和父兄努爾哈赤與皇太極不同，多爾袞定鼎北京後，他這個攝政大王很少“親征”，基本上都是坐鎮北京，遙控全國各地戰場。
順治在北京登基時，清軍在追擊李自成的過程中，順便占領了山西全境，李自成敗退回陝西老家。
多爾袞率領清軍入主中原， 為拉攏漢人官民，打著的旗號是“複爾君父仇”。你們的明朝皇上叫李自成逼死了，我們大清來幫你們報仇。這一招，極其高超，不光是把黃河以北的漢人官員給忽悠了，連長江兩岸的漢人官民都被感動了。
這時候，在南京，明朝的前都城，冉冉升起一個新的明朝皇帝朱由崧。朱由崧本是福王， 他父親老福王是個大胖子， 明崇禎十三年(1641) ，李自成攻陷洛陽後，老福王被殺。當時，李自成大軍圍城，福王父子在城頭用繩子逃出城外，老福王不幸被抓住了。朱由崧逃往北京這邊，崇禎皇帝讓他世襲了福王封號。李自成又向北京殺來，崇禎皇帝上吊身亡，朱由崧再向江南避難，得到四鎮總兵的擁戴，於五月初一，即位監國。也是在這一天，多爾袞進入北京城，坐上皇宮龍椅，享受了一回假皇帝待遇。
明崇禎十七年(1644)五月十五日， 朱由崧在南京紫禁城登基稱帝，國號繼承大明，史稱“南明” ， 建元弘光。弘光元年(1645) 五月二十二日，弘光帝被自己的將領們劫持，被獻給了清軍。弘光皇帝在位一年。
多爾袞很不喜歡江南又出來個“明朝”，有了大清朝，就不需要明朝了，有了順治皇帝，就不需要弘光皇帝了。按照他的想法，應立刻派兵馬去把南明政權給踏平了。他是這樣想的，也是這樣做的:他派胞兄阿濟格為帥去打擊李自成，胞弟多鐸為帥，去打擊南明。
南明政權的君臣整個是糊塗蛋，根本不懂得多爾袞和清軍的真正意圖，被“複爾君父仇”的假話蒙蔽了。
弘光政權自從建立，君臣們就以“討賊複仇”為宗旨，叫囂“勠力助勳，助予敵愾”， 誓與農民軍為敵。所以， 多爾袞進京後為崇禎皇帝發喪，照樣錄用故明大小官吏之舉，頗受弘光政權的讚同和歡迎，以為這是大清在幫助維護大明朝的家底，過幾天，清軍會撤回關東，會把北京完好地奉還給大明朝。因此，弘光政權認為，引導清軍入關的吳三桂是有功之臣，隻有這樣才能打跑闖賊李自成，於是加封吳三桂為薊國公，賜銀五萬兩、米十萬石。
就連名垂千古的史可法，作為南明的兵部尚書，也試圖聯合清軍共同鎮壓農民軍，以他為首的一批大臣，於六月中旬向弘光帝提出了“聯清討賊”的主張。弘光帝高興地采納其意見，派遣左懋第、陳洪範等人攜帶銀十萬兩、金千兩、緞絹一萬匹為“酬夷之儀”，這是給多爾袞和清軍的，另外還賞給吳三桂銀一萬兩， 緞二千匹， 北上與清廷結盟， 以求“聯虜平寇”。這一行使者於十月十二日到達北京後才知道，大清國的小皇上來北京了，剛剛舉行完登基大典，正向全國頒布詔書，看這意思，清軍是不想回關外了，要賴在北京不挪窩了。在北京的皇帝仿佛是真皇帝，在南京的皇帝倒像是假的了。他們快馬加鞭，飛報南京，南明使臣們以割地、歲納白銀十萬兩等為條件，請求清軍不要南下，仍然建議合夥絞殺闖賊。到了這個時候，南明君臣，仍對李自成恨之入骨，還把大順軍當作敵人，幻想和清軍交朋友。
