在布斯暗殺總統的瞬間，和總統一起坐在包廂的萊斯本少校一躍而起試圖抓住凶手。但是他失敗了，因為布斯猛地用刀刺他。他的胳膊被刺了幾道深深的傷口。布斯掙脫萊斯本少校的控製，他越過距離包廂十二英尺的護欄，跳到舞台地板上。在他跳的時候，他被掛在總統包廂的星條旗絆倒了。他狠狠地摔了一跤，一根馬刺紮進了他的左腿。
他立刻感到一陣鑽心的痛，但是他毫不猶豫，絲毫沒有退縮。他正創造自己事業的巔峰：這一幕足以使他永久成名。
很快反應過來以後，他揮舞著手中的刀，大喊著弗吉尼亞的口號：“暴君就該有如此下場！”他向下跳到舞台上，用刀刺傷了剛巧路過的一名音樂家，打倒了一名女演員。他衝出後門，跳上早已等在那裏的一匹馬。他舉起槍頭打倒了看馬的“皮納德·約翰”，飛快騎馬而逃了。黑暗中馬兒的鐵蹄與腳下的石子摩擦出陣陣火花。
他已經在城裏逃了兩英裏了，途經了國會大廈。月亮掛上樹梢的時候他來到了阿納克斯提娜橋。在這個聯邦崗哨負責守衛的科伯立刻掏出槍和刀，質問道：
“你是誰？為什麽這麽晚了還要出去？你不知道任何人九點以後不得出城嗎？”
布斯慌忙中說出了自己的真實姓名。他說他住在查爾斯郡，來城裏辦事的，他等月亮升起照亮他回家的路。
聽起來似是而非，但是不管怎麽說，戰爭都已經結束了，有什麽大驚小怪的呢。於是科伯警衛放低了他的刀槍，給他放行了。
幾分鍾以後，布斯的一個同夥以類似的理由通過了那個崗哨，和布斯在約定的地點會合。他們沿著馬裏蘭州低窪地帶的隱蔽處繼續前進，夢想著回到南方時人們會為他們喝彩。
半夜時候，他們在蘇拉特維爾的一家酒館停了下來；衝洗他們已經氣喘籲籲的馬兒；要回了當天下午蘇拉特夫人留在那裏的望遠鏡、槍支和彈藥；喝了價值1美元的威士忌；宣稱他們已經槍殺了林肯，連夜飛奔到這裏。
他們原本打算從這裏徑直趕往波托馬克河，次日一早到達河邊，隨即劃船趕往弗吉尼亞。聽起來容易，如果不是因為一件事，他們那樣做了的話永遠都不會被抓到。他們沒有想到布斯的腿受傷了。
但是盡管忍受著疼痛，盡管那根斷掉的馬刺，用布斯自己的話說“馬兒每跑一步時都在撕裂他的血肉”，他仍然以斯巴達人的堅韌不拔連夜飛奔。最後在他忍無可忍的時候不得不躺在馬背上了，於是他和赫洛德決定改變前進的方向，策馬向左方奔去。這天是星期六，黎明即將到來的時候他們在一個名叫馬德（塞繆爾·馬德）的鄉村醫生家門口停了下來。這裏距離東北方的華盛頓有二十英裏遠。
布斯身體虛弱，劇痛難忍，無法自己下馬。他隻能被從馬上抬下來，呻吟著被抬到樓上的房間。由於這個偏遠的地方沒有電報也沒有鐵路，當地人還不知道總統被殺的消息。因此，醫生沒有起疑心。布斯怎麽傷了自己的腿呢？那很簡單，就像他自己解釋的——他從馬上摔了下來。馬德醫生像醫治其他任何病人一樣醫治布斯。他幫他拔出馬刺，接好斷骨，用由紙盒製作的夾板加以固定，還給了他一雙鞋。
布斯那一整天就待在馬德家裏，但是黎明到來的時候他忍著疼痛從**爬了起來，沒有吃任何東西。他剃掉了他那英俊的小胡須，用一條長長的圍巾捂著自己的肩膀，這樣告密者就看不到他右手上被圍巾末端擋住的字母紋身。他還戴上了一組假胡須。給了醫生25美元之後，他們再次跨上馬背，向著那條希望之河奔去。
很快他們就被一片巨大的沼澤地擋住了去路。纏結著灌木和山茱萸的滿是泥濘的死水塘是蛇和蜥蜴出沒的地方。黑暗中，這兩個騎馬人沒有找到出路，徘徊了幾個小時後他們迷路了。
