在皇太極一生的經曆中，最大的轉折是從後金汗到大清帝。他是第一位當大清皇帝的人，這是他個人權勢的升華，也是他父親努爾哈赤創建後金國以來的劃時代的飛躍，同時也是滿族社會進步的一個標誌。
崇德年間（1636—1643）是皇太極統治的第二個時期。他在原來的基礎上鞏固和擴大了在東北的統治，為入關統治全中國做了充分的準備。有一件事反映了他的思想，稱帝前夕，內院諸臣仿照明朝製度，給新築的城門起名，叫揚威、昭德等，皇太極認為虛張聲勢不如務實，給改了鞏固、靖遠等名。皇太極自認是個偉大的建築師，他要為子孫創大業，所以非常重視打基礎。崇德二年（1637）六月的一天，他向諸王臣說明，自他即位以來，統一蒙古，征服朝鮮，版圖擴大，人民繁庶，今後就要“宣布法紀，修明典常，為保邦致治之計”。他舉例說：“蓋治國之道，如築室然。基址堅固，庀材精良者，必不致速毀，世世子孫可以久居。其或苛且成工者，則不久圮壞，梓材作誥。古人所以諄諄垂誡也。”不出一個月，將同樣的話又對諸王貝勒文武群臣重說了一遍。最後一語破的：“自古至今，懈於治國者，國必敗；勤於治國者，國恒存。”為使國家統治久遠，皇太極雖沒有改變掠奪財富的手段，但卻更注意發展本地區的生產了。他稱帝後立刻把保護土地牲畜作為法典規定下來，地裏莊稼不準偷損，母豬不許殺，這是為了繁殖。也不準殺馬、牛等作犧牲或出賣。以後幾乎每年都把督促耕種作為重要活動，提出“農時不可失”，“廢農事者罪之”。他知道五穀乃萬民之命所關，因此一再強調搞好農業生產，入關前清朝的糧食不太缺乏，與這種努力分不開。手工業生產也大有進步。崇德三年十二月，一次賞給察哈爾固倫公主瓷器一千七百件，可以反映製瓷業有所成就。盛京（今沈陽）宮殿大部分為皇太極時所建，其規模和工藝技術都標誌後金手工業的水平很高。盛京城西實勝寺，鑄大鍾千斤，是冶鑄業的發展象征。商業貿易在境內有之，與明及朝鮮也均有之。皇太極曾命令大學士希福帶領八家商人及公以下牛錄章京以上家人的龐大代表團赴張家口貿易。後來又命人到歸化城（今呼和浩特市）買馬。個人遠走貿易的也不乏其例。
崇德年間，雖然不再發生大批漢人被殺，或漢人投毒、攔路劫殺等反抗事件了，但皇太極卻仍然注意緩和清朝的社會矛盾。他命令臣下做好“養人”的事情，尤其是對新掠取或來降的滿洲、蒙古、漢人做好安置。皇太極晚年，他的子侄們在他麵前發牢騷說太祖時誅戮漢人，而今漢人有為王者矣，有為昂邦章京者矣，而滿洲宗室卻有為官者，有為民者，“時勢顛倒，一至於此！”但這位遠見卓識的大清帝並未因此動搖其國策。
在機構設置上也作了相應的改革和進一步完善。清初決策的重要機構是議政王大臣會議。崇德二年四月對這個機構作了調整：一、成員除令固山貝子尼堪、羅讬、博洛等與議國政外，每旗各設議政大臣三人；二、規定他們啟迪主心，救濟貧乏，撫養新人三項任務；三、議政大臣奏事必先通過他們各自的固山額真，公議之後上奏。議政王大臣會議從此有了固定的程式，也更成了專製主義皇權的工具了。天命、天聰年間沒有監察機關，崇德年間皇太極成立了都察院，給他們稽察一切官員的大權。有清一代，滿蒙的結合，早比滿漢更緊密。為了處理蒙古事務曾設蒙古衙門，崇德三年六月又改為理藩院。合原有的六部、都察院，構成了有名的八衙門。皇太極任命滿洲、蒙古、漢人擔任承政，每部三人，以下皆參政。崇德三年七月更定八衙門官製，每衙門隻設滿洲承政一人，以下酌設左右參政、理事、副理事、主事等官，由二等變成五等。這就強化了以他為首的國家統治權力。