多爾袞放眼全國:李自成在陝西，張獻忠在四川，南京有弘光帝，加上自己一方的清軍，這比三國還多一國呀。多爾袞想起了父汗努爾哈赤大戰薩爾滸的兵法: “憑爾幾路來，我隻一路去!”當年，後金軍兵馬少，隻好集中兵力，一個一個地吃掉敵人。現在，大清八旗，和漢人這三家大軍一比，仍然是兵馬少，也得這麽辦:一個、一個地吃掉敵人。誰先誰後?多爾袞權衡輕重緩急，張獻忠遠在四川，清軍暫時還夠不著他，那就應該趁南明還糊塗著，集中兵力，先滅掉李自成。李自成已經被打殘了，那就痛打落水狗，打死李自成，再收拾南明和張獻忠。多爾袞審時度勢，利用弘光政權滅“賊”心切的動機，對南明采取了不戰不和的緩兵之計，從而製定了先西取農民軍，後向南攻滅弘光政權的戰略方針，以便於清軍集中主要兵力各個擊破敵對勢力，避免了東西兩麵同時作戰的態勢，從而取得政治上和軍事上的主動地位。多爾袞笑著對南明使臣們說:“大清得天下於‘ 流賊’ ，李自成是我們共同的敵人。”南明使臣們一聽，敵人的敵人就是朋友啊，好，南明和大清是好朋友了。多爾袞高高興興地收下了南明的禮物，快馬飛奔，命令多鐸暫緩南下，折向西去，配合阿濟格一起滅掉李自成。
多爾袞把李自成的大順軍看作最沒有合作可能性的敵人，生怕他們獲得喘息之機，緩過勁兒，卷土重來，窮寇必追殺。多爾袞在山海關命令吳三桂為先鋒，阿濟格帶領清軍殿後，日夜兼程追擊李自成。這命令一直有效，吳三桂在北京城外，想進城看看自己的家怎麽樣了，多爾袞都不同意: “不要停留，追殺李自成要緊，你的家院，我會幫你好好看護。”
兵敗如山倒，李自成一敗塗地，根本停不下來。
四月二十九日，李自成在北京匆匆登基稱帝;三十日，逃出北京。五月初一，多爾袞進北京。五月二日，吳三桂和清軍在慶都（今河北望都縣）追上了大順軍，立馬攻擊。李自成遣輜重先行，以輕兵殿後，對付來勢凶猛的勁敵。就像在山海關大戰一樣，天氣又來幫忙，驟然間狂風大作，塵沙飛揚，李自成的軍旗被暴風折斷，人馬被吹得站不穩，踉蹌倒退，清軍則順風追砍，十分便利。李自成長息哀歎，再次敗走。
多爾袞得報，非常高興，得意地說:“兩戰兩敗之，賊勢益不支，鳥駭獸散。”
清軍追到定州（今河北定州市） 後，李自成決心在此拚命一搏，挽回敗勢，不能再這樣讓敵人追得腳不沾地地跑，要歇一會兒了。草草做了準備，李自成親自率軍迎敵。清軍出現的時候，萬馬奔騰，平地起煙塵。一戰下來，大順軍將士損傷慘重，李自成本人也受了傷。
一路連勝，高歌猛進，順風順水，眾人凝聚。這是李自成出陝西，進軍北京時的情形。如今，一敗再敗，原本那些歸順李自成的地方官軍，也紛紛背叛，投靠清軍了。李自成眼睛血紅，知道這樣下去，自己建立的大順就完蛋了。他召集諸將商議: “怎麽辦?”製將軍李岩站起來， 主動請纓，願意親率兩萬精兵，前往老家河南，平定州縣叛亂，這樣一來，其他郡縣一定不敢再輕舉妄動，就是有敢暴亂者，也能及早平定它， 建立根據地，以便大軍立足。李自成應允了。宰相牛金星悄悄來見李自成:“李岩雄武有大略，非能久下人者。河南是李岩的故鄉，假以大兵，必不可製。我軍新敗，人心動搖，其欲乘機竊柄以自己為王。不如除之，無貽後患。”他這是說李岩會自己單幹，另立山頭，要自己當皇帝。
