康熙幼年即位，他所繼承的是一個飽經戰火、經濟凋零、國弱民貧、群雄逐鹿、四分五裂的國家基業。
康熙逐漸成年，首先擒拿鼇拜，奪取權力，消除了朝廷內部的隱憂，隨即集中力量對付吳三桂、尚可喜、耿精忠等南方三藩，經過八年苦戰，平定了吳三桂等三藩叛亂，趁著告捷餘威，再次把注意力轉向台灣。康熙統一台灣是戰爭與談判交替使用的複雜過程，是力量、智慧與爭取人心的長期鬥爭。
康熙元年（1662年）鄭成功收複台灣，驅逐荷蘭侵略者，不久即病逝，內部發生爭訌。清朝乘機派使者，企圖說服鄭成功之子鄭經歸降清朝。鄭經為了減輕壓力，與清朝談判，交出南明皇帝賜給的敕書、印璽。清朝要求台灣人眾遷回內地，剃發易服，鄭經不允，談判未成。康熙二年（1663年），清朝出兵攻打鄭氏據守在大陸上的最後一個據點廈門，鄭經戰敗，退出廈門，逃奔台灣。清朝乘勝派舟師出征台灣，在海上突遇台風，船隻沉沒，無功而返。
當時兩岸雖武裝對峙，但又都有一定的和平願望。清王朝三藩未除，經濟不穩，無力用兵海上。而台灣鄭氏，土地初辟，人口甚少，生產落後，經濟困難，急需大陸的糧食和物資供應。且鄭部大多是福建人，離家日久，思戀鄉土，私下渡海來歸者絡繹不絕。康熙六年（1667年），清廷派總兵孔元章，赴台灣議撫，答應鄭經如歸順，可封“八閩王”，鄭經猶豫不決，後以“和議之策不可久，先王之誌不可墜”（《海紀輯要》），拒絕清朝的招撫。康熙親政後，邢部尚書明珠奉旨入福建，主持和議，派知府慕天顏入台，宣示招撫之意。清廷做了重大讓步，允許鄭氏封藩，世守台灣。鄭經則提出：“苟能照朝鮮事例，不削發，稱臣納貢，尊事大之意，則可矣”（江日升《台灣外記》）。康熙答複：“若鄭經留戀台灣，不思拋棄，亦可任從其便。至於比朝鮮不剃發，願進貢投誠之說，不便允從。朝鮮係從未所有之外國，鄭經乃中國之人”（《明清史料丁編》第三本）。康熙不願台灣成為獨立於中國之外的國家，故談判破裂。
此後發生三藩之亂，中原戰火彌漫。鄭經乘機與吳三桂、耿精忠勾結，占領廈門與漳州、泉州、潮州、惠州各地。轉戰數年，吳三桂失敗，鄭經孤軍難支，又退回台灣。清朝再一次爭取談判，鄭經再次要求“請照琉球、高麗外國之例”，而康熙堅決不同意，雙方各持自己的立場談判又無結果。
不久，鄭經病逝，其子鄭克嗣位。清廷討論如何解決台灣問題，反對武力攻取台灣的人很多。康熙排除了眾多反對意見，決定采取“剿撫並用”的方針，“底定海疆”。
台灣地處大海中，波濤萬頃，作戰需賴水師，滿族將士嫻習馬步，而不習水戰，必須另選將帥，訓練士卒。李光地、福建總督姚啟聖推薦施琅可當此重任。
施琅，福建晉江人，有勇略。早年為鄭芝龍（編者注：鄭芝龍為鄭成功之父）部下，後隨芝龍降清。鄭成功將其父子兄侄一門殺害，結下深仇。施琅在福建與鄭氏作戰多年，了解台灣情況，熟悉水師機宜及海上風濤之變幻。他一貫主張攻取台灣，但因曾是鄭氏部屬、清廷並不信任他，把他安置在北京居住，投閑十三年。
康熙決定起用施琅，授福建水師提督。福建總督姚啟聖隻管後勤供應，與施琅和衷共濟，保證了施琅出征的糧食和物資供應。
康熙二十二年六月十四日（1683年7月8日）施琅率兵兩萬餘人，乘戰船二百餘艘出征。鄭克則派勇敢善戰的劉國軒守澎湖，所率兵將戰船與施琅相當。兩軍展開激戰，曆時七晝夜。施琅右眼負傷，遊擊蘭理中炮“腹破腸流出，為掬而納諸腹，持匹練縛其創。理呼殺賊，麾兵進”（《清史稿》）卷二百六十一·蘭理傳）。澎湖大戰，鄭軍大敗。清軍擊沉敵船159艘，鄭軍死傷12000人，浮屍遍海，劉國軒僅率31艘船逃回台灣。
澎湖戰敗，鄭克等極為恐慌。施琅進行政治爭取工作，對被俘的台灣兵將，優禮相待，賞給銀米。800名傷殘者醫治之後，釋放回台，令他們宣示招撫之意，台灣民眾“莫不解體歸心，唯恐（編者注：今作惟恐）王師之不早來”（阮錫《海上見聞錄》）。鄭氏已無抵抗能力，於7月27日向清軍奉表納降，呈交延平王金印和戶口土地冊籍。康熙接受投降，優待鄭氏，稱：“爾等從前抗違之罪，全行赦免。仍從優敘錄。”（《清聖祖實錄》卷一百一十一）。鄭氏人眾俱得妥善安置。台灣遂告統一。
清朝初年，台灣為鄭氏所據有。為了收複台灣，清政府先後同鄭氏集團進行了11次談判。由於清政府缺乏堅強的軍事實力，鄭氏沒有誠意，結果失敗。在此期間，清政府曾經采用經濟封鎖手段，促其歸附，也未能如願。隨著三藩之亂的平定，康熙二十二年，清政府改變策略，以戰逼和，命施琅統兵進攻澎湖，一舉攻占了澎湖列島，殲滅了鄭氏集團的軍事力量，進而展開政治攻勢，促使鄭氏集團接受招撫條件，最終實現了台灣的和平統一。清朝盛期，康熙大帝對台灣的策略又改為招撫，從此就開始長達十幾年的議和談判，但始終沒有結果。公元1681年(康熙二十年)清廷乘鄭經病卒、其子鄭克??年幼初立和台灣本土出現內訌之際，康熙大帝決定發兵統一台灣。
公元1683年(康熙二十二年)六月十四日，施琅率領清軍水師2萬餘人、各種戰艦二百多艘，直逼澎湖。清軍奮勇大戰，擊毀鄭軍戰艦一百九十艘，殲滅鄭軍主力一萬二千餘人，迫使鄭軍四千二百餘人投降。鄭軍主帥劉國軒見大勢已去，狼狽的隻帶剩下戰船二三十艘，殘軍數百人，狼狽逃回台灣本島。台灣內部震動，劉國軒力主投降，康熙大帝乘勝降旨招降。七月十五日，台灣地方當局派人獻上地圖名冊和投降書。八月十三日，施琅率清軍登陸台灣島。後清廷納用施琅建策，在台灣設縣、府、巡道，派軍駐守，加強統治。從此結束了由鄭成功起曆經鄭氏家族三代為期二十餘年的偏安局麵。康熙大帝終於實現了台灣與祖國大陸統一的盛世康熙初年的政治形勢。
康熙二十三年（1684年），清廷始設台灣府與台灣、鳳山、諸羅三縣，隸屬福建省，在台澎分別駐兵1萬人，設官治理、築城戍守，台灣寶島得以統一於清朝政府之下。