以“彌勒降生”、“明王出世”號召群眾的白蓮教，在元、明、清三代均被視為異端，而加以取締。
順治十三年（1656年）十一月初七，清帝諭禮部：“儒、釋、道三教並垂，皆使人為善去惡，反邪歸正，遵王化而免禍患。此外乃有左道惑眾，如無為、白蓮、聞香等教名色，邀集結黨，夜聚曉散，小者貪圖財利，恣為**，大者招納亡命，陰一謀不軋”。“向來屢行禁飭，不意餘風未殄”，“若不立法嚴禁，必為治道大蠹”。“爾部大揭榜式，今後再有踵行邪教，仍前聚會燒香、斂錢號佛等事，在京著五城禦史及該地方官，在外著督、撫、按、道有司等官，設法緝拿，窮究奸狀，於定律外加等治罪。”①
查辦邪教，官逼民反。
清朝廷在平定清水教王倫起事後，對秘密宗教進行更為嚴厲的鎮壓。乾隆四十年（1775年），河南巡撫徐績（王倫起事時為山東巡撫）破獲混元教（白蓮教一支），處死十四人，發邊充軍者三十一人。在被發配的教徒中，有一人名喚劉鬆，他在發配地甘肅與前來探望的徒弟劉之協“商複舊教”，將混元教改名為三陽教（乾隆五十三年）。劉之協在原籍安徽以及湖北等地廣為傳教，並將從教徒處斂得的根基錢送往劉鬆處收藏。
乾隆五十九年（1794年）劉鬆在發配所傳教案發，劉之協及其所傳徒弟宋之清、齊林等均在被通緝之列。劉之協因一起竊案牽連，前往河南扶溝②，得到被通緝的消息後，立即潛逃。
為了抓獲劉之協，地方官株連無辜，“胥役衙書四處滋擾，閭閻無賴借事吹求”③。“因查辦教匪，竟將轎頭作教頭，連逮數百人”④，甚至以查辦教頭“嚇詐富家無算，赤貧者按名取結，納錢釋放；少得供據，立與慘刑，至以鐵釘釘人壁上，或鐵捶排擊多人；情介疑似，則解省城，每船載一二百人，饑寒就斃，浮屍於江；歿獄中者，亦無棺斂。聶傑人號首富，屢索不厭，村黨連結拒捕”⑤，“以致人心逼反變生意外”⑥。
楚、川、陝三省並起。
麵對血腥的鎮壓，白蓮教首領決定在辰年、辰月、辰日（嘉慶元年為丙辰年，三月為辰月，初十為辰日）發動起義。湖北荊州一帶為準備起義，製造刀槍，屯積糧食，縫製衣帽，被當地政府覺察，隻得在首領張正謨的率領下在嘉慶元年（1796年）正月初七，據守灌腦灣，以三百多杆鳥槍、六個栗木炮、幾百枝弩箭（箭頭都抹了毒藥）同前來搜捕的清軍對抗。“進山的道路都埋了火彈地雷，四路紮了石卡，卡上都有滾木擂石，地下挖有土坑”⑦。參加起義的群眾二萬餘人⑧，“頭上帶白布號帽，身上帶有黃綾符”⑨。富戶聶傑人因不堪胥吏敲詐而與張正謨共同舉事。
張正謨、聶傑人倡議之後，湖北紛紛響應，“荊門則有熊道成、陳德本破當陽縣，跨其城池；南則有楊子敖起來陽，譚貴起旗鼓寨；鄖陽則有曾士興、曹海陽起竹山，破竹山、保康；漢陽則有楚金貴、魯惟誌起孝感；宜昌則有林之華、覃起耀起長陽”⑩。
該年九月，四川東鄉、巴州及川東、川北各地亦相繼舉兵，“徐添德與弟添壽、王登廷、張泳、趙麻花起達州；王三槐、冷天祿與張子聰、庹向瑤、符日明起東鄉，破東鄉；羅其清、苟文明、鮮大川起巴州；通江則有冉文儔、冉添元諸賊;太平則有龍紹周、唐大位、王國賢等”，“大股數千人；小股千餘人，下者亦數百人”，“擾四川”。同年十一月，陝西白蓮教揭竿而起，“馮得仕踞安康之將軍山；翁祿玉、林開泰起米溪；王可秀、成自智起安嶺；胡知和、廖明萬、李九萬起汝河、洞河”，於是三省白蓮教並起。