皇太極的統治還繼續利用了八旗這個軍政合一的組織。他使八旗通過變革越發充滿生機。一是對滿洲八旗不斷補充新的成員，二是完善和擴大蒙古八旗、漢軍八旗。努爾哈赤時的滿洲被稱為“佛滿洲”，即舊滿洲。皇太極對黑龍江等地多次用兵，帶來大批少數民族加入滿洲共同體，被稱為“伊徹滿洲”，即新滿洲。皇太極把新滿洲編入八旗。崇德五年一次就把征索倫俘獲的新滿洲壯丁並家小五千六百七十三人編為牛錄，隸於八旗了。同時把征庫爾喀俘獲的新滿洲壯丁四十二人補充了各旗披甲的缺額。滿洲八旗之外，蒙古八旗早於漢軍八旗建立。崇德年間漢軍八旗發展最快。崇德二年，照滿洲例，漢軍分為兩旗，四年擴大為四旗，每旗設牛錄章京十八人，固山額真一人，梅勒章京二人，甲喇章京四人，但內部仍分正黃鑲黃兩旗，正白鑲白兩旗，正紅鑲紅兩旗，正藍鑲藍兩旗。崇德七年六月正式完成了漢軍八旗的建製。皇太極說：“我國出則為兵，入則為民，耕戰二事，未嚐偏廢。”這種擴大滿洲八旗和建立蒙古八旗與漢軍八旗，既增強了清朝的武裝力量，也對滿蒙漢的廣大人民實行。
崇德五年三月清兵修義州城。過去清軍分出一部分入關，現在全力用於鬆錦決戰。特別是明兵的增援，促使清朝不但把孔、耿、尚的軍隊調來助圍錦州，漢軍固山額真石廷柱甚至認為“明必與我並力一戰”，我軍換防都不必換了。崇德六年八月，皇太極見形勢危急，事關重大，親自領兵進戰，不顧鼻子出血，十五日起程，三日後方止。有人建議“徐行”，皇太極說：“朕如有翼可飛，當即飛去，何可徐行也！”經過六天急行軍到了鬆山。皇太極親征，大大鼓舞了清軍的士氣。他部署清軍自烏忻河南至海，橫截大路，綿亙駐營，再在高橋設伏，圍追堵截，處處有備。明兵雖號稱十三萬，能戰者隻有白、馬、吳三總兵所部。洪承疇不願急戰，但崇禎及兵部尚書陳新甲、職方郎中張若麒等皆輕躁促戰，洪氏被迫進兵，初獲小勝。皇太極采取大包圍的攻勢，挖深濠困住了明軍，洪承疇正欲決一勝負，而諸將以無餉，議回寧遠取糧。洪承疇看出：“戰亦死，不戰亦死；若戰，或可冀幸萬一。”但部將各懷異誌。還沒等下令打，王樸已畏敵先逃，於是各帥爭馳，敗如山倒。逃兵半路被清軍伏擊，追擊，明十三萬兵，被斬就有五萬。隻有曹變蛟、王廷臣突圍入鬆山城，洪承疇與巡撫邱民仰在鬆山堅守。鬆山城內兵不過萬，外失救援，孤立絕望。洪承疇幾次欲突圍而出，皆失敗。到第二年正月，副將夏承德以其子夏舒為質，密約清軍為內應，二月十八日清軍入鬆山，生擒洪承疇。三月初八日，錦州城內的祖大壽也以孤立無援被圍一年後投降。四月，清軍又攻克塔山、杏山，並毀二城。至此，鬆錦決戰以清軍勝利告終。經過鬆錦決戰，明朝軍隊精銳傷亡殆盡。清朝人說，薩爾滸之戰是“王基開”，而鬆錦之戰是“帝業定”。皇太極為大清奠定了一代基業。
皇太極在五十歲時，因他心愛的宸妃之死，身體立刻變得虛弱了。皇太極一生娶了十五位妻子，而他最喜歡的是天聰八年娶的博爾濟吉特氏，崇德元年封她為關雎宮宸妃。這位妻子賢淑文靜，皇太極和她頗恩愛，婚後曾生一子，皇太極高興至極，為此發布了大清第一道大赦令。這個兒子二歲而殤。崇德六年九月，皇太極正在鬆錦前線，忽聽宸妃病危，急忙趕回盛京，到時宸妃已死。皇太極悲不自勝。從此這位身體一直健壯的大清帝忽而昏迷，忽而減食，常常“聖躬違和”。當年十月初二日，他對諸王及他們的妻子兒女說：“山峻則崩，木高則折，年富則衰，此乃天特貽朕以憂也。”這流露出皇太極已為他年老體衰而不安了。崇德六年以後，皇太極因身體不好，曾發布過大赦令，也減少了處理日常事務的負擔，甚至做過祈禱。崇德八年（1643）八月九日，勞累一生的皇太極終於因病在沈陽清寧宮與世長辭，享年五十二歲。後葬於昭陵，即今沈陽北陵。廟號太宗，諡為文皇帝。