月色迷蒙，小風吹動著槲樹的枝葉，槲樹下一所破舊的石板屋，門窗緊緊地關閉著，連窗隙也沒透出一絲光亮，看上去闃無人跡。然而一隻貓頭鷹“哇”的一聲飛落到槲樹的大枝丫上，兩隻大眼睛閃閃發光，仿佛在期待著什麽。
那是在米蘭郊外，石板屋裏點著好幾盞燈，但門窗都遮著黑色的厚帷幔；屋當中一張台子上，擺放著一具死屍，列奧納多和他的徒弟塞瑞，正在解剖那具屍體。
在那個時代，不僅宗教勢力把屍體解剖稱為褻瀆神聖、罪不可逭，就是一般的民眾，也把這事稱為不可理解的瘋狂行為。
列奧納多和塞瑞所解剖的，是一個老乞丐的屍體，那老乞丐往常總在聖瑪麗亞·格拉契修道院外麵乞討，列奧納多和塞瑞在修道院食堂畫《最後的晚餐》時，出來進去常常遇見他，每次總要給他一兩個銀幣，久而久之，成了熟人。那老乞丐有一回牽著列奧納多的衣角說：“芬奇先生，我真忘不了您的恩德！可惜我簡直想不出來，我能怎樣報答您，因為我是一無所有啊！不過，我聽到一種傳言，就是您有著一種特殊的興趣——您在家裏解剖鴿子、啄木鳥、豚鼠……乃至於剛剛病死的老馬，像您這樣一位善人做這樣的事，想必總是有道理的、上帝恩準的——所以，我想，有一天我死了，我能把自己的屍體獻給您，由您去解剖好了……”
不幾天那老乞丐果然死了。被修道院草草地收埋在教會的墓地裏，列奧納多和塞瑞說動了看墓人，將那老乞丐的屍體挖了出來，運到這個隱蔽的地方，開始了細心的解剖。
列奧納多一邊解剖一邊對塞瑞說：“解剖屍體，實在是一樁有意義的事。不僅作為畫家，我們應當了解人體的構造，以便把畫上的人物表達得更好；也不僅從醫學的角度，人們應當把人體內部的情況弄個一清二楚，以便更好地為活著的人治療保健，實際上，解剖屍體還關係著許許多多科學問題的研究探討，比如說，我就常想，鳥兒為什麽能飛，人為什麽就不能飛呢？你會說，那是因為鳥兒有羽毛、有翅膀，人卻沒有；實際上問題並不那麽簡單！我就做過這樣的試驗，模擬鳥翅，給自己胳膊上綁緊像鳥那樣的雙翼，從陽台上往外躍起，結果我並沒有飛起來，還是跌到了地上。為什麽人飛不起來呢？我解剖了鳥的翅膀，發現它那個肌肉、筋腱和骨骼是很特殊的；而人的胳膊，骨骼、筋腱、肌肉，卻是這樣的……你看，你看……所以我想，人要飛上天空，恐怕還得想另外的辦法。你記得我製作的那個下麵是彈簧、上麵是旋轉槳葉的模型嗎？我想通過上下的合力，讓那玩意兒徑直飛升起來，當然，一下子也不會成功……”
塞瑞初次同師傅列奧納多一起解剖屍體，開始還有些緊張，麵對腐爛中的屍體也不免感到嫌厭，但聽師傅這麽一講，就漸漸進入到一種忘我的境界，是呀，人類要想深入地了解自己，以及深入地了解人類同大自然之間的關係，又怎能回避屍體解剖這項工作呢？
誰想那墓地的看守者一天喝醉了酒，泄露出列奧納多和塞瑞師徒挖取老乞丐屍體的事，消息傳到聖瑪麗亞·格拉契修道院院長耳中，那院長本來就為列奧納多將自己的麵貌畫作《最後的晚餐》中的猶大而耿耿於懷，這下他感到報複的時機已到，便立即說動宗教裁判所，將列奧納多和塞瑞拘押起來。
在那個時代，解剖死人屍體，依然被教會指斥為魔鬼的行徑，雖然不一定像中世紀那樣處以火刑了，但懲罰依然是嚴厲的。塞瑞是被很粗暴地帶走的，關入修道院的地窖中；列奧納多則是被客氣地請走的，但經過簡單的問話後，便將他軟禁起來，不許他同外界接觸。聖瑪麗亞·格拉契修道院的院長，特意跑去探視列奧納多，裝出感到震驚與意外的模樣，一臉冷笑地說：“這顯然是一個誤會，就像把一個人的頭錯安在另一個人的肩膀上一樣，真荒唐，荒唐！”列奧納多懶得理他，他露了一麵之後也就再無蹤影。
列奧納多正苦悶地等待著宗教裁判所的正式審判，他決心要為自己和塞瑞提出強有力的辯護。一天窗外傳來了隱約的槍炮聲，然後是異乎尋常的寂靜，原來是法軍攻入了米蘭。米蘭大公洛德維科·摩爾倉皇出逃，整個米蘭城一時大亂，宗教裁判所的神職人員也都紛紛落荒而逃，列奧納多因而被同情者所解救，他又迅即打聽出塞瑞的下落，到聖瑪麗亞·格拉契修道院的地窖裏救出了塞瑞；那修道院院長早已溜之乎也，整個修道院空空****，食堂裏那幅《最後的晚餐》壁畫，麵對著沒有一個人影的冷桌冷凳，畫上的耶穌攤開著雙手，仿佛不是在說《聖經》上的那句話，而是憂心忡忡地問：米蘭將是怎樣的命運？