王聰兒、姚之富轉戰楚、川、陝。
王聰兒，又稱齊王氏，世稱“齊二寡婦”，襄陽人。“襄陽縣總差役齊林娶為第四妾，居黃龍擋”。齊林係劉之協之徒宋之清的弟子。宋之清原為三陽教徒，後因“徒眾日多”，另立西天大乘教，其教義與三陽教無異。乾隆五十九年，劉鬆教案發，宋之清、齊林均被逮殺，同時被殺者，“凡一百餘人，懸齊林首於小北門”。“齊林之徒劉啟榮、王廷詔、張漢潮、高均德、曾大壽、樊學明之子樊人傑及張添倫、王光祖、姚之富謀為齊林發喪複仇”，“遂以齊林妾齊王氏為主而統屬焉”。
嘉慶元年二月初二，王聰兒、姚之富等“聚萬人，屯黃龍擋”，揭竿為變，“三月攻襄陽城不克，焚掠樊城而去”。
王聰兒、姚之富部紀律嚴明，在所發布的告示中要求：“經管頭目，務須嚴加管約弟子，毋許一人滋事”；“弟子住劄營房，各歸各營，毋許亂營混雜”，“毋許酗酒撒潑，偷竊物件”；“出陣鬥勇務須奮勉踴躍，爭先上前，毋許一人退後”；“遇有婦女，毋許**，違者立斬”。
該部堅持流動作戰，避敵鋒芒，姚之富叮囑部下：“斷莫與官兵接仗，遇見時即四散奔走，總要官兵不知我們出沒才好”。“俟官兵追逐疲乏之時，再拚死上前抗拒，若敵不住，再逃不遲。”嘉慶二年（1797年）正月，王聰兒、姚之富將所部分為三路，進入河南，襲南陽，攻嵩縣，相繼在裕州煤炭坡擊敗清軍。該部流動範圍從一省擴至楚、豫、陝三省，在行進中“不整隊，不迎戰，不走平原，唯數百為群，忽合忽分，忽南忽北”，以牽製清軍之勢。而“陝、楚接壤一帶大山，素習邪教之人，處處皆有”，此次各股義軍“過鄖西、商南、商州一帶，隨入逆夥者不下數千”。“山陽縣屬，山僻村莊，邪教尤多，竟有自焚其屋隨去者”，難怪清朝廷將領發出“賊愈殺而愈多”、“兵日添而日少”的驚歎。同年五月，三路軍會師於鎮安，在表帶鋪大敗清軍，擊斃護軍統領阿爾薩瑚，旋又在王家坪設伏，重創尾隨而至的清軍。六月，王聰兒、姚之富率部強渡漢水後，兵分三路入川，穿越大巴山，抵達通江、達州，在東鄉與四川義軍會師，“延亙三十餘裏”。
王聰兒、姚之富有與四川義軍合並之意，但卻遭到四川方麵的拒絕，王三槐說：“我們四川地方犯不著叫他們湖北的人糟踏”，致使川、楚義軍彼此防範，不能團結對敵。兼之川東人煙稀少，糧食供應困難，王聰兒、姚之富決定率主力返湖北，留李全、樊人傑等在四川轉戰。
嘉慶二年八月，王聰兒、姚之富所部二萬人由興山北上，再攻襄陽。清朝廷“詔發吉林、黑龍江索倫兵三千，令侍衛惠倫、都統阿哈保以木蘭進哨兵百餘為先鋒，並解察哈爾馬八千匹赴河南、湖北”。九月，義軍在關廟河殲滅副都統豐紳所部二千清軍，又在鄖縣草甸設伏，擊斃護軍統領、禦前侍衛惠倫。但義軍攻取襄陽的計劃，卻因清軍防守嚴密未得實現，王聰兒、姚之富等遂率軍西入陝西，與從四川北上的李全、樊人傑部在興安會師。
