林肯迫切需要一個人來組建與訓練軍隊，研究製定進攻南方的戰略。林肯決定試一試狂傲、不可一世的喬治-麥克萊倫。
麥克萊倫有極高的聲望和出色的組織能力，從這一點來講，林肯不可能找到一個更合適的人了。但麥克萊倫的一個致命缺點掩蓋了他軍事生涯中的所有優秀表現，那就是他總是瞻前顧後，一籌莫展，習慣於過度地思考分析問題，而不肯采取行動，他根本就不願意去戰鬥。
上任將近3個月過去了，麥克萊倫仍然沒有采取任何行動，林肯隻能一次次督促他行動。1862年1月27日，林肯發布了一道總統命令，希望借此來鞭策麥克萊倫投入戰鬥。
命令中說，2月22日“美國地麵和海上軍隊將對叛軍展開總攻”。林肯獨自起草了這道命令，沒有征求任何人的意見。他以這種前所未有的方式，決定自己一人承擔起戰爭的指揮重任，以使聯邦擺脫這種僵持的局麵。
但是，戰鬥的命令尤如石子投入大海，沒有得到任何響應。直到1862年3月，麥克萊倫仍然按兵不動。內心的失望加上來自國會和內閣的壓力，迫使林肯毅然決然采取措施來改變這種不利的局麵。3月11日，距任命麥克萊倫為聯邦軍總司令僅四個半月，林肯不得不剝奪了麥克萊倫的部分職權，同時還增設了兩個新軍區，即密西西比軍區和山地軍區，由亨利-哈勒克將軍任密西西比軍區指揮官，弗裏蒙特將軍為山地軍區指揮官。
事實上，直到這一刻，林肯仍然希望以此來激發這位將軍的鬥誌，但總統的期待再一次被無情地擊碎了。麥克萊倫繼續拖延進攻，甚至還要求給予部隊更多的補充以應付被他錯誤高估的敵軍。1862年4月9日，林肯隻得再一次地給麥克萊倫寫信督促他采取行動。
但是，在林肯發出此封信之後的一個月，麥克萊倫的軍隊繼續延誤戰事，林肯隻得在陸軍部長斯坦頓和財政部長蔡斯的陪同下親臨前線督戰。而麥克萊倫竟然借口脫不開身不肯前來與林肯會合。林肯隻好親自承擔起領導戰爭的重任。
然而，麥克萊倫將軍好像並沒有因此而受到觸動，他依然我行我素。雖然林肯這時仍不願撤換麥克萊倫將軍，但他知道要想有所改變，就必須當機立斷地撤換將軍。1862年7月11日，林肯委任哈勒克將軍為聯邦軍總司令，這時距他將麥克萊倫的職權一分為三僅僅四個月時間。這樣一來，麥克萊倫隻得向這位自己昔日的部下屈就了。當他任命哈勒克的時候他想了很多，第一步他決定讓哈勒克全權決定戰爭的進展，他甚至賦予他在必要的時候解除麥克萊倫職務的權力。
不幸的是，哈勒克的表現與他的前任一樣，林肯行將遭遇到最大的挫折。
在對哈勒克的任令下達3個半月之後，林肯再一次對聯邦軍隊進行了重組。1862年10月21日，他任命麥克勒南德為密西西比軍區司令，23日任命羅斯克蘭斯為坎伯蘭軍區司令。11月5日，林肯解除了麥克萊倫的職務。
格蘭特關於進攻亨利要塞和多納爾森要塞的計劃，再度被擺到密西西比軍區司令哈勒克和白宮的軍事參謀們的桌麵上。
正當格蘭特的軍隊渡河南下、格蘭特致哈勒克的信送達之際，白宮的軍事家們正交頭接耳麵麵相覷。林肯總統匆匆從議會趕來，他一邊皺著眉頭一邊聽哈勒克報告事情的全部經過。
“你怎麽看，將軍？”林肯反問哈勒克。
“格蘭特是一個太過於冒險的人，他會破壞我們整個軍事計劃，總統先生。”
“我們先瞧一瞧他在此之前都做了什麽，”林肯拿起格蘭特的簡曆。
“1861初，兩次勝利。第一次使用水陸兩棲戰法，成功地切斷敵軍北部的外圍防線。”
