順治皇帝生前對佛特別的感興趣，也特別的虔誠，對有修養和作為的僧人，他都很敬佩，而且還把他們請到宮中給與好的招待。其中最著名的木陳 玉林兩位禪師就傳說是順治的師傅一輩的僧人。順治佛家名號中就有“癡”字，後來順治還給自己刻了一個印章，上麵就刻有“癡道人”，所以後來許多人就與這個聯係在一起，說順治曾經出家當了和尚。順治為什麽要出家？據說與當時的秦淮名妓董小宛有一定的關係。董小宛本來是江南名人，而且還是冒辟疆的妾，清兵入關後被人掠走，獻給了順治，順治對董小宛特別的寵愛，並且立為貴妃，地位僅次於皇後，後來董小宛病死。還有的人傳說，董小宛進入宮中，日夜思念自己的丈夫冒辟疆，冒辟疆知道後買通小太監，偷偷的混入宮中與董小宛約會，被皇後無意中發現，最後把事情鬧大，董小宛被賜綾自盡。這樣對順治打擊太大，由此順治心灰意冷，心愛的人死了，自己對皇位金錢等等都沒有什麽興趣，毅然的放棄了皇位，皈一佛門成為佛家弟子。順治出家的故事，隻是一個傳說，許多的研究人員，至今也沒有得出一個確切的結論。至今還是一個謎？
但是對於順治死前曾經有過記載，他曾經指派最寵信的內臣吳良輔到憫忠寺出家做和尚，而且他還親自去觀看，當時他就有出家為僧的念頭。所以後來順治的愛妃董小宛死後，他也以有病，得了不治之症天花為由，假裝死去。然後皈依佛門，做了一個清靜的佛家弟子。根據這些說順治進入佛門的理由，好像有些太簡單了理由我覺得也不是那麽充分。但是傳說康熙曾經多次去五台山的寺廟，目的就是去看他的父親順治，最後一次去時順治已經死了，康熙沒有看到順治，並觸景生情寫了一首是來哀悼順治。後來五台山還發現了宮廷中使用的器皿等生活用品。這些有力的證據又說明了順治確實在此出家。對於順治出家的傳聞，越來越神秘，但是真正的說法和證據，還有待進一步的研究和挖掘，曆史會給我們一個真正的解釋的。
對於順治的死因的傳說，更是撲簌迷離。據說順治身體本身就不是太好，體弱多病。他平時就對自己柔弱的身軀感到哀歎，後來他的愛妃董小宛死後，對他打擊太大，加重了身體機能的不良反映，並且心灰意冷鬱鬱寡歡，不久就染上天花病。這是由於心裏的壓力，造成身體的免疫力下降，造成病菌侵入身體。當時患上天花病，那還了得天花屬於不治之症，順治當時剛二十四歲，如果這個消息轟動出去，就會是整個國家和朝廷造成恐慌。順治患病時正值元旦之即，朝中的大臣都要向皇帝行使朝慶大禮，這是順治下令免去一年一度的朝慶大禮，大臣們聽到這個消息很是震驚，知道了宮中發生了大事，都有預感是不詳之兆。
此時的順治皇帝也知道了自己生命垂危，為了不使國家和朝廷發生動亂，除了對外封閉消息，而且還必須及時的選擇繼承人，選擇合適人選是刻不容緩的大事。順治剛二十四歲，根本就沒有成年子女，如果這是選擇幼子繼位很容易導致朝中動亂，將皇帝傳給自己的幼子還是給自己的兄長，順治心裏很矛盾，最後順治征求了皇太後的建議，將皇位傳給她的嫡孫，順治同意了皇太後的想法，但是在選擇上又出現了問題，當時有二子福全和三子玄燁最為合適，對他們兩個都有所偏愛，皇太後也沒有了主意，皇太後和順治商量，決定征求欽天監監王，德國的傳教士湯若望的意見，湯若望雖然是一個老外。職位不算高，但是他與皇上和皇太後的關係很密切，他屬於當時宮廷中的特殊人物，他也對順治在管理方麵提出了許多好的建議，所以順治也很信任他，最後湯若望認為三子玄燁最為合適。湯若望為此受到朝中大臣們的讚譽。認為他是一個直言納諫的好大臣。沒過多久順治就感到自己將有不測，即刻命人立下遺囑，並且在遺囑上提到了順治得了天花病遺囑當時起草一半，順治就感到體力不隻，直到第二天早晨才把遺囑起草完畢。又過了一天，順治死在了養心殿。