為了對付義軍分股流動作戰，清統治者責成參加圍剿的將領“各辦各賊”，“其各自為戰”，令宜綿對付王三槐、徐天德、羅其清、冉文儔部義軍；令額勒登保對付覃加耀部；令惠齡、恒瑞、慶成對付李全、樊人傑部；令德楞泰、明亮等追剿王聰兒，姚之富，而且“勁兵健馬，俱在明亮、德楞泰一路”。
為了打破清軍以重兵圍剿的局麵，王聰兒、姚之富兵分四路出擊：以王聰兒、姚之富為一路；以王廷詔、高均德為一路；以李全、樊人傑為一路；以張漢潮、劉永泰為一路。嘉慶三年初（1798年），王聰兒、姚之富進抵漢中東部，吸引清軍，高均德率一支褊師強渡漢水後穿越秦嶺，直逼西安，“全陝震動”。明亮“遂舍齊王氏，率大兵八千馳赴漢中”。王聰兒、姚之富乘機從西鄉奔石泉，在黑石頭渡漢水。該年三月，王聰兒等與高均德等會師，奔鎮安、山陽、商州。李全、王廷詔等則從城固北上，出寶雞、岐山，攻郡縣、周至。
青花福壽纏枝蓮紋扁瓶王聰兒、姚之富一路被清朝廷視為“賊中首逆”，清軍集中優勢兵力追剿。該部義軍入陝後一直被圍追堵截，在山陽縣的石河、寬坪一帶接連被圍，退至湖北鄖西的三岔河。三岔河兩旁俱是高山峻嶺，義軍“從溝口竄出大路”，鄖西知縣孔繼擀率鄉勇數千堵住溝口，前有鄉勇堵截，後有清軍追擊，義軍隻能攀上山梁，“奔突衝口”，衝擊多時仍不得突圍。王聰兒、姚之富部八九千人被困在左右兩個山梁上。清軍得知王聰兒、姚之富被困在名為卸花坡的左邊山梁上，便集中全力攻擊。王聰兒、姚之富在突圍無望的情況下，跳崖身死。
但張漢潮、高均德、王廷詔、樊人傑等依舊率部眾轉戰川、楚、陝。嘉慶四年（1799年），張漢潮在陝西陣亡，高均德在四川被殲；一年後齊國謨（齊林之侄）在儀隴戰死；嘉慶六年（1801年），王廷詔在川陝交界的鞍子溝兵敗被殺。直至嘉慶七年（1802年）樊人傑在竹山被殲，黃龍擋起事的義軍才被徹底消滅。
羅其清拒守大鵬山。
嘉慶元年十二月，羅其清、苟文明等在方家坪起義，這支義軍“占據大神山，連營數十裏”。嘉慶三年七月，清軍大舉進攻，羅其清等率部轉移到營山縣的箕山，適值湖北義軍王廷詔、高均德等率部至。兩支義軍在箕山“排柵三層山後寨卡林立”，湖北義軍“左右立寨依之”，無懈可擊。該年九月，清軍誘羅其清等率部下山，羅其清中計戰敗。湖北義軍北上，清軍分兵追擊北上的義軍。羅其清乘機派兵六千攻打營山縣，襲清軍後路，徐天德部則東扼清軍渠縣餉道，奪取清兵糧草。羅其清旋即將營地移至大鵬山紮營。
大鵬山“寬廣一百餘裏，半屬懸崖”，山後“懸削數十餘丈”，山前“各隘皆壘石嚴守”，山寨周圍分立卡隘，寨內屯積糧食。同年十一月，清軍兵分四路圍困大鵬寨，縱火焚寨。經過一個多月的激戰，清軍從南麵、西麵突破山寨防線，羅其清率部從大鵬山撤離，退守虛空寨，再次被圍，在向方家坪突圍的過程中羅其清被俘就義。
冉文儔、冉天元血戰四川。
冉文儔及其侄冉天元、冉天泗等在王家寨起義後，一直活動在川北一帶，一度曾與羅其清據守大神山。大神山失守後，冉文儔等率部投奔已在箕山紮營的羅其清，羅其清卻“不許上山”，冉文儔等隻得“退據通江，在地勢險峻的脂麻壩建造工事，分築寨門，外設木城三座”。嘉慶三年臘月三十，清軍逼近通江營寨，雙方展開激戰，義軍擊斃清守備何勝華等人，冉文儔在率部突圍時，受傷被俘，旋即犧牲。
