定。軍機處要員能否入選，關鍵是看他們與皇帝的私人關係好壞。當時雍正帝最器重、最信任的軍機大臣除了與之關係密切的怡親王允祥外，還有大學士張廷玉、鄂爾泰、鑾儀使納親等，皇帝巡幸、謁陵、駐園時這些人無不跟隨其後。可見，雍正帝幾乎把軍機處看成了自己的一件隨身物件，走到哪裏便帶到哪裏，說明軍機處在雍正帝心裏是十分重要的。
軍機處創建之初，既沒有正式衙門，也沒有印信。雍正十年（1732年）春天，雍正帝命大學士等議定軍機處印信，大學士等擬議印文為”辦理軍機印信“，經雍正帝批準，交禮部鑄造銀印。該印由內奏處保管，印匙則由領班軍機大臣隨身攜帶。另外還打製了鐫有”軍機處“三字的金牌，由值日章京佩帶。須用軍機處印信時，由值日章京憑金牌到內奏處領取印信，隨後，憑金牌向領班軍機大臣索取印匙，並在數人的監督下，才打開印匣取出印信。印信用完後，金牌要交給值班章京，印匙歸還領班軍機大臣，印信則要重新歸還內奏處。這一規章製度顯得有些繁瑣，但它的確是一套嚴密的管理模式。為了達到保密的目的，雍正帝著實下了一番工夫。
清朝的中樞機構，除了議政王大臣會議全是滿洲人，軍機處、內閣、六部等都是滿漢複職。但滿族官員處於掌握實權的核心地位，而且滿族貴族還監視漢族官員。通過這樣的統治機製和人事安排，康、雍、乾三代皇帝實現了”乾綱獨攬“。
地方行政組織
清初的地方行政組織也沿襲了明朝，實行分級而治的製度。《大清會典》記載：“總督、巡撫分其治於布政司，按察司，於分守、分巡道。司道分其治於府，於直隸州。府分其治於廳、州、縣；直隸廳、直隸州複分其治於縣。而治其吏、戶、禮、兵、刑、工之事。佐貳而下皆任其彈壓。”這就是說，地方的最高行政當局是總督和巡撫，其次是布政司和按察司以及分守、分巡道，再下麵是府、直隸廳和直隸州，基層政權是散廳、散州和縣。
總督為省級的最高長官，全稱為總督某某省等處地方提督軍務、糧餉，或兼巡撫事。清朝一共建立了二十三個省，其中內地十八省為沿襲舊製或以舊製為基礎，其餘在邊境並為清末所置。這些省是：直隸、奉天、吉林、黑龍江、江蘇、安徽、山西、山東、河南、陝西、甘肅、浙江、江西、湖北、湖南、四川、福建、台灣、新疆、廣東、廣西、雲南、貴州。其中奉天、吉林、黑龍江、新疆、台灣為後設。總督之下設巡撫，其全稱為巡撫某省等處地方提督軍務兼理糧餉，或節製各鎮，職權很廣泛。有的加侍郎銜，為正二品，否則為從二品。巡撫基本上是管一省，也側重於軍事，但比總督管民政更多，為總管一省軍事、行政、監察及教育在內的高級長官。清朝所設巡撫共二十一人，其中由總督兼的有奉天、直隸等八人，單獨設的有江蘇、安徽等十三人。山東、山西等五省巡撫皆兼提督銜，貴州巡撫兼節製兵馬銜。
府是省之下的一級地方行政機構。知府為一府長官，從四品，掌總領屬縣，宣布條教，興利除害，決訟檢好。三年一考屬吏，具其優劣上報。一切要政皆需通過督、撫允準才能實施。清朝以知府“為承上接下要職”，故嚴諭督、撫對其考核。同知正五品，通判正六品，協助知府，分掌糧鹽督捕，江防海防，河工水利，清軍理事，撫綏民眾諸職。屬官有經曆、知事、照磨、司獄等。
在府之外，同時還有直隸廳、州和一般廳、州。凡統治地方人多並直隸於布政使司的為直隸廳、州，地位與府大致相同。廳設官同知正五品，通判正六品，州設官知州正五品，州同從六品，州判從七品。清朝在全國設有直隸廳四十一個，直隸州七十三個。其外的廳、州，稱為散廳、州，地位略同於縣。到清末，全國已設散廳七十八個，散州一百四十五個。散廳、州設官與直隸廳、州相同，而品級差一等。散廳、州屬府管轄，個別的隸於將軍或道員。
縣是地方基層政權機構。清末全國設1358個縣。每縣設官為知縣一人，正七品，縣丞正八品一人，主簿正九品，無定員。知縣掌一縣治理，主要是決訟斷辟，勸農賑貧，勸農賑貧，討猾除奸，興養立教。縣丞、主簿分掌糧馬、征稅、戶籍、緝捕諸職。典史掌稽檢獄囚。
此外，清代還有相當於省一級的特別行政區，分別在東三省、蒙古、新疆、青海和西藏等地，設專門的轄區，采取和內地不同的行政管理辦法。在蒙古地區實行盟、旗製度。旗，是中央政權領導下的基本行政單位。在維族地區，設總理回務劄薩克郡王一人，治理該部政務，又設協理圖撒拉克齊二人以佐之。清朝在新疆還派駐了伊犁將軍，掌天山南北最高軍政大權，下設參讚大臣一人輔之。在西藏，達賴（駐拉薩）和班禪（駐紮什倫布）掌政令，行教化，同為政教僧俗領袖，但他們“並受成於駐藏大臣”。清朝遷都北京後，在舊都盛京設內大臣一人，副都統二人。在雲南、貴州、廣西、四川等西南各省的一些少數民族區，清初仍沿襲明代土司製度，有宣慰、宣撫、招討、安撫、長官諸司，亦有土府、土州、土縣的設置。雍正後，清政府陸續將土官改設流官，進一步加強了對西南少數民族地區的直接統治。