深夜，他們被一名叫奧斯瓦德·斯沃恩的黑人救了。布斯的腿極其疼痛以至於他沒法騎馬，於是他給了斯沃恩7美元讓他用貨車拖著他走。星期天黎明破曉的時候，黑人將自己的騾車停在了“富翁希爾”的家門前。他就是有名有錢的邦聯軍考克斯上校。
這樣布斯結束了自己亡命逃跑的第一階段。
他告訴考克斯上校他的身份和他所做的事，為了證明他的身份，他把手上用墨汁所刺的字母紋身給他看。
他以母親的名義請求考克斯上校不要背叛他,他已經是又病又殘，痛苦不堪。他聲稱他自認為自己的所作所為是對南方有利的。
布斯現在的情況是不管是騎馬也好坐車也好，都無法再繼續前行了。因此考克斯把這兩個人藏在了他家附近的鬆樹叢中。這裏不光是灌木叢，更是一個未發育完全的叢林，底下長滿了月桂和冬青。在接下來的六天五夜中，他們在那裏等待布斯的傷勢好轉，好繼續趕路。
考克斯上校有一個抱養的兄弟，名叫湯姆斯·瓊斯。他是一個奴隸主，多年來一直是南方政府的積極代理人，幫助政府在波托馬克河運送逃犯和禁運郵件。考克斯讓他去照顧布斯和哈羅德。於是每天早上他都要用籃子去給他倆送食物。他知道每條道路都在搜查中，偵探無處不在。於是提籃子的時候他會喚豬，假裝給家畜喂食。
布斯在饑餓中等待著食物，但他對消息的渴望超過食物。他祈求瓊斯給他帶去相關消息，讓他知道全國都在為他喝彩。
瓊斯給他帶去報紙，布斯如饑似渴地看報，但是除了醒悟和悲傷，沒有看到人們對他任何的熱烈稱讚。
在之前去往弗吉尼亞的三十多個小時的逃亡路上，他忍受了肉體的折磨。雖然這是殘暴的，但是跟精神上的苦悶折磨比起來，這不算什麽。他認為北方的狂怒無關緊要。但是當他看到弗吉尼亞的報紙載明南方也譴責他不承認他時，他幾乎要絕望得發狂了。他原本夢想著自己會被歌頌成第二個布魯圖或是現代的威廉·泰爾。可是現在自己被指責是懦夫、傻瓜、唯利是圖的殺手。
這些抨擊像毒蛇一樣咬他，死一樣難受。
但是他有沒有自責過呢？沒有。不僅不自責，他還指責其他所有人——除了他自己和上帝以外的所有人。他隻是充當了上帝手中的一件工具而已，這就是他的自我辯護。他是奉了聖命槍殺亞伯拉罕·林肯的，唯一的錯誤就是他一直在為不懂賞識他的“太墮落”的人民效勞。他在日記裏用到了“太墮落”一詞。
“設想人們知道我的心，”他寫道，“它的跳動成就了我的偉業，雖然我並不渴望成名……我的靈魂太偉大了，我不能像罪犯一樣死去。”
他躺在澤克亞沼澤附近的濕地上瑟瑟發抖，身上蓋著鞍褥，用可悲的誇張傾倒他內心的苦楚：
又饑又冷又餓，每個人都把手指向我，我絕望地待在這裏，這是為什麽？因為我做了布魯斯引以為豪的事情嗎？做了讓泰爾成就英名的事情？我除掉了他們不曾知道的更大的暴君，卻被當做普通的殺人犯對待。我的行為比他們倆的還要純潔……我不求回報……我認為我做得好，我不後悔自己的那一槍。
就在布斯寫下這些的時候，三千名偵探和一萬騎兵正在搜查馬裏蘭州南部的每一個角落。他們仔細搜索民居、洞穴和建築物，就連澤克亞沼澤地都不放過。他們決心要對布斯窮追不舍，活要見人死要見屍。他們還開出各種各樣的條件懸賞——懸賞金額接近十萬美元抓捕布斯。有時他聽得見追捕他的騎兵從離他僅兩百碼遠的公路上飛馳而過。