冉文儔死後，其部眾由冉天元等指揮。嘉慶四年七月，冉天元與王登廷等轉戰東鄉、大竹、鄰水、長壽一帶，襲擾清軍運輸線，一改冉文儔拒險避戰的做法，聲勢大震。該年年底，冉天元率部向川西挺進，屯兵蒼溪。經略額勒登保集中優勢兵力，包圍蒼溪。額勒登保令參將楊遇春、穆克登布從左右兩翼合圍攻擊。冉天元率部自山巔往下衝，直壓穆克登布後帳，同時派軍攻擊額勒登保的指揮營，彼此“短兵格戰”，義軍擊斃副將以下軍官二十四名，“諸帥遠卻，遇春亦退”，入夜之後，義軍點燃草團，四麵出擊，清軍不支，隻得從蒼溪敗逃。冉天元遂率部向巴州方向轉移。
嘉慶五年初（1800年），冉天元經定遠縣的石板沱渡嘉陵江進入川西，與東鄉義軍、達州義軍會師。由於在深山老林中流民的大量加入，義軍從數千增至數萬。冉天元率眾攻蓬溪，行至高院場與前來堵截的清軍遭遇，陣斬清總兵朱射鬥。為接應進入甘肅的義軍，冉天元率部北上梓植、劍州（今劍閣）。清軍德楞泰部自陝西回師，駐紮廣兀，阻截義軍北上，雙方在自家壩遭遇。義軍且戰且退，將清軍引至主力所埋伏的新店子。義軍“占據九座山包，排列整齊”，清軍進入埋伏後被“三麵環繞”，“刀矛交錯，鏖戰兩時之久”，清軍“箭支射盡，持刀砍殺”，直至天黑才得突圍。
清軍突圍後，很快得到增援，兵分四路向冉天元部發起攻擊：賽衝阿等攻包家溝；阿哈保攻火石埡；溫春攻龍子觀；德楞泰攻馬蹄岡。德楞泰在馬蹄岡陷入埋伏，冉天元與德楞泰短兵相接，德楞泰率親兵數人，下馬占據山巔，冉天元率眾登山仰攻，在此關鍵時刻，當地地主團練頭目羅思舉率鄉勇增援德楞泰，“急令兵多拾雹石”，縱亂石雨擊，冉天元因坐騎中箭，跌入山澗，被俘遇害。
馬蹄岡之戰後，該部義軍尚有萬餘，自劍州南下，轉戰川西及西充、鹽亭、閬中一帶，後又北上甘肅與階州、岷州義軍會合。
王三槐、冷天祿的興衰。
王三槐，東鄉人，“向來學習巫師，與人禳災治病”，乾隆五十七年，拜冷天祿為師，“學習靈文經咒”。嘉慶元年二月，因被堂兄弟王元伯誣為白蓮教，“逃往後河吳魁家躲藏”，王三槐母、妻均被抓拿。遂在嘉慶元年九月，“約會同夥七百多人。在本地蓮池溝起事”。
王三槐、冷天祿被清朝廷視為“川匪最悍者”，彼等所居“川東數州縣，皆界連漢南大小巴山，袤延千餘裏”。嘉慶三年初，王三槐、冷天祿等與清軍大戰於雲陽、開縣之間，斷清軍糧道，致使清軍“缺餉兩月，鄉勇四散”。緊接著又在梓撞廟、九龍山、鐵索橋、金盆池一帶接連大敗清軍。
王三槐經不住清朝廷招降的**，嘉慶三年八月，去清軍大營談判招撫事，被逮，解京處死。但東鄉義軍仍在冷天祿的指揮下，在安樂坪與清軍對抗。該年十一月，清軍包圍安樂坪，因寨中糧、鹽將盡，冷天祿詐稱請降，以麻痹清軍，乘夜突圍。直至冷天祿在穆克登布、楊遇春的遭遇戰中，“斃於箭”，東鄉義軍一直出沒於巴山蜀水。
在低潮中轉戰。