其實，牛金星還是在李岩的引薦下，入的李自成的夥。牛金星也是河南人，家裏富裕， 飽讀詩書。他建議李自成“少刑殺， 賑饑民， 收人心”，為大順政權建設做出過重要貢獻。李自成非常信任牛金星，他在北京登基稱帝，也是讓牛金星替自己告祭天地。此時，牛金星向李自成說自己好朋友的壞話，李自成信以為真。如果說別的事，李自成可能不信，一說李岩可能會自己當皇帝，這個，李自成無法不信，當皇帝的人最怕什麽? 最怕別人也想當皇帝! 於是，李自成命牛金星趕快解決李岩，免得留下後患。牛金星笑著邀請李岩，以李自成的名義召李岩到軍營中飲酒，說為其餞行，暗中卻安排伏兵在隱蔽處，最終將李岩擒殺。
此番內訌，在大順軍中造成了極為惡劣的影響，軍心動搖，人人自危。大將軍劉宗敏咬牙切齒地按劍痛罵:“牛金星無寸箭之功， 敢殺我兩大將，我當拔劍斬之。”嚇得牛金星躲在李自成身邊， 不敢離開半步。李自成也意識到自己殺錯了人，但也不願意認錯，隻是對牛金星產生了厭惡。另一位軍師宋獻策是真的被嚇蔫了。宋獻策是牛金星引薦給李自成的，後來，他在大軍敗退到湖北後，找了個機會，不辭而別。總之，李自成的大順軍不堪承受外部壓力， 內部混亂不已，戰鬥力被極大地削弱了。
由於李自成的大順軍在西撤時缺乏統一部署，指揮失靈，調度不當，與追擊的清軍多次應戰，是倉促為之，故而屢戰屢敗。河北、河南和山東，這些地區的前明官紳紛紛降清，全都脫離了大順軍的統治，配合清軍共同與大順軍為敵。隻剩下黃河兩岸的晉、陝仍在大順軍手中。李自成率軍退入山西， 調整部署， 伺機再起。他想:“我當初隻剩下十八騎，敗逃進商洛山，都能夠重新殺出來;現在，我手下還有這麽多兵馬，怕什麽?一定能重新打回北京。”
吳三桂、阿濟格、多鐸追擊李自成，仰望著太行山， 那裏有大順軍把守的娘子關，清朝八旗鐵騎，擅長平原野戰，怯於仰攻險關。長期征戰，人困馬乏，遂率軍返回北京。多爾袞派範文程等大臣迎出京城，慰勞將士。清軍對大順軍的追殲暫時告一段落，但多爾袞依然惦記著李自成，時時刻刻放不下，夢裏夢外都是他。
六月十八日，順天巡撫柳寅東向多爾袞建議:“秋天將臨，朝廷應早做決斷，如今之事最緊急的莫過於大順軍問題，要解決這個問題，必須調蒙古人入三邊，我們則舉大軍攻打山西、河南，使闖賊腹背受敵。同時扼守住通往四川、湖北的道路，然後再順便解決東南問題。”此奏正中多爾袞下懷。上疏者原本就是為了討好主子，攝政王果然立即打賞。