“1861年下半年，攻占開羅和巴杜卡，控製了俄亥俄河沿線。”
林肯走到人群的中間，示意所有人安靜下來，他舉著格蘭特的信對眾人說道：
“先生們，我已經聽夠了我們的將軍們關於戰爭困難--準備不足啊、兵力不夠啊、敵人太強大的描述。隻有這個人使我振奮、欣慰。我認為格蘭特是一個了不起的人。當我們全軍準備防禦的時候，他卻要開始進攻。這需要巨大的勇氣，攻擊亨利要塞是一個充滿想像力的計劃，沒有比這個計劃更激動人心的了。沒有必勝的信心，他是不會下此軍令狀的。哈勒克，讓他去幹吧。不要束縛他的手腳，我相信格蘭特會幹得很好。”
保羅-布魯爾後來在評論格蘭特所指揮的這場戰役時，曾經由衷地稱讚道：“北方將領烏塞斯-辛-格蘭特表現出了無與倫比的魄力和想像力。”他同時不無揶揄地說道：
“當南方指揮官阿爾伯特-約翰遜意識到這一危險之際，格蘭特已經完成了這一充滿創造力的軍事計劃，戰爭的成敗已見端倪。”
格蘭特於1864年3月被任命為北軍總司令。他被授予陸軍中將軍銜，這個軍銜在內戰前隻授予過兩次，一次授予華盛頓，另一次授予斯科特。從一開始總統就欣然允許格蘭特充分自行處理事務。在回答總統的信中，格蘭特寫道：“從我自願參軍為國效勞的第一天直到今天，從未有過一件事使我抱怨。我隨便要什麽東西總是立刻答應，甚至不需要作任何說明，這一直使我驚訝不已。我的成功如果小於我的期望，那我至少可以說，並不是你的過錯。”
格蘭特在他的《回憶錄》中就林肯對待軍隊情況的方式講了一個富有意味的故事。總統給他講了下麵這樣一個故事：“從前，動物之間發生了一場大戰，交戰的一方怎麽也找不到一個有充分自信的指揮官。最後，他們找到了一隻名叫喬科的猴子，他說他能統率他們的軍隊，隻要把他的尾巴加長一點就行。所以他們就弄來一根尾巴，把它接在他的尾巴上。他向它讚賞地看看，心想應該再加長一點。於是又加了一條尾巴，可他還不滿足。尾巴一接再接，直到最後，喬科的尾巴盤起來把整個房間都塞滿了。他還是一個勁地要更多的尾巴，由於沒有盤的地方了，他們就把尾巴繞在他肩上。他不斷地要，他們就不斷把更多的尾巴繞在他身上，最後，尾巴的重量終於把他壓垮了。”格蘭特回答道：“總統先生，除非我發現我手頭有的東西沒法辦事，否則，我決不會要求更多的援助。”
【致格蘭特將軍的信及電報】
1、華盛頓總統官邸，1863年7月13日
格蘭特少將：
我親愛的將軍，我想不起我倆在哪見過麵。此時，我寫這封信是因你為國家作出了不可估量的貢獻而向你表示感激。我希望再說一句，你當初率部抵達維克斯堡附近時，我曾以為你應當去做，而你最終也做到了這件事情--率領部隊穿過瓶頸地帶，使各炮兵連與運輸隊一道前進，隨後乘勢向下遊進發；而我隻是一味地希望你比我更懂得排兵布陣，卻從未對亞祖山口之類的遠征抱有成功的期望。當你向下遊進逼並攻占吉布森港、格蘭德灣及其鄰近地區時，我認為你應當沿河直下，並與班克斯將軍會師；而當你轉向北方朝大黑河以東進軍時，我生怕這是一個錯誤。而此時我想親自向你承認，你是正確無誤的，是我犯了錯。
你的非常真誠的
A-林肯
2、華盛頓總統官邸，1863年8月9日
親愛的格蘭特將軍：