有時他能聽見馬群彼此嘶叫呼喚的聲音。設想如果他和哈羅德的馬應了的話，那可能就意味著被捕。因此那天晚上哈羅德把馬牽到澤克亞沼澤地將它們槍斃了。
兩天以後禿鷹們出現了！先是從空中俯視獵物，然後越來越近了，盤旋著直接落到了動物的死屍上麵。布斯嚇得要命。禿鷹可能會引起追兵的注意，然後追兵立馬就會認出他那紅棕色的母馬。
此外他已經決定了要想辦法再找一個醫生。
於是第二天也就是4月21日星期五——距離暗殺已一周的晚上，他被從地上抬起來，騎著托馬斯·瓊斯的馬，和哈羅德一起再次向波托馬克河出發了。
那天晚上正合他們的心意：濃霧密集，一片漆黑中人們根本分不清彼此。
忠誠的瓊斯把他們從藏身點帶到河邊，穿過開曠的田地，橫過公路，穿過農場。意識到到處都有士兵和情報人員，瓊斯一次隻偷偷前進五十碼，然後停下聽聽動靜，然後輕輕吹一聲哨子。布斯和哈羅德才會跟著往前進。
那天他們走得很慢，即使最輕微的響動也能讓他們受驚。他們前進了數小時，最後到達了一處懸崖邊。有一條彎曲的小路從懸崖通往河邊。吹大風了，透過黑夜他們能聽見河水拍擊河**的沙子發出悲哀的響聲。
聯邦士兵已經騎馬沿著波托馬克河上上下下搜了一周了。他們毀掉了馬裏蘭岸邊的每一艘船隻。但是瓊斯蒙騙了他們，他已經聯絡好一個名叫亨利·羅蘭的有色人，每天劃船去尋找可以藏身的地方，晚上將其藏在登特的牧場。
因此這天晚上當這幾個亡命者來到河邊時，一切都準備就緒了。布斯悄悄對瓊斯表示感謝，給了他17美元船費和一瓶威士忌。然後他們爬上船，往五英裏外的弗吉尼亞的一個藏身點趕去。
一切都在多霧的漆黑的晚上進行著，哈羅德劃船，布斯坐在船艙，試圖用羅盤和蠟燭導航。
但是他們還沒有走多遠就遭遇了洪峰的襲擊。由於他們所處的河段非常狹窄，所以洪峰異常猛烈，把他們向上遊推進了數英裏。大霧中，他們迷失了方向。在躲過了沿著波托馬克河巡邏的聯邦炮艇以後，黎明的時候他們發現已經向上遊推進了十英裏，比起頭一天晚上距離弗吉尼亞一步都沒有近。
於是他們在納吉莫亞河灣的沼澤地裏躲了一整天。身上又濕又餓，他們將船拖過了河。布斯喊道：“我到底還是安全了。感謝上帝！這是舊弗吉尼亞的榮耀!”
他們急忙往弗吉尼亞喬治王郡的理查德·斯圖亞特醫生家趕去，他是邦聯政府的代理人，也是當地最富有的人。布斯希望作為南方的救世主能夠在那裏受到歡迎。但是這個醫生已經有幾次因為幫助邦聯政府被抓。現在戰爭也已經結束了，他不會拿自己的腦袋去冒險幫助這個槍殺林肯的人，他對此非常清楚。因此他甚至不會讓布斯進他的家門，隻是不情願地給了他們一點食物。但是讓他們躲在倉庫吃，然後就打發他們去一個黑人家過夜。
甚至是黑人一家也不想這樣，他們很害怕讓他在這裏過夜。
這就是在弗吉尼亞！
在弗吉尼亞，請注意，他一直滿懷信心地期待在這裏人們一聽到他的名字就向他歡呼致意。
現在離死期不遠了。三天以後，布斯沒有走多遠。他在三名從戰場上回來的南方軍騎兵的陪同下，在皇家港口乘船渡過拉帕漢諾克河，然後騎上他們的一匹馬繼續向南方走了三英裏。在騎兵的幫助下，騙過了一個農場主，說他名叫博伊德，在裏士滿的李將軍的軍隊裏受了傷。
接下來的兩天，布斯待在加勒特的農舍。他在草地上曬著太陽，忍受傷痛的折磨。他通過一張舊地圖研究去格蘭德河的線路，標出去墨西哥的路線。