有人說，順治並沒有死，而是出家了。這不符合事實。從現有材料來看，順治還是死了。順治帝患天花有曆史記載，清廷還曾禁止民間炒豆。還有更直接的證據。順治病危時，翰林院清孝陵掌院學士王熙起草《遺詔》。《王熙自定年譜》記載了這件事情：正月初二日，順治帝突然病倒，病情嚴重。第二天，召王熙到養心殿。初六日子夜，又召王熙到養心殿，說：“朕患痘，勢將不起。爾可詳聽朕言，速撰詔書。”王熙退到乾清門下西圍屏內，根據順治的意思撰寫《遺詔》，寫完一條，立即呈送。一天一夜，三次進覽，三蒙欽定。《遺詔》到初七日傍晚撰寫與修改完畢。當夜，順治就去世了。順治臨終前說：“祖製火浴，朕今留心禪理，須得秉炬法語……”順治帝死後被火化，由溪森和尚主持。四月十七日，溪森和尚在景山壽王殿為順治遺體秉炬火化。溪森死後，他的門人編輯他的語錄《敕賜圓照溪森禪師語錄》記載了這件事。所以，順治帝確是死了，而不是出家了。
中國第一曆史檔案館，存有順治皇帝的《遺詔》。該《遺詔》長五百四十八厘米，寬九十三厘米，黃紙墨跡，卷軸狀保存。遺詔中，順治皇帝對自己漸習漢俗、早逝無法盡孝、與親友隔閡等事做了自責，同時宣布由八歲的兒子玄燁即皇帝位。這份遺詔，由於充滿了自責，使不少人猜度它並非出自順治帝，而是出自順治帝的母親孝莊皇太後，因為自責的內容，多是皇太後對順治帝的不滿之處。但僅以自責內容就判定《遺詔》並非出自順治帝，也有些牽強。如果沿著順治帝的成長軌跡去摸索他的思想感情基礎和思維方式，這種自責也並非解釋不通。首先，順治是一個初主中原的滿族皇帝，對這片土地與人民、生活與文化充滿陌生，要實施統治，就不得不盡力熟悉與適應它，並且迅速地背離自身的傳統，這是一種深深的矛盾困擾，其自責，在情理之中。另外，順治早年曾深受德國傳教士湯若望的思想影響，一度篤信基督教，形成了感恩所得、自我懺悔的性格。在位期間，他經常把各種災害或者動亂歸於自己的“政教不修，經綸無術”，屢次下詔白責，並要求各種文書不能稱自己為“聖”。在公元1659年正月討平李定國實現一統大業後，麵對各種舉行祝賀的請求，他冷淡地說能有今天的這種事業，並不是自己的德行所能實現的，拒絕賀禮。在順治十七年祭告天地、宗廟時，他對自己在位的十七年做過簡單的總結，通篇是自譴自責之詞，並且下令暫時終止官員上給自己的慶賀表章。這些史實都可以在《清世祖實錄》中翻看到。所以說，這份《遺詔》充滿自責，也並不完全違背順治皇帝的思維方式。
順治帝死後火化入葬，是清入主中原後的第一位，也是最後一位皇帝，自康熙皇帝始，便循漢製改為土葬了。康熙二年四月二十二日。將順治寶宮（即骨灰罐）送往遵化孝陵安葬，小皇帝玄燁亦要前往為乃父送葬，但因路途較遠，經太皇太後及諸王大臣勸慰乃止。沿途自然有諸多皇家禮儀活動。至六月初六日抵孝陵，舉行了隆重的葬禮，並與已逝的孝康章皇後（康熙生母）、孝獻章皇後（董鄂氏）合葬。先期曾遣官祭把，陳奉紙錠3萬、紙錢3萬、紙帛3萬，奠宴25席、全羊7隻，酒15尊，並宣讀祭文，奠酒行禮（《欽定大清會典事例》）。至時，將世祖章皇帝寶位由大臣奉至地宮，安設寶床正中，孝康、孝獻二皇後寶位分列左右。除了帝後“神位”外，地宮中隻葬有3個骨灰罐，而無隨葬珍寶。