白蓮教起義後，清統治者號召地方官吏組織團練、鄉勇配合清軍作戰，又在追剿義軍的過程中實行“堅壁清野”，“並小村入大村，移平處就險處，深溝高壘，積穀繕兵，移百姓所有積聚，實於其中。賊未至則力農、貿易，各安其生；賊既至則閉柵登陴，相與為守，民有所恃而無恐，自不至於逃亡”。使得“據險之賊，不能下山掠食”，“坐困月餘，積糧既竭，終亦歸於死亡逃散而已”。自嘉慶六年（1801年）下半年，義軍被局限在川、楚、陝交界處轉戰。“自陝入川，由川折陝，皆在沿邊一帶萬山之中，冰雪之間，非老林不走，非極險不屯，所竄之路，多係羊腸鳥道”。
在這種極為艱難的流動作戰中，一支支義軍相繼陷入失敗：
嘉慶六年初，王廷詔在川陝邊界的鞍子溝戰敗被俘，“檻送京師”；該年四月，義軍首領馬學禮、高天得在大寧二郎壩被俘；同年八月義軍首領冉天泗、王世虎在簡池壩被殺。
嘉慶七年（1802年）六月，樊人傑部在湖北房山縣戰敗，撤退時誤入馬鹿坪絕地，該地峰高路險，前有大溪擋路，後有清軍追擊，該部義軍（包括婦孺）五百餘人全部跳入湍流的溪中，“俱行淹沒”，樊人傑與三個企圖生擒他的清兵“扭在一處，溜至急湍處所，均為巨浪搏擊下灘，杳無蹤影”該年七月，苟文明在寧陝廳花石岩被圍，無法突圍，跳崖身亡。
嘉慶八年（1803年）三月，馮天保等數十人在與清軍交戰中歿於陣。
嘉慶九年（1804年）九月，苟文潤所率領的最後一支義軍被擊潰，苟文潤、苟朝九等被俘遇害。
曆時九年的白蓮教起義，被清軍平定，清朝廷為此付出沉重的代價：
靡餉二億兩；
出動軍隊“共計十一萬七千六百六十二名”；
動用戰馬“共四萬二千五百六十三匹外，尚有各省購買者”；
轉運糧食，截止嘉慶七年“陝、湖、川三省動撥米三百四十萬五千六百二十九石有奇；山西協濟穀七百八十石有奇；江西米二千四百石；安徽六萬石；湖南北截留漕米三十三萬五千五百石”。
注釋
①《清世祖實錄》。
②劉之協派劉起榮攜銀二百兩前往甘肅送交劉鬆，行至扶溝因行跡可疑被捕，劉自認行竊，後又翻供，雲銀錢係表兄劉之協令其販貨所給。
③《清仁宗實錄》卷七八。
④高廷瑤：《宦遊紀略》卷上。
⑤《清史稿·穀際岐傳》。
⑥《勘靖教匪述編》。
⑦《軍機處錄副奏折》。
⑧據張正謨口供；“初上山時，計同教家眷並擄來人口共有二萬以外，不習教的約有一半。”（軍機處錄副奏折）
⑨《軍機處錄副奏折》。
⑩周凱：《紀邪匪齊二寡婦之亂》。
石香村居士：《戡靖教匪續編》卷九。
周凱：《紀邪匪齊二寡婦之亂》。
《軍機處錄副奏折》。
《欽定剿平三省邪匪方略》正編，卷三一。
《軍機處錄副奏折》，慶成奏。
《戡靖教匪述編》附錄。
《聖武記》卷九。
《軍機處錄副奏折》，王三槐口供。
《聖武記》卷九。
《欽定剿平三省邪匪方略》正編。卷五九。
《聖武記》卷九。
《戡靖教匪述編》卷四。
《欽定剿平三省邪匪方略》卷八一。
《欽定剿平三省邪匪方略》卷七五。
《戡靖教匪述編》卷四。
清初，湖廣（湖南、湖北）、江西、陝西、廣東等省，無地農民流入四川，學習拳棒，聚居在州、縣交界處所，土語號為“咽嚕”，稱之咽嚕黨。
《軍機處錄副奏折》。
《聖武記》卷九。
龔景瀚：《堅壁清野並招撫議》。
《欽定剿平三省邪匪紀略》續編。
《聖武記》卷一○。
《欽定剿平三省邪匪紀略》。
《戡靖教匪述編》卷一二。