因為清軍是從山海關直插北京，對中原各地，沒有形成官府控製和軍事威懾，所以，在天津、山東、河南等廣大區域裏，各郡縣看到李自成完蛋了，便爭先恐後地殺死李自成設立的官員，占據城堡自衛，各自為政，小股平民暴動層出不窮，致使清朝統治者防不勝防，四處救火。小股農民軍的特點是同廣大人民群眾混雜在一起，四處出擊，互相響應，令清軍疲於奔命。兵部右侍郎金之俊於七月初一啟奏多爾袞:“凡是小股反清武裝歸順的，應該赦免其罪，對捉其首領的加以獎賞，然後把這些投降者安插到各州縣，入列官衙，沒有產業的要想辦法安排。”多爾袞對此表示讚同，說:“他們本來也是我的百姓，首領能率眾來降的，自然應當赦罪;同黨能捉首領來獻的，自然應當論功。但投降者必須把馬匹、兵器全部交官，才見真心。”多爾袞把這些反清的地主豪紳武裝或小股農民起義軍看作大順軍遺留的外圍力量，隻有采取剿撫並用的手段，首先清除這些外圍力量，才能使大順軍得不到戰略上的呼應和支持， 同時還穩定後方。
多爾袞先派遣固山額真巴顏、石廷柱等征剿京畿;派固山額真金礪等統兵安撫天津等處; 令投誠總兵孔希貴鎮壓三河縣（今河北省三河市）抗清農民;令戶部侍郎王鼇永招撫山東、河南;而後又派遣固山額真覺羅巴哈納、石廷柱平定山東。這些措施很有成效，小股農民武裝抵抗不住訓練有素的清軍的鎮壓和招撫，紛紛解體和歸順。河南地主武裝首領李際遇就將所轄的一府、二州、十二縣、千餘小山寨及士兵二十七萬全部歸順了清軍。仿佛這些地方鬧事，就是為了吸引京城清廷的注意，好派兵來招安，隻要清軍來到這裏，此地的官衙便登記入了大清名冊，一切就平安無事了。河北、天津和山東等地，迅速被清廷掌控。
多爾袞見時機成熟，便命葉臣於六月十四日率兵攻打山西，但進展緩慢，遊弋於河北境內，無法越過太行山進入山西。七月初，多爾袞又命覺羅巴哈納、石廷柱出山東增援，任命馬國柱為山西巡撫，與恭順侯吳惟華一起對山西施加壓力。最關鍵的進展在於，原明朝大同總兵薑瓖在李自成進軍北京時，自知不能敵，先歸了農民軍，現見農民軍大勢已去，遂帶領大同、代州等地歸順了清軍。清軍輕而易舉地得到晉北，從此南下，這樣清軍對晉中一帶的大順軍主力形成了夾擊之勢。十月初，清軍圍攻太原。大順軍太原守將陳永福率部竭力抵抗，英勇戰死，太原陷落。山西大部已被清軍攻占，大順軍退出山西， 西渡黃河，集中全力守衛老巢陝西。
大同總兵薑瓖幫助清軍進入山西，就像吳三桂幫助清軍進入中原一樣。吳三桂後來複叛，薑瓖亦是。
恭順侯吳惟華向多爾袞獻上“征西五策”， 其中有關戰略戰術的建議有兩條:一是以“賊聞我兵西征， 必集眾據守河口，我師爭渡， 非萬全之道”為由，建議派一部兵力直奔蒲津(今陝西省華陰市附近)與大順軍相峙，另派一部兵力從保德(今陝西省府穀縣附近) 渡黃河，從延安、澄城、A陽等處直搗西安。如果大順軍內撤，清軍便可渡蒲津，**。二是可令蒙古發兵，從塞北渡河套，入口後由長安西路截擊，以斷絕大順軍西逃之路。多爾袞認為此策妙而險，非常高興，依此策布置對大順軍的圍剿，並鼓勵吳惟華盡心盡力，以建奇勳。多爾袞，從睿親王到攝政王，他的睿智在於不僅僅是本人有才智，也善於采納別人的智慧。
十月十九日，攝政王多爾袞任命和碩英親王阿濟格為靖遠大將軍，率領平西王吳三桂、智順王尚可喜等滿、蒙、漢軍三萬餘騎，過山西、經陝北，攻擊駐紮在西安的李自成的農民軍。