在那裏的第一個晚上，當他坐在餐桌旁時，加勒特的小女兒開始說起剛從鄰居那裏聽說的總統遇刺的消息。她不停地說啊說，是誰做的，得到多少酬勞，她很好奇。
“在我看來，”布斯突然評論道，“他一分錢也沒要，反而聲名狼藉。”
第二天也就是4月25號下午，布斯和哈羅德在加勒特家院子的洋槐樹下走動。曾經幫助他們渡過了拉帕漢諾克河的南方邦聯的拉格爾斯少校衝過來，大喊：“北方軍正在過河，你們好自為之。”
他們慌忙朝樹林跑去，夜幕降臨的時候他們又溜了回來。
對於加勒特來說，他覺得有些可疑。他想馬上擺脫掉他神秘的“客人”。是不是因為他知道他是槍殺林肯的凶手呢？不，他想都沒有想過。他認為他們是盜馬賊。在晚餐的餐桌旁，當他聽到他們說起想買兩匹馬時，他的疑心更重了。到了就寢時間，這兩個逃犯出於安全考慮，拒絕上樓休息，堅持睡在樓梯間或是倉庫。這時一切都毫無疑問了。
加勒特現在可以確定他們就是盜馬賊。因此他把他們安置在當時正用來存放幹草和家具的煙草倉庫——讓他們進去然後用掛鎖將門鎖住。最後為了雙重保險，這個老農民派了他的兩個兒子威廉和亨利，背著毯子在夜色中輕手輕腳地來到附近的玉米倉庫。他們在那裏過夜以便觀察晚上馬不被偷走。
加勒特一家就寢了。那個難忘的夜晚，在半期待中略帶著一點興奮。
聯邦軍隊的士兵已經對布斯和哈羅德緊緊追了兩天兩夜了。他們收集了一條又一條線索，與曾經在波托馬克河看見他們過河的一個黑人老人談話，找到了在拉帕漢諾克河的平底船上用撐杆幫他們過河的有色人。這個船戶告訴他們，在布斯上岸以後，給他提供馬逃走的南方軍人是威利·傑特上尉。這個人有個情人住在離這二十英裏的博林格林。也許他去了那裏。
那聽來已經足夠了，於是他們跨上馬在月光下朝博林格林奔去。他們於半夜到達那裏，衝進屋子，找到傑特上尉，將他一把從**拉起，用槍抵著他的肋骨，質問他：
“布斯在哪裏?你這該死的，你把他藏在哪裏了？說！不然斃了你！”
傑特騎上他的馬，帶他們到加勒特農場。
晚上一片漆黑，月亮下沉了，天上沒有星星。他們騎馬跑了九英裏，飛馳的馬蹄下騰起團團灰塵。搜兵騎馬走在傑特的兩側，將他的韁繩係在他們的馬鞍下，這樣他就不能趁著夜色逃走了。
淩晨三點，他們來到加勒特的白色老房子前。
他們輕輕地靜靜地包圍了房子，將槍對準每個門窗口。他們的首領用槍把猛地敲門，命令開門。
理查德·加勒特手裏拿著蠟燭，打開門。外麵狗大叫，風吹著他的睡衣，他的腿顫栗著。
很快，貝克少尉一把卡住他的喉嚨，用槍頂著他的腦袋，命令他交出布斯。
老人嚇得結結巴巴地說，他發誓那兩個年輕人不在屋裏，已經跑到樹林裏去了。
他在撒謊，聽起來倒像是真的一樣。因此騎兵們把他拉到門外，在他麵前搖擺著一根繩子，威脅說要把他吊在院子裏的槐樹上。
就在那時，睡在玉米倉庫的加勒特的兩個兒子跑來告知了真相。騎兵們馬上包圍了煙草倉庫。
開槍前雙方談了很久。北方的官員們跟布斯爭論了十五到二十分鍾，逼迫他投降。他從後麵喊道，他是一個跛子，他要他們撤回去一百碼，“給跛子一個展示的機會”——走出去跟他們一個一個單挑。
哈羅德失去了膽量，他想投降。布斯對此很反感。
“你個該死的膽小鬼，”他喊道，“給我滾出去，我不想看到你在這裏。”
哈羅德走了出來，把手伸了出去準備被銬。邊走邊祈禱寬恕，不停地聲稱他很喜歡林肯的笑話，他沒有參與暗殺行動。