從你的來電中我意識到你明顯傾向於遠征摩比爾。要不是考慮到近來在墨西哥發生的事變，這個主意對我也會很有吸引力的。盡快在西得克薩斯重建國家權力機關的重要性，我是一刻也不敢忘懷的。然而，我沒想要下達這樣的命令。至少在眼下，我要將這事留待總指揮官去做。
對另一個問題我也想說一下。托馬斯將軍又去了密西西比河穀，他想在那兒組建一支黑人部隊。我沒有理由擔心對這同樣的事情你是否能做得合情合理。我深信這是一種人力資源，如果現在能將它加以充分利用就能早日結束這場戰爭。這種資源有雙重作用，既能削弱敵方的力量又能增強我方的實力。但這要等到河道暢通無阻之後，我們才有機會去做。我以為，現在起碼能夠，也必須迅速地在沿河兩岸組織起十萬大軍，這樣就可以讓駐守在那裏的白人部隊換防去守衛其他地方。
達拉先生是知道你意圖的，他相信解放奴隸的宣言對你的軍事行動曾有所助益。如果真是這樣的話，那我非常高興。你是否收到了我7月13日寫給你的一封短信？
你非常真誠的
A-林肯
3、華盛頓陸軍部，1864年7月10日
格蘭特中將：
你發給哈勒克將軍的涉及我對目前危機的看法的電報我已經看到了。哈勒克將軍稱我們這裏絕對沒有任何一支部隊適合開赴前線。他認為我們僅憑一百個白班工作人員和這裏的傷病員，就可以保衛華盛頓，甚至還可以保衛巴爾的摩。另外，在哈潑斯渡口還有豪指揮的沒多大指望的大約八千人，與此同時亨特將軍正極為緩慢地向那裏靠近，他的部隊有多少人馬我想你比我更為清楚。昨日，華萊士率領一些殘兵敗將以及趕上裏基茨的部分人馬在莫諾卡西被打得慘敗，故而不能期望其餘部會再來保衛巴爾的摩了。我十分擔心，我們能夠從賓夕法尼亞和紐約獲得的兵力將會是寥寥無幾的。因此我現在認為，你應當在你有把握守住的地方保留足夠的兵力，並親自率領其餘部隊，在這附近地區盡力去徹底打敗敵軍。我認為如果這次行動神速的話，真能找到一次絕佳的機會打個痛快的殲滅仗。這隻是我對你建議的看法，而不是一道命令。
A-林肯
4、合眾國軍用電報局陸軍部，1864年7月17日
格蘭特中將：
在你昨天發給謝爾曼將軍的電報中，我看到了以下的措辭，即“我將在此作殊死一搏，去奪取足以扼製敵軍而又無需太多兵力守衛的陣地。”
隨著時間的過去，我們壓力備增，現在聽你這麽一說，我真感到高興，不過我真希望你能想出個好法子，使得這殊死一搏不致於付出傷亡慘重的代價。
A-林肯
5、華盛頓合眾國軍用電報局陸軍部，1864年8月3日
格蘭特中將：
來電獲悉。你電告說“我打算讓謝裏登將軍指揮戰場上的所有部隊，咬住南部之敵，猛追窮寇，將其全殲。敵軍逃向哪裏，我軍就緊追到哪裏”。我認為，我軍的這種行動方針是極其正確的。但請你重新翻閱你發出此令之前甚至之後所收到的發自此間的每份電文，看你能否在此間的任何人的心目中發現“咬住南部之敵”，或者朝任何方向“猛追窮寇，將其全殲”的意圖。我再次向你重申：這既不可能辦到，也不必嚐試，除非你時時刻刻都等候著這種時機出現，並強行行事。
A-林肯
6、華盛頓合眾國軍用電報局陸軍部，1864年8月14日
格蘭特中將：
陸軍部長與我全都認為，你最好同李將軍商談一下，約定彼此之間不得再有焚燒民房和其他毀壞私人財產的舉動。至於商談的時間、方式和約定的詳細條款，我方就委托你酌情而定。
A-林肯
7、華盛頓總統官邸，1864年8月17日
