19世紀中葉，年輕的美國還遠未有今天這樣廣袤的國土。北方諸州實行雇傭勞動製，工商業發展迅猛；南方諸州以種植園經濟為主，大量驅使黑人奴隸，實行落後野蠻的奴隸製度。兩種不同社會製度的並存與發展，引發北方工商業資產階級和南部種植園奴隸主之間的尖銳矛盾：北部工商業經濟的迅速發展，渴求大量的自由勞動力、充足的原料供應和廣大的國內市場，因而要求廢除黑奴製，這就對南方蓄奴州構成巨大的政治挑戰；對於不斷開發中的西部土地的建州問題，南方要求建成蓄奴州，北方則要成立自由州，為此，南北雙方都力圖控製聯邦政府的統治大權；北方工商業主為了保護自身工商業的發展，防止歐洲產品競爭，反對自由貿易，主張關稅保護；南部種植園奴隸主為了棉花、煙草等農產品能便利輸往歐洲，並從歐洲輸入廉價的工業產品，要求降低關稅，主張自由貿易。南北經濟政治矛盾的發展最終導致了南北戰爭的爆發。

1860年11月7日，在激烈的政治角逐中，林肯作為北方共和黨推薦的總統候選人，以39.8%的選票，低票當選為美國第16任總統。林肯獲勝的消息傳來，實行奴隸製的南卡羅來納州當日即升起表示脫離聯邦、宣告獨立的棕櫚旗。12月20日，南卡羅來納州舉行特別代表大會，宣布獨立。1861年1月9€?1日，密西西比、佛羅裏達、亞拉巴馬、田納西等州分別以議會或公民投票方式，決定脫離聯邦。此後，又有佐治亞、德克薩斯、路易斯安娜等州效仿，到6月共有11個蓄奴州宣告獨立，脫離聯邦。1861年3月4日是林肯總統宣誓就職日，可是，南方各州於2月4日召開了所謂“南部邦聯同盟會議”，搶先宣布了他們“選舉”的“總統--傑弗遜-戴維斯，並成立了南部國會，“首都”設在弗吉尼亞的裏士滿。至此，問題的性質發生了本質的變化，即由蓄奴問題實質上轉變成了南方11州要脫離聯邦宣布“獨立”的問題。林肯政府麵臨維護國家統一的生死存亡的問題。年輕的美利堅合眾國麵臨分裂。戰爭一觸即發。

麵對緊張的形勢，林肯在就職前後一再發表講話，勸說南方各州，在一個國家的範圍內解決問題，把維護國家的統一置於首位，至於廢除奴隸製問題可容後再議。美國國會1861年3月通過的法案，允許美國南部各州保持其奴隸製度，可不必馬上改變，即承認美國目前“一國兩製”的現實。在就職演說中，林肯表示：“任何一個州都不能單憑自己的動議合法地退出聯邦，任何為此而通過的決議和法令在法律上都是無效的。”然而，南方州的領導人卻憑借其地大兵強、早有預謀，以及寄希望於英法等大國的物質援助、武裝幹涉和承認其獨立，悍然打響了第一槍。1861年4月12日，“南部邦聯”軍隊（史稱南軍）炮轟並攻陷了設在查爾斯頓港的薩姆特聯邦軍隊（史稱北軍）要塞。4月15日，林肯政府發布討伐令，下令征召七萬五千人為恢複聯邦的統一而戰。為防止聯邦分裂，美國國會通過了《反脫離聯邦法》（anti-secession law），宣誓美國作為一個完整的國家，絕不容許分裂。美國的每個成員、每個公民與生俱來的天職與首要義務就是保衛美國的完整與統一。

1861年4月12日，南方聯盟不宣而戰，迅速攻占了聯邦政府軍駐守的薩姆特要塞。林肯不得不宣布對南方作戰。林肯本人並不主張用過激的方式廢除奴隸製，他認為可以用和平的方式，先限製奴隸製，然後逐步加以廢除，而關鍵是維護聯邦的統一。在這種思想的支配下，北方政府根本沒有進行戰爭的準備，隻是倉促應戰，而南方則是蓄謀已久，有優良的裝備和訓練有素的軍隊，所以，盡管北方在多方麵都占有優勢，還是被南方打得節節敗退，連首都華盛頓也險些被叛軍攻破。

北方在戰場上的失利引起了廣大人民的強烈不滿，許多城市爆發了示威遊行，要求政府采取措施扭轉戰局。這時林肯才意識到，要想打贏這場戰爭，就必須調動農民的積極性，廢除奴隸製、解放黑奴。