康吉爾上校將他綁在樹上，威脅說再不住口就堵住他的嘴。
但是布斯不會投降。他感覺自己的所作所為是為了子孫後代，他向追兵吼叫說“投降”不在他的詞匯範圍之內。他通知他們，再次玷汙昔日榮耀的旗幟時給他準備一副擔架。
康吉爾上校決心要用煙將他熏出來。他命令加勒特的一個兒子在倉庫旁邊堆上幹草。布斯看著他搬草，咒罵他威脅他說再不停止就給他一槍。他真的停下來了。康吉爾馬上閃到倉庫一個遠一點的角落，他從縫裏扯下一把幹草，用火柴點燃。
這個倉庫原本是用來存放煙草的，左邊留了四英寸的縫隙好讓空氣能夠流通。搜兵通過這個縫隙看到布斯搬了一張桌子抵擋火苗的蔓延——一個最後一次上鏡的演員，一個為他的告別演出謝幕的悲劇演員。
上麵下了嚴格的命令活捉布斯。政府不希望他被槍斃，而是希望他接受大型審判以後被絞死。
要不是因為愚蠢的科比特警官，一個宗教狂熱分子，布斯還真的有可能被活捉。
每個人都被反複警告，沒有接到命令不得開槍。然而科比特後來宣布他已經得到了命令——萬能的上帝直接下達的命令。
從燃燒著的倉庫寬大的縫隙裏，科比特看見布斯扔下他的拐杖和卡賓槍，拿起左輪手槍，朝門口衝去。
科比特確定他會采取武力方式，為了解圍作最後的殊死一搏，邊跑邊開槍。
為了避免任何無謂的流血，科比特向前走去。他手裏握著槍，對著縫隙瞄準目標，為布斯的靈魂禱告，叩響了扳機。
聽到槍聲，布斯大叫一聲。他一隻腳抬起，朝前撲倒在幹草上，嚴重受傷了。
火勢迅速在幹草中蔓延。貝克中尉希望在布斯被烤焦前把這個將死之人拖出來。他衝進火苗中，朝他跳去，從他緊握的拳頭裏取下他的手槍。因為怕他裝死，貝克中尉扭住了他的胳膊。
很快布斯被帶到農舍的門廊上。一名士兵騎上馬，沿著滿是灰塵的道路向三英裏外的皇家港口飛奔而去，尋找醫生。
加勒特太太有個教書的妹妹哈露薇寄居在她家。當她認出這個躺在門廊金銀花藤下的將死之人是浪漫的男演員、出色的情人約翰·威爾克斯·布斯時，她說必須要好好照顧他。她拖出一張床墊給他躺著，還拿來她自己的枕頭墊在他的頭下，讓他的頭靠在自己的腿上，給他喂酒。但是他的喉嚨已經麻木了，無法下咽。她將自己的手帕浸濕，不斷地用濕手帕滋潤他的嘴唇和舌頭，並不斷撫摸他的太陽穴和前額。
這個臨死前的人掙紮了兩個半小時，忍受著臉上、兩側、後背及全身的劇痛，咳嗽著祈求，催促康吉爾上校用手緊緊扼住他的喉嚨，他痛苦地喊道：“殺了我！殺了我！”
他請求給他的母親帶去最後的消息，斷斷續續地耳語道：
“告訴她……我所做的……我認為是……最好的……我為國家……而死。”
快要斷氣的時候，他請求舉起他的手，這樣他可以看見他們；但是他們完全不明白他的意思，他咕噥道：
“沒用！沒用！”
這就是他的臨終遺言。
太陽快要爬上古老的洋槐枝頭時，他死在了加勒特的院子裏。他“下巴往前伸了伸，傾斜著倒了下來，盯著雙腳的眼球開始膨脹變大……某種咯咯的聲音突然停止了，他伸直雙腳，腦袋倒了過去。”這就是結局。
時間是七點，距離林肯死亡當天的時間相差二十二分鍾。科比特的子彈擊中了布斯的後腦，比布斯擊中林肯後腦的部位低一英寸。
醫生剪下了布斯的一綹頭發，把它給了哈露薇。她把頭發和布斯枕過的帶血的枕頭鎖了起來，一直珍藏著。直到很多年之後她一貧如洗時，才不得不拿半個枕頭去換了一桶麵粉回來。