格蘭特中將：
來電收悉。你表示不願放棄掌控的地方，我也同樣如此。要像惡犬一樣死死咬住對方，並盡可能地嚼碎它、吃掉它。
A-林肯
8、華盛頓合眾國軍用電報局陸軍部，1864年9月29日
格蘭特中將：
我略微有點擔憂李會增援厄爾利，因而使他能對謝裏登殺個回馬槍。可我希望這話不至令你產生什麽顧慮或者起到不良影響。
A-林肯
9、華盛頓總統官邸，1865年1月19日
格蘭特中將：
你閱讀和回複此信時，請別將我當作一位總統而隻當作是一位普通友人吧。犬子現年22歲了，哈佛大學畢業，想在戰爭結束之前，去親身體驗一下戰爭的滋味。我不希望授予他軍銜，或委以任何職位，許多服役了很長時間的人比他更有資格，也更有權利去享有這種待遇。他能否在不太令你為難，或者說不給部隊帶來任何損害的情況下，讓他頂著一個空頭銜進入你的軍人之家？他所需的一切費用均由我來承擔，不用公家花消。如果不便，則請坦誠相告，不必多慮，因為我也非常擔心，唯恐你受到了拖累。
你真誠的
A-林肯
10、華盛頓合眾國軍用電報局陸軍部，1865年3月9日
格蘭特中將：
你發給陸軍部長的電報我已親閱，獲悉你反對允許叛軍俘虜在發誓後便予以自由的做法。假如由我照此辦法來負責處理這一條通行的法規，也不曾有哪位法官判決，準許戰俘隻需發個誓便可獲釋。可是，一直以來，總是有不少國會議員不時帶著名單來找我，信誓旦旦地說，憑借他與名單上的那些人過去的交往，以及可靠人士的擔保，他們可以確信，將那些人釋放掉是不會招致危害的，於是我便下令將他們放掉了。這些議員主要來自邊境諸州，他們請求釋放的俘虜大都是他們的鄉鄰和鄉鄰的兒子。他們對我說，他們收到了許許多多的名單，而帶給我的還不及總數的十分之一，他們自稱對這些人十分了解，或者能證明這些人定會信守誓言。依照同樣的原則，我還釋放了許多由國會議員之外的人--比如像田納西州州長約翰遜--呈遞的名單上的人。其實我並不情願釋放這麽多人--我估算了一下，自從最近開始全麵交換戰俘以來，幾乎平均每天要釋放50人之多。去年，由於同樣的原因，我前前後後釋放了大量的密蘇裏人和肯塔基人，或許總計有一千多人，據返回這裏的那些州的國會議員們對我報告說，那獲釋的俘虜回到家鄉後，僅有兩人違背了誓言。毫無疑問，違背誓言的可是大有人在。總而言之，我相信，我所做的這一切，一直是利多弊少的。
A-林肯
11、波因特市合眾國陸軍總司令部，1865年4月2日
格蘭特中將：
請允許我，為了這次始料未及的大捷，特向你和你軍的全體將士致以全體國民的由衷謝意。承蒙你的盛情相邀，我想我明日定會到你處看望。
12、波因特市合眾國陸軍總司令部，1865年4月6日
格蘭特中將：
昨日，國務卿西華德從馬車中摔出，傷勢嚴重。因為此事，加上其他事務纏身，我隻得立即動身前往華盛頓。昨日和前天，我均待在裏士滿，坎貝爾法官前來見我（2月份他曾和亨特、斯蒂芬斯一道來過），經他再三請求，我終於答應交給他一份非正式文件，重申了我在寫給西華德的指示信中所提到的那些建議（你一定還記得的），並補充道，如果叛軍現在還要頑抗到底，那麽起碼要沒收他們的財產來補償額外的軍費開支；但無論哪個叛亂州的民眾，如果現在立即真心實意地撤回他們的部隊，撤回對叛亂行動的其他支援，不再與政府為敵，那麽他們的財產可以不予沒收。坎貝爾法官認為，弗吉尼亞的叛亂議會，如果得到授權，決定照後一種方針行事，也並非沒有這種可能。所以，我給韋策爾將軍發去了一封私人信件（我已允許坎貝爾法官過目），告訴他說，如果他們想那樣辦，就準許他們，並提供相應的保護；如果他們露出了任何與合眾國為敵的苗頭，便要立即通知他們限期撤離，逾期逗留者要予以逮捕。