禍不單行，此時，遠在歐洲的英帝國匆忙承認南部同盟為“交戰團體”，處於“事實上的國家狀態”，並充當南方的軍火供應基地，隨時準備承認南部同盟。法、西、荷也宣布中立。1861年底，英國以“特倫特號事件”為借口，陰謀承認南部同盟，向聯邦政府宣戰。法國還乘機出兵墨西哥，占領墨西哥城，從南部對美國構成威脅。在此情況下，共和黨內部的激進派及社會上的廢奴主義者提出解放奴隸和武裝黑人的主張。因為隻有黑人得到解放，他們才會把自己的命運和國家命運連在一起，為國家拚命死戰。林肯也意識到了解放奴隸的必要性。1862年5月國會通過了《宅地法》，規定一切忠於聯邦的成年人，隻要交付10美元的登記費，就可以在西部領取160英畝土地，在土地上耕種5年後就可以成為這塊土地的所有者。1862年7月17日，聯邦政府頒布《沒收法案》，宣布凡是參加叛亂的人為國事犯，要沒收他們的財產，解放他們手中的奴隸。同一天國會通過《民兵法》，宣布凡是加入聯邦軍隊的奴隸為自由人，其家人也為自由人。1862年9月22日，林肯以“戰時措施”方式頒布解放宣言，規定自1863年1月1日起，所有叛亂各州的奴隸應當被視作自由人，允許參加聯邦軍隊。消息傳到南方後，成千上萬的奴隸逃往北方。短短幾個月裏，就有18.5萬名黑人參加了北軍，他們作戰非常勇敢，平均每三個黑人中就有一人為解放事業獻出了生命。看得見的政治地位變化和可以立即得到的經濟利益，使北軍軍威大振，人人勇於死戰，戰局為之大變。英國工人階級也展開了支持北方的運動，迫使英國政府放棄了原來的幹涉計劃，所謂“承認”問題也不得不作罷。針對法國的所謂“調停”，1863年3月美國國會通過決議案，明確指出調停屬“外國幹涉”行為，而南部同盟純屬“內部叛亂”，“不屬於國際問題”，“國會毫不猶豫地認為外國幹預目前爭端的任何建議，都是不合理的和不能容忍的”。法國的“調停”企圖遂作罷。1863年提出“民有，民治，民享”的綱領性口號，從而使戰爭成為群眾性的革命鬥爭。1863年7月1日到3日，雙方在華盛頓以北的葛底斯堡展開了內戰以來規模最大的一次戰鬥。雙方激戰了三天三夜，北軍重創南軍，使南軍損失了3．6萬人，從此北軍開始進入反攻，而南軍隻有防守了。這次大捷使戰爭發生了根本轉折，徹底粉碎了英法等外國勢力幹涉的可能。同年的7月4日，北軍又在維克斯堡大獲全勝。維克斯堡位於密西西比河上，是一個高出水麵200英尺的懸崖，據守懸崖的叛軍居高臨下，可以用炮火直接威脅河上來往的船隻。如果從下麵攻打這個要塞非常困難。早在1862年末，格蘭特就率軍在海軍的協助下幾次攻打這個要塞，但都沒成功。1863年4月，格蘭特實行了新的進攻計劃，先摧毀了要塞周圍的各個據點，然後包圍了維克斯堡。海軍也來助戰，從陸地和水上同時進攻，猛烈炮擊要塞，震耳欲聾的炮聲一直響了47天之久。7月4日，困守要塞的叛軍彈盡糧絕，被迫投降，北軍這一次俘虜叛軍2.9萬人。

緊接著，北方軍隊以秋風掃落葉之勢，迅猛追擊叛軍，1863年4月3日攻占了叛軍首都裏士滿。4月9日，叛軍總司令羅伯特-李率殘部2.8萬人在阿波馬托克斯小村向格蘭特投降。曆時四年的南北戰爭以北方的勝利而告終。

1864年9月，北軍一舉攻下亞特蘭大，兩個月後開始著名的“向海洋進軍”，在進軍中沉重地打擊了敵人的經濟力量，使南方經濟陷於癱瘓。在東線，格蘭特將軍統率北軍把敵軍驅逼到叛亂“首都”裏士滿附近。在一片勝利的形勢下，林肯於1864年11月再度當選總統。1865年初，奴隸紛紛逃亡，南方種植園經濟瀕於瓦解。同時，北方海軍實行的海上封鎖，幾乎斷絕了南方與歐洲的貿易。1865年4月3日聯邦軍隊攻克裏士滿。4月9日，南軍陷入北軍的重圍之中，南軍總司令李將軍向北軍總司令格蘭特將軍投降。5月，被通緝的“南方邦聯”“總統”傑弗遜-戴維斯被俘獲。南北戰爭終告結束。原先脫離美國的各個州重新回到了聯邦中，美利堅合眾國恢複了統一。

南北戰爭被稱為繼獨立戰爭之後的美國第二次資產階級革命。林肯成為黑人解放的象征。但奴隸主卻對他萬分仇恨。1865年4月14日晚上，林肯在華盛頓的福特劇院(Ford's Theatre)裏看戲時，被南方奴隸主收買的一個暴徒刺殺。林肯的不幸逝世引起了國內外的巨大震動，美國人民深切哀悼他，有700多萬人停立在道路兩旁向出殯的行列致哀，有150萬人瞻仰了林肯的遺容。林肯是一位傑出的政治家，為推動美國社會向前發展做出了巨大貢獻，受到美國人民的崇敬，在美國人的心目中，他的威望甚至超過了華盛頓。