多爾袞又命和碩豫親王多鐸為定國大將軍，率恭順王孔有德、懷順王耿仲明領兵二萬餘騎，渡黃河南下，擇機出師征南明。
多爾袞分兵兩路，同時進軍，想要一口氣吃掉大順和弘光兩個政權，這個胃口著實有點大。從這兩道軍令可以看出，多爾袞更重視李自成的大順軍，派遣出征的兵馬多;雖然出征主帥是女真人，但多名副帥都是漢人。清得天下，是漢人幫助大清搶奪了明朝江山，包括後來清朝收複台灣，也是漢人施琅作為清軍統帥征服了統治台灣的鄭成功後人。
十月十二日，經過休整的大順軍，元氣複振，主動進攻，出兵兩萬餘人，渡過黃河，進攻河南懷慶。懷慶府北臨太行山，南界黃河，是南北要衝。大順軍先攻克了濟源和孟縣（今河南省孟州市），清朝的懷慶總兵金玉和領兵出戰，在柏香鎮與大順軍打了一仗，金玉和與副將常鼎、參將陳國才陣亡，清軍幾乎全軍覆沒。金玉和是清軍的梅勒額真，署懷慶總兵，是正二品高級武官，清軍的副將和參將也都是從二品和正三品高級軍官，這樣的傷亡，在清軍入關以後從未遭遇過。大順軍乘勢進軍，圍攻懷慶府府治所在地沁陽，清朝衛輝總兵祖可法急速趕到沁陽組織守城，河南巡撫羅繡錦也火速向多爾袞求援。
多爾袞接到告急文書後，大為震驚，認識到如果讓多鐸按原定計劃統軍下江南，畿輔、山西、河南的防守兵力將嚴重不足，後果不堪設想。因此，他立即下令南下的多鐸大軍，改變方向，掉頭折向西，去救援懷慶。如果進軍順利，全殲了農民軍，則繼續按原計劃南下;如果農民軍撒退，則跟蹤追擊，與阿濟格軍一起，形成兩麵夾擊之勢，攻打西安。多爾袞同時派人赴阿濟格軍中，通告軍情變化。又緊急征調山東、山西的清軍，增援阿濟格和多鐸。多爾袞隨機應變，及時調兵遣將，調整部署，對農民軍形成了合擊之勢。
多鐸統領的軍隊在懷慶地區擊敗大順軍後，從孟津縣渡黃河，下河南。沿河寨堡望風歸附。十二月十五日進至河南陝州，大順軍駐於靈寶縣城外，因兵力有限，被清軍擊敗。多鐸部在二十二日進逼潼關口，距城二十四裏立營，等候紅衣大炮的援助。
李自成本已集結二十多萬精兵，和劉宗敏統領大軍北上，救援陝北，去迎擊阿濟格，走到洛川後，忽然停留了整整十天。原來他們得到了多鐸這一路清軍向潼關推進的消息。在北麵和東麵都有強敵壓境的情況下，大順軍領導集團立刻陷於左右為難的被動局麵。李自成隻好頓兵不進，等待進一步的消息，何方吃緊即率主力馳向何方。這說明，大順軍發動的懷慶戰役雖然取得了局部勝利，卻改變了整個戰略態勢，把兩路清軍主力都吸引到自己這邊來了。懷慶戰役在大順軍與清軍的戰爭中，是個難得的勝仗，它卻並沒有給大順帶來積極影響。
本來，阿濟格和吳三桂率領的西路清軍，按預定計劃要先於多鐸攻擊陝西，卻遲遲沒有進兵陝北，而是擅自繞道蒙古土默特、鄂爾多斯等地，索取財貨，耽延時日，獲得馬匹補充之後，才南下攻擊榆林、延安。這時，東路清軍多鐸部先於他已經攻到了西安的門戶潼關麵前。
潼關城外，大順軍鑿重壕、立堅壁，攔截清軍的進路。李自成果斷放棄救援陝北的計劃，率領全軍，趕到潼關。十二月二十九日，雙方初次交鋒，劉宗敏首戰失利。