我並不認為這麽做一定會有好結果；可我想最好還是預先通報你一下，這樣一來如果你看到了某種跡象，也不致於感到迷惑不解。從你近來發來的電文看，你好像已相當有效地製止住了弗吉尼亞軍隊對政府的反抗勢頭。我現在要做的任何事情，以及將要去做的任何事情，全都不會延誤、阻擾或幹涉你的工作。你忠誠的
13、波因特市合眾國陸軍總司令部，1865年4月7日
格蘭特中將：
謝裏登將軍說，“如果乘勇追擊窮寇，我認為李將軍必將屈膝投降。”那就緊追窮寇吧。
A-林肯
帶著一顆孤獨的心，年輕的林肯在生活的道路上獨自躑躅。起初待在斯普林菲爾德的日子裏，他似乎比過去更加孤單。他不知道，現在的新生活能給自己帶來什麽。這段日子裏，會給林肯帶來不安的隻有瑪麗-歐文斯--他的準未婚妻。因為她還是經常來斯普林菲爾德看望親戚，到時，他們倆還會共度晚上的時光，而後林肯會把她送回家去；有時，林肯騎馬去紐塞勒姆時，也會去她那兒坐一坐。這樣，兩個人便都有機會彼此進一步了解，也就更加發現了兩個人的不合諧。當然，此時他們二人的事情尚在未定之中。林肯覺得自己有義務履行結婚諾言，而瑪麗則似乎仍在期待著對方首先開口；二人都不願意明白地談及此事。林肯寫了一封信寄給瑪麗，分析了兩人的關係。
這實在是封很精彩的信！這個本該和瑪麗結婚，卻又想要挽救自己的男人就是以這種筆調來表達自己願望的。自小養成的規矩以及內心日益形成的理智處事和酌情放棄的性格，使他無法直接按自己的意願行事。他難道不是聰明地想用“貧窮”這個正當的理由來引出“既然如此，就讓我們分手吧”這樣一個結論嗎？他其實並沒有對瑪麗本人做出過任何承諾。而瑪麗在這一年，甚至更長的一段時間裏不也清楚地發現了他的矜持，想給他時間，給他自由嗎？但林肯想讓瑪麗來說出這最後的一句話。平日接觸中他隻是用極其禮貌的語言暗示她。看到這封信，人們絕不會想到，它是出自一個就在六年以前還是伐木工人和船夫的青年人之手。他提到了在這種情況下，他雖不得不同意她妹妹搬走的決定，但卻打心眼兒裏不希望她離開紐塞勒姆，因為一想到自己會看不到她的房子，無法和她隨時坐在一起交談，他就會感到難過。這也表現他作為一個單身漢的不安和生活浪漫無羈的願望。
遊戲卻又繼續了一段時間：拜訪，不辭而別，歸來，如此這般周而複始；最後，林肯終於下定決心，要做個了斷，他給瑪麗又寫了一封信。
這次他講得更清楚了，最後的落款用“您的朋友”代替了“您的林肯”，從而拉開了二人之間的距離。林肯想，瑪麗肯定能夠理解他的意思以及他做出的決定了。而他也可以輕鬆地、問心無愧地麵對自己、麵對後輩了；隻是人們不知是應該慨歎這位伐木工人的高尚品格呢，還是該驚訝於這位律師以如此嫻熟的技巧使自己最終擺脫危機？瑪麗是如何答複的已無處可查，隻知道，最後林肯跨出了意外的一步：他還是向她求婚了。然而結果怎麽樣呢？林肯甚至不敢相信：瑪麗竟然拒絕了他的求婚。