順治二年(1645)正月初四日，大順軍製將軍劉芳亮率眾千餘攻襲清軍兵營，雙方激戰，互有傷亡。初五、初六兩日再次襲擊清軍兵營，受挫無功。十一日，清軍調來紅衣大炮，猛烈轟擊潼關城，農民軍分兵數路偷襲清軍側後，橫衝清軍陣地，並幾度組織反擊，可惜都未能奏效。也許是害怕西安被北路清軍攻擊，李自成像在山海關一樣，率主力撤退，回西安。十三日，清軍攻陷潼關，大順軍守將馬世耀詐降被殺。潼關是入陝門戶，潼關失守，三秦難保。
阿濟格率軍在陝北入邊牆後，命薑瓖統領明朝投降兵將圍攻榆林，自己和吳三桂帶領滿、漢主力經米脂、綏德，進攻延安，從背後撲來。李自成欲返延安不成，欲守西安難保，立即決定放棄西安，像前一年放棄北京一樣，率軍出西安東門，經藍田和商州，向河南轉移。棄城前，李自成命大將田見秀焚宮室、燒倉廩。田見秀心善， 說:“秦人多饑餓， 留此米活百姓。”因此，隻燒東城一樓。大順軍逃出都城西安， 大順政權從此走上了下坡路，再也沒有生路了。
阿濟格在延安一線遭遇大順軍李過部的堅決抵抗。李過同清軍展開了激烈的戰鬥，七次交鋒，其中大順軍兩次乘夜間出城反擊，都因兵力不夠未能奏效。尚可喜追述這一戰時說:“賊李錦據延安與膚施縣城相掎角，王分兵圍之二十餘日，未下。王敕諸將佯攻膚施，而陰勒精兵薄延安城，猝用大炮擊之，賊不支，遂宵遁。”大順軍堅守了二十天，直到矢盡糧絕，聽說李自成已放棄西安，李過才率部從延安突圍，向漢中退卻。
陝北榆林大順軍高一功部，和延安大順軍李過部一樣，打得十分頑強，據守半月之後，主動放棄該地，實力沒有受到多大損失。西安淪陷，高一功和李過部失去了戰略保衛的目標，隻得突圍撤退，成為大順軍總退卻時期的西路軍。後來，他們與南明政權合作，是抵抗清軍的主要組成力量。
正月十八日，多鐸率軍占領西安。
捷報頻頻，飛傳北京，多爾袞無比高興，率文武群臣齊集於武英殿，向順治小皇帝行禮稱賀。多爾袞傳令多鐸，表彰攻克潼關、西安的清軍將士，認為攻破了大順軍這個主要敵人，全國的統一大業邁進了堅實的一步;下一步是按原計劃繼續南下，攻打南京，同時將消滅農民軍餘部的任務交給阿濟格去辦。多爾袞勉勵多鐸:“大丈夫為國建功， 正在此時。”同時， 多爾袞下令給阿濟格，嚴厲斥責他延誤戰機，但仍把肅清大順軍的重任交給了他。
多鐸是個急性子，而且自小被寵慣了，一直我行我素，自作主張，不肯等阿濟格前來會師，也沒等接到多爾袞的命令，便於二月初離開西安，出潼關，再入河南。
阿濟格已經接到多爾袞的責令， 不敢再耽擱， 急速進軍， 追擊李自成。
李自成於二月初進入河南後，在內鄉休整十餘天，聽說多鐸部也進入河南，阿濟格部又尾追不舍，遂於二十日率軍南下湖廣。李自成在起事時，因力量不足，為免遭官軍殲滅，到處轉移，被大明朝貶為流寇。現在，他又采取避戰清軍主力的老打法，經鄧州、襄陽，入湖北，“聲言欲取南京，水陸並進”，又試圖與武昌的明朝總兵左良玉聯合抗清。誰知左良玉參與南明政權的內訌，率軍東進，去南京“清君側”，征討馬士英，卻病死途中。
李自成過樊城，搭浮橋渡江，至襄陽，遭到左良玉部的阻擊。牛金星隨其子牛銓悄悄留於襄陽，從此脫離了大順軍。大順軍分三路趨武昌，一路走隨州、棗陽;一路向荊門州，一路由水路下漢口。這期間，阿濟格軍在鄧州、承天（今湖北鍾祥）、德安、武昌等地接連擊敗大順軍，十三戰皆大捷，降者撫之，拒者誅之，窮追至李自成老營，連破之。武昌一戰，大順軍傷亡慘重，大將軍劉宗敏及李自成的兩位叔父被俘，繼而遇害。李自成欲東進江西，困途中遇到風雹，便改道堡安、金牛鎮，退往通山。
阿濟格這個魯莽將軍，實話實說，軍功已經夠大了，卻貿然上疏多爾袞，稱李自成已死，大順軍“盡皆剩除”。多爾袞狂喜，急切告祭天地太廟，宣諭全國和朝鮮。可是， 他又接到阿濟格奏折:“聞自成逃遁，現在江西。”多爾袞大怒， 國家軍政大事，豈容如此開玩笑， 便嚴厲斥責阿濟格:“所報軍情，前後互異，‘ 豈有如此欺誑之理’”。
五月底，李自成率親隨二十餘人在通山縣九宮山牛脊嶺觀察地形，不料遭到當地地主程九伯的武裝鄉團襲擊，全部殉難。還有記載說，山民聞有賊至，群登山頂，以滾石擊之，將李自成十八騎打散。李自成獨避小徑，恰逢大雨，步行拉馬登嶺。山民程九伯者與自成手搏，遂輾轉泥濘中。李自成製服程九伯，坐於臀下，抽刀欲殺之，刀血漬，又經泥水不可出。九伯呼救甚急，其甥金姓以鏟殺自成，不知其為闖賊也。山民搜李自成遺物時，發現金印，大駭，從山後逃去。大順軍將士得知李自成被殺害的消息時，無不失聲痛哭，並對程九伯的武裝進行了大規模的報複性打擊。
李自成死難時隻有三十九歲。《明史》記載，李自成死於湖北通城。大順軍餘部稱李自成為先帝，其妻高氏為太後。李自成死後，田見秀將印璽交給李過，想讓他繼承大順皇帝位。李過怕引起內鬥，推舉李自成的三弟李自敬為第二任大順皇帝。但是，大順軍依然尊李過為主，李過掌握實際大權。大順軍餘部尚有三十餘萬，先後在李過、李來亨等領導下，主動與南明政權何騰蛟部結成抗清聯軍，繼續堅持抗清鬥爭，領導荊襄十三家農民軍（時稱夔東十三家），據守荊襄、巴東山區近二十年之久，最後於清康熙三年(1664)失敗。
阿濟格聞聽李自成死訊，派遣素識李自成者前往辨認其屍體，因屍體已經腐爛而辨別不清。李自成一死，大順軍影響力、戰鬥力大減。阿濟格揮軍沿長江東進，行抵東流縣。明寧南侯左良玉之子左夢庚率總兵十二員和馬步兵十萬，前往阿濟格軍營請降。
多爾袞再次接到阿濟格奏報: “李自成死，左良玉部歸降。”多爾袞大悅，然而，對李自成的死訊，仍然持疑慮態度，他甚至想:“若是李自成能夠歸降，成為我麾下的一員大將，多好啊!”多爾袞獎慰阿濟格驅兵萬裏，勞苦功高，令其率軍班師。阿濟格在未接到班師詔書之前，已經擅自起程返京。八月，多爾袞令群臣議阿濟格出師繞道，不候旨班師以及回京後在午門前張蓋而坐等罪，將其降為郡王，象征性地罰銀五百兩。
阿濟格戰功赫赫，結果還被處罰。
多爾袞對哥哥阿濟格，是又心疼，又恨其不爭。相比之下，多爾袞更喜愛弟弟多鐸。阿濟格擊敗了李自成，去了多爾袞一塊心病，多鐸征南明又將怎